一、复性速率液相分子杂交法测定枯草芽孢杆菌与短小芽孢杆菌DNA杂交度（论文文献综述）
杜昕[1]（2018）在《福菜乳杆菌新亚种的鉴定》文中指出本课题组在完成国家自然科学基金面上项目（31170007,2012.01-2015.12快速检出中国传统泡菜中的乳杆菌并鉴定其中的新种和新质粒）的时候,在重庆农家自制泡姜中发现了乳杆菌CQ16Z1菌株。通过16S rRNA和rpoA基因序列比对分析,菌株CQ16Z1归属于福菜乳杆菌（Lactobacillus futsaii）,然而pheS管家基因克隆测序及序列分析结果表明菌株CQ16Z1和Lactobacillus futsaii有较大差异（相似性仅为74.05%）,和食窦魏斯菌CH2菌株的相似性更高（相似性为98.35%）。根据上述实验数据,我们推测菌株CQ16Z1可能是福菜乳杆菌的亚种并对其展开鉴定工作。目的采用多相分类法系统鉴定菌株CQ16Z1。材料与方法1.乳杆菌的分离鉴定结合MRS半选择培养基,革兰氏染色及乳杆菌PCR快速检出技术,筛出乳杆菌菌株。2.菌株的表型特征通过扫描电镜观察菌株形态特征;进行乳杆菌属特征性生理生化实验;采用广泛运用于乳杆菌属鉴定的API 50 CHL系统来测定乳杆菌对49种碳水化合物的利用情况。3.菌株的系统发育学特征利用16S rRNA、rpoA和pheS管家基因克隆测序和序列分析并构建系统进化树。4.菌株的基因型特征在基因型特征的研究方法中采用G+C mol%含量测定、DNA-DNA杂交实验及DNA扩增片段长度多态性分析（AFLP）技术。5.化学分类法鉴定使用薄层层析（TLC）检测方法检测细胞壁的化学组分;气相色谱（GC）检测细胞全脂肪酸组成。结果1.通过MRS半选择培养基、革兰氏染色结合乳杆菌PCR快速检出技术,筛出一株乳杆菌菌株,命名CQ16Z1。2.从菌株表型特征讲,菌株CQ16Z1在37℃的条件下,于MRS培养基上培养24 h后,扫描电镜下观察到细胞大小为（0.5-0.6）×（2.2-4.6）μm,排列方式为单个或成对排列。生理生化方面,菌株CQ16Z1为革兰氏阳性菌,不运动,不液化明胶、不产生硫化氢和吲哚及过氧化氢酶阴性的兼性厌氧型的长杆状杆菌。3.从系统发育学角度看,菌株CQ16Z1在基于16S rRNA构建的系统发育树上,归属于福菜乳杆菌群。同时,基于16S rRNA、rpoA和pheS这三个基因构建的进化树关系看,该菌株可以代表福菜乳杆菌的亚种。4.从基因型方面看,菌株CQ16Z1的G+C mol%含量为39.1%,在乳杆菌属G+C mol%含量32-53%范围中;该菌株与福菜乳杆菌模式菌株Lactobacillus futsaii JCM 17355T的DNA-DNA杂交率是91.9%;结合DNA扩增片段长度多态性分析（AFLP）,从基因角度支持该菌株归属于福菜乳杆菌群,而且可以代表福菜乳杆菌的亚种。5.从化学分类学方面看,菌株CQ16Z1的细胞壁不含有LL-DAP,meso-DAP和DD-DAP,细胞壁糖组分主要是核糖、葡萄糖、半乳糖;全细胞脂肪酸分析结果示主要脂肪酸为C16:0,C18:1ω9c和Summed feature 7(C19:0cycloω10c/C19:1ω6c/C19:1ω7c)。对比分析与其亲缘性相近菌株的细胞壁化学组分及主要脂肪酸,结果表明从化学分类角度也支持将其划分为福菜乳杆菌的亚种。结论综上所述,菌株CQ16Z1能够被鉴定为福菜乳杆菌的亚种,命名为Lactobacillus futsaii subsp.chongqingii subsp.nov,即福菜乳杆菌重庆亚种（CQ16Z1T=CCTCC AB2017187T=KCTC 21089T）。
宿承璘[2]（2018）在《一株来源于大曲中兼性嗜碱菌的分类鉴定》文中提出我国有着悠久的酒文化历史,酒曲的使用更是酿造中国传统白酒的特色。酒曲中含有大量且种类丰富的微生物,是中国白酒酿造的糖化剂、发酵剂和生香剂。研究酒曲中的微生物,有助于进一步分析酒曲是如何影响白酒的产率和品质的。本研究利用细菌多项分类法研究一株来自于茅台镇大曲中Franconibacter属的潜在新种DL503,确定其系统发育关系和分类地位。目的菌株DL503是革兰氏阴性、兼性厌氧、有运动性、不产孢子的棒状球杆细菌。菌体长1.82.6μm,宽0.60.8μm,菌落呈淡黄色,中间微凸起,边缘整齐,表面较为湿润光滑,不透明,散发有淡淡的臭味。通过16S rRNA分析其属于Franconibacter属,菌株DL503与菌株Franconibacter pulveris JCM 16471T和Franconibacter helveticus DSM18396T最为相似,相似度分别为98.94%和98.39%。菌株DL503可在pH为5.010.0范围内正常生长,属于兼性嗜碱菌。其最适生长条件为:pH 7.0、NaCl浓度1.5%以及培养温度37℃。生理生化实验结果显示目的菌株DL503能利用30种不同碳氮源进行同化或发酵作用。菌株DL503对卡那霉素、氯霉素、新霉素、红霉素、头孢噻吩、利福平、青霉素、庆大霉素、氨苄西林、链霉素和新生霉素敏感。菌株DL503的醌型为泛醌Q-8;主要的磷酸类脂为磷脂酰乙醇胺、磷脂酰甘油和双磷脂酰甘油;主要的脂肪酸为C16:0、C17:0 cyclo、C16:1ω7c/C16:1ω6c、C17:1 iso I/C17:1 anteiso B和C18:1ω7c/C18:1ω6c。菌株DL503的（G+C）mol%为53.3 mol%,与相似的模式菌株Franconibacter pulveris JCM16471T和Franconibacter helveticus DSM 18396T间的DNA-DNA杂交结果为51.5±0.5%和49.9±0.6%。综上所述,菌株DL503为Franconibacter属的一个新种,命名为Franconibacter daqus sp.nov.。
顾振红[3]（2016）在《角蛋白降解菌的分离筛选、分子生态及功能利用研究》文中进行了进一步梳理果品安全生产是我国水果产业目前面临重大挑战之一,农业部“两减”政策的推出进一步凸显这一需求,因此增加有机肥料（包括氨基酸叶面肥）的施用已成为果树栽培的必然选择。随着我国畜禽产业的迅猛发展,每年的羽毛废弃物也逐年增加,在这个背景下,利用废弃羽毛生产氨基酸肥,不仅解决了环境污染问题,还能促进果品的安全生产,显然有着良好的应用与推广价值。因而本论文的研究以羽毛角蛋白降解菌为核心,进行降解菌的分离、筛选,揭示降解菌的分子生态特征,高效菌株发酵产物的初步应用和优化,并进一步开展关键酶的克隆和表达,为更好的利用羽毛角蛋白降解菌提供理论依据,本论文主要研究结果如下:1)利用常规土壤添加羽毛诱导富集以及选择养鸡场内羽毛堆放土壤进行分离,共计得到40株羽毛角蛋白降解菌。其中,9株来自富集后的常规土壤、31株来自养鸡场土壤。因此利用羽毛角蛋白作为诱导物在土壤中进行富集,或者在角蛋白废弃物场都可成功分离到角蛋白降解菌。基于16S rDNA序列构建的系统发育树表明,这40株菌从属于4个门类,分别为厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）以及拟杆菌门（Bacteroidetes）,前两者属于革兰氏阳性菌,后两者属于革兰氏阴性菌,其中以属于厚壁菌门的芽孢杆菌数量最多。2)在分离到的羽毛降解菌中,菌株205经形态观察和16S rRNA基因测序初步鉴定为芽孢八叠球菌属,是芽孢八叠球菌利用羽毛进行生长的首次报道,进一步结合细菌鉴定发现其为一株新菌,为微生物降解利用家禽羽毛角蛋白提供了新的种质资源。将该株菌205命名为广州芽孢八叠球菌（Sporosarcina guangzhouensis GIMN1.015T）,保藏于中国典型培养物保藏中心（CCTCC）,保藏编号为CCTCC M2011367。3)在筛选试验中,我们得到4株高羽毛降解活性的菌株,均能以羽毛为唯一碳氮源进行生长,羽毛降解率达到90%以上,几乎可完全降解包括羽轴在内的完整羽毛。对羽毛发酵后的氨基酸原液进行成分分析,发现含有17种氨基酸种类,总氨基酸含量达3.84mg/m L,此外还检测到含有多种的植物激素。进行柑橘和生菜的盆栽试验,结果表明喷施中浓度氨基酸可显着提高柑橘梢长,改善柑橘叶片生长状况。而不同氨基酸肥处理都使生菜地上部生物量（鲜重和干重）得到了增加,鲜重增加为20.832.7%不等,喷施高浓度氨基酸可提高生菜叶片中的可溶性蛋白和VC含量（分别比清水对照提高了35.3%和13.3%）。此外叶面喷施氨基酸肥处理与尿素处理相比可显着降低生菜叶片的亚硝态氮含量。4)搜索角蛋白酶基因,结合CODEHOP数据库进行简并引物搜索和设计,利用已经分离到的40株羽毛降解菌以及10株无羽毛降解能力的模式菌株进行引物的验证。利用该特异性引物进行PCR-DGGE分析和荧光定量,结果表明外源羽毛的添加对角蛋白酶编码基因的表达量影响巨大,对于常规土壤来源的菌株影响远大于羽毛长期积聚土壤来源的菌株,可显着提高前者的角蛋白酶编码基因表达量以及角蛋白降解菌的物种多样性。测序结果显示,检测到的条带主要来源于放线菌以及粘细菌2大类,而这些微生物类群几乎没有相关角蛋白降解的报道,表明这些都是新的角蛋白酶基因来源,值得进一步深入研究。5)利用TAIL-PCR进行角蛋白酶全长ORF的Genome walking扩增,获得了两个菌株（菌株205和菌株6-16）丝氨酸角蛋白酶编码基因的全长ORF序列。对获得的序列进行生物信息学分析,发现克隆到的菌株205和6-16的角蛋白酶基均属于subtilisin家族,且都含有丝氨酸蛋白酶的催化三联体（Asp,His和Ser活性位点）,与以往的大多数角蛋白酶分析结果相符合。将两者编码区克隆至原核表达载体pET28a-EGFP上,并转化至大肠杆菌E.coli BL21（DE3）,筛选获得重组菌,利用His标签纯化重组蛋白,SDS-PAGE分析表明两者编码的角蛋白酶大小分别为45 kDa和35 kDa。6)为了进一步优化高效羽毛降解菌的发酵条件,获得产量最高的角蛋白酶,我们利用响应面法对高效降解菌株（菌株3-2和6-16）进行培养条件的优化,通过OVAT进行单因素试验,从羽毛含量、培养温度和起始pH三个因素对产酶条件进行响应面优化,拟合响应面二次模型验证值和预测值之间的误差分别为7.19%和3.76%,为高效菌株的产业应用奠定了基础。
唐雪[4]（2016）在《废弃钻井泥浆降解细菌遗传多样性研究及两株降解细菌新种的确定》文中提出石油天然气是重要的化石能源,然而在油气田的钻探开采过程中会产生有大量钻井泥浆,这些钻井泥浆因成分复杂,有机污染物含量高,难以自然降解,排放在环境中会造成严重的污染。微生物修复因具有成本低、无污染、高效率等优点,在废弃钻井泥浆治理方面具有广泛的应用前景。本论文以分离自3种不同泥浆体系的36株降解细菌为材料,通过BOX-PCR、16S rDNA PCR-RFLP和16S rRNA基因序列系统发育分析,研究了泥浆降解细菌的遗传多样性和系统发育地位；进而筛选出优势降解菌,并对优势菌株的降解特性及其对柴油的代谢产物进行了初步研究。采用形态学特征、生理生化特征、全细胞组分分析、16S rRNA基因和gyrB基因序列系统发育分析,以及DNA同源性分析等方法,确定了降解菌JH2和JHZ4的分类地位。研究结果如下：（1）废弃钻井泥浆中降解菌具有丰富的遗传多样性。BOX-PCR指纹图谱分析将36株降解菌分成了5个群；16S rDNA PCR-RFLP分析中,供试菌株形成了18种16SrDNA遗传图谱类型,表明了废弃钻井泥浆中的降解菌具有丰富的遗传多样性。选取了15株代表菌测定16S rRNA基因全序列,并构建系统发育树以分析系统发育地位。结果显示,泥浆降解细菌分别属于芽孢杆菌属（Bacillus）,盐单胞菌属（Halomonas）,假单胞菌属（Pseudomonas）, Sinobaca菌属、Belliella菌属以及根瘤菌属（Rhizobium） 6个属,其中芽孢杆菌为优势菌。（2）在实验室条件下,代表菌株均能有效去除废弃泥浆的COD,降解柴油能力较强。其中,JH2菌株的降解效果最佳,处理7d后,钻井泥浆中COD去除率达60.5%,对柴油降解率达50%。实验结果显示,当接种量逐步增加时,JH2菌株对钻井泥浆中COD和柴油的降解率也随之增加,在接种量为10%时,降解率最高。而且菌株JH2对环境pH具有较好的适应性,在pH7.0和pH9.3条件下,JH2菌株均能很好地降解泥浆中COD和柴油。JH2能以柴油为惟一碳源生长,GC-MS结果显示,JH2可快速地将柴油中C10-C27直链烷烃和支链烷烃分解为小分子物质。（3）采用多相分类技术,确定了两株潜在细菌新种的分类地位。JHZ4T为兼性厌氧的革兰氏阳性杆菌,主要的脂肪酸（>10%）种类为anteiso-C15:0, C-11:0 iso 30H和iso- C16:0,（G+C）mol%为50.4%（Tm）。与Paenibacillus amylolyticusDSM11747T, Paenibacillus xylanexedens DSM 21292T和Paenibacillus tundrae DSM21291T的16S rRNA基因序列相似性为分别为98.6%,98.2%和98.1%。与类芽孢杆菌属（Paenibacillus）菌株的gyrB基因序列相似性均小于85%；与Paenibacillus amylolyticus DSM 11747T, Paenibacillus tundrae DSM 21291T及Paenibacillus xylanexedens DSM 21292T的DNA-DNA杂交率分别为32.4%±1.6,39.3%±0.6和4.9%±0.8。最终将该菌株命名为Paenibacillus qionglaiensis JHZ4T。JH2T为严格好氧的革兰氏阳性球菌,主要脂肪酸（>10%）为anteiso-C15:0和anteiso-C17:0,（G+C） mol%为49%（Tm）。与Sinobaca qinghaiensis DSM 17008T的16SrRNA基因序列相似性为98.9%,gyrB基因系列相似性为87.8%,DNA-DNA杂交率为40.3%±1.6。综上,将该菌株命名为Sinobaca bifengensis JH2T。
罗少娥[5]（2016）在《两株放线菌的分类鉴定及其代谢产物研究》文中指出放线菌是一类非常重要的微生物资源,对其进行分类鉴定和代谢产物进行分离纯化,可以实现对微生物资源的保护、开发和可持续利用。本文对两株放线菌ZZ027和211726进行分类鉴定,对其代谢产物进行分离纯化,进行活性评价。放线菌的分类学研究,对菌株ZZ027和菌株211726的形态学特征,培养特征,生理生化特征同时结合16S rRNA基因序列进行研究,构建系统发育树,确定菌株ZZ027为紫红链霉菌（Streptomyces puniceus）,菌株211726为Streptomyces griseiniger。利用硅胶柱层析法,Sephadex LH-20凝胶柱层析法,C18反相柱层析和制备薄层层析交替使用对菌株ZZ027发酵代谢产物进行分离纯化,最终分离出了化合物1-4,化合物2经解谱为3-吗啉-4-基-丙胺。化合物4经图谱初步推断为二肽或三肽。另外分离出活性组分,经抑菌实验,该组分可以显着地抑制金黄色葡萄球菌的生长。同时,首次发现从菌株211726发酵液分离的阿扎霉素F5a对南方根结线虫2龄幼虫（J2）具有一定的毒杀作用,对香蕉枯萎病病原菌具有显着的拮抗作用,显示阿扎霉素F5a在生物农药方面具有良好的研究和开发价值。
谢永丽[6]（2014）在《青海不同生境芽孢杆菌多样性分析、生防菌筛选及其抗病促生机理研究》文中指出芽孢杆菌属（Bacillus spp.）为革兰氏阳性杆状细菌,因能产生抗逆芽孢而具有很强的生存适应能力,被广泛应用到农业、畜牧业、工业、医学、环保等领域。本研究在青海省不同生境典型植被根围分离芽孢杆菌,采样点包括:海西、海北、海东、黄南、果洛、玉树6个州及青海湖周边不同生境的28个样点,共分离芽孢杆菌菌株1307株。通过理化、BOX-PCR及ERIC-PCR指纹图谱分析、16SrDNA及gyrB基因序列分析的多相鉴定方法将其中的135株芽孢杆菌准确鉴定为:解淀粉芽孢杆菌B.amyloliquefaciens（27株）、球形赖氨酸芽孢杆菌L.sphaericus（12株）、简单芽孢杆菌B.simplex（11株）、短小芽孢杆菌B.pumilus（8株）、萎缩芽孢杆菌B.atrophaeu（7株）、地衣芽孢杆菌B.licheniformis（7株）、枯草芽孢杆菌B.subtil（9株）、苏云金芽孢杆菌B.thuringiensi（6株）、蜡样芽孢杆菌B.cereus（2株）、B.weihenstephanensis（7 株）、B.axarquiensis（7 株）、B.mojavensis（4 株）、B.velezensis（1株）、B.malacitens（1株）以及不能鉴定到具体种的芽孢杆菌Bacillus sp.（22株）。芽孢杆菌是一类重要的生防菌,脂肽化合物是芽孢杆菌产生的最主要抑菌化合物,主要包括伊枯草菌素（Iturin）、表面活性素（Surfactin）和泛革素（Fengycin）三大类,在植物病害防治过程中发挥着重要的作用。本研究以分离自青海不同生境的芽孢杆菌为供试菌,以水稻白叶枯病原细菌（Xanthomonas oryzae pv.oryzae）及油菜菌核病原真菌（Sclerotinia scletotiorum）为病原指示菌,筛选生防芽孢杆菌。共筛选到348株抑病原真菌的拮抗菌株,311株抑病原细菌的拮抗菌株,298株同时抑病原细菌及病原真菌的菌株（抑菌圈直径≥5 mm）。选择其中19株生防菌株通过MALDI-TOF-MS质谱测定分析菌株产生的脂肽化合物种类及组成,结果表明:其中11 株菌株 B.axarquiensis DGL6、B.amyloliquefaciens DCD2、B.amyloliquefaciens BS11、B.amyloliquefaciens GL18、B.amyloliquefaciens KKD2、B.amyloliquefaciens MD1、B.amyloliquefaciens DGL1、B.atrophaeus DCD1、B.malacitensis GH1、B.punmilus DR20、B.amylolique aciensRYS41 可产生 3类脂肽化合物 Surfactin、Iturin（Iturin A或 Bacillomycins D）、Fengycin;5 株菌株B.atrophaeus CKL1、B.atrophaeus TS1、B.amyloliquefaciens TS3、B.mojavensis KKD1、B.amyloliquefaciens RYS12 可产生其中的2类脂肽化合物,实验证实生防菌的拮抗活性与其产生的脂肽类化合物的种类及组成有关。青藏高原特殊的生境孕育着特殊适应性芽孢杆菌资源。选择30株分离自青海不同生境的生防芽孢杆菌,对其促生及抗逆特性进行探究。检测菌株的促生特性,筛选到菌株 B.axarquiensis DGL6、B.amyloliquefaciens BS11、B.mojavensis KKD1、B.amyloliquefaens KKD2、B.pumilus DR20可明显促进水稻种子萌发及幼苗生长,表现出显着的促生效果。测定菌株的耐低温特性,筛选到13株可在4℃及10℃低温条件下正常生长的菌株,其中菌株B.atrophaeus CKL1、B.atrophaeus CKL4、B.atrophaeus CKL5、B.atrophaeus CKL6、B.atrophaeus TS1 在低温条件下具有很好的生长扩张性,表现出显着的耐低温特性。检测菌株的耐盐特性,筛选到菌株B.atrophaeus CKL1、B.atrophaeus CKL4、B.atrophaeus CKL5、B.atrophaeus CKL6、B.atrophaeus TS1、B.sonorensis GH2可在含NaCl浓度为13%的平板上正常生长,表现出强于其它菌株的耐盐特性。检测生防菌株的解纤维素特性,供试菌株均表现出不同程度的降解纤维素活性,其中菌株B.amyloliquefaciens KKD2、B.sonorensis GH2、B.amyloliquefaciens BS111、B.amyloliquefaciens DGL1、B.axarquiensis DGL6、B.atrophaeus DCD1、B.a nyloliquefaciens RYS9等具有显着的降解纤维素的活性。通过对生防菌株的促生、抗逆、解纤维素特性探究,可为适应高原生态环境的生物菌肥、生物农药研发,饲草料加工生产提供优质菌源。转录组研究能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下几乎所有转录本序列信息,更能动态地反映特定细胞在特定条件下的功能状态,是在转录水平研究基因差异表达的高效技术手段。本研究通过转录组测序（RNA-Seq）探究分析模式菌株B.amyloliquefaciens FZB42 与籼稻 9311（Oryza sativa subsp.inica）互作后,水稻根部及叶部的差异表达基因,通过差异表达基因GO功能注释及KEGG pathway代谢通路分析,探究水稻对芽孢杆菌的应答反应,揭示生防芽孢杆菌促生及提高植物抗病性的作用机制。分析结果表明:芽孢杆菌与水稻根部互作4h时,诱导水稻根部379个基因差异表达,其中257个基因上调表达,122个基因下调表达;诱导水稻叶部719个基因差异表达,其中501个基因上调表达,218个基因下调表达。GO功能注释及KEGG pathway代谢通路分析结果表明,芽孢杆菌影响了植物体内多条信号传导通路及代谢途径,包括:植物与病原菌互作（Plant-pathogen interaction）、植物激素信号转导（Plant signal transduction）、次级代谢产物合成（Biosynthesis of secondary metabolites）、萜类及酮类化合物代谢（Metabolism of terpenoids and polyketides）等与植物抗性相关的代谢通路中相关基因的差异表达,同时也诱导了糖类代谢（Carbohydrate metabolism）、脂类代谢（Lipid metabolism）、核苷酸代谢（Nucleotide metabolism）、氨 酸代谢（Amino acid metabolism）、能量代谢（Energy metabolism）、维生素及辅因子代谢（Metabolism of cofactors and vitamins）、遗传信息转录、翻译（Genetic Information Transcription,Translation）等与植物生长发育密切相关的基本代谢中相关基因的差异表达。揭示生防芽孢杆菌通过与植物根部互作,而影响植物体内多条信号传导通路及多种代谢途径中相关基因的调控表达,从而整体促进植物的生长发育并诱导植物抗病性。
张新慧[7]（2014）在《Nonomuraea fuscirosea和Streptosporangium shengliense的分类学鉴定及分离菌株的抑菌活性研究》文中研究表明放线菌与人类的生产和生活关系极为密切,其代谢类型十分多样化,可以产生很多有用物质,许多放线菌的次级代谢产物已经被广泛应用于农业、工业以及临床医学上。由于从放线菌中分离得到的化合物具有结构多样、选择性强和应用价值大等特点,所以从放线菌中寻找新型抗生素一直是众多学者的主要研究方向。而且近些年来,新型抗生素的发现与利用,对人类的健康和医疗事业更是做出了巨大的贡献。那么我们该如何有效的定向筛选和发现新型的抗生素呢?从理论上讲,定向筛选新型抗生素可以从以下几个方面着手：筛选一定的化学基团的抗生素产生菌：筛选一定的分子作用机制的抗生素产生菌；转向很少研究过的自然界中存在的稀有微生物。由此可见,稀有放线菌是分离新型化合物及发现新型抗生素的重要来源之一,所以对稀有放线菌进行筛选、鉴定和化合物的分离有着重要的社会意义和生物学意义。本实验从长春市白松树下、长春市伊通玉米地、新疆自治区采油区、石家庄市地黄根部、长春市干湖湖底、长春市南湖公园、沈阳市棋盘山污水沟、长春市伊通河污水沟、长春市益农药厂外树林和新疆树林等不同环境下共采集10份土样,将采集好的土样放在自然条件下风干两周后,采用梯度稀释法对放线菌进行选择性分离（选择性分离培养基为高氏培养基和腐殖酸培养基,培养基中需要加入浓度为50mg/L的放线菌酮和20mg/L的萘啶酮酸）。从10个样本中共分离得到113株放线菌。采用“管碟法”和“十字交叉法”对所有菌株的甲醇发酵浸提液进行抑菌活性检测（靶标菌为2种细菌和10种真菌）。抑菌试验共得到10株菌对枯草芽孢杆菌和藤黄微球菌的抑菌直径大于15mm,分别是BS7、CF22、dht8、QPS1、CYQ2、 CYQ5、GH6、GH8、XJ1和XJ8；8株菌对10种真菌中的至少3种具有明显的抑制作用,分别是CF3、CF7、CF22、CF26、CF29、BS3、QPS6和GH10。其中一株链霉菌（CF22）对5种真菌的抑菌直径均大于15mm,因此对其进行了抑菌活性重复实验、高效液相色谱分析和化合物的分离等实验。利用多相分析法对菌株NEAU-dht8和NEAU-GH7进行传统意义上的分类学鉴定。首先对两株菌的16S rRNA基因序列进行测序分析,进而用EzTaxon-e网站在线比对,比对结果显示,两株菌分别隶属于野野村氏菌属（Nonomuraea）和链孢囊菌属（Streptosporangium）。菌株NEAU-dht8的最高相似菌株是Nonomuraea maheshkhaliensis16-5-14T （99.31%）,菌株NEAU-GH7的最高相似菌株是Streptosporangium longisporum DSM43180T （99.03%）.采用临接法（Neighbour-Joining）和极似然法（Maximum-likelihood）两种建树方法分别对两个菌株进行建树,系统发育树显示,两个菌株都和最高相似度的菌株形成一个独立分支,且阈值均大于50%,有力的说明了系统发育树树形的可靠性。通过分析两株菌的表型特征（包括培养特征和形态特征）、生理生化特征（碳、氮源利用,温度、pH、NaCl耐受度,硝酸盐还原,纤维素分解,七叶苷分解,淀粉水解,脂酶、脲酶、过氧化氢酶,明胶液化,牛奶凝固与冻化,MR, VP）和化学分类特征（磷酸类脂分析,醌组分析,细胞壁氨基酸分析,全细胞水解糖分析,枝菌酸分析）,测定DNA的同源性和（G+C） mol%含量等,确定菌株NEAU-dht8和NEAU-GH7分别是野野村氏菌属和链孢囊菌属的一个新种,分别命名为" Nonomuraea fuscirosea "和" Streptosporangium shengliense ",并将其保藏于中国科学院微生物研究所（CGMCC4.7104T; CGMCC4.7105T）和德国不伦瑞克市德国菌种保藏中心（DSM45880T；DSM45881T）。两菌株的GenBank登录号分别是“KC417350”和“KC513503”。
叶慧敏[8]（2013）在《类芽孢杆菌Bg1种的鉴定及其抗菌蛋白的研究》文中研究表明尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）是多种植物重要的维管束病害，病原菌多为引起系统性侵染、土壤传播的病害。其多个专化型能引起甘蓝、香蕉、番茄和瓜类等植物的枯萎病，在生产上的危害十分严重。目前利用生物防治来控制病害是安全、有效的措施之一。类芽孢杆菌（Paenibacillus sp.）由于能产生丰富的抗菌物质，是植物病害的有效的生防菌株。本实验是在刘霞初步将Bg1定为类芽孢杆菌属（Paenibacillussp.）工作的基础上开展工作。通过生理生化实验及DNA-DNA杂交等分子生物学技术，确定了生防菌株Bg1的分类地位；对类芽孢杆菌（Paenibacillus sp.）Bg1抗菌蛋白的分离纯化和结构鉴定，明确菌株Bg1对甘蓝枯萎病菌的抑制作用，为明确生防菌株Bg1的抑菌机理提供了理论依据和利用该菌株开发生物农药奠定了基础。通过16SrDNA、ropB基因序列分析和系统进化树分析、G+Cmol%含量测定、与相近菌株的生理生化比较分析、脂肪酸含量测定以及DNA-DNA杂交分析，对类芽孢杆菌Bg1进行了种的鉴定。菌株Bg1与Paenibacillus elgii SD17T、PaenibacillusehimensisEAG5T的16SrDNA同源性均为99%；ropB实验结果表明菌株Bg1与P.elgiiSD17T的同源性为99%，与P.ehimensisEAG5T同源性为89%；菌株Bg1与P.elgiiSD17T、P.ehimensisEAG5T生理生化特征不吻合的项目较多；菌株Bg1的脂肪酸组成与P.elgii SD17T有四项不一致，而与P.ehimensisEAG5T有五项不一致；DNA-DNA杂交结果显示菌株Bg1与P.elgii SD17T有最高基因组相似性，为80.17±2.77%，而与P.ehimensisEAG5T基因组相似性仅为25±2.68%。综合以上实验结果将菌株Bg1确定为埃吉类芽孢杆菌（Paenibacillus elgii）。使用60%硫酸铵沉淀、DEAE-SephadexA50离子交换层析及Sephadex G100凝胶过滤层析对菌株Bg1的抗菌蛋白进行了分离纯化，以SDS-PAGE对该抗菌蛋白进行了纯度检测，以肽质量指纹图谱和MALDI-TOF-TOF-MS/MS对该抗菌蛋白进行了结构鉴定。Bg1无菌发酵滤液经三步纯化后得具有抑菌活性的单一电泳条带蛋白组分，其分子量约10KD。质谱结果表明，Bg1产生的活性蛋白都是一些水解的小分子肽。类芽孢杆菌Bg1主要抗菌活性物质为低分子量抗菌蛋白，其对环境因子稳定性较好，具有进一步开发应用的潜能。使用菌株Bg1的发酵液测定其对甘蓝枯萎病菌（F. oxysporum f. sp. Conglutinans）孢子萌发和生长的影响。通过平板对峙实验，测定菌株Bg1对甘蓝枯萎病菌菌落和菌丝的影响。结果表明，Bg1发酵液对孢子的萌发和菌落的生长均有显着的影响，发酵液有效抑制浓度均为4倍，对孢子的抑制率在88%以上；Bg1菌落与甘蓝枯萎病菌菌落之间形成明显的抑菌条带，且菌株Bg1使甘蓝枯萎病菌菌丝明显的膨大、变形等。在利用抑菌圈法测定菌株Bg1对甘蓝枯萎病菌的抑制实验时，在PDA带菌平板中加入0.001%SDS，探讨SDS对Bg1抑菌物质的影响。结果表明，0.001%SDS几乎能使生防菌株Bg1失去抑菌活性。该实验进一步验证了菌株Bg1的抑菌物质主要是蛋白质或多肽类。
王爽[9]（2011）在《大庆盐碱土可培养嗜盐细菌与古菌多样性及多相分类研究》文中研究表明嗜盐菌由于具有独特的生理结构、遗传特性和代谢机制而引起国内外学者的广泛重视,是一类极具基础研究价值和开发应用前景的微生物资源。开发新的嗜盐菌种资源对于深入揭示嗜盐微生物的耐盐机制,发现新的耐盐相关基因,以及改造作物、改良利用盐碱地等方面具有重要意义。我国地域辽阔,海岸线漫长,存在大面积的盐碱地和众多盐湖,为嗜盐微生物的分离和系统分类工作的展开提供了得天独厚的条件。本研究以黑龙江省大庆市典型苏打盐碱土作为研究对象,进行嗜盐微生物的分离和多相分类研究。采用稀释平板法,对盐碱地表层土壤样本（015cm）进行嗜盐微生物的分离和纯化,获得47株中度嗜盐细菌和10株极端嗜盐古菌。基于16S rDNA基因序列的系统进化分析表明,中度嗜盐细菌菌株分布在碱杆菌属（Alkalibacillus）,芽孢杆菌属（Bacillus）和盐单胞菌属（Halomonas）,极端嗜盐古菌属于盐陆生菌属（Haloterrigena）。分离株15-13T和JX313T分别是盐单胞菌属（Halomonas）和盐陆生菌属（Haloterrigena）潜在的新种。采用形态特征观察、生理生化特性测定、细胞化学组分及基因型数据的分析等多相分类技术对分离株15-13T和JX313T进行分类地位的确定。研究结果表明,分离获得的中度嗜盐细菌菌株15-13T为革兰氏阴性的杆状,借助于23根侧生鞭毛运动;生长盐度范围123% NaCl（w/v）（最适7%）,生长温度范围2050°C（最适35°C）,生长pH范围7.011.0（最适pH9.5）;主要的脂肪酸为C18:1ω7c（60.48%）,C16:0（13.96%）;基因组DNA G+C含量为67.6mol%;系统发育分析表明菌株15-13T是盐单胞菌科（Halomonadaceae）盐单胞菌属（Halomonas）的成员,与已知的潘泰莱亚盐单胞菌（Halomonas pantelleriensis）DSM 9661T的系统发育关系最近（98.9%的16S rRNA基因序列相似性）,DNA-DNA杂交试验显示两者之间的同源性为33.8%。结合表型特征、脂肪酸类型和基因型特征,确定菌株15-13T为盐单胞菌属（Halomonas）的新种,命名为耐碱盐单胞菌（Halomonas alkalitolerans sp. nov.）,模式菌株为15-13T（=CGMCC 1.9129T =NBRC 106539T）。极端嗜盐古菌菌株JX313T细胞为球形,革兰氏阴性,不运动,在蒸馏水中细胞不破壁,在固体培养基上生长7天后产生橙色色素;生长盐度范围可从10% NaCl（w/v）浓度至所在培养基中盐浓度达饱和,最适NaCl浓度为17.5%,生长温度范围2050°C（最适35°C）,生长pH范围8.011.0（最适pH10.0）,基因组DNA G+C含量为59.3mol%。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,JX313T与盐陆生菌属（Haloterrigena）和钠线菌属（Natrinema）的成员相关,亲缘关系最近的种为盐田盐陆生菌（Haloterrigena salina）JCM 13891T（96.2%的序列相似性）和伊斯巴尼亚盐陆生菌（Haloterrigena hispanica）DSM 18328T（96.2%）,进一步的DNA-DNA杂交试验显示JX313T与盐陆生菌属（Haloterrigena）和钠线菌属（Natrinema）的相关种之间的同源性低于50%。此外,JX313T的最主要极性脂为phosphatidylglycero（lPG）、phosphatidylglycerol phosphate methyl este（rPGP-Me）和mannose-2,6-disulfat（e1→2）-glucose glycerol diether（S2-DGD）,符合盐陆生菌属（Haloterrigena）的极性脂特征。因此,系统进化分析、表型鉴定和化学分类数据表明菌株JX313T为盐陆生菌属（ Haloterrigena ）的新种,并将其命名为大庆盐陆生菌（ Haloterrigena daqingensis sp. nov.）,模式菌株为JX313T（=CGMCC 1.8909T =NBRC 105739T）。在菌株JX313多相分类研究的基础上,提出对盐陆生菌属（Haloterrigena）特征描述的修改。
肖亮[10]（2010）在《地衣芽孢杆菌MY75几丁质酶特性及表达调控元件的研究》文中研究说明MY75菌株是本室保藏的一株革兰氏阳性、芽孢杆菌。当培养基中有几丁质存在时,该菌株能够大量表达胞外几丁质酶,且酶活力在筛选的近1000株芽孢杆菌中是最高的。为了明确MY75菌株的分类地位,首先对该菌株进行了鉴定。在鉴定过程中发现,MY75菌株16S RNA序列与枯草芽孢杆菌菌群（Bacillus subtilis group）中的芽孢杆菌之间具有高度的相似性,而不能利用目前广泛采用的16S RNA序列分析法进行有效地区别。于是,又以另两个蛋白编码基因gyrA（编码DNA促旋酶A亚基,gyrase subunit A）和rpoB（编码DNA介导的RNA聚合酶p亚基,RNA polymerase subunit beta）序列为依据,并参照Biolog微生物自动鉴定的结果,最终确定MY75菌株为地衣芽孢杆菌（Bacillus lichenifromis）MY75菌株在培养96小时后,产生的胞外几丁质酶达到顶峰—4.645 U/mL使用从该菌培养上清液中制备的粗蛋白进行了抑真菌实验,发现几丁质诱导后的菌株粗蛋白能够完全抑制小麦赤霉（Gibberella saubinetii）和黑曲霉（Aspergillus niger）孢子的萌发,而未经诱导的样品则没有此效果,初步证明MY75菌株培养上清液的抑真菌活性来源于其高量表达的胞外几丁质酶。将MY75菌株培养液上清中的粗蛋白进行初步分离纯化,经酶谱分析技术检测,发现一条特异的、约55 kDa大小的蛋白带表现出几丁质酶活性。对该蛋白进行飞行时间质谱（time-of-flight mass spectrometer, TOF MS）分析,发现其氨基酸序列与蛋白质数据库中的地衣芽孢杆菌67 kDa大小的几丁质酶同源性很高。根据GenBank中已提交的地衣芽孢杆菌几丁质酶序列设计引物扩增并克隆了MY75菌株中的几丁质酶基因chiMY75。该基因的开放阅读框（Open Reading Frame, ORF）长度为1797 bp,编码599个氨基酸,预测蛋白大小为67 kDa。该ORF序列与GenBank中已有的地衣芽孢杆菌几丁质酶基因序列的相似性达99%。将chiMY75亚克隆至表达载体pET28a并转化E. coli。在转化子细胞的破碎上清液中检测到了特异表达的67 kDa大小的蛋白。对异源表达的几丁质酶ChiMY75的特性进行了研究。该酶的最佳作用pH值为7.0,最佳作用温度为50℃。锰、铬、锌、银四种离子能够显着地降低ChiMY75的活性；而锂、钠、镁离子则对酶活力有轻微的促进作用；铜和铁两种离子则会使该蛋白完全失去活性。在抑真菌活性检测中,酶活力为6.32 U/mL的ChiMY75能够完全抑制小麦赤霉和黑曲霉的孢子萌发。在杀虫生物测定中,ChiMY75的加入使得苏云金芽孢杆菌对甜菜夜蛾（Spodoptera exigua）幼虫的毒力提高了27%。为了对芽孢杆菌几丁质酶的调控元件进行研究,克隆了MY75菌株几丁质酶基因完整序列chiMY75full,包括ORF及其上游调节区域的432 bp。同时将本室前期克隆的苏云金芽孢杆菌15A3菌株的几丁质酶完整基因chiB也作为研究对象。利用软件对上述两个几丁质酶基因的上游调节序列进行了分析,预测出潜在的启动子序列等调控元件。序列分析发现,二者的上游序列中均存在长度为16 bp的正向重复序列。两个完整的基因都可以利用自身携带的启动子在E. coli中大量表达几丁质酶。对所发现的重复序列分别进行了定点的部分及全部缺失,从酶活性、蛋白表达量以及特异mRNA转录量三个水平观察缺失基因调控表达的变化。酶活检测结果证明,缺失chi基因正向重复序列的转化子培养液的酶活力明显高于完整chi基因的转化子；蛋白质SDS-PAGE电泳结果显示,缺失正向重复序列的一系列chi基因所表达的几丁质酶蛋白量显着高于完整的chi基因的转化子；Northern Blot结果显示,缺失重复序列之后,与两种几丁质酶基因相对应的mRNA转录量也有显着提高。这些结果证明,芽孢杆菌几丁质酶基因中的正向重复序列,是基因表达时的负控制调节元件,很有可能是转录抑制物的结合位点。定点缺失结果还显示,缺失全部重复序列的chiB基因与缺失部分重复序列的chiB基因相比较,三个检测水平都明显增高。本研究中,我们将MY75菌株鉴定为地衣芽孢杆菌。通过在E. coli中的异源表达,确定了MY75菌株中几丁质酶的抑真菌活性及对苏云金芽孢杆菌杀虫的增效作用。在2株芽孢杆菌几丁质酶编码基因的上游,均发现了正向重复序列,通过对正向重复序列的定点缺失,证明该序列是几丁质酶基因表达的负调控元件,能在转录水平上控制几丁质酶的表达。本研究不但为芽孢杆菌几丁质酶基因调控机理的研究提供了基础,还证明了MY75菌株在生物防治方面的应用潜力
二、复性速率液相分子杂交法测定枯草芽孢杆菌与短小芽孢杆菌DNA杂交度（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、复性速率液相分子杂交法测定枯草芽孢杆菌与短小芽孢杆菌DNA杂交度（论文提纲范文）
（1）福菜乳杆菌新亚种的鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 乳杆菌的研究与应用 |
| 1.1.1 乳杆菌的定义 |
| 1.1.2 乳杆菌的应用 |
| 1.2 乳杆菌的鉴定研究方法 |
| 1.2.1 从表型特征角度鉴定 |
| 1.2.2 从系统发育学角度鉴定 |
| 1.2.3 从基因型特征角度鉴定 |
| 1.2.4 从化学分类性状角度鉴定 |
| 1.3 本研究的意义 |
| 1.3.1 研究目的 |
| 1.3.2 研究意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验菌株 |
| 2.2 实验试剂 |
| 2.2.1 主要试剂 |
| 2.2.2 主要试剂及培养基的制备方法 |
| 2.3 实验仪器与设备 |
| 2.4 实验方法 |
| 2.4.1 菌株的分离鉴定和培养 |
| 2.4.2 菌株CQ16Z1的培养特性 |
| 2.4.3 形态学观察 |
| 2.4.4 生理生化特性 |
| 2.4.5 菌株CQ16Z1的系统发育学特征 |
| 2.4.6 菌株CQ16Z1G+Cmol%含量的测定 |
| 2.4.7 DNA-DNA分子杂交方法 |
| 2.4.8 基因组DNA扩增片段长度多态性分析(amplifiedfragmentlengthpolymor-phism,AFLP) |
| 2.4.9 菌株CQ16Z1及参考菌株细胞全脂肪酸的分析 |
| 2.4.10 菌株CQ16Z1及参考菌株细胞壁化学组分检测 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 菌株CQ16Z1的分离鉴定 |
| 3.2 菌株CQ16Z1的基本生长特性 |
| 3.2.1 菌株CQ16Z1的生长曲线 |
| 3.2.2 菌株CQ16Z1在不同环境中的生长情况 |
| 3.2.3 菌株CQ16Z1在不同pH值中的生长情况 |
| 3.2.4 菌株CQ16Z1在不同浓度NaCl中的生长实验 |
| 3.2.5 需氧性与运动性结果 |
| 3.3 菌株CQ16Z1的表型特征鉴定结果 |
| 3.3.1 菌株CQ16Z1的形态学 |
| 3.3.2 菌株CQ16Z1的生理生化特性 |
| 3.3.3 API50CHL生理生化测定实验 |
| 3.4 菌株CQ16Z1系统发育学特征 |
| 3.4.1 16SrRNA基因分析 |
| 3.4.2 rpoA管家基因分析 |
| 3.4.3 pheS管家基因分析 |
| 3.5 菌株的基因型特征 |
| 3.5.1 菌株的G+Cmol%含量 |
| 3.5.2 菌株的DNA-DNA同源性杂交 |
| 3.5.3 基因组DNA扩增片段长度多态性分析(amplifiedfragmentlengthpolymorphism,AFLP) |
| 3.6 菌株的化学分类性状 |
| 3.6.1 菌株细胞的全脂肪酸分析 |
| 3.6.2 菌株CQ16Z1及参考菌株细胞壁化学组分检测 |
| 3.7 菌株的保藏 |
| 第四章 全文总结 |
| 全文参考文献 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 致谢 |
（2）一株来源于大曲中兼性嗜碱菌的分类鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 酒曲的简介 |
| 1.2 大曲微生物研究动态 |
| 1.2.1 大曲微生物分类 |
| 1.2.1.1 细菌 |
| 1.2.1.2 霉菌 |
| 1.2.1.3 酵母菌 |
| 1.2.1.4 放线菌 |
| 1.2.2 本文所选菌种来源 |
| 1.3 细菌分类 |
| 1.3.1 原核生物的分类 |
| 1.3.2 细菌的命名 |
| 1.3.3 细菌标准鉴定 |
| 1.4 细菌分类学的发展历程 |
| 1.5 常见的细菌多项分类 |
| 1.5.1 传统分类 |
| 1.5.2 化学分类 |
| 1.5.2.1 磷酸类脂分析 |
| 1.5.2.2 脂肪酸分析 |
| 1.5.2.3 醌型分析 |
| 1.5.3 分子分类特征 |
| 1.5.3.1 聚合酶链式反应(PCR) |
| 1.5.3.2 16 SrRNA序列分析 |
| 1.5.3.3 基因组(G+C)mol%分析 |
| 1.5.3.4 DNA同源性分析 |
| 1.5.3.5 其他鉴定法 |
| 1.6 细菌分类学的现状与发展趋势 |
| 1.6.1 细菌分类学的现状 |
| 1.6.2 细菌分类学的发展趋势 |
| 1.7 Franconibacter属的研究现状 |
| 1.8 本论文的研究目的与意义 |
| 1.9 本论文研究内容 |
| 第二章 菌株初步鉴定 |
| 引言 |
| 2.1 材料与试剂 |
| 2.2 仪器设备 |
| 2.3 培养基 |
| 2.4 菌株来源 |
| 2.5 标准菌株 |
| 2.6 实验方法 |
| 2.6.1 培养特征分析 |
| 2.6.2 形态特征分析 |
| 2.6.2.1 革兰氏染色 |
| 2.6.2.2 扫描电镜实验 |
| 2.6.2.3 透射电镜实验 |
| 2.6.3 16 SrRNA序列分析及系统发育树构建 |
| 2.6.3.1 16 SrRNA的扩增 |
| 2.6.3.2 系统发育树的构建 |
| 2.6.4 菌种保藏 |
| 2.7 结果与讨论 |
| 2.7.1 培养特征分析 |
| 2.7.2 形态特征分析 |
| 2.7.2.1 革兰氏染色 |
| 2.7.2.2 扫描电镜分析(SEM) |
| 2.7.2.3 透射电镜分析(TEM) |
| 2.7.3 系统发育树的构建 |
| 本章小结 |
| 第三章 生理生化特征分析 |
| 引言 |
| 3.1 材料与试剂 |
| 3.1.1 实验药品 |
| 3.1.2 分类鉴定培养基及试剂 |
| 3.2 仪器设备 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 生长曲线的测定 |
| 3.3.2 生长pH范围 |
| 3.3.3 生长温度范围 |
| 3.3.4 耐盐度实验 |
| 3.3.5 运动性实验 |
| 3.3.6 需氧性实验 |
| 3.3.7 吲哚实验 |
| 3.3.8 柠檬酸盐实验 |
| 3.3.9 API 50CHE&API 20E实验 |
| 3.3.10 酶学特征实验 |
| 3.3.10.1 氧化酶实验 |
| 3.3.10.2 过氧化氢酶接触实验 |
| 3.3.10.3 明胶液化实验 |
| 3.3.10.4 淀粉水解实验 |
| 3.3.10.5 硝酸盐(亚硝酸盐)还原实验 |
| 3.3.10.6 API ZYM试剂条实验 |
| 3.3.11 V-P实验 |
| 3.3.12 抗生素敏感性实验 |
| 3.4 结果与讨论 |
| 3.4.1 生长曲线 |
| 3.4.2 生长pH范围 |
| 3.4.3 生长温度范围 |
| 3.4.4 耐盐度实验 |
| 3.4.5 运动性实验 |
| 3.4.6 需氧性实验 |
| 3.4.7 吲哚实验 |
| 3.4.8 柠檬酸盐实验 |
| 3.4.9 API 50CHE&API 20E实验 |
| 3.4.10 酶学特征实验 |
| 3.4.10.1 部分酶学实验结果 |
| 3.4.10.2 API ZYM试剂条实验 |
| 3.4.11 抗生素敏感性实验 |
| 本章小结 |
| 第四章 菌株膜成分分析 |
| 引言 |
| 4.1 材料与试剂 |
| 4.2 仪器与设备 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 醌型分析 |
| 4.3.1.1 菌体的收集 |
| 4.3.1.2 醌的提取 |
| 4.3.1.3 HPLC法测定醌的组分 |
| 4.3.2 磷酸类脂分析 |
| 4.3.2.1 菌体的收集 |
| 4.3.2.2 磷脂的提取 |
| 4.3.2.3 显色剂的配置 |
| 4.3.2.4 点样与层析 |
| 4.3.2.5 磷酸类脂组分分析 |
| 4.3.3 脂肪酸分析 |
| 4.3.3.1 菌体的收集 |
| 4.3.3.2 试剂的配置 |
| 4.3.3.3 脂肪酸的提取 |
| 4.3.3.4 仪器分析方法 |
| 4.4 结果与讨论 |
| 4.4.1 醌型分析 |
| 4.4.2 磷酸类脂分析 |
| 4.4.3 脂肪酸分析 |
| 本章小结 |
| 第五章 遗传特征分析 |
| 引言 |
| 5.1 材料与试剂 |
| 5.2 仪器设备 |
| 5.3 实验方法 |
| 5.3.1 DNA(G+C)mol%含量分析 |
| 5.3.1.1 DNA的预处理 |
| 5.3.1.2 DNA(G+C)mol%含量的测定 |
| 5.3.2 DNA-DNA分子杂交 |
| 5.4 结果与讨论 |
| 5.4.1 DNA(G+C)mol%含量分析 |
| 5.4.2 DNA杂交结果 |
| 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 硕士期间成果 |
| 致谢 |
| 附录 |
（3）角蛋白降解菌的分离筛选、分子生态及功能利用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 化肥在果树栽培上的利用状况 |
| 1.1.2 有机肥在果树栽培上的利用状况 |
| 1.1.3 农业有机废弃物资源化状况 |
| 1.2 羽毛生物降解研究进展 |
| 1.2.1 羽毛角蛋白资源利用状况 |
| 1.2.2 角蛋白降解菌研究进展 |
| 1.2.3 角蛋白酶研究进展 |
| 1.3 研究的目的与意义 |
| 1.4 技术路线 |
| 第2章 羽毛角蛋白降解菌的分离、鉴定与筛选 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 试验方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 羽毛角蛋白降解菌的分离 |
| 2.3.2 羽毛角蛋白降解菌的形态学观察 |
| 2.3.3 羽毛角蛋白降解菌的分子鉴定 |
| 2.3.4 羽毛角蛋白降解菌的进化分析 |
| 2.3.5 羽毛角蛋白降解菌的筛选 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 羽毛角蛋白降解菌的分离 |
| 2.4.2 羽毛角蛋白降解菌的鉴定 |
| 2.4.3 羽毛角蛋白降解菌的筛选 |
| 第3章 一株新的羽毛角蛋白降解菌的分离和鉴定 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料 |
| 3.2.2 试验方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 菌株的形态与生理生化特性 |
| 3.3.2 Biolog鉴定 |
| 3.3.3 菌株的系统发育分析 |
| 3.3.4 起始pH及温度对菌株生长的影响 |
| 3.3.5 蛋白酶活和角蛋白酶活的最适pH测定 |
| 3.3.6 起始pH及温度对蛋白酶活的影响 |
| 3.3.7 羽毛含量和培养时间对蛋白酶活性的影响 |
| 3.3.8 降解率与生长量的动态测定 |
| 3.3.9 角蛋白酶活与生长量的动态测定 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 羽毛降解菌株205的新种鉴定 |
| 3.4.2 温度和起始pH对菌株205蛋白酶活的影响 |
| 3.4.3 羽毛含量对菌株205羽毛降解活性的影响 |
| 3.4.4 角蛋白酶活和生长量对菌株205羽毛降解活性的影响 |
| 第4章 角蛋白降解菌发酵氨基酸的应用初探 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 试验材料 |
| 4.2.2 试验方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 四株菌的羽毛降解效率 |
| 4.3.2 发酵产物分析 |
| 4.3.3 发酵液的肥效评价 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 羽毛降解菌的角蛋白降解活性评价 |
| 4.4.2 氨基酸肥原液的成分分析 |
| 4.4.3 氨基酸肥试验结果 |
| 第5章 角蛋白降解菌的分子生态分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 试验材料 |
| 5.2.2 试验方法 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 引物设计及验证 |
| 5.3.2 角蛋白酶生产菌的多样性分析 |
| 5.3.3 角蛋白酶生产菌的定量分析 |
| 5.4 讨论 |
| 第6章 角蛋白酶基因的克隆与蛋白质生物信息学分析 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 试验材料 |
| 6.2.2 试验方法 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 角蛋白酶基因片段的扩增 |
| 6.3.2 角蛋白酶基因的克隆 |
| 6.3.3 蛋白质生物信息学分析 |
| 6.4 讨论 |
| 第7章 角蛋白酶的表达 |
| 7.1 引言 |
| 7.2 材料与方法 |
| 7.2.1 试验材料 |
| 7.2.2 试验方法 |
| 7.3 结果与分析 |
| 7.3.1 角蛋白酶基因的克隆及序列分析 |
| 7.3.2 原核表达重组质粒的构建 |
| 7.3.3 角蛋白酶基因的诱导表达 |
| 7.4 讨论 |
| 第8章 角蛋白酶的发酵优化 |
| 8.1 引言 |
| 8.2 材料与方法 |
| 8.2.1 试验材料 |
| 8.2.2 试验方法 |
| 8.3 结果与分析 |
| 8.3.1 单因素试验结果与分析 |
| 8.3.2 Plackett-Burman设计试验 |
| 8.3.3 响应面模型的建立与分析 |
| 8.3.4 响应面曲线图和等高线图 |
| 8.3.5 响应面模型的验证 |
| 8.4 讨论 |
| 全文结论 |
| 主要结论 |
| 创新点与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
（4）废弃钻井泥浆降解细菌遗传多样性研究及两株降解细菌新种的确定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 废弃钻井泥浆研究进展 |
| 1.2.1 废弃钻井泥浆 |
| 1.2.2 废弃钻井泥浆的危害 |
| 1.2.3 废弃钻井泥浆治理进展 |
| 1.2.4 废弃钻井泥浆的生物处理 |
| 1.3 细菌多样性研究方法 |
| 1.3.1 经典分类法 |
| 1.3.2 基于PCR技术的分类方法 |
| 1.4 细菌新种鉴定 |
| 1.4.1 传统分类方法 |
| 1.4.2 分子生物学分类法 |
| 1.5 类芽孢杆菌属(Paenibacillus)的分类现状 |
| 1.6 Sinobaca菌属的分类现状 |
| 1.7 本研究立题依据及主要研究内容 |
| 1.7.1 立题依据 |
| 1.7.2 研究内容 |
| 第二章 不同体系废弃钻井泥浆高效降解菌遗传多样性研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验菌株 |
| 2.1.2 DNA的提取 |
| 2.1.3 BOX-PCR指纹图谱分析 |
| 2.1.4 16S rDNA PCR-RFLP分析 |
| 2.1.5 代表菌株16S rRNA基因序列测定 |
| 2.1.6 数据处理 |
| 2.2 结果分析 |
| 2.2.1 BOX-PCR指纹图谱分析 |
| 2.2.3 16S rDNA PCR-RFLP结果分析 |
| 2.2.4 16S rRNA基因系统发育分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 废弃钻井泥浆高效降解菌筛选及降解特性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试材料 |
| 3.1.2 泥浆基础理化性质测定 |
| 3.1.3 优势降解菌的筛选 |
| 3.1.4 不同条件下降解菌降解效果测定 |
| 3.1.5 优势菌株对柴油代谢降解产物的测定 |
| 3.1.6 数据处理 |
| 3.2 结果分析 |
| 3.2.1 钻井泥浆基本特性 |
| 3.2.2 优势菌株的筛选 |
| 3.2.3 不同条件下降解菌的降解效果 |
| 3.2.4 JH2降解柴油的中间产物分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 两株废弃钻井泥浆降解细菌新种的确定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 供试菌株 |
| 4.1.2 表型特征分析 |
| 4.1.3 脂肪酸成分测定 |
| 4.1.4 16S rRNA基因序列测定 |
| 4.1.5 gyrB基因序列测定 |
| 4.1.6 DNA同源性分析和菌株G+C mol%含量测定 |
| 4.1.7 数据处理 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 JHZ4分类地位确定 |
| 4.2.2 JH2分类地位确定 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 结论与建议 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 进一步研究建议 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录：部分培养基及试剂配方 |
（5）两株放线菌的分类鉴定及其代谢产物研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 放线菌分类鉴定的研究情况 |
| 1.1.1 放线菌在微生物中的分类地位 |
| 1.1.2 放线菌的经典分类 |
| 1.1.3 放线菌的化学分类 |
| 1.1.4 放线菌的分子分类 |
| 1.1.5 放线菌的多相分类 |
| 1.2 放线菌次级代谢产物的研究进展 |
| 1.2.1 土壤来源的次级代谢产物及其活性 |
| 1.2.2 极端环境的放线菌代谢产物及其活性 |
| 1.2.3 海洋来源的次级代谢产物及其活性 |
| 1.3 总结 |
| 1.4 本课题的研究意义 |
| 第2章 两株放线菌的分类鉴定 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验菌株 |
| 2.1.2 培养基 |
| 2.1.3 主要药品与试剂 |
| 2.1.4 主要仪器和设备 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 菌落形态观察 |
| 2.2.2 显微形态观察 |
| 2.2.3 生理生化特征 |
| 2.2.4 化学分析 |
| 2.2.5 抑菌活性测试 |
| 2.2.6 16S rRNA基因序列分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 菌落培养性状的观察 |
| 2.3.2 显微形态观察 |
| 2.3.3 碳源利用实验 |
| 2.3.4 耐受实验 |
| 2.3.5 化学分析 |
| 2.3.6 抑菌活性分析 |
| 2.3.7 16S rRNA基因序列PCR扩增结果 |
| 2.3.8 16S rRNA基因序列分析 |
| 2.4 本章小结 |
| 第3章 菌株ZZ027 代谢产物的分离鉴定 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 实验菌株 |
| 3.1.2 培养基及显色剂 |
| 3.1.3 主要药品及试剂 |
| 3.1.4 主要仪器和设备 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 菌株ZZ027 的发酵及粗提物获得 |
| 3.2.2 菌株ZZ027 代谢产物的分离纯化 |
| 3.3 化合物及组分的抗菌活性评价 |
| 3.4 化合物的结构鉴定和结构分析 |
| 3.4.1 化合物2 的结构鉴定 |
| 3.4.2 化合物4 的结构分析 |
| 3.4.3 化合物的理化性质 |
| 3.5 本章小结 |
| 第4章 菌株211726 代谢产物阿扎霉素F_(5a)的分离制备和活性测定 |
| 4.1 实验材料与设备 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 试剂和设备 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 菌株211726 代谢产物阿扎霉素F_(5a)的分离纯化 |
| 4.2.2 供试溶液的制备 |
| 4.2.3 菌株211726 代谢产物阿扎霉素F_(5a)的活性测定 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 阿扎霉素F_(5a)的发酵与分离制备 |
| 4.3.2 阿扎霉素F_(5a)抗根结线虫的活性 |
| 4.3.3 阿扎霉素F_(5a)抗香蕉枯萎病活性 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 结论和展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 |
| 致谢 |
（6）青海不同生境芽孢杆菌多样性分析、生防菌筛选及其抗病促生机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 上篇 文献综述 |
| 第一章 芽孢杆菌分类方法研究进展 |
| 1 表型鉴定法 |
| 1.1 常规鉴定法 |
| 1.2 化学分类鉴定法 |
| 1.3 蛋白质电泳图谱分析法 |
| 1.4 数值分类和自动化鉴定 |
| 2 分子鉴定法 |
| 2.1 细菌染色体DNA G+C mol%含量测定 |
| 2.2 核酸杂交 |
| 2.3 分子标记技术 |
| 2.4 16S rRNA序列分析 |
| 2.5 蛋白编码基因序列分析 |
| 第二章 生防芽孢杆菌的抗病促生机制 |
| 1 芽孢杆菌的生防应用 |
| 2 生防芽孢杆菌的抗病作用 |
| 2.1 竞争作用 |
| 2.2 芽孢杆菌对植物产生诱导抗性 |
| 2.3 芽孢杆菌拮抗作用 |
| 3 芽孢杆菌促生作用机制 |
| 3.1 提高植物对矿物质元素的吸收 |
| 3.2 产生植物激素或促生物质促进植物生长 |
| 3.3 减缓逆境环境对植物影响 |
| 第三章 转录组测序及其应用 |
| 1 转录组测序的应用 |
| 2 转录组测序及信息分析 |
| 2.1 转录组测序流程 |
| 2.2 信息分析流程 |
| 下篇 研究内容 |
| 第一章 青海不同生境芽孢杆菌分离及鉴定 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 菌株的分离及纯化 |
| 1.3 芽孢杆菌表型鉴定 |
| 1.4 rep-PCR指纹图谱分析 |
| 1.5 16S rDNA序列鉴定 |
| 1.6 gyrB基因序列鉴定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 芽孢杆菌分离结果 |
| 2.2 菌株的表型鉴定结果 |
| 2.3 海西州分离菌株分子鉴定 |
| 2.4 盐碱地分离菌株分子鉴定 |
| 2.5 互助北山分离菌株分子鉴定 |
| 2.6 其他样点分离菌株的鉴定 |
| 3 本章小结 |
| 第二章 生防芽孢杆菌筛选及其脂肽类化合物测定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 病原指示菌培养 |
| 1.3 生防芽孢杆菌筛选 |
| 1.4 MALDI-TOF-MS质谱分析 |
| 1.5 脂肽类化合物活性检测 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 生防芽孢杆菌筛选 |
| 2.2 生防芽孢杆菌拮抗活性 |
| 2.3 MALDI-TOF-MS质谱测定生防菌产生的脂肽化合物 |
| 2.4 脂肽类抗生素活性检测 |
| 3 本章小结 |
| 第三章 青海不同生境分离芽孢杆菌特性研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 芽孢杆菌促生及催芽实验 |
| 1.3 生防芽孢杆菌耐盐性测定 |
| 1.4 生防芽孢杆菌耐低温特性测定 |
| 1.5 解纤维素芽孢杆菌筛选 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 生防芽孢杆菌促生作用 |
| 2.2 生防芽孢杆菌耐低温特性 |
| 2.3 生防芽孢杆菌耐盐特性 |
| 2.4 解纤维素生防菌株筛选 |
| 3 本章小结 |
| 第四章 芽孢杆菌与水稻互作转录组测序分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 植物材料及供试菌株 |
| 1.2 实验材料培养 |
| 1.3 水稻与芽孢杆菌互作处理 |
| 1.4 转录组测序 |
| 2 结果分析 |
| 2.1 转录组测序基因差异表达分析 |
| 2.2 水稻根部(C-root-VS-T-root)应答芽孢杆菌互作 |
| 2.3 水稻叶部(C-leaf-VS-T-leaf)应答生防芽孢杆菌 |
| 3 本章小结 |
| 3.1 生防芽孢杆菌诱导了植物抗病性 |
| 3.2 芽孢杆菌促进植物生长的作用 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 博士期间发表论文 |
（7）Nonomuraea fuscirosea和Streptosporangium shengliense的分类学鉴定及分离菌株的抑菌活性研究（论文提纲范文）
| CONTENTS |
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 土壤中稀有放线菌的研究概况 |
| 1.1.1 稀有放线菌的研究意义 |
| 1.1.2 稀有放线菌产生的抗生素 |
| 1.1.3 稀有放线菌的分离 |
| 1.2 链孢囊菌属 |
| 1.2.1 链孢囊菌属的分类地位及特点 |
| 1.2.2 链孢囊菌所产生的次级代谢产物 |
| 1.2.3 链孢囊菌属有效发表种的信息 |
| 1.3 野野村氏菌属 |
| 1.3.1 野野村氏菌属的特征描述 |
| 1.3.2 野野村氏菌属代谢产物研究 |
| 1.3.3 野野村氏菌属有效发表种的信息 |
| 1.4 课题来源、研究内容和研究意义 |
| 1.4.1 课题来源 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 1.4.3 研究意义 |
| 2 实验材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 土壤采集 |
| 2.1.2 抑菌活性检测试验靶标菌 |
| 2.2 实验试剂与仪器 |
| 2.2.1 主要实验试剂 |
| 2.2.2 主要实验仪器 |
| 2.3 主要培养基及具体配制方法 |
| 2.3.1 筛选分离培养基 |
| 2.3.2 纯化培养基 |
| 2.3.3 发酵培养基 |
| 2.3.4 生测实验培养基 |
| 2.3.5 菌丝体液体培养基 |
| 2.3.6 形态观察培养基 |
| 2.3.7 生理生化实验培养基 |
| 2.3.8 培养大肠杆菌培养基 |
| 2.4 土壤稀有放线菌的筛选分离及纯化 |
| 2.4.1 样品的采集和预处理 |
| 2.4.2 制备土壤稀释液 |
| 2.4.3 土壤放线菌的分离与纯化 |
| 2.4.4 放线菌菌种的保藏 |
| 2.5 放线菌的抑菌活性检测 |
| 2.5.1 放线菌的发酵培养和发酵液的预处理 |
| 2.5.2 浸提发酵液对细菌的抑菌活性检测 |
| 2.5.3 浸提的发酵液对真菌的抑菌活性检测 |
| 2.6 稀有放线菌的多相分类学鉴定 |
| 2.6.1 表型特征鉴定 |
| 2.6.2 生理生化特征鉴定 |
| 2.6.3 化学分类学特征鉴定 |
| 2.6.4 分子水平鉴定 |
| 3 实验结果与讨论 |
| 3.1 土壤中放线菌的筛选分离结果 |
| 3.2 113株放线菌的抑菌活性检测结果与分析 |
| 3.2.1 对细菌的抑菌活性检测 |
| 3.2.2 对真菌的抑菌活性检测 |
| 3.3 两株稀有放线菌的分类学鉴定结果与分析 |
| 3.3.1 两株稀有放线菌16S rRNA基因序列分析 |
| 3.3.2 两株稀有放线菌系统发育树的构建 |
| 3.3.3 两株稀有放线菌的培养特征和形态特征鉴定结果 |
| 3.3.4 两株稀有放线菌生理生化特征鉴定结果 |
| 3.3.5 两株稀有放线菌化学分类特征鉴定结果 |
| 3.3.6 两株稀有放线菌的DNA同源性分析结果 |
| 3.3.7 (G+C)mol%含量分析结果 |
| 3.4 菌株CF22代谢产物研究 |
| 4 实验结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文 |
（8）类芽孢杆菌Bg1种的鉴定及其抗菌蛋白的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 类芽孢杆菌的研究概况及生防机制 |
| 1.1.1 类芽孢杆菌的研究概况 |
| 1.1.2 类芽孢杆菌对植物病害的作用机制 |
| 1.2 类芽孢杆菌的种类鉴定 |
| 1.2.1 类芽孢杆菌属的分类特征 |
| 1.2.2 类芽孢杆菌的种类鉴定 |
| 1.3 抗菌蛋白的分离纯化方法 |
| 1.3.1 蛋白质的粗提 |
| 1.3.2 蛋白质的精提 |
| 1.4 本研究的内容与研究意义 |
| 1.4.1 主要内容 |
| 1.4.2 研究目的与意义 |
| 2 生防菌株类芽孢杆菌 Bg1 种的鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 菌株 |
| 2.1.2 主要培养基 |
| 2.1.3 菌株 Bg1、P.elgii SD17T、P.ehimensis EAG5T的生理生化比较鉴定 |
| 2.1.4 16SrDNA 基因序列扩增与测序 |
| 2.1.5 ropB 基因扩增与测序 |
| 2.1.6 脂肪酸含量测定与比较分析 |
| 2.1.7 DNA-DNA 杂交测定与分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 菌株 Bg1、P.elgii SD17T、P.ehimensis EAG5T的生理生化比较 |
| 2.2.2 基于 16SrDNA 序列的系统发育与分析 |
| 2.2.3 基于 ropB 序列的系统发育与分析 |
| 2.2.4 脂肪酸含量比较分析 |
| 2.2.5 DNA-DNA 杂交分析 |
| 2.3 结论与讨论 |
| 3 生防菌株 Bg1 抗菌蛋白的研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试菌株及培养基 |
| 3.1.2 主要试剂及缓冲液 |
| 3.1.3 主要仪器和设备 |
| 3.1.4 Bg1 发酵液的制备 |
| 3.1.5 粗蛋白的提取 |
| 3.1.6 DEAE-Sephadex A-50 离子交换层析 |
| 3.1.7 Sephadex G-100 凝胶过滤层析 |
| 3.1.8 抗菌蛋白浓度的测定 |
| 3.1.9 抗菌蛋白抑菌活性测定 |
| 3.1.10 抗菌蛋白的 SDS-PAGE 检测 |
| 3.1.11 抗菌蛋白的质谱分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 DEAE-Sephadex A-50 离子交换层析 |
| 3.2.2 Sephadex G-100 凝胶过滤层析 |
| 3.2.3 各步分离样品的抗菌蛋白浓度 |
| 3.2.4 不同纯度抗菌蛋白的抑菌活性 |
| 3.2.5 Bg1 抗菌蛋白的 SDS-PAGE 检测 |
| 3.2.6 Bg1 抗菌蛋白的质谱分析 |
| 3.3 结论与讨论 |
| 4 生防菌株 Bg1 生物活性的测定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验菌株与主要培养基 |
| 4.1.2 主要仪器与设备 |
| 4.1.3 Bg1 对甘蓝枯萎病菌的抑制 |
| 4.1.4 SDS 对 Bg1 抑菌物质的影响 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 Bg1 对甘蓝枯萎病菌的抑制 |
| 4.2.2 SDS 对 Bg1 抑菌物质的影响 |
| 4.3 结论与讨论 |
| 5 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（9）大庆盐碱土可培养嗜盐细菌与古菌多样性及多相分类研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 研究目的与意义 |
| 1.2 国内外研究综述 |
| 1.2.1 极端环境与极端微生物 |
| 1.2.2 高盐环境中的微生物 |
| 1.2.3 研究嗜盐微生物的意义 |
| 1.2.4 微生物多相分类研究方法 |
| 1.2.5 中度嗜盐菌的分类研究概况 |
| 1.2.6 极端嗜盐古菌的分类研究概况 |
| 1.2.7 大庆市生态环境概述 |
| 1.2.8 我国嗜盐菌分类研究的历史与现状 |
| 1.3 存在的问题 |
| 1.4 课题来源及主要研究内容 |
| 1.4.1 课题来源 |
| 1.4.2 主要研究内容 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 土壤样品 |
| 2.1.2 培养基 |
| 2.1.3 参考菌株 |
| 2.1.4 试剂和酶 |
| 2.1.5 试剂配制 |
| 2.1.6 实验主要仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 嗜盐菌的分离筛选 |
| 2.2.2 中度嗜盐菌的鉴定 |
| 2.2.3 极端嗜盐古菌的鉴定 |
| 第3章 嗜盐菌株的分离筛选与多样性研究 |
| 3.1 土壤化学指标的测定 |
| 3.2 嗜盐菌株的分离与筛选 |
| 3.2.1 嗜盐菌的分离 |
| 3.2.2 嗜盐菌的筛选 |
| 3.3 中度嗜盐细菌的多样性 |
| 3.4 极端嗜盐古菌的多样性 |
| 3.5 关于嗜盐菌的分离与多样性的分析 |
| 3.5.1 嗜盐菌的分离培养 |
| 3.5.2 嗜盐菌的多样性分析 |
| 3.6 本章小结 |
| 第4章 中度嗜盐菌的多相分类研究 |
| 4.1 表型特征 |
| 4.1.1 形态学特征 |
| 4.1.2 生理学特征 |
| 4.1.3 生化和酶学特征 |
| 4.1.4 营养类型 |
| 4.2 化学分类特征 |
| 4.3 基因型特征 |
| 4.3.1 16S rDNA基因序列的系统发育学分析 |
| 4.3.2 基因组DNA G+C mol%含量和DNA-DNA杂交 |
| 4.4 关于盐单胞菌属（Halomonas）新分类单元描述的讨论 |
| 4.4.1 新分类单元生理学特性的分析 |
| 4.4.2 新分类单元脂肪酸组分的分析 |
| 4.4.3 新种的英文描述 |
| 4.5 本章小结 |
| 第5章 极端嗜盐古菌的多相分类研究 |
| 5.1 表型特征 |
| 5.1.1 形态学特征 |
| 5.1.2 生理学特征 |
| 5.1.3 细胞低渗裂解试验 |
| 5.1.4 生化和酶学特征 |
| 5.1.5 营养类型 |
| 5.2 化学分类特征 |
| 5.2.1 细胞色素分析 |
| 5.2.2 脂肪酸分析 |
| 5.2.3 极性脂类型 |
| 5.3 基因型特征 |
| 5.3.1 16S rDNA基因序列的系统发育学分析 |
| 5.3.2 基因组DNA G+C mol%含量和DNA-DNA杂交 |
| 5.4 关于盐陆生菌属（Haloterrigena）新分类单元描述的讨论 |
| 5.4.1 表型特征 |
| 5.4.2 化学分类特征 |
| 5.4.3 基因型特征 |
| 5.4.4 新种的英文描述 |
| 5.5 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（10）地衣芽孢杆菌MY75几丁质酶特性及表达调控元件的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 生物多样性及其分类方法 |
| 1.1.1 生物多样性 |
| 1.1.2 细菌分类鉴定方法概述 |
| 1.1.3 芽孢杆菌分类方法 |
| 1.2 微生物几丁质酶及其应用 |
| 1.2.1 几丁质 |
| 1.2.2 几丁质酶 |
| 1.2.3 微生物几丁质酶 |
| 1.3 微生物几丁质酶的表达调控 |
| 1.3.1 碳源介导的代谢物阻遏(Catabolite Repression) |
| 1.3.2 微生物几丁质酶基因调控研究现状 |
| 1.3.3 微生物几丁质酶基因调控元件的研究 |
| 1.4 主要研究内容及研究目的 |
| 第二章 产几丁质酶芽孢杆菌MY75的鉴定及特性 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 菌株及培养基 |
| 2.1.2 主要试剂和材料 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 Biolog微生物自动鉴定系统 |
| 2.2.2 MY75菌株16S rDNA,gryA及ropB基因部分序列的克隆 |
| 2.2.3 进化树绘制 |
| 2.2.4 MY75菌株产几丁质酶曲线的绘制 |
| 2.2.5 抑真菌活性检测 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 MY75菌株的鉴定 |
| 2.3.2 MY75菌株产几丁质酶曲线 |
| 2.3.3 MY75菌株抑真菌活性检测 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 MY75几丁质酶基因的克隆、表达及酶的特性研究 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 菌株及培养基 |
| 3.1.2 主要试剂和材料 |
| 3.1.3 主要仪器 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 地衣芽孢杆菌MY75几丁质酶粗蛋白的制备 |
| 3.2.2 蛋白质SDS-PAGE电泳及酶谱分析 |
| 3.2.3 地衣芽孢杆菌MY75几丁质酶基因的克隆及异源表达 |
| 3.2.4 飞行时间质谱分析(time-of-flight mass spectrometer,TOF MS) |
| 3.2.5 最佳温度、pH及热稳定性测定 |
| 3.2.6 金属离子对几丁质酶活力的影响 |
| 3.2.7 杯碟法检测抑真菌真菌活性 |
| 3.2.8 几丁质酶对苏云金芽孢杆菌杀虫毒力的增效作用 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 MY75菌株培养上清中几丁质酶粗蛋白的SDS-PAGE及酶谱分析 |
| 3.3.2 飞行时间质谱分析 |
| 3.3.3 地衣芽孢杆菌MY75几丁质酶基因的克隆、表达 |
| 3.3.4 异源表达的ChiMY75几丁质酶特性 |
| 3.3.5 几丁质酶ChiMY75的抑真菌活性 |
| 3.3.6 几丁质酶ChiMY75对苏云金芽孢杆菌杀虫毒力的增效作用 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 芽孢杆菌几丁质酶基因正向重复序列缺失对酶异源表达的影响 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 菌株及培养基 |
| 4.1.2 主要试剂和材料 |
| 4.1.3 主要仪器 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 芽孢杆菌几丁质酶基因及其上游序列的克隆及分析 |
| 4.2.2 芽孢杆菌几丁质酶基因上游序列的缺失 |
| 4.2.3 上游序列缺失对芽孢杆菌几丁质酶基因表达水平的影响 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 芽孢杆菌几丁质酶全长基因的克隆及其重要调节元件的分析 |
| 4.3.2 正向重复序列缺失基因的克隆 |
| 4.3.3 正向重复序列缺失对几丁质酶表达水平的影响 |
| 4.3.4 正向重复序列缺失对几丁质酶mRNA转录水平的影响 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 研究结论与展望 |
| 5.1 研究结论 |
| 5.1.1 确定了MY75菌株的分类地位 |
| 5.1.2 发现并证明MY75菌株几丁质酶有抑真菌活性 |
| 5.1.3 确定MY75菌株几丁质酶分子量及部分酶学特性 |
| 5.1.4 发现正向重复序列是芽胞杆菌几丁质酶基因负控制元件 |
| 5.2 研究展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 |
| 本论文感谢以下基金项目的资助 |
四、复性速率液相分子杂交法测定枯草芽孢杆菌与短小芽孢杆菌DNA杂交度（论文参考文献）
- [1]福菜乳杆菌新亚种的鉴定[D]. 杜昕. 成都医学院, 2018(12)
- [2]一株来源于大曲中兼性嗜碱菌的分类鉴定[D]. 宿承璘. 大连工业大学, 2018(04)
- [3]角蛋白降解菌的分离筛选、分子生态及功能利用研究[D]. 顾振红. 华南农业大学, 2016(05)
- [4]废弃钻井泥浆降解细菌遗传多样性研究及两株降解细菌新种的确定[D]. 唐雪. 四川农业大学, 2016(03)
- [5]两株放线菌的分类鉴定及其代谢产物研究[D]. 罗少娥. 陕西理工学院, 2016(04)
- [6]青海不同生境芽孢杆菌多样性分析、生防菌筛选及其抗病促生机理研究[D]. 谢永丽. 南京农业大学, 2014(06)
- [7]Nonomuraea fuscirosea和Streptosporangium shengliense的分类学鉴定及分离菌株的抑菌活性研究[D]. 张新慧. 东北农业大学, 2014(01)
- [8]类芽孢杆菌Bg1种的鉴定及其抗菌蛋白的研究[D]. 叶慧敏. 广东海洋大学, 2013(S1)
- [9]大庆盐碱土可培养嗜盐细菌与古菌多样性及多相分类研究[D]. 王爽. 哈尔滨工业大学, 2011(07)
- [10]地衣芽孢杆菌MY75几丁质酶特性及表达调控元件的研究[D]. 肖亮. 南开大学, 2010(07)