基因表达谱芯片对小鼠乳腺癌组织中基因的差异表达

一、基因表达谱芯片在小鼠乳腺癌组织中基因差异性表达（论文文献综述）

弭苗苗^[1]（2021）在《雌激素受体阳性乳腺癌预后相关的lncRNA筛选及其功能研究》文中研究说明目的:通过基因芯片筛选与雌激素受体（Estrogen receptor,ER）阳性乳腺癌相关的lnc RNA,研究其在组织及细胞中的表达水平,分析其与预后的相关性,进行相关细胞功能实验,初步探讨lnc RNA在ER阳性乳腺癌中可能发挥的生物学功能,为寻找新的lnc RNA作为ER阳性乳腺癌的生物标志物提供实验依据。方法:收集40组自2020年1月至10月由烟台毓璜顶医院乳腺外科手术切除的乳腺癌组织及癌旁组织标本（免疫组化确诊为ER阳性乳腺癌）,从中选取4对组织进行表达谱芯片检测,筛选出具有差异表达的lnc RNA。针对差异表达显着的数个lnc RNA,通过实时荧光定量聚合酶链反应（quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction,q RT-PCR）在收集的40组ER阳性乳腺癌组织及其对应的癌旁组织中检测lnc RNA的表达水平,选择q RT-PCR检测结果与芯片筛选结果一致的lnc RNA,进而在两种ER阳性乳腺癌细胞株MCF-7、T47D及正常乳腺上皮细胞株MCF-10A中进行细胞水平验证。将上述lnc RNA在TCGA数据库中进行Kaplan-Meier生存分析,选取与预后相关的lnc RNA（LINC01614）进行后续研究。对MCF-7细胞进行雌激素刺激后,通过q RT-PCR技术检测细胞中LINC01614表达水平,分析其与雌激素水平的相关性;将si-RNA转染至MCF-7细胞以抑制LINC01614的表达,通过q RT-PCR技术检测细胞中LINC01614的表达水平;选择干扰效率最高的si RNA,通过CCK8实验、细胞划痕实验及Transwell小室实验分别检测乳腺癌细胞的增殖、迁移及侵袭能力。结果:通过对4组ER阳性乳腺癌的癌组织与癌旁组织进行表达谱芯片检测,筛选出了4050个lnc RNA（差异倍数≥2,P<0.05）,其中,1589个lnc RNA在癌组织中具有显着高表达,2461个lnc RNA在癌组织中具有显着性低表达（P<0.05）。选取差异显着（差异倍数>7）、在癌组织中表达上调的7个lnc RNA（LINC01614、CTD-2116N17.1、KIAA0101、linc-BCL2A1-3、AC044784.1、AL365436.2、CTD-2510F5.4）在40对癌组织及癌旁组织中进行验证,结果表明LINC01614、AC044784.1和CTD-2510F5.4三个lnc RNA在ER阳性乳腺癌组织中出现显着性高表达（P<0.05）,与芯片结果一致;将LINC01614、AC044784.1和CTD-2510F5.4继续在ER阳性乳腺癌细胞株MCF-7、T47D及正常乳腺上皮细胞株MCF-10A中进行验证,结果表明在两种癌细胞株同样出现高表达并具有显着性差异（P<0.05）。针对LINC01614、AC044784.1和CTD-2510F5.4在TCGA数据库进行预后分析,结果提示LINC01614在ER阳性乳腺癌患者中的表达水平与预后有显着相关性,LINC01614高表达的患者生存期更短（P<0.01）,而AC044784.1、CTD-2510F5.4的表达水平与预后无明显相关性（P>0.05）。雌激素刺激MCF-7细胞后,细胞中LINC01614出现显着性高表达（P<0.05）;si RNA转染至MCF-7细胞后,与对照组相比,MCF-7细胞中LINC01614的表达显着降低（P<0.001）,CCK8实验、细胞划痕实验及Transwell实验结果显示,抑制LINC01614的表达会显着降低细胞的增殖、迁移及侵袭能力（P<0.05）。结论:1.LINC01614、AC044784.1和CTD-2510F5.4在ER阳性乳腺癌组织及乳腺癌细胞中均具有高表达,LINC01614可能是ER阳性乳腺癌预测预后的新型生物标志物;2.LINC01614的表达可能受雌激素调控,并能促进乳腺癌细胞的增殖、迁移及侵袭,为ER阳性乳腺癌的发病机制研究提供了新的理论依据。

陈秭宜^[2]（2021）在《基于转录组数据的组织免疫细胞预测模型构建和应用》文中提出组织中浸润的免疫细胞在各种生理或病理状态中发挥着非常重要的作用。对组织中免疫细胞组分进行定量检测,对于机体正常生理或疾病的机制研究十分重要。传统的组织免疫细胞定量方法,主要通过对不同免疫细胞特异性表达的蛋白分子进行标记,从而实现对不同细胞类型进行数量检测。随着高通量转录组检测技术的快速发展,利用不同免疫细胞的转录组数据,已有多种基于计算的组织免疫细胞分析模型被开发,可用于从组织转录组数据中预测得到组织中不同免疫细胞的组成比。在我们实验室前期的研究工作中,利用小鼠DNA芯片和RNA-Seq平台的转录组数据,分别构建了针对这两个转录组平台的组织免疫细胞比例计算模型。然而,在已有的模型中,用于建模的免疫细胞基因表达数据往往来源于不同的组织类型。由于各个组织内部环境的不同,不同组织来源的免疫细胞在表达谱水平上也存在一定的差异,这使得基于单一组织来源的表达谱数据训练得到的计算模型在实际应用过程中可能存在偏差。随着scRNA-Seq技术的快速发展,利用该技术我们可以很容易获得组织中不同细胞类型的表达谱。这使得我们可以通过不同组织的免疫细胞转录组数据,发展一套组织特异性的免疫细胞组分预测模型,从而对传统计算模型中存在的组织系统性偏差进行较正。本研究中,基于小鼠不同组织的scRNA-Seq数据,发展了一套组织特异性的免疫细胞组分预测工具tissue-ImmuCC。首先,利用小鼠不同组织的scRNA-Seq数据,抽提出组织中不同免疫细胞的表达谱数据,构建不同组织的组织特异性特征矩阵。然后,为了获取最佳的适用条件,通过对不同免疫细胞特征基因集合和不同基因定量方式下模型的计算性能进行比较发现,基于seqImmuCC模型中使用的162个特征基因以及基于FPKM和TPM的基因定量方式能够获得更好的计算性能。最后,通过将tissue-ImmuCC与传统计算非组织特异性模型seqImmuCC进行比较发现,tissue-ImmuCC在多个组织样本中的预测性能得到了提高。除了对模型的性能进行优化以外,我们进一步希望对模型的实际应用进行拓展。由于不同组织和疾病之间在免疫细胞的组成上面存在一定的不同,获取不同状况下的组织内免疫细胞组成信息,将有助于增加我们对不同条件下组织免疫微环境的了解。此外,在现有的研究中,尚无可用于对不同疾病或组织条件下的组织免疫细胞数量进行便捷查询的数据库。因此,利用从GEO数据库中收集得到的关于266种组织类型和706种疾病类型的人类样本和143种组织类型、61种疾病类型和206种基因型的小鼠样本的表达谱数据,并借助CIBERSORT和arrayImmuCC这两个计算工具,获得了人和小鼠在不同条件下的组织免疫细胞组成比例。最后,将各个样本的组织和疾病信息、基因表达谱以及免疫细胞组成谱整合成数据库ImmuCellDB,方便用户查询。综上所述,在本论文的研究工作中,首先利用小鼠不同组织的单细胞测序数据,构建得到了一个组织特异性的组织免疫细胞定量模型。通过计算工具的构建,可以帮助我们更好地认识不同组织内免疫细胞基因表达水平的差异以及这些差异对模型计算的可能影响。然后,利用已有的计算工具和公共数据库中的转录组数据,构建了一个关于人和小鼠多种组织、疾病或基因型的组织免疫细胞组成和基因表达信息的数据库。利用此数据库,我们可以快速查询、比较不同条件下的组织内免疫细胞数量和基因表达差异以及不同基因的表达值与免疫细胞数量之间的相关性,从而丰富我们对免疫细胞在不同条件下组织中作用的认识。总之,本研究不仅为模型构建提供了许多有价值的探索,而且丰富了我们对不同条件下组织内免疫细胞组成的认识。

张云香^[3]（2021）在《lncRNA-BC069792在乳腺癌中的表达及作用机制研究》文中进行了进一步梳理研究背景:2020年全球乳腺癌新发病例超过了肺癌成为全球第一大癌。2020年全球女性乳腺癌死亡率居女性恶性肿瘤的首位,乳腺癌已经成为女性健康的第一杀手,占所有恶性肿瘤发病率的30%。乳腺癌具有在形态学和遗传学上高度异质性的特点,虽然随着医学发展,早期诊断技术及治疗手段的提高和治疗措施的不断完善,早期乳腺癌治疗效果取得很大的进步,但部分最初诊断为早期乳腺癌的患者仍然会出现复发转移,甚至部分患者在初次诊断即为进展期乳腺癌。对于现代医学,晚期乳腺癌依然是难以完全治愈的。如何提高晚期乳腺癌的生活质量和生存率,让进展期乳腺癌向慢性疾病转化,是目前关注的重要话题。那么,寻找更多的新的特异性分子标志物和治疗靶点是延长乳腺癌患者生存时间和改善其生活质量的关键。长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是不具有编码功能的RNA,长度大于200个nt,没有开放阅读框（Open reading frames,ORF）。按照其在基因组上相对于蛋白编码基因位置分为反义长链lncRNA（antisense lncRNA）,基因间 lncRNA（intergenc lncRNA,lincRNA）,正义链 lncRNA（sense lncRNA）,内含子 lncRNA（intronic lncRNA）,双向剪切 lncRNA（bidirectional,lncRNA）五种类型。研究表明,lncRNA参与表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等众多生命活动,在肿瘤的发生、发展过程中发挥着促癌或抑癌作用,成为表观遗传学研究的热点。lncRNA参与了肿瘤细胞增殖、浸润与转移等肿瘤的发生发展过程,在多种类型的肿瘤中表达失调,与肿瘤复发和预后不良相关。目前,lncRNA在肝癌、乳腺癌以及膀胱癌等肿瘤中发挥的作用已有报道,而对在乳腺癌发生发展过程中起重要作用的lncRNA的种类、功能及作用机制研究较少。本研究选用本课题组前期利用高通量lncRNA表达谱芯片（GEO数据库:GSE72307）筛选出的肿瘤组织中差异表达的lncRNA BC069792和BM466146,通过实时荧光定量 PCR（Real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR）技术检测,进一步验证了芯片中差异表达的lncRNA BC069792和BM466146基因在新鲜乳腺癌组织中表达均显着下调,分析了BC069792和BM466146的表达与临床病理参数和预后的关系,并检测二者在乳腺癌细胞中的亚细胞定位。通过体外功能学实验研究了 BC069792和BM466146对乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MDA-MB-468体外增殖、凋亡、侵袭和迁移等生物学行为的影响。最终以择优原则选择BC069792进行裸鼠乳腺癌模型体内功能及分子机制的深入研究。使用高通量二代测序（NGS）技术、双荧光素酶实验（dual-luciferase activity assay,DLAC）和突变实验、RNA 免疫共沉淀实验（RNA immunoprecipitation assay,RIP）、RT-qPCR、Western blot、IHC 及挽救实验初步探究了 BC069792的下游相关信号通路及靶基因,并验证能够与BC069792和靶基因mRNA共同结合的miRNA,阐明其在乳腺癌增殖和转移过程中的ceRNA海绵吸附作用机制,为进一步发现乳腺癌早期诊断、确定靶向治疗的靶点及判断预后的新的分子标志物提供了理论依据。研究方法:1.lncRNA在乳腺癌组织与正常乳腺组织样本中的表达及其临床意义（1）收集98例新鲜乳腺癌组织标本及其配对癌旁正常乳腺组织（距肿瘤≥5cm）,共 196 个样本,应用 RT-qPCR 方法检测 lncRNA BC069792 和 BM466146在各样本中的差异表达情况,验证前期芯片的检测结果。（2）为了筛选优势基因,我们分别分析两个lncRNA BC069792和BM466146的表达与乳腺癌患者的年龄、肿瘤大小、组织学分级及淋巴结转移等临床病理参数及预后之间的相关性。（3）通过核质分离,RT-qPCR分别检测细胞浆和细胞核内二者表达量,确定其在乳腺癌细胞中的亚细胞定位。（4）通过受试者工作特征曲线（ROC曲线）分析患者乳腺癌组织与癌旁组织中 lncRNA BC069792 和 BM466146 表达情况,评价 BC069792 和 BM466146作为诊断标志物的特异性和敏感性。2.lncRNA体外对乳腺癌细胞增殖、侵袭及迁移功能学实验研究（1）为筛选进一步研究的lncRNA和乳腺癌细胞系,将lncRNA BC069792和BM466146的过表达质粒及相应的对照质粒转染乳腺癌MDA-MB-231、MDA-MB-468、T-47D细胞,RT-qPCR检测过表达及干扰效率。（2）应用CCK-8、EdU、平板克隆实验检测过表达BC069792和BM466146对乳腺癌细胞增殖能力的影响。（3）Transwell小室和基质胶侵袭实验检测过表达BC069792和BM466146对乳腺癌MDA-MB-231、MDA-MB-468、T-47D细胞侵袭、迁移能力的影响。（4）根据细胞功能实验,采用优势筛选原则,保留lncRNA BC069792、MDA-MB-231和MDA-MB-468乳腺癌细胞系进一步深入研究。将BC069792 siRNA及相应的对照siRNA转染乳腺癌MDA-MB-231和MDA-MB-468细胞,RT-qPCR检测干扰效率。用放线菌素D实验检测BC069792在MDA-MB-231和MDA-MB-468细胞中的稳定性。（5）检测BC069792敲低后对乳腺癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响。（6）Annexin V-FITC/PI双染流式细胞术检测过表达和敲低BC069792的乳腺癌细胞周期及凋亡率的变化。3.lncRNA在裸鼠动物体内对乳腺癌细胞的增殖、侵袭和迁移功能学研究（1）构建稳定过表达BC069792慢病毒（LV-BC069792）,稳转乳腺癌细胞系MDA-MB-231,再将感染后的乳腺癌细胞经过腋下脂肪垫注射入裸鼠体内,观察BC069792对乳腺癌细胞增殖的影响。（2）将稳转BC069792乳腺癌MDA-MB-231细胞经尾静脉注射入裸鼠体内,观察裸鼠远处脏器转移的情况。4.lncRNA在乳腺癌中作用的分子机制研究（1）将 pcDNA3.1-BC069792/pcDNA3.1 或 si-BC069792/si-NC 转染到MDA-MB-231细胞内,利用NGS技术进行转录组基因测序（RNA Sequence,RNA-Seq）,检测差异表达基因谱,筛选BC069792对乳腺癌细胞起干预作用的下游通路及调控靶基因。（2）应用RT-qPCR、Western blot验证体外乳腺癌细胞、裸鼠体内乳腺癌组织、人乳腺癌组织及正常乳腺组织内BC069792与下游靶基因电压门控钾离子通道 KCNQ4（Potassium Voltage-Gated Channel Subfamily Q Member 4）的关系。（3）应用网站生信数据库查找与BC069792和KCNQ4结合的miRNA,取其交集。（4）应用RIP实验检测BC069792是否可以作为ceRNA吸附miRNA和靶基因KCNQ4。（5）应用双荧光素酶实验验证BC069792与miRNA结合。（6）应用双荧光素酶实验及突变实验验证BC069792通过吸附miRNA调控KCNQ4。（7）应用EdU、CCK8、Transwell小室验证miRNA对乳腺癌细胞增殖、侵袭及迁移的影响。（8）应用 Western blot 及 RT-qPCR 技术验证 miRNA 对 BC069792 及 KCNQ4表达的影响。（9）应用EdU、Transwell小室、Western blot进行挽救实验,进一步验证BC069792-miRNA-KCNQ4网络对乳腺癌细胞增殖和迁移能力的调控作用。（10）根据RNA-Seq差异基因表达谱,KEGG通路分析,应用Western blot及RT-qPCR技术进一步验证KCNQ4调控的下游效应信号分子。（11）应用Western blot进行挽救实验进一步验证BC069792对KCNQ4及下游效应信号分子的调控作用。结果:1.IncRNA在乳腺癌及癌旁正常乳腺组织中的表达及意义（1）RT-qPCR结果显示,与正常乳腺组织相比,lncRNA BC069792和BM466146在乳腺癌组织中的表达量明显降低;在淋巴结转移组的乳腺癌组织中BC069792和BM466146的表达水平明显低于非淋巴结转移组,差异具有统计学意义。（2）ROC曲线分析结果显示BC069792和BM466146能够有效区分乳腺癌组织及正常乳腺组织,曲线下面积分别为0.9191、0.9145,P值均<0.0001。（3）乳腺癌中BC069792和BM466146与肿瘤组织学分级、淋巴结转移及Ki-67指数负相关,与年龄、肿物大小、出血/钙化/坏死/囊变无相关性。2.IncRNA抑制乳腺癌细胞系的增殖、侵袭及迁移的功能研究（1）BC069792与BM466146过表达组均能够显着抑制体外乳腺癌细胞的增殖率。（2）过表达BC069792能够显着抑制体外乳腺癌细胞的迁移和侵袭能力;过表达BM466146对乳腺癌细胞的迁移及侵袭能力没有明显的影响。确定BC069792为进一步研究的lncRNA。（3）敲低MDA-MB-231、MDA-MB-468细胞中BC069792的表达量均能有效促进乳腺癌细胞的增殖、侵袭和迁移能力。（4）BC069792对乳腺癌细胞周期和凋亡没有影响。3.lncRNA抑制动物体内乳腺癌肿瘤的生长、浸润及转移的功能研究（1）为成功构建皮下成瘤动物模型,将稳转慢病毒LV-BC069792及LV-NC的MDA-MB-231乳腺癌细胞接种到荷兰裸鼠乳腺脂肪垫内,生长5周后取瘤,发现过表达BC069792组肿瘤的大小明显小于对照组,生长曲线显示LV-NC组肿瘤的生长速度比LV-BC069792组显着增加。（2）LV-NC组中肿瘤侵犯皮肤附属区,侵犯横纹肌及周围脂肪现象明显高于 LV-BC069792 组。（3）LV-NC组裸鼠体内发生肺、肝等脏器转移情况比LV-BC069792组明显严重。4.lncRNA在乳腺癌中作用的分子机制研究（1）RNA-Seq筛选BC069792对乳腺癌起干预作用的下游通路及调控靶基因PcDNA3.1-BC069792/pcDNA3.1 或 si-BC069792/si-NC 转染 MDA-MB-231细胞后的转录组基因测序共检测23365个基因,差异基因表达谱显示,过表达BC069792能够引起1209个基因差异性表达。敲低BC0697292能够引起544基因差异性表达。相比于对照组,在分析的212条通路中,BC069792过表达组出现25条通路发生显着差异性改变,主要集中在突触传递及信号转导通路、细胞因子、趋化因子及细胞外基质转录等调控作用通路、T淋巴细胞调节及免疫功能等通路上。根据测序结果中基因mRNA表达量、log2 Fold Change 2倍以上及p<0.05等,从测序结果中选取30个基因用RT-qPCR方法再次验证其mRNA表达量。实验结果表明,与pcDNA3.1对照组相比,BC069792过表达对乳腺癌MDA-MB-231细胞系中的多个基因都有不同程度的影响,其中KCNQ4在30个基因中表达量最高,且差异倍数在2倍以上。为了进一步确定BC069792对KCNQ4的调控作用,我们采用Western blot方法验证过表达BC069792和敲低BC069792后KCNQ4的蛋白表达情况,在BC069792过表达组MDA-MB-231细胞中KCNQ4的表达量明显高于对照组。裸鼠肿瘤组织及人乳腺癌组织中KCNQ4的mRNA水平和蛋白水平均明显降低。相关分析发现,在人乳腺癌组织及裸鼠肿瘤组织中,BC069792的表达量均和KCNQ4显着正相关。以上结果证明过表达BC06972能够上调KCNQ4的表达。（2）BC069792 通过 ceRNA 机制吸附 hsa-miR-658 和 hsa-miR-4739,上调KCNQ4的表达鉴于BC069792的亚细胞定位在细胞浆有表达,应用RIP实验证明,与IgG对照组比较,内源性的BC069792和KCNQ4-3’UTR能够特异性的被Ago2抗体富集。依此说明BC069792可以作为分子海绵吸附miRNA诱导沉默复合体（RISC）Ago2。进一步通过生信分析预测能够与BC069792和KCNQ4共同结合、乳腺癌和正常乳腺中差异性表达的5个miRNA,通过双荧光素酶实验及突变实验验证发现,在 MDA-MB-231 和 MDA-MB-468 细胞系内,hsa-miR-658 和 hsa-miR-4739能够分别与pmirGLO-BC069792和pmirGLO-KCNQ4 3’UTR有效结合,显着抑制荧光素酶活性,其他3个miRNA不能有效降低双荧光素酶活性。进一步验证 hsa-miR-658、hsa-miR-4739 在 BC069792 和 KCNQ4 之间的作用发现,转染hsa-miR-658能够有效促进MDA-MB-231和MDA-MB-468的增殖迁移,有效抑制细胞中KCNQ4蛋白的表达。转染hsa-miR-4739后能促进MDA-MB-231的增殖、迁移能力及抑制细胞中KCNQ4蛋白的表达。RT-qPCR实验检测在裸鼠皮下过表达BC069792乳腺癌成瘤组织及人乳腺癌组织内hsa-miR-658、hsa-miR-4739和KCNQ4的表达量发现,二者均与与KCNQ4呈负相关。挽救实验结果显示,当同时过表达BC069792与hsa-miR-658或hsa-miR-4739,乳腺癌细胞增殖、浸润及迁移能力被逆转,被升高的KCNQ4蛋白表达水平有所降低。综合以上结果,BC069792可作为分子海绵吸附hsa-miR-658和hsa-miR-4739,上调下游基因KCNQ4的蛋白表达,继而起到抑制乳腺癌的作用。（3）KCNQ4可以抑制AKT磷酸化Western Blot 结果显示过表达 BC069792 乳腺癌 MDA-MB-231 及 MDA-MB-468细胞内p-AKT的表达量明显低于pcDNA3.1组,说明BC069792抑制AKT的磷酸化活性。分别比较过表达BC069792组和pcDNA3.1组中KCNQ4表达量明显高于p-AKT的表达量,而且KCNQ4与BC069792呈正相关,KCNQ4与p-AKT显着负相关。挽救实验显示当过表达BC069792同时转染hsa-miR-658或hsa-miR-4739,被降低的p-AKT蛋白表达水平有所升高,在BC069792过表达时,三者的负相关关系消失。以上实验证明KCNQ4可以抑制p-AKT的活性。综合以上结果分析得出BC069792可通过上调KCNQ4从而抑制了 AKT蛋白的磷酸化,最终发挥抑制乳腺癌的作用。结论:（1）lnCRNA BC069792在乳腺癌组织中低表达,在高组织学分级、淋巴结转移及Ki-67高指数组中的表达量明显下降。（2）BC069792能够抑制体内外乳腺癌细胞的增殖、浸润和转移。（3）BC069792 可作为 ceRNA 吸附 hsa-miR-658 和 hsa-miR-4739,上调下游靶基因KCNQ4的表达。（4）在体内外条件下,BC069792 通过 BC069792-hsa-miR-658/miR-4739-KCNQ4的ceRNA机制调控网络抑制乳腺癌的增殖、浸润及转移。（5）BC069792通过调控下游靶基因KCNQ4表达继而抑制AKT磷酸化,失活下游AKT信号通路从而抑制乳腺癌细胞的增殖、浸润及转移。

唐晓军^[4]（2021）在《脱氧鬼臼毒素抑制GRP78诱导骨肉瘤细胞的自噬凋亡》文中指出目的和意义:骨肉瘤（osteosarcoma,OS）是儿童和青少年常见的恶性肿瘤之一,目前缺乏有效的治疗靶点和诊断标志物,限制了该疾病的临床诊疗及预后。GRP78是一种由热休克蛋白家族A（Hsp70）成员5（HSPA5）编码的应激伴侣葡萄糖调节蛋白,在OS中被认为是一个关键的诊断和预后生物标志物。本课题应用生物信息学方法对OS基因表达谱芯片进行分析,筛选OS预后基因和通路并加以分析,从分子水平探索OS的发病机制;为脱氧鬼臼毒素（DPT）通过GRP78治疗OS的分子机制指明方向,并为DPT作为OS的潜在治疗药物提供有力依据。研究方法:基于GEO数据库,应用生物信息学方法筛选与OS有关的差异表达基因进行生物学分析,着重寻找HSPA5与PSAT1和ANXA1之间的潜在相关性。对骨肉瘤和配对癌旁组织标本进行IHC分析。将HSPA5基因稳定转染于OS细胞中进行RT-PCR实验,观察其生物学作用;采用MTT、Edu和平板克隆形成实验考察DPT对OS细胞增殖的影响;用WB初步探索DPT抑制OS的分子机制。流式细胞术分析DPT对OS细胞凋亡的影响,探索DPT促进凋亡的分子机制;动物实验观察GRP78在DPT治疗骨肉瘤中的作用。通过RNA-seq筛选GRP78分子机制,并用WB等方法检测相关蛋白表达,对RNA-seq筛选的结果加以验证。研究结果:1、生物信息学发现,HSPA5和ANXA1在钙粘蛋白结合和细胞粘附分子结合过程中均富集,提示二者在分子水平上可能存在密切相关性。在骨肉瘤组织中HSPA5和PSAT1高表达,而ANXA1表达下调。生存分析显示HSPA5和PSAT1水平与OS预后负相关;ANXA1水平与OS预后正相关。2、体外实验显示,过表达HSPA5的OS细胞中PSAT1水平上调,但是对ANXA1无明显影响;HSPA5沉默能显着提高ANXA1并抑制PSAT1的表达,说明抑制HSPA5可以通过调控ANXA1和PSAT1从而阻止OS的进展。3、IHC显示GRP78在OS组织中高表达。20例OS组织中有16例（80.0%）表达升高,而配对癌旁组织中有5例（25.0%）。GRP78高表达与患者年龄、性别、肿瘤大小、组织学级别、发病部位、血清乳酸脱氢酶和碱性磷酸酶水平及远处转移无显着相关性,但与骨肉瘤的临床分期密切相关。4、随DPT浓度增加,OS细胞中的GRP78和PSAT1表达逐渐下调,ANXA1表达上调,且呈时间依赖性。DPT通过上调cPARP、Bax,下调HSPA5、Bcl-2、CCND1、BIRC5等凋亡相关基因发挥促凋亡作用。5、MTT、EdU和平板克隆结果显示,DPT能显着抑制OS细胞的增殖。DPT通过刺激细胞色素C释放和Caspase级联激活的线粒体信号通路诱导OS细胞凋亡,继而对OS细胞生长产生影响。6、流式细胞术显示DPT能诱导OS细胞凋亡,GRP78则能显着减少DPT诱导的细胞凋亡。敲低GRP 78可协同DPT抑制小鼠体内骨肉瘤生长。7、对siGRP78 HOS细胞RNA-seq发现,敲低GRP78可调节OS细胞自噬相关基因的表达水平。DPT通过抑制PI3K/AKT/mTOR信号通路促进OS细胞自噬,且呈剂量依赖性。结论:本研究表明,DPT通过抑制GRP78的表达、活化caspase信号级联,促进OS细胞凋亡;通过抑制PI3K/AKT/mTOR信号通路促进OS细胞自噬,对OS细胞存活起重要作用。

赵晨星^[5]（2021）在《EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤的临床特征和环状RNA调控细胞增殖作用的研究》文中研究指明背景EB病毒（Epstein-Barr virus,EBV）感染发生于9%15%的弥漫性大B细胞淋巴瘤（Diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL）,与临床不良结局有关。尽管对DLBCL的临床和分子研究已有一定进展,但EBV+DLBCL的临床及基因组学特征仍有待研究。方法为进一步阐明EBV+DLBCL的临床及基因组学特征,本研究以多中心、3期、随机、对照临床试验（NCT01852435）为基础,对429例初诊DLBCL患者肿瘤标本进行EBER原位杂交检测。同时对有血清标本的患者,通过定量PCR和酶联免疫吸附法（ELISA）分别检测血清EBV DNA和EBV抗体谱情况。进一步在药物杀伤实验中检测提高蒽环类剂量对EBV+DLBCL的疗效。另外,对180例患者肿瘤组织标本进行全外显子/基因组测序、靶向测序和RNA测序的多组学分析来深入剖析EBV+DLBCL的基因组学特征。结果在这429例DLBCL患者中,46例患者（10.7%）为EBER阳性。多因素分析显示肿瘤EBER阳性是影响DLBCL患者的无进展生存期（PFS,风险比:2.58,95%可信区间:1.086.15,P=0.03）和总生存期（OS,风险比:3.71,95%可信区间:1.2511.01,P=0.02）的独立危险因素。在EBV血清学标志物中,血清EBV DNA与肿瘤EBER及患者临床不良结局相关。而VCA IgA阳性与血清LDH升高及中高危国际预后指数有关。临床和体外实验均提示,提高剂量蒽环类药物能够克服EBV不良影响。多组学分析发现,与EBER阴性患者相比,EBER阳性患者表现出显着差异的基因拷贝数变异特征。其中,MHC Ⅰ/Ⅱ类分子的拷贝数缺失导致了病毒感染的激活和抗原呈递介导的免疫应答受损。此外,EBER阳性患者还存在显着高频的致癌基因突变（TET2、DDX3X、MYC、STAT3、TNFAIP3、TNFRSF14和LYN）,以及致癌信号通路（Wnt、JAK-STAT、NF-κB和BCR信号通路）的异常表达。结论EBV感染参与了DLBCL肿瘤进展,并有着显着差异的基因组和转录组学特征。提高蒽环类药物的剂量或将克服EBV带来对临床不良预后的影响。背景剖析EBV+DLBCL进展和化疗耐药的分子机制,对于提高EBV+DLBCL的治疗效果,改善患者生存具有重要意义。越来越多研究表明circRNA在肿瘤生长、进展、转移和耐药中都发挥重要调控作用。目前circRNA在EBV+DLBCL中的作用机制尚不清楚。方法应用Illumina HiSeq测序仪检测8例EBV阳性DLBCL患者和5例EBV阴性DLBCL患者的肿瘤组织中circRNA的序列以及表达。检测100例DLBCL患者肿瘤组织中circRNA的表达情况,结合临床资料分析circRNA表达与EBV感染情况、临床指标和疗效预后的关系。通过Northern印迹杂交术、RNase R消化和放线菌素D处理鉴定circRNA环形结构。通过RNA pull down技术和双荧光素酶报告基因实验,检测circRNA特异性结合的miRNA。分别构建circRNA/miRNA过表达细胞株观察肿瘤细胞的增殖、凋亡、药敏感实验等生物学行为。应用Western Blot检测信号通路重要分子的表达情况。构建淋巴瘤动物模型分析circRNA对肿瘤细胞生长及化疗药物疗效的影响。结果circEAF2在EBV+DLBCL淋巴瘤组织中显着低表达,且circEAF2低表达水平与EBV+DLBCL患者的化疗耐药及预后不良密切相关。circEAF2的封闭环状结构不受RNase R影响,不易降解。体内外实验表明,过表达circEAF2促进EBV+DLBCL肿瘤细胞凋亡、抑制肿瘤细胞增殖和提高阿霉素药物敏感性。RNA pull down实验和双荧光素酶实验表明,EBV源miR-BART19可被circEAF2特异性结合,以达到促进淋巴瘤细胞凋亡、抑制细胞过度增殖和提高阿霉素药敏感性。进一步研究发现,circEAF2通过调控miR-BART19/APC轴来抑制Wnt/β-cantenin信号通路,最终抑制了EBV+DLBCL的恶性进展。结论circEAF2表达降低与EBV+DLBCL细胞恶性表型和患者不良预后有关。circEAF2通过作用于miR-BART19来调控APC靶基因和Wnt/β-catenin通路表达,抑制EBV+DLBCL的进展和耐药。提示circEAF2可能作为EBV+DLBCL的潜在预后生物标志物和靶向治疗靶点。

刘涛^[6]（2021）在《长链非编码RNA RASSF8-AS1竞争性结合miR-664b-3p调控TLE1表达影响喉鳞状细胞癌的发生发展过程》文中研究说明喉癌是耳鼻喉科最常见的恶性肿瘤之一,其主要病理类型为喉鳞状细胞癌（laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC）。根据其原发部位的不同,主要分为声门型、声门上型和声门下型喉癌,声门型喉癌最为常见。2018年,全世界喉癌的新发病例是177,422例,约占总的全身恶性肿瘤新发病例的1%左右,其导致的死亡病例为94,771例,且近年来,全球的喉癌发病率在逐年上升。随着人们对生活质量要求的不断提升和科学技术的发展,人们对于喉功能保留、重建有了更高的向往与追求,喉癌的治疗方案也在不断的丰富和改进。然而,最新的调查显示喉癌患者的总体生存率并没有得到明显提升,甚至有下降的趋势,晚期喉癌的预后仍不甚理想。临床上,复发和转移成为限制喉癌患者预后的主要因素,大约有60%的患者在确诊时已经到了晚期。因此,探讨研究喉鳞状细胞癌发生发展的分子机制已尤为重要。近些年来,随着科学技术的不断发展,研究人员发现在人类的RNA中只有不到2%的RNA能够进行编码蛋白质,多数RNA难以编码蛋白质,这类不能编码蛋白质的基因称为非编码RNA（non-codingRNA,ncRNA）。长链非编码RNA（long non-codingRNA,lncRNA）是非编码RNA的一类,它的长度大于200个核苷酸,它能在转录调控层面及转录后调控层面参与调控肿瘤的发生与发展,同时它与肿瘤的浸润及转移等密切相关。本研究通过对表达谱基因芯片进行分析,筛选出了LSCC组织与其临近正常组织中具有差异性表达的lncRNAs,其中lncRNA RASSF8-AS1在喉癌组织中表达显着下调,这引起了我们的关注。微小RNA（microRNA,miRNA）是一类含有18-25个核苷酸的的非编码RNA,它可以通过与它的靶向mRNA分子的3’UTR（3’untranslated region,3’非编码区）特异性的结合,抑制mRNA的合成或直接将其降解掉,在转录以及转录后水平参与基因的调控。近些年,lncRNA与miRNA相互作用的研究备受关注,特别是竞争性内源RNA（competitive endogenousRNA,ceRNA）机制尤其成为人们现在研究的热点问题,为阐明两者之间的关系提供了一种新的思路。IncRNA能够作为ceRNA分子,竞争性的结合特定的某个或多个miRNA,从而减少miRNA对其下游靶基因的调控作用。本实验旨在探讨RASSF8-AS1通过竞争性结合miR-664b-3p,进而调节I型分裂蛋白转导素样增强子（Transducin-like enhancer of split 1,TLE1）的表达,从而影响喉鳞状细胞癌的恶性生物学行为,这样的一种分子机制。主要研究内容和结果如下:第一部分RASSF8-AS1的筛选及其在喉鳞状细胞癌中的表达情况目的:运用表达谱基因芯片分析技术,筛选出LSCC癌组织与其临近正常组织中表达具有差异性的lncRNAs,选取表达下调的lncRNA RASSF8-AS1作为研究对象,分析RASSF8-AS1在喉鳞状细胞癌组织及细胞中的表达水平,并分析其表达水平与LSCC患者临床病理特征是否存在相关性。方法:1.对4例LSCC患者的喉癌组织及其对应的临近正常组织进行表达谱芯片检测,筛选出差异表达的lncRNAs。2.采用荧光定量反转录聚合酶链反应（quantitative real-time reverse transcription polymerase chain reaction,q RT-PCR）技术检测RASSF8-AS1在72例LSCC患者癌组织及其对应的临近正常组织中的差异性表达情况。3.采用q RT-PCR技术检测RASSF8-AS1在4株LSCC细胞系TU686、TU177、TU212以及AMC-HN-8以及正常对照组中的差异性表达情况。4.通过基因表达谱相互作用分析网站（Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA）分析RASSF8-AS1在多种肿瘤组织及其正常对照组中的差异性表达情况。5.对RASSF8-AS1在喉癌患者组织中的的相对表达量与其临床病理学特征,如TNM临床分期、病理分化程度、颈部淋巴结有无转移、年龄、吸烟以及饮酒等进行相关性分析。结果:1.表达谱芯片分析技术筛选出（Fold change≥2）3073个差异表达的lncRNA,这其中有1967个lncRNA在LSCC组织中表达上调,有1106个在LSCC组织中表达下调。2.从上述差异基因中选择RASSF8-AS1作为研究对象,q RT-PCR结果显示在72例喉鳞状细胞癌患者癌组织中RASSF8-AS1的相对表达量显着低于其相对应的临近正常组织。（t=5.615,P<0.01）。3.RASSF8-AS1在TU686细胞系中的相对表达量显着低于正常对照组（P<0.01）,同样在TU177细胞（P<0.01）、TU212细胞（P<0.01）以及AMC-HN-8细胞中（P<0.01）也得出相同结果。4.GEPIA分析结果显示:RASSF8-AS1在多种肿瘤瘤组织中的表达量较正常组织中的显着降低。5.RASSF8-AS1在LSCC癌组织中的表达量与LSCC患者的TNM临床分期、病理分化程度和颈部淋巴结转移密切相关,其在低分化组、伴有淋巴结转移组以及TNM分期的Ⅲ、Ⅳ期组中呈现低表达（P<0.05）,而与患者的年龄、有无饮酒及吸烟无明显相关性（P>0.05）。第二部分RASSF8-AS1对喉鳞状细胞癌细胞生物学功能的影响目的:通过体外实验,探讨RASSF8-AS1对喉鳞状细胞癌细胞生物学功能的影响。方法:1.构建RASSF8-AS1的过表达载体pc DNA3.1-RASSF8-AS1,并将其与空载质粒pc DNA3.1分别转染LSCC细胞系TU686和TU177细胞中去,并采用q RT-PCR的方法检测过表达效率。2.在体外细胞实验中,设置pc DNA3.1-RASSF8-AS1以及pc DNA3.1两组,采用Transwell小室迁移、侵袭实验来验证以上两组对LSCC癌细胞迁移以及侵袭能力影响。3.在体外细胞实验中,设置pc DNA3.1-RASSF8-AS1以及pc DNA3.1两组,采用MTS以及克隆形成实验验证以上两组对LSCC癌细胞增殖能力影响。结果:1.LSCC细胞系TU686和TU177分别转染过表达质粒pc DNA3.1-RASSF8-AS1或空载pc DNA3.1后,利用q RT-PCR检测,目的基因表达量明显高于空载质粒组（P<0.01）,过表达RASSF8-AS1的细胞株建立完成。2.体外细胞实验:Transwell小室迁移以及侵袭实验证明转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1后LSCC细胞系TU686和TU177细胞的迁移以及侵袭能力均较转染pc DNA3.1组显着降低,且结果有统计学差异（P<0.01）。3.体外细胞实验:MTS以及细胞克隆实验证明转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1后LSCC细胞系TU686和TU177细胞的增殖能力均较转染pc DNA3.1组显着降低,且结果有统计学差异（P<0.01）。第三部分RASSF8-AS1靶向miRNA的选择、鉴定及miR-664b-3p对喉鳞状细胞癌细胞生物学功能的影响目的:探讨RASSF8-AS1与靶向miRNA（miR-664b-3p）之间的调控关系,以及miR-664b-3p对LSCC细胞生物学功能的影响。方法:1.利用细胞浆、核RNA分离试剂盒,分别提取LSCC细胞系AMC-HN-8、TU177、TU212以及TU686的细胞核以及细胞浆RNA,用q RT-PCR的技术方法检测RASSF8-AS1的亚细胞定位。2.通过生物学信息预测软件Target Scan（http://www.targetscan.org/）以及DIANA（http://www.microrna.gr/micro TCDS）预测RASSF8-AS1的靶向miRNA,并确定其结合位点。3.构建pmir GLO-RASSF8-AS1-WT和pmir GLO-RASSF8-AS1-MUT型质粒,应用双荧光素酶报告基因实验在TU177细胞及工具细胞293T中验证RASSF8-AS1与miR-664b-3p两者之间的靶向结合关系。4.在喉癌细胞系TU177中应用基于MS2结合序列-MS2结合蛋白（MS2bs-MS2bp）的RNA免疫共沉淀技术（RIP）进一步验证RASSF8-AS1与miR-664b-3p之间的结合关系。5.通过q RT-PCR的技术方法检测在LSCC细胞系TU686以及TU177中分别转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1以及pc DNA3.1后miR-664b-3p表达量的变化情况。6.应用Pearson方法对72例喉癌患者癌组织中RASSF8-AS1以及miR-664b-3p的相对表达量进行相关性分析。7.通过q RT-PCR的技术方法验证miR-664b-3p在72例LSCC患者癌组织及其相对应的临近正常组织中的表达量的差异性情况。8.合成miR-664b-3p的类似物miR-664b-3p-mimic及抑制物miR-664b-3p-inhibitor,并将它们分别转染到LSCC细胞系TU686和TU177中,采用q RT-PCR的技术方法检测miR-664b-3p的表达量。9.采用Transwell小室迁移、侵袭实验验证上调及下调miR-664b-3p后对LSCC癌细胞迁移以及侵袭能力的影响。采用MTS以及克隆形成实验验证上调及下调miR-664b-3p后对LSCC癌细胞增殖能力的影响。10.采用Transwell小室迁移、侵袭实验以及MTS实验、克隆形成实验检测LSCC细胞系TU686及TU77中转染miR-664b-3p-mimic,及共转染miR-664b-3p-mimic+pc DNA3.1-RASSF8-AS1后对LSCC细胞迁移、侵袭以及增殖能力的影响。结果:1.RASSF8-AS1在TU177、TU686、TU212以及AMC-HN-8,4株喉癌细胞系的细胞核、浆中都有表达,在浆中的表达量略多于核中。2.通过生物信息学预测显示miR-664b-3p与RASSF8-AS1具有潜在的结合位点,并分析出其结合位点。3.双荧光素酶报告基因实验结果显示在TU177细胞及工具细胞293T中与共转染NC质粒比较,共转染pmir GLO-RASSF8-AS1-WT质粒及miR-664b-3p-mimic可显着降低荧光素酶的活性（P<0.01）,与此相反,共转染了pmir GLO-RASSF8-AS1-WT型质粒和miR-664b-3p-inhibitor之后荧光素酶的活性得到了明显增强（P<0.01）,当对pmir GLO-RASSF8-AS1-WT进行突变后,各组的荧光素酶活性没有明显变化（P>0.05）。4.RNA免疫共沉淀技术（RIP）实验结果显示,转染了pc DNA3.1-RASSF8-AS1-MS2（12x）质粒组所富集的miR-664b-3p含量显着高于转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1-MS2（12x）-MUT质粒组,两者之间的q RT-PCR结果具有统计学差异（P<0.01）。5.q RT-PCR结果显示,在LSCC细胞系TU686以及TU177中分别转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1及pc DNA3.1后对miR-664b-3p的表达量进行比较,发现过表达RASSF8-AS1后与对照组相比miR-664b-3p的表达明显降低,结果具有统计学差异（P<0.01）。6.Pearson统计分析结果显示在72例喉癌患者癌组织中RASSF8-AS1与miR-664b-3p的相对表达量密切相关,且两者成负相关（r=-0.5099,P<0.01）。7.miR-664b-3p在72例喉鳞状细胞癌患者癌组织中的表达量显着高于其相对应的临近正常组织。（t=4.542,P<0.01）。8.q RT-PCR结果显示,转染miR-664b-3p-mimic可有效上调miR-664b-3p在LSCC细胞系TU686及TU177中的表达水平,而在转染miR-664b-3p-inhibitor可显着下调miR-664b-3p在LSCC细胞系TU686及TU177中的表达水平（P<0.01）。9.体外实验证实,过表达miR-664b-3p可显着促进LSCC细胞系TU686及TU177的迁移、侵袭以及增殖的能力（P<0.01）,下调miR-664b-3p可明显抑制TU686及TU177细胞的迁移、侵袭以及增殖的能力（P<0.01）。10.在TU686及TU177细胞中,共转染RASSF8-AS1后部分逆转了过表达miR-664b-3p对TU686及TU177细胞的迁移、侵袭以及增殖能力的促进作用。（P<0.01）第四部分miR-664b-3p在喉鳞癌中靶向调控的mRNA筛选、鉴定以及TLE1对喉鳞状细胞癌细胞生物学功能的影响目的:探讨miR-664b-3p与其靶向mRNA:TLE1两者之间的调控关系,以及TLE1对LSCC细胞生物学功能的影响。方法:1.通过生物学信息预测软件Target Scan（http://www.targetscan.org/）以及DIANA（http://www.microrna.gr/micro TCDS）预测miR-664b-3p的靶向mRNA,并确定其结合位点。2.分别转染miR-664b-3p-mimic以及miR-664b-3p-inhibitor到LSCC细胞系TU686和TU177中,采用q RT-PCR的技术方法检测上调以及下调miR-664b-3p后TLE1在mRNA水平表达量的变化情况。3.分别转染miR-664b-3p-mimic以及miR-664b-3p-inhibitor到LSCC细胞系TU686和TU177中,采用western blot的方法检测上调以及下调miR-664b-3p后TLE1的蛋白水平的变化情况。4.采用q RT-PCR技术检测TLE1在72例LSCC患者癌组织及其对应的临近正常组织中的表达情况。5.应用Pearson相关统计方法对72例喉癌患者癌组织中TLE1以及miR-664b-3p的相对表达量进行相关性分析。6.构建pmir GLO-TLE1-WT以及pmir GLO-TLE1-MUT型质粒,在TU177细胞及293T细胞中,应用双荧光素酶报告基因实验对TLE1以及miR-664b-3p两者之间的结合关系进行验证。7.通过q RT-PCR的技术方法验证上调RASSF8-AS1后TLE1在LSCC细胞系TU686及TU177细胞中的表达量的变化。8.分别转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1以及pc DNA3.1到LSCC细胞系TU686和TU177中,采用western blot的技术方法检测上调RASSF8-AS1后TLE1的蛋白水平的变化情况。9.采用Transwell小室迁移、侵袭实验以及MTS实验、克隆形成实验检测LSCC细胞系TU686及TU77中转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1,及共转染sh-TLE1+pc DNA3.1-RASSF8-AS1后对LSCC细胞迁移、侵袭以及增殖能力的影响。结果:1.通过生物信息学预测显示miR-664b-3p与TLE1具有潜在的结合位点,并分析出其结合位点。2.q RT-PCR结果显示,在LSCC细胞系TU686以及TU177中分别转染miR-664b-3p-mimic及miR-664b-3p-inhibitor后对TLE1的表达量进行比较,发现上调miR-664b-3p后与正常对照组相比TLE1的表达明显下降,而下调miR-664b-3p后,TLE1的表达明显增加,且结果具有统计学差异（P<0.01）。3.Western blot结果显示,在LSCC细胞系TU686以及TU177中分别转染miR-664b-3p-mimic及miR-664b-3p-inhibitor后对TLE1的蛋白表达量进行比较,发现过上调miR-664b-3p后与正常对照组相比TLE1的蛋白表达水平明显下降,而下调miR-664b-3p后TLE1的蛋白量水平明显增加,且结果具有统计学差异（P<0.01）。4.TLE1在72例喉鳞状细胞癌患者癌组织中的表达量显着低于其相对应的临近正常组织（t=5.345,P<0.01）。5.Pearson统计分析结果显示在72例喉癌患者癌组织中TLE1与miR-664b-3p的相对表达量密切相关,且两者成负相关（r=-0.4906,P<0.01）。6.双荧光素酶报告基因实验结果显示在TU177细胞及293T细胞中,与共转染NC质粒比较,共转染pmir GLO-TLE1-WT质粒及miR-664b-3p-mimic可显着降低荧光素酶的活性（P<0.01）,与此相反,共转染了pmir GLO-TLE1-WT型质粒和miR-664b-3p-inhibitor之后荧光素酶的活性得到了明显增强（P<0.01）,当对pmir GLO-TLE1-WT进行突变后,各组的荧光素酶活性没有明显变化（P>0.05）。7.q RT-PCR结果显示:分别pc DNA3.1-RASSF8-AS1及pc DNA3.1到LSCC细胞系TU686及TU177中去,发现转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1后可显着上调LSCC细胞系TU686及TU177中TLE1的mRNA水平的表达,且结果具有统计学差异（P<0.01）。8.Western blot结果显示:将pc DNA3.1-RASSF8-AS1及pc DNA3.1分别转染到TU686及TU177细胞中去,转染pc DNA3.1-RASSF8-AS1后可显着提高LSCC细胞系TU686及TU177中TLE1的蛋白表达水平,且结果具有统计学差异（P<0.01）。9.在TU686及TU177细胞中,共转染sh-TLE1后部分逆转了pc DNA3.1-RASSF8-AS1对TU686及TU177细胞的迁移、侵袭以及增殖能力的抑制作用。结论:1.在喉鳞状细胞癌组织以及细胞中,RASSF8-AS1表达显着下调,且RASSF8-AS1在癌组织中的表达量与LSCC患者的TNM临床分期、病理分化程度和颈部淋巴结转移密切相关。2.过表达RASSF8-AS1可以抑制LSCC细胞的迁移、侵袭以及增殖能力,这提示RASSF8-AS1参与了喉鳞癌的进展过程。3.RASSF8-AS1与miR-664b-3p在LSCC中的表达呈负相关性,且过表达RASSF8-AS1会减弱miR-664b-3p的促癌作用。4.RASSF8-AS1通过miR-664b-3p调控TLE1的表达,进而抑制LSCC细胞的体外迁移、侵袭以及增殖的能力。

刘书中^[7]（2021）在《伴发骨转移的乳腺癌ceRNA网络构建及乳腺癌骨转移灶的转录组学研究》文中提出第一部分 生物信息学分析方法探究乳腺癌骨转移的生物学过程研究背景:相对于其他类型恶性肿瘤而言,乳腺癌患者生存期较长,骨转移事件的发生在罹患乳腺癌的患者中也尤为常见,并可诱发多种骨骼相关事件致使患者生活质量的严重下降。探究乳腺癌骨转移进程的发病机制和分子调控网络具有重要的科学价值。目的:应用全基因表达谱结合EMT和BMP相关基因探究乳腺癌转移过程中差异基因表达特点。建立伴发骨转移的乳腺癌ceRNA网络、肿瘤浸润免疫细胞模式及临床预后模型来描述乳腺癌骨转移的分子调控、免疫浸润和临床预测特点。方法:从GEO数据库中下载3套大样本转移性乳腺癌的基因表达谱数据,与dbEMT数据库联合分析筛选EMT相关差异表达基因;从GEO数据库中下载2套骨转移性乳腺癌数据集,分析BMP相关基因的差异表达情况。从TCGA数据库中获得1091例原发性乳腺癌样本mRNAs、lncRNAs和miRNAs的表达谱,其中58例有骨转移,1033例无骨转移。依据骨转移乳腺癌与非骨转移乳腺癌样本之间差异表达RNA情况构建伴发骨转移乳腺癌的ceRNA网络。CIBERSORT用于分析乳腺癌样本中的22种免疫细胞组成及临床意义。我们对ceRNA网络中的基因进行批量生存分析,探究与临床预后相关基因,构建相关基因预后模型并评估其预后价值。最后,完成前期研究中发现的部分差异表达分子的生物学验证。结果:整合分析3套GEO数据集（GSE20685、GSE12276、GSE16446）表达谱及dbEMT数据库,筛选得到304个可能参与乳腺癌转移进程的EMT相关基因。这些基因主要与PI3K-Akt、TGF-beta等信号通路相关。对2套伴发骨转移乳腺癌相关GEO数据集（GSE2034、GSE124647）进行BMP相关基因表达情况分析,这些基因主要与PI3K-Akt、TGF-beta等信号通路相关。两个数据集中BMPR2、BMP2、GREM1同时存在差异表达。从TCGA数据库中分析发现发生骨转移的乳腺癌和未发生骨转移的乳腺癌样本中的2个lncRNAs、18个miRNAs和20个mRNAs有显着性差异。ceRNA网络中有 4 个 PCG（GJB3、CAMKV、PTPRZ1、FBN3）在 Kaplan-Meier 分析中有显着临床意义。在22种免疫细胞类型中,有骨转移组和无骨转移组间plasma cell和follicular helper T cell在两种不同样本中存在显着差异。伴发骨转移的乳腺癌样本中mast cell、gamma delta T cell、plasma cell细胞比例与TNM分期具有一定的相关性。Follicular helper T cell 比例高的样本生存状态更好（P=0.025）;eosinophilic 比例低的样本生存状态更好（P=0.01）。基于ceRNA网络中6种基因及肿瘤浸润免疫细胞的ROC曲线分别证实其准确性良好。基于ceRNAs与多种免疫浸润细胞之间呈现的共表达模式,我们发现DLX6-AS1、WNT6、GABBR2和多种免疫细胞含量可能与乳腺癌骨转移相关。选取经病理学明确诊断的3例乳腺癌骨转移灶样本及3例用作对照的乳腺癌非骨转移骨组织样本、外周血样本行qRT-PCR检测,结果提示hsa-miR-132-3p、WNT6表达量在两组骨组织样本间存在显着性差异。结论:本部分研究探讨了转移性乳腺癌样本中EMT相关基因表达情况及伴发骨转移的乳腺癌样本中BMP相关基因表达特点。构建伴发骨转移的乳腺癌ceRNA网络并分析其免疫浸润模式,以探究乳腺癌骨转移生物学进程的起始阶段。本项研究为乳腺癌骨转移分子机制的阐明与临床预后模型的建立提供了一定的生物信息学基础。第二部分全转录组测序分析探究乳腺癌骨转移骨骼病灶的分子生物学特点及分子调控网络研究背景:乳腺癌骨转移严重威胁患者的身心健康并可缩短患者生存期。目前,国际上的相关研究主要集中在如何监测和治疗乳腺原位肿瘤,而乳腺癌骨转移病灶的诊断、监测和治疗常常被忽视。目的:本部分研究旨在探究乳腺癌骨转移进程中骨骼定植部位的分子生物学特点,以转录组生物学特征为切入点构建乳腺癌骨转移骨骼定植部位的分子调控网络。方法:本研究利用骨科手术中所取并经病理学证实的乳腺癌骨转移部位瘤体、瘤旁组织学样本进行全转录组测序分析,掌握乳腺癌骨转移部位lncRNAs、mRNAs、circRNAs、miRNAs等表达特点及差异表达情况,并应用生物信息学分析方法进行生物学功能预测及关联分析绘制乳腺癌骨转移的WTS网络及ceRNA网络。结果:乳腺癌骨转移病灶瘤体组织与瘤旁组织相比,共鉴定得到174个差异表达的lncRNAs（上调81个,下调93个）,富集分析提示其主要与TNF signaling pathway、Estrogen signaling pathway等通路相关;共鉴定得到13个差异表达的mRNAs（上调3 个,下调 10 个）,富集分析提示其主要与 Protein digestion and absorption、PI3K-Akt signaling pathway、Focal adhesion等通路有关;共鉴定得到149个差异表达的circRNAs（上调89个,下调60个）,富集分析提示其主要与B cell receptor signaling pathway、ErbB signaling pathway、T cell receptor signaling pathway 有关;共鉴定得到83个差异表达的miRNAs（上调57个,下调26个）,富集分析提示其主要与Pathways in cancer、MAPK signaling pathway等通路有关。根据测序分析结果进一步进行了乳腺癌骨转移的WTS网络及ceRNA网络构建与分析。结论:全转录组测序分析发现乳腺癌骨转移瘤体、瘤旁组织差异表达的lncRNAs、mRNAs、circRNAs、miRNAs信息,针对差异表达RNA特点进行GO、KEGG分析 预 测 并 构 建 WTS、ceRNA 调 控 网 络,发 现 了circRNA069718/miR-483-3p/COL 11A2轴等可能参与乳腺癌骨转移灶形成的调控轴。为乳腺癌骨转移的病因学、发病机制及临床诊疗提供一定的理论基础。

高海霞^[8]（2021）在《弥漫大B细胞淋巴瘤信号通路相关microRNA和蛋白质的筛选及功能研究》文中研究表明目的:弥漫大B细胞淋巴瘤（Diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL）是成人最常见的B细胞淋巴瘤,经R-CHOP标准化疗后仍有30-40%的患者治疗欠佳短期内复发耐药甚至死亡,因此寻找新的药物靶点是提高DLBCL患者生存的迫切需要。本研究拟在微小RNA（microRNA,miRNA）、mRNA、蛋白质水平筛选和验证与DLBCL发生发展相关的可能关键因子及信号通路,并对重要信号通路相关的关键因子在细胞水平进一步进行功能研究,初步阐明人类种属（Homo sapiens,hsa）-miR-193a-3p靶向TCL1调控PI3K/AKT信号通路影响DLBCL细胞增殖、凋亡和周期的作用机制,为深入理解DLBCL的发生发展和提供新的治疗靶点奠定理论基础。方法:1)本研究选择新鲜冰冻人DLBCL组织为实验组、人淋巴结反应性增生（lymph node reactive hyperplasia,LRH）为对照组,应用miRNA表达谱芯片筛选差异mi RNA;对差异miRNA进行生物信息学分析,阐明差异mi RNA的靶基因及其生物学功能和富集的信号通路;对重要信号通路相关差异miRNA应用q RT-PCR验证其表达;2)本研究同样选择新鲜冰冻人DLBCL组织为实验组、人LRH为对照组,应用蛋白质组学筛选差异蛋白质;对差异蛋白质进行生物信息学分析,阐明其生物学功能和富集的信号通路;对重要信号通路相关差异蛋白质应用平行反应监测（Parallel reaction monitoring,PRM）和免疫组化验证其蛋白表达,并分析其蛋白表达与DLBCL患者临床病理特征和预后的相关性;将mi RNA芯片和蛋白质组学研究结果进行交叉分析,确定在细胞水平进行hsa-miR-193a-3p靶向TCL1调控PI3K/AKT信号通路影响DLBCL细胞增殖、凋亡和周期的机制研究;3)应用双荧光素酶报告基因检测hsa-mi R-193a-3p与TCL1的互作关系;选择人DLBCL细胞为实验组、正常人外周血B淋巴细胞为对照组,应用qRT-PCR检测hsa-mi R-193a-3p和TCL1的基因表达,并筛选后续实验DLBCL细胞株;将hsa-miR-193a-3p类似物（mimic）和抑制剂（inhibitor）、si RNA-TCL1、siRNA-TCL1+hsa-miR-193a-3p inhibitor分别转染DLBCL细胞,设立相应的阴性和空白对照,应用CCK8和流式观察DLBCL细胞增殖、凋亡和周期;并应用q RT-PCR和Western-blot检测DLBCL细胞中TCL1、PI3K/AKT信号通路重要调控因子AKT和磷酸化的AKT,细胞凋亡因子BCL-2和BAX的基因和蛋白表达。结果:1)本研究筛选出204个差异miRNA,54个上调,150个下调;差异miRNA预测到7522个靶基因;差异miRNA的靶基因主要富集在Pathway in cancers、MAPK、Focal adhesion、PI3K/AKT等信号通路;qRT-PCR验证PI3K/AKT信号通路相关差异miRNA发现在DLBCL中hsa-miR-193a-3p、hsa-miR-19b-3p、hsa-miR-370-3p、hsa-miR-490-5p的表达降低,hsa-miR-630的表达升高;2)本研究筛选出335个差异蛋白质,131个上调,204个下调;差异蛋白质主要富集在Pathway in cancers、PI3K/AKT、Alcoholism、Necroptosis等信号通路;PRM和免疫组化验证PI3K/AKT信号通路相关差异蛋白质发现在DLBCL中TCL1、HSP90、AKT、IKKβ的蛋白表达水平升高;生存分析发现TCL1蛋白高阳性表达是DLBCL患者短的总生存期和无进展生存期的独立影响因素;3)细胞水平证实TCL1是hsa-miR-193a-3p的靶基因;在DLBCL细胞中hsa-mi R-193a-3p的表达降低,而TCL1 mRNA的表达升高;hsa-miR-193a-3p在DLBCL中是一个肿瘤抑制因子,hsa-miR-193a-3p mimic使DLBCL中hsa-miR-193a-3p表达升高,其高表达使DLBCL细胞增殖降低,凋亡增加,细胞周期被阻滞在S期,DNA合成受阻,细胞在S期与后续G2/M、G0/G1期之间的转换被调控;hsa-miR-193a-3p inhibitor使DLBCL中hsa-miR-193a-3p表达降低,其低表达使DLBCL细胞增殖升高,凋亡降低,并可逆转mimic对细胞周期的调控作用;TCL1在DLBCL中是一个癌基因,TCL1-siRNA在DLBCL中可沉默TCL1的表达,沉默TCL1表达可抑制DLBCL细胞增殖、促进凋亡、细胞周期被阻滞在S期、并可抑制PI3K/AKT信号通路激活,但加入hsa-miR-193a-3p inhibitor能逆转siRNA-TCL1对PI3K/AKT信号通路的抑制效应。结论:应用miRNA表达谱芯片筛选出204个差异miRNA,54个上调,150个下调;应用蛋白质组学筛选出335个差异蛋白质,131个上调,204个下调;对已筛选重要信号通路即PI3K/AKT信号通路相关因子验证发现在DLBCL中hsa-miR-193a-3p的表达降低,TCL1的蛋白表达升高并且生存分析发现TCL1蛋白高阳性表达是DLBCL患者短的总生存期和无进展生存期的独立影响因素;hsa-miR-193a-3p通过靶基因TCL1实现对DLBCL细胞增殖、凋亡、周期等生物学行为的调控,hsa-miR-193a-3p inhibitor能逆转siRNA-TCL1对PI3K/AKT信号通路的抑制效应,进而影响DLBCL发生和进展。

张泽高^[9]（2020）在《放疗诱导的食管癌细胞基因表达变化对细胞功能及上皮间充质转化的影响》文中研究指明目的:放疗是食管癌治疗的重要方法,但放疗抵抗是治疗失败的主要原因,机制不明。放射线可诱导基因表达的变化,而一些基因表达的变化可促使细胞表型的变化,改变肿瘤细胞的增殖、迁移、侵袭能力,这种变化可能导致肿瘤对放射性的耐受以及促进肿瘤的转移,本研究的主要目的是探索食管癌细胞在放疗压力下,细胞形态学的变化,基因表达谱的变化,并对部分基因进行验证,并进一步探讨部分显着上调基因对食管癌细胞功能的影响,以及对上皮间充质转化的影响,为探讨放疗抵抗机制的探索提高理论依据。方法:入组2016年9月至2017年9月期间,在我院行放疗的食管鳞状细胞癌患者96例,采用酶联免疫吸附法检测（ELISA）检测血清TGF-β1水平,放疗后三年随访,分析TGF-β1对中位生存期的影响。体外培养人食管癌细胞（Eca-109细胞系）并进行放疗,分割剂量为3Gy/次,累积剂量分别6Gy,15Gy,18Gy,21Gy,动态观察存活细胞形态学变化,以及细胞周期变化。提取细胞总m RNA,以剂量18Gy为实验组,剂量0Gy为对照组,采用全基因表达芯片（Gene Chip WT PLUS）检测差异表达的基因,并对差异表达基因进行基因本位分析（Gene Ontology Analysis）和信号通路分析（KEGG Pathway Analysis）以明确差异表达基因的分子功能。根据分析结果选择显着上调表达且与肿瘤增殖转移复发相关的基因,进一步行RT-PCR检测验证和Western Blot验证,经过验证确定GDF15蛋白为研究目标基因,进一步行体外质粒载体过表达GDF15和以及sh RNA干扰表达,通过CCK8实验、平板克隆实验,流式细胞术检测GDF15对细胞功能的影响,采用Western Blot验证和细胞免疫荧光技术检测EMT相关指标,明确GDF15对EMT的影响。结果:全组食管癌患者中位生存期为20.2月,早期（Ⅰ-Ⅱ）期、局部晚期（Ⅲ）期中位生存期分别为:31.43月VS 16.46月（χ2=14.366,P=0.001）。有无淋淋巴结转移组与无淋巴结转移组中位生存期分别为:16.46月VS 26.5月（χ2=8.739,P=0.003）。有淋巴结转移组血清TGF-β1水平显着高于无淋巴结转移组,分别为448.419±181.14pg/L VS 370.472±137.781 pg/L（t=2.338,P=0.021）。局晚期患者血清TGF-β1显着高于早期患者,分别为435.765±169.846 pg/L VS 361.935±149.366 pg/L（t=2.047,P=0.043）,生存曲线分析,低水平组（<450pg/L）和高水平组（≥450pg/L）,中位生存期分别为:20.83月VS 16.70月（Log Rankχ2=4.89,P=0.027）。食管癌细胞放疗后,细胞周期G2/M阻滞,Ki-72表达无差异,基因芯片筛选结果:总共筛选到975个差异表达的基因,233个上调表达,742个下调表达。上调表达基因前10位是:CCL5,CDKN1A,GDF15,OASL,ISG15,FXYD3,IFI27,YPEL3,PSCA。下调表达基因前10位分别是:PUS7,EEA1,SLC25A43,NUF2,TYW3,TRPM7,TRMT10C,GNL2,THOC1,PPP2R1B。差异表达基因富集GO分析结果排名前10位的生物学进展为:细胞周期,有丝分裂核分裂,RNA聚合酶对RNA的编辑,核组分复合物合成,有丝分裂周期,基因表达进程,RNA处理进程,细胞分裂调节,非折叠蛋白处理。信号通路分析结果排名前10位的为:,核糖体生物合成途径(P=7.74×10-08,Fold Enrich=4.33 Overlapping 18/72)排第一位,该途径由72个表达基因组成,其中18个基因存在显着的差异表达。排在第2位至第10位分别为炎症和感染(P=3.54×10-5),泛素介导的蛋白水解(P=6.32×10-4),同源重组(P=1.72×10-3,),m RNA监视信号通路(P=3.61×10-3),RNA转运(P=3.62×10-3),铂类药物抵抗(P=4.21×10-3),细胞周期(P=4.22×10-3),病毒致癌信号通路(P=7.14×10-3),错配修复(P=8.86×10-3)。RT-PCR结果显示,在放疗18Gy后与未放疗食管癌细胞内,CCL5 ISG15,GDF15三个基因m RNA表达显着升高,其中GDF15蛋白显着升高。GDF15过表达食管癌细胞118小时后,细胞活性为正常对照细胞的35.9%,细胞周期与对照细胞比较,G1期G2期指数无差异,S期在过表达组要显着低于干扰组（19.5±0.21 VS 20.3±0.21,P=0.07）,过表达组细胞克隆形成率要显着低于干扰组细胞（30.5%VS 64.5%）。E-cadherin在过表达组和干扰组无显着差异（P=0.221）,N-cadherin在过表达组合干扰组无显着差异（P=0.08）。结论:食管癌放疗患者的预后很差,血清TGF-β1水平与淋巴结转移和临床分期相关,有淋巴结转移和分期较晚食管癌患者血清TGF-β1水平升高,中位生存期较短。食管癌细胞放疗后,出现巨型化、畸形化、多核化等有丝分裂灾难样变化,与放疗后细胞周期G2/M阻滞相关。食管癌细胞放疗后,出现大量基因表达的变化,在表达上调的基因中包含大量与应激、炎症、免疫相关的细胞因子类基因,其中CCL5,GDF15,ISG15的m RNA表达显着升高,GDF15蛋白显着升高。在表达下调的基因中包含了有丝分裂、细胞周期、DNA修复类基因。本研究显示了GDF15对肿瘤细胞生存能力和增殖能力具有抑制作用,主要抑制在细胞周期S期,GDF15对细胞上皮间充质转化（EMT）无明显的影响。

杨宇钦^[10]（2020）在《PPARG/FABP4信号通路介导乳腺癌增殖侵袭能力的体外研究》文中指出背景与目的:乳腺癌现已成为全球女性发病率最高的恶性肿瘤,我国女性乳腺癌发病率虽低于全球发病率,但在2018年新发人数高达367,900人,排位第一,且发病率逐年上升和出现年轻化趋势。提高乳腺癌的诊治水平迫在眉睫。基因芯片技术的诞生与发展使同时研究成千上万的基因表达及相互调控关系成为可能,为基因功能组学的发展安上了强大的“引擎”。PPARG/FABP4通路已被明确与人类肿瘤的多种恶性特征相关,如增殖,侵犯,远处转移等,并涉及多种机制。为进一步探索该信号通路跟乳腺癌的关系,本研究在基因芯片数据挖掘与分析基础上,进行了组织标本及乳腺癌细胞系实验的验证。综上,本研究拟从生信分析及体外实验完成以下目标:（1）生信分析挖掘乳腺癌形成相关差异性基因及通路;（2）组织标本实验明确相关基因的差异性表达;（3）细胞实验探索PPARG/FABP4通路对乳腺癌增殖侵袭能力的影响。材料与方法:1.临床样本收集收集2018年10月至2019年5月南方医科大学南方医院乳腺癌10对术后癌灶及正常腺体样本。2.GEO数据库基因芯片表达数据获取与分析下载包含有癌组织及正常腺体的基因芯片数据3份,利用基于R语言的G02R计算各基因表达情况,按照P<0.05及lgFC>3或<-3筛选出差异性表达基因,进行GO、KEGG分析及PPI网络绘制,利用Cytoscape软件计算Hub基因,最后进行生存分析。3.细胞培养MCF7细胞系及MDA-MB-231细胞系均使用10%FBS的DMEM培养基培养,细胞于培养瓶内融合率达85%左右时进行消化传代,在六孔板中融合率达90%左右时进行后续转染,提RNA/蛋白及功能试验。4.细胞转染按照说明书使用lipo2000对两种细胞进行转染,构建PPARG/FABP4过表达及干扰细胞系。5.RNA提取及q-PCR反应提取组织标本及细胞总RNA,使用SYBR法检测各样本PPARG及FABP4的表达量。6.蛋白质的提取及蛋白印迹使用蛋白裂解液提取各种细胞系的蛋白质,蛋白印迹实验检测各样本中PPARG及FABP4蛋白的表达量及相关关系。7.细胞功能实验使用CCK8、划痕实验及细胞小室实验验证PPARG/FABP4通路对乳腺癌细胞增殖,侵袭转移能力的影响。8.统计所有资料均使用SPSS 21.0统计学软件进行统计分析,计数资料使用两独立样本t检验进行,P<0.05为有统计学差异。结果:1.基因芯片数据分析3个芯片共得到共同差异性表达基因146个,生存分析后得到5个与乳腺癌患者预后相关的基因,分别为PPARG,LPL,PLIN1,CIDEC及FABP4,这5个基因的低表达均与更短的总生存时间相关。2.PPARG及FABP4在组织标本的表达对10对乳腺癌患者术后癌标本及正常腺体标本进行q-PCR验证,发现PPARG及FABP4 RNA水平在癌灶低于正常腺体。3.PPARG正性调节FABP4的表达对MCF7及MDA-MB-231细胞进行PPARG及FABP4过表达及干扰后行q-PCR及WB证实PPARG/FABP4正调节。4.PPARG/FABP4通路影响乳腺癌的增殖,侵犯转移能力对进行PPARG及FABP4过表达及干扰的MCF7及MDA-MB-231细胞进行功能实验,结果表明PPARG/FABP4通路上调可抑制乳腺癌的增殖,侵犯转移能力。结论:生信分析结果显示PPARG及FABP4的下调及PPARs通路与乳腺癌的肿瘤形成相关,且这两个基因的下调预示乳腺癌患者更短的总生存时间。PPARG正性调节FABP4的表达,该通路的上调可抑制乳腺癌的增殖及侵犯转移。

二、基因表达谱芯片在小鼠乳腺癌组织中基因差异性表达（论文开题报告）

（1）论文研究背景及目的

此处内容要求：

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例：

本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。

（2）本文研究方法

调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

三、基因表达谱芯片在小鼠乳腺癌组织中基因差异性表达（论文提纲范文）

（1）雌激素受体阳性乳腺癌预后相关的lncRNA筛选及其功能研究（论文提纲范文）

（2）基于转录组数据的组织免疫细胞预测模型构建和应用（论文提纲范文）

（3）lncRNA-BC069792在乳腺癌中的表达及作用机制研究（论文提纲范文）

（4）脱氧鬼臼毒素抑制GRP78诱导骨肉瘤细胞的自噬凋亡（论文提纲范文）

（5）EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤的临床特征和环状RNA调控细胞增殖作用的研究（论文提纲范文）

（6）长链非编码RNA RASSF8-AS1竞争性结合miR-664b-3p调控TLE1表达影响喉鳞状细胞癌的发生发展过程（论文提纲范文）

（7）伴发骨转移的乳腺癌ceRNA网络构建及乳腺癌骨转移灶的转录组学研究（论文提纲范文）

（8）弥漫大B细胞淋巴瘤信号通路相关microRNA和蛋白质的筛选及功能研究（论文提纲范文）

（9）放疗诱导的食管癌细胞基因表达变化对细胞功能及上皮间充质转化的影响（论文提纲范文）

（10）PPARG/FABP4信号通路介导乳腺癌增殖侵袭能力的体外研究（论文提纲范文）

四、基因表达谱芯片在小鼠乳腺癌组织中基因差异性表达（论文参考文献）

• [1]雌激素受体阳性乳腺癌预后相关的lncRNA筛选及其功能研究[D]. 弭苗苗. 青岛大学, 2021(02)
• [2]基于转录组数据的组织免疫细胞预测模型构建和应用[D]. 陈秭宜. 北京协和医学院, 2021(02)
• [3]lncRNA-BC069792在乳腺癌中的表达及作用机制研究[D]. 张云香. 山东大学, 2021(11)
• [4]脱氧鬼臼毒素抑制GRP78诱导骨肉瘤细胞的自噬凋亡[D]. 唐晓军. 南方医科大学, 2021(02)
• [5]EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤的临床特征和环状RNA调控细胞增殖作用的研究[D]. 赵晨星. 福建医科大学, 2021(02)
• [6]长链非编码RNA RASSF8-AS1竞争性结合miR-664b-3p调控TLE1表达影响喉鳞状细胞癌的发生发展过程[D]. 刘涛. 河北医科大学, 2021(02)
• [7]伴发骨转移的乳腺癌ceRNA网络构建及乳腺癌骨转移灶的转录组学研究[D]. 刘书中. 北京协和医学院, 2021(02)
• [8]弥漫大B细胞淋巴瘤信号通路相关microRNA和蛋白质的筛选及功能研究[D]. 高海霞. 新疆医科大学, 2021(08)
• [9]放疗诱导的食管癌细胞基因表达变化对细胞功能及上皮间充质转化的影响[D]. 张泽高. 新疆医科大学, 2020(08)
• [10]PPARG/FABP4信号通路介导乳腺癌增殖侵袭能力的体外研究[D]. 杨宇钦. 南方医科大学, 2020(01)

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