一、系统生物学及其研究思路与方法（论文文献综述）
丘燕燕[1]（2021）在《基于代谢组学探讨重证婴儿胆汁淤积性肝病生物标志物及利胆合剂相关研究》文中研究指明目的通过对重证婴儿胆汁淤积性肝病（ICH）患儿血液和尿液代谢物的检测,建立该疾病基于差异性代谢物的寒湿阻滞证和瘀积发黄证潜在的代谢生物标志物特征谱库,为重证ICH证本质研究提供一定的客观依据。同时开展动物实验研究,探讨胆汁淤积幼龄大鼠的潜在血液代谢生物标志物,并观察利胆合剂对相关潜在血液代谢生物标志物的影响,推测利胆合剂改善胆汁淤积的作用途径,为研究利胆合剂作用机制提供思路。方法1.理论研究:通过查阅中医古籍和检索10年来“知网”、“万方”和“Pub Med”中胆汁淤积性肝病的临床研究和实验研究文献,系统性地回顾和总结现代医学及中医学对ICH的病名、病因、病机及治疗方法的认识,阐述中医药治疗ICH的优势,提出“重证ICH”的概念;同时,还回顾了代谢组学在疾病中病证客观化中的运用,总结代谢组学技术能为中医辨证提供客观化指标,由此为重证ICH潜在的代谢生物标志物提供理论依据,也为利胆合剂改善ICH可能的作用机制提供研究思路。2.临床实验研究:血液、尿液样本均来源于华中科技大学同济医学院附属武汉儿童医院。分别采用液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）技术及气相色谱质谱联用（GC-MS）技术进行血液和尿液样本的代谢物检测。在本研究中,详细列出了每一例纳入患儿的一般情况、主要症状、次要症状、体征、实验室指标及辨证分型等。根据纳入标准和排除标准进行分组:寒湿阻滞证组共62例,血液样本62例,尿液样本57例;瘀积发黄证组共48例,血液样本48例,尿液样本45例;和同时期正常对照组50例,血液样本50例,尿液样本48例。分别收集、统计和分析各组患儿的一般资料、实验室检查、代谢物结果等,重点对正常组、寒湿阻滞证组和瘀积发黄证组患儿血液和尿液代谢物结果进行统计学分析后筛选出该疾病寒湿阻滞证、瘀积发黄证的潜在血液和尿液代谢生物标志物。3.动物实验研究:血液样本来源于SD幼龄大鼠,采用LC-MS/MS进行血液样本的代谢物检测。建立胆汁淤积幼龄大鼠动物模型,同时设立正常对照组和利胆合剂组大鼠。采集三组大鼠的血液、肝脏组织标本,检测分析血生化指标,观察肝脏组织病理学改变。另外检测血液样本的代谢物,根据代谢物与相应内标丰度之间的比值代入标准曲线中,运用Chemo View2.0.2软件自动计算出所测样本中的氨基酸和肉碱的浓度。通过SPSS 25.0统计软件对数据进行统计学分析筛选出胆汁淤积幼龄大鼠潜在的血液代谢生物标志物,与临床重证ICH潜在的代谢血液生物代谢物比较,进一步筛选出更能反映胆汁淤积性肝病特征的代谢生物标志物,同时观察利胆合剂对这些代谢生物标志物的作用,推测利胆合剂改善胆汁淤积的作用途径。结果1.临床实验中重证ICH两种不同证型的客观性指标结果本研究第二部分发现重证ICH两个证型中,在性别、出生情况、出生方式、喂养方式、年龄、体重等一般资料上相互比较差异无统计学意义（P>0.05）。瘀积发黄证在病程上较寒湿阻滞证长（P<0.05）。在实验室指标上,瘀积发黄证组患儿的TBIL、DBIL、ALT、AST、TBA、GGT及ALP水平均高于寒湿阻滞证组（P<0.05）。另外,寒湿阻滞证组患儿、瘀积发黄证组患儿和正常对照组婴儿在血代谢物和尿有机酸代谢物层面上存在的差异有统计学意义（P<0.05）。血液样本中,与正常对照组相比,重证ICH（寒湿阻滞证和瘀积发黄证）组与正常组具有统计学差异的血液代谢物有27种（7种氨基酸和20种肉碱）,分别为甲硫氨酸、酪氨酸、缬氨酸、鸟氨酸、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、游离肉碱、乙酰肉碱、丙酰肉碱等;在以上差异性代谢物中,与寒湿阻滞证组相比,瘀积发黄证组与其具有统计学差异的血液代谢物有4种（1种氨基酸和3种肉碱）,分别为鸟氨酸、乙酰肉碱、丙酰肉碱、3-羟基十八碳酰肉碱。尿液样本中,与正常对照组相比,重证ICH（寒湿阻滞证和瘀积发黄证）与正常组具有统计学差异的尿液代谢物有11种（有机酸）,分别为2-羟基异丁酸-2、3-甲基戊烯二酸-2、3-羟基-3-甲基戊二酸-3等;在以上差异性代谢物中,与寒湿阻滞证组相比,未发现瘀积发黄证组与其具有统计学差异的尿液代谢物。2.动物实验中利胆合剂改善胆汁淤积幼龄大鼠的客观性指标结果本研究第三部分发现,与正常对照组大鼠相比,ANIT建立的胆汁淤积幼龄大鼠模型的TBIL、DBIL、TBA、ALT、AST、GGT及ALP水平明显升高（P<0.01）,且肝脏组织出现异常的病理学变化;与模型组大鼠相比,利胆合剂组大鼠TBIL、DBIL、TBA、ALT、AST、GGT及ALP水平较低（P<0.01）,且肝脏病理有改善。另外,模型组、利胆合剂组和正常对照组大鼠在血代谢物层面上存在的差异有统计学意义（P<0.05）。与正常对照组相比,模型组与正常组大鼠具有统计学差异的血液代谢物有30种（4种氨基酸和26种肉碱）,分别为丙氨酸、精氨酸、鸟氨酸、苏氨酸、游离肉碱、丙二酰肉碱、3-羟基丁酰肉碱等;在以上差异性代谢物中,与模型组大鼠相比,利胆合剂组大鼠与其具有统计学差异的血液代谢物有17种（1种氨基酸和16种肉碱）,分别为鸟氨酸、游离肉碱、丙二酰肉碱、3-羟基丁酰肉碱等。通过模型组大鼠差异性血液代谢物与临床重证ICH婴儿差异性血液代谢物对比,筛选出13种普适性差异性血液代谢物（2种氨基酸和11种肉碱）,分别为鸟氨酸、苏氨酸、游离肉碱、3-羟基丁酰肉碱、3-羟基异戊酰肉碱等。以上差异性血液代谢物中,利胆合剂组大鼠与模型组大鼠之间比较有统计学差异的为10种代谢物（1种氨基酸和9种肉碱）,分别为鸟氨酸、游离肉碱、丙二酰肉碱、3-羟基丁酰肉碱等。结论1.本研究采用代谢组学技术在临床上有助于中医辨证本质的阐述,在实验中有助于药物作用机制的探索。2.本研究第二部分以婴儿为对象,性别、出生情况、出生方式、喂养方式、年龄、体重等一般资料不会影响重证ICH两种证型（寒湿阻滞证和瘀积发黄证）后续的代谢组学分析;从病程长短及TBIL、DBIL、ALT、AST、TBA、GGT及ALP水平来看,瘀积发黄证患儿较寒湿阻滞证患儿的病程长,且胆汁淤积和肝损伤程度较严重。采用LC-MS/MS和GC-MS技术筛选的27种重证ICH血液差异性代谢物（7种氨基酸和20种肉碱）和11种重证ICH尿液差异性代谢物（11种有机酸）可能是其客观生物标志物,其中4种血液代谢物（1种氨基酸和3种肉碱:鸟氨酸、乙酰肉碱、丙酰肉碱、3-羟基十八碳酰肉碱）是寒湿阻滞证和瘀积发黄证区分的客观指标。以上发现的差异性代谢物有利于区分和阐述重证ICH（寒湿阻滞证和瘀积发黄证）与正常对照组不同的血液代谢物和尿液代谢物谱征。差异性血尿代谢物提示了重证ICH疾病的发生和发展与氨基酸降解、脂肪酸氧化和有机酸代谢途径相关。而脂肪酸氧化代谢紊乱可能为重证ICH中医证型（寒湿阻滞证和瘀积发黄证）区分的主要方向。3.本研究第三部分以幼龄大鼠为对象,根据肝脏病理改变及TBIL、DBIL、ALT、AST、TBA、GGT及ALP水平来看,ANIT诱导的肝内胆汁淤积幼龄大鼠出现严重的肝功能损伤,胆汁淤积,说明造模成功;利胆合剂组大鼠的肝脏病理有所改善、胆汁淤积和肝功能损伤程度也明显减轻,说明利胆合剂能够改善胆汁淤积及肝损伤程度。采用LC-MS/MS技术验证胆汁淤积幼龄大鼠与正常幼龄大鼠血液代谢物存在差异,利胆合剂能够逆转胆汁淤积幼龄大鼠体内17种差异性代谢物水平（1种氨基酸和16种肉碱）,改善胆汁淤积,其作用机制可能主要为调节脂肪酸氧化代谢。
王院春,吴勉华,惠建荣,王希胜,朱叶萍[2]（2021）在《在中医肿瘤学基础研究中运用系统生物学方法的刍议》文中研究说明中医肿瘤学是一门古老而又年轻的中医临床学科,具有"整体观念、辨证论治"的中医学基本属性,还具有"以人为本、道法自然、顺势思维"的特色与优势,但其同样也面临发展的局限性。系统生物学整体研究、多变量整合、动态分析的思想体系和方法策略与中医肿瘤学的思维方式具有趋同性,可以成为中医肿瘤学发展中的借鉴和补充。充分借鉴系统生物学的核心研究平台,即基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学可以实现中医肿瘤学在理论、方法、技术上的全面发展,阐释中医肿瘤病因学、发病学、诊断辨证、治疗靶点、作用机制等的科学内涵,发现新的中医药疗法和药物。多组学研究策略可补充单组学研究的不足,整合单组学数据,更加符合中医肿瘤学整体性研究的特征。
郭丽君[3]（2021）在《基于网络药理学及代谢组学研究参附强心丸治疗心力衰竭的作用机制》文中研究说明心力衰竭是一种复杂的临床综合征,死亡率及再住院率居高不下。西医标准化治疗降低了心力衰竭的全因死亡率和再住院率,但仍有很大一部分患者处于心血管事件高风险中,因此有必要应用更广泛的方法来降低心血管疾病残余风险。中医药“多成分、多靶点”的作用特点和良好的安全性使其成为预防和治疗心力衰竭等复杂疾病的安全有效药物。参附强心丸是治疗心力衰竭的代表性中成药之一,但目前关于其作用机制的研究较为单一,因此有必要深入研究参附强心丸治疗心力衰竭的作用机理。网络药理学可以通过整个网络系统来预测药物成分和疾病靶点,是发现药物与疾病联锁的关键技术;代谢组学是组学研究的终端,可用于研究中药复方引起机体内源性代谢物的变化,这两种研究方法与中医“整体观念”的理念相近。因此本课题拟采用网络药理学和代谢组学相结合的研究方法,多角度研究参附强心丸治疗心力衰竭的作用机制。然而,网络药理学只是预测参附强心丸治疗心力衰竭的潜在机制,代谢组学技术目前尚未成熟,因此后续通过分子生物学技术（动物实验+细胞实验）进行验证,并在细胞层面深入研究其作用机制。第一部分参附强心丸对心肌梗死后心力衰竭大鼠的药效学研究目的:评价参附强心丸对心肌梗死后心力衰竭大鼠的疗效。方法:结扎左冠状动脉前降支2周后构建心肌梗死后心力衰竭大鼠模型,根据左心室射血分数（left ventricular ejection fraction,LVEF）按随机数字表法随机分组,分为模型组、阳性药（培哚普利叔丁胺）组、参附强心丸高、中、低剂量组和假手术组,灌胃4周,利用超声评估参附强心丸对心力衰竭大鼠心功能的影响;采用酶联免疫吸附法检测参附强心丸对大鼠血清中心力衰竭标志物心房利钠肽（atrial natriuretic peptide,ANP）、B 型利钠肽（B-type natriuretic peptide,BNP）的影响;采用 HE 染色（hematoxylin-eosin staining）和Masson染色观察大鼠心肌组织形态变化。结果:与模型组相比,参附强心丸高剂量组和阳性药组治疗4周后可提高LVEF和左心室短轴缩短率（left ventricular fractional shortening,LVFS）（P<0.05）,降低 ANP和BNP水平（P<0.01）。HE染色模型组心肌纤维结构紊乱、肌纤维变粗,呈波浪状改变;参附强心丸高剂量组和阳性药组心肌纤维排列较模型组清晰,心肌细胞束间隙和炎性细胞浸润减少。Masson染色模型组可见明显蓝色胶原纤维分布;参附强心丸高、中、低剂量组和阳性药组大鼠心肌细胞间蓝色胶原纤维较模型组明显减少（P<0.05）。结论:参附强心丸可以改善心肌梗死后心力衰竭大鼠的心功能（提高LVEF和LVFS）,降低心力衰竭生物标志物ANP和BNP的水平,延缓心室重塑。第二部分整合网络药理学及代谢组学预测参附强心丸治疗心力衰竭的作用机制目的:结合网络药理学及非靶向代谢组学探讨参附强心丸调控心力衰竭的关键靶点及代谢通路,并进行靶向代谢组学定量分析,综合预测参附强心丸治疗心力衰竭的潜在作用机制。1基于网络药理学探讨参附强心丸治疗心力衰竭的机制方法:应用BATMAN-TCM数据库,筛查参附强心丸的有效成分及其作用靶点,DisGeNet、OMIM、TTD数据库综合筛选心力衰竭相关靶点。采用STRING在线数据库对二者交集的靶点构建蛋白相互作用网络,筛选关键基因,并在Cytoscape 3.8.0软件中构建“药物-活性成分-靶标-疾病”可视化网络。使用DAVID工具对共同基因进行基因本体论富集分析以及KEGG通路富集分析,探讨潜在靶标的作用机制。结果:从参附强心丸中筛选出215个有效成分,涉及治疗心力衰竭的497个靶点。参附强心丸治疗心力衰竭富集的通路主要是MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、鞘脂类信号通路、细胞凋亡、AMPK信号通路等。2参附强心丸治疗心力衰竭大鼠的非靶向代谢组学研究方法:选择药效学研究中效果最佳的参附强心丸高剂量组作为参附强心丸组。以大鼠血清为研究对象,基于液质联用分析技术,获得假手术组、模型组和参附强心丸组大鼠血清代谢轮廓,结合主成分分析和偏最小二乘法-判别分析等多元统计分析手段,分析不同组别代谢物的变化及参附强心丸影响的代谢途径。同时将非靶向代谢组学结果与网络药理学结果进行整合,预测参附强心丸治疗心力衰竭的核心靶点。结果:参附强心丸可以通过调节脯氨酸、胞嘧啶核苷、5-甲基胞苷、哌可酸、胞嘧啶和神经鞘氨醇等发挥治疗心力衰竭的作用,这些代谢物与鞘脂代谢、嘧啶代谢、氨酰基tRNA的生物合成、氮素代谢、谷胱甘肽代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、精氨酸和脯氨酸代谢等通路密切相关。通过整合网络药理学与代谢组学筛选出参附强心丸治疗心力衰竭的主要靶点为AKT1、MAPK1/3（ERK1/2）、TP53,这些靶点与自噬和凋亡密切相关。3参附强心丸治疗心力衰竭大鼠的氨基酸靶向代谢组学研究方法:整合网络药理学与代谢组学结果,发现重合的代谢通路大部分与氨基酸代谢有关,因此基于已建立的靶向代谢组学平台,利用液相色谱质谱联用技术,对模型组大鼠、假手术组大鼠、参附强心丸组大鼠血清样本进行氨基酸靶向代谢组学研究,筛选参附强心丸治疗心力衰竭调控的氨基酸代谢物。结果:和假手术组相比,心力衰竭大鼠血清中组氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸、瓜氨酸、亚牛磺酸、鸟氨酸、色氨酸、犬尿氨酸水平升高。其中参附强心丸可以回调苯丙氨酸、瓜氨酸、色氨酸、犬尿氨酸浓度。结论:网络药理学结合代谢组学研究是探索参附强心丸作用机制的有效工具,参附强心丸可能通过调控心肌细胞自噬和凋亡发挥治疗心力衰竭的作用。第三部分 参附强心丸治疗心力衰竭的分子生物学研究初步预测结果表明参附强心丸可能通过调节自噬和凋亡发挥治疗心力衰竭的作用,细胞自噬和凋亡之间又存在交互对话（crosstalk）,那么参附强心丸是否影响自噬和凋亡的crosstalk?可能通过何种crosstalk形式发挥治疗心力衰竭的作用?其可能的作用通路是什么?因此选用与自噬和凋亡密切相关的经典分子,通过动物实验及细胞实验验证参附强心丸治疗心力衰竭影响心肌细胞的自噬和凋亡,且影响心肌细胞自噬和凋亡的crosstalk,并进一步探索其潜在作用通路。1参附强心丸对心力衰竭大鼠心肌细胞自噬和凋亡的影响目的:明确参附强心丸通过调控心肌细胞自噬和凋亡发挥治疗心力衰竭的作用。方法:结扎左冠状动脉前降支2周后构建心肌梗死后心力衰竭大鼠模型,4周后对各组大鼠心肌组织通过TUNEL法检测细胞凋亡,免疫荧光技术检测Bcl-2和Bax,蛋白免疫印迹法（western blot,WB）检测与凋亡密切相关的蛋白Bcl-2、Bax和Cleaved-caspase3的表达以及与自噬密切相关的蛋白LC3-Ⅱ、Beclin 1和SQSTM1/p62的表达。结果:TUNEL结果表明与模型组相比,阳性药组和参附强心丸高、中、低剂量组大鼠心肌组织TUNEL染色标记的绿色荧光点明显减少,凋亡指数明显下降（P<0.01）。免疫荧光显示与模型组相比,参附强心丸高、中、低剂量组和阳性药组Bax荧光表达明显减弱,Bcl-2荧光表达明显增强。WB结果显示与模型组相比,参附强心丸高、中、低剂量组和阳性药组Cleaved-caspase3表达量明显下降（P<0.01）;参附强心丸高剂量组和阳性药组Bax表达量明显下降（P<0.01）,Bax/B cl-2降低（P<0.05）;参附强心丸高、中剂量组和阳性药组Bcl-2表达量升高（P<0.05）。与模型组相比,阳性药组和参附强心丸高剂量组LC3-Ⅱ表达量升高（P<0.05）;阳性药组和参附强心丸高、中、低剂量组Beclin 1表达量升高（P<0.05）;各组SQSTM1表达量未见明显统计学差异（P>0.05）。结论:参附强心丸可以降低凋亡指数,减少Bax和Cleaved-caspase3的表达,增加Bcl-2的表达抑制心肌梗死后心力衰竭大鼠心肌细胞凋亡;还可以上调LC3-Ⅱ和Beclin 1的表达促进心肌细胞自噬。2参附强心丸对氧糖剥夺诱导的H9C2大鼠心肌细胞自噬和凋亡crosstalk的研究背景:既往研究表明参附强心丸的作用机制与MAPK（JNK、ERK1/2、p38）信号通路相关,其中MST1是MAPK信号通路的上游,JNK是MAPK信号通路的开关,MST1和JNK均可以在自噬和凋亡中发挥重要作用且MST1/JNK信号通路在心力衰竭中发挥重要作用。目的:研究参附强心丸是否可以调控H9C2大鼠心肌细胞自噬和凋亡的crosstalk,及与MST1/JNK通路是否相关。方法:对H9C2大鼠心肌细胞进行氧糖剥夺（oxygen-glucose deprivation,OGD）构建心肌细胞损伤模型,通过CCK-8法及乳酸脱氢酶法筛选OGD的最佳干预时间及参附强心丸的最佳给药浓度。通过流式细胞仪检测参附强心丸对H9C2大鼠心肌细胞凋亡率的影响,WB检测参附强心丸对H9C2大鼠心肌细胞自噬和凋亡相关蛋白（Caspase-3、Beclin 1）的影响。予以雷帕霉素及3-甲基腺嘌呤处理研究参附强心丸是否调控自噬和凋亡之间的crosstalk,同时WB检测MST1、JNK、p-JNK的表达以研究参附强心丸调节H9C2大鼠心肌细胞自噬和凋亡与MST1/JNK通路是否相关。结果:流式细胞术表明参附强心丸可以降低OGD诱导的心肌细胞的凋亡率（P<0.05）,WB检测表明参附强心丸可以下调Caspase-3的表达量（P<0.05）,上调Beclin 1（P<0.05）的表达量。与单独应用参附强心丸相比,3-MA减弱了参附强心丸促自噬和抗凋亡作用;雷帕霉素并没有进一步增强参附强心丸促自噬和抗凋亡作用。同时参附强心丸可以抑制自噬和凋亡交互作用的关键蛋白MST1的表达（P<0.05）,抑制JNK的磷酸化（P<0.01）。结论:参附强心丸可以通过上调自噬活性抑制OGD诱导的凋亡发挥对心肌细胞的保护作用,其作用通路可能与MST1/JNK相关。
徐迪辉[4]（2021）在《基于质谱技术对蟾酥中吲哚类生物碱的鉴定及镇痛抗炎活性评价》文中进行了进一步梳理中药蟾酥作为一味传统动物药,具有良好的解毒、止痛、开窍醒神的功效,临床上常单独或组方配伍用于治疗癌症疼痛、类风湿性关节炎、咽喉肿痛及带状疱疹等。蟾酥中包含有多种化学成分,如蟾蜍内酯类、甾醇类、生物碱类、蛋白质类、多肽类、氨基酸以及有机酸等。当前大多数研究集中于蟾酥中蟾蜍内酯类化学成分的分离鉴定及活性评价,而对其他类成分的研究则相对较少。例如蟾酥中含有丰富的吲哚类生物碱,这类成分可能具有药理活性和产业开发价值。本文主要针对蟾酥中吲哚类生物碱成分开展了质谱鉴定研究,并对其镇痛抗炎活性及潜在作用机制进行了初步探索,具体内容如下:1.文献研究根据文献调研,质谱是当前中药化学成分鉴定的有力工具,基于质谱的组学技术广泛应用于中药的成分鉴定和药理作用机制研究。此外,中药活性分子及其靶标筛选与鉴定可以解释中药的药理作用机制,阐明其发挥功效的分子基础。本章第一部分介绍了基于质谱的各组学技术,主要包括代谢组学、蛋白质组学、多肽组学三种方法以及在中药相关研究中的应用。第二部分介绍了多种中药活性成分与靶标鉴定研究方法及其应用。2.蟾酥中吲哚类生物碱成分的质谱鉴定研究为了阐明蟾酥中吲哚类生物碱成分的结构特征,本部分采用大孔吸附树脂对蟾酥水提物中生物碱类成分进行了初步分离,并结合液相色谱-质谱联用技术对其化学成分进行了鉴定。（1）蟾酥中吲哚类生物碱成分的提取与分离该部分内容主要描述了蟾酥中吲哚类生物碱成分的提取与分离方法。首先采用水为溶媒加热回流提取,经二氯甲烷脱脂,得到蟾酥水提物。进一步采用以大孔吸附树脂为填料的层析柱对蟾酥水提物进行洗脱分离,并通过显色反应对洗脱部位进行了初步鉴别。结果显示,纯水及10%乙醇洗脱部位可能含有较多的蛋白质及多肽类成分,20%-30%乙醇洗脱部位主要含有生物碱类成分。（2）蟾酥中吲哚类生物碱成分的质谱鉴定该部分内容采用液质联用技术对蟾酥中吲哚类生物碱成分进行了鉴定,结果显示蟾酥中含有多种吲哚类生物碱成分,其中包括五羟色胺、N-甲基五羟色胺、蟾毒色胺、蟾蜍特尼定、蟾蜍噻咛、去氢蟾毒色胺、bufotenine-N-oxide等成分。我们进一步对其中6种成分的质谱二级裂解规律进行了整理归纳,发现母核结构相似的线性烷胺类吲哚生物碱（包括五羟色胺、N-甲基五羟色胺、蟾毒色胺与蟾蜍特尼定）首先进行Cα-N之间的碎裂形成质荷比为160.0752的中间离子,进一步通过脱去氮原子后分子重排形成质荷比为115.0544的碎片离子或脱去乙烯基（C2H4）再脱氧生成质荷比为117.0575的碎片离子。N-甲基五羟色胺在质谱中也会进行Cβ-N之间的碎裂,脱去C2H5N后形成质荷比为148.0763的碎片离子。此外,蟾蜍噻咛与去氢蟾毒色胺属于喹啉型吲哚生物碱,也具有相似的质谱裂解规律。蟾蜍噻咛在质谱中首先会脱去SO3会形成质荷比与去氢蟾毒色胺一致的前体离子（m/z为203.1176）,通过进一步脱去CH3与N（CH3）2会形成质荷比分别为188.0943、173.0713和160.0999的系列碎片离子。3.蟾酥中吲哚类生物碱成分的镇痛抗炎活性评价为了探究蟾酥中吲哚类生物碱成分的生物活性作用,本部分基于蟾酥的镇痛活性,采用三种小鼠疼痛动物模型评价其镇痛药理活性,并进一步采用脂质组学技术对其镇痛抗炎作用机制进行初步研究。（1）蟾酥中吲哚类生物碱成分对小鼠疼痛炎症的影响中药蟾酥具有显着的止痛作用,但经文献调研后未发现有对其镇痛活性的报道,其发挥止痛作用的功效物质基础目前尚不明确,而吲哚类生物碱成分可能是其发挥镇痛药效的物质基础。因此本部分采用三种小鼠疼痛动物模型探究蟾酥中吲哚类生物碱成分（5-45 mg/kg）的镇痛活性,分别从热刺激疼痛、化学刺激疼痛、机械刺激疼痛三个层面,采用热板镇痛实验（急性疼痛）、福尔马林致痛模型小鼠行为学观察实验（慢性疼痛）、福尔马林痛敏模型纤维丝刺激实验（急性疼痛）对其进行药理作用评价。结果显示,在小鼠热板镇痛实验中,吲哚类生物碱提取物低剂量组（5mg/kg）相比于生理盐水组,右后足热痛阈值无明显差异（P>0.05）,而吲哚类生物碱提取物中剂量组（15 mg/kg）与高剂量组（45 mg/kg）相比于生理盐水组,右后足热痛阈值显着增加（P<0.05）,并在给药60分钟后热痛阈值达到最高。在福尔马林致痛的小鼠行为学观察实验中,吲哚类生物碱提取物低、中、高剂量组相比于生理盐水组,舔足或咬足总时长均有显着降低（P<0.01）。在福尔马林痛敏模型纤维丝刺激实验中,吲哚类生物碱提取物低剂量组相比于生理盐水组,小鼠右足机械痛阈值在60分钟时略有增加（P<0.05）,而中、剂量组相比于生理盐水组,右足机械痛阈值均显着增加（P<0.01）,并在75分钟达最大机械痛阈值。此外,我们在福尔马林引起的足肿胀实验中发现与生理盐水组相比,给予低剂量的蟾酥吲哚类生物碱提取物（5mg/kg）可以显着抑制福尔马林引起的足肿胀（P<0.05）,小鼠足肿胀百分率由（46.47±9.68）%降至（13.35±9.18）%。（2）蟾酥中吲哚类生物碱成分对小鼠足部炎性疼痛介质的影响该部分采用脂质组学技术分析蟾酥中吲哚类生物碱提取物对福尔马林致痛的小鼠右后足炎性疼痛相关脂质介质的影响。首先采用液液萃取法对小鼠足部脂质成分进行了提取,进一步通过HPLC-QTRAP-MS/MS在MRM模式下对80种炎症相关脂质类成分进行了相对定量分析,这些脂质成分分别来源于环氧合酶代谢途径（COX）、脂氧合酶代谢途径（LOX）、细胞色素P450代谢途径（CYP450）、亚油酸代谢途径（LA）、二十二碳六烯酸代谢途径（DHA）以及二十碳五烯酸代谢途径（EPA）。结果显示,与正常组小鼠相比,皮下注射福尔马林的小鼠右后足炎症相关脂质介质大多数均有明显上调,而经蟾酥吲哚类生物碱提取物腹腔给药后,来源于COX、LOX、CYP450、LA、DHA等途径产物的炎症介质以及前列腺素、花生四烯酸显着下调,并逆转上调的炎症介质的含量,恢复到正常水平,表明蟾酥中吲哚类生物碱成分具有明显的抗炎作用。4.蟾酥中吲哚类生物碱成分的镇痛抗炎潜在作用机制及作用靶点预测分析为了进一步探究蟾酥中吲哚类生物碱成分发挥镇痛抗炎作用的作用机制,本部分采用网络药理学相关方法分析其潜在作用机制及作用靶点,并结合分子对接技术对蟾酥中6种主要吲哚类生物碱成分与Sigma-1受体的结合能力进行了预测。（1）蟾酥中吲哚类生物碱成分的网络药理学研究该部分采用网络药理学对蟾酥中吲哚类生物碱成分发挥镇痛抗炎作用的潜在作用机制进行研究。通过网络数据库筛选,我们首先得到了 56个镇痛抗炎潜在作用靶点,进一步的GO与KEGG富集分析显示其参与多种生物过程并通过调控多种代谢通路发挥镇痛抗炎作用。其中,主要参与血液循环过程、化学性突触传递过程、系统调节过程、单胺类成分转运过程、痛觉感知过程、五羟色胺受体信号通路、离子转运调节过程、平滑肌收缩、细胞内钙离子稳态与化学性突触传递的调节过程,在代谢通路上主要涉及5-羟色胺的神经突触、cAMP信号通路、cGMP-PKG信号通路、TRP通道的炎症介质调节、肾素-血管紧张素系统、TNF信号通路、脂肪细胞脂肪分解调控、花生四烯酸代谢与NF-κB信号通路。（2）蟾酥中吲哚类生物碱成分与Sigma-1受体的分子对接研究Sigma-1受体与疼痛疾病具有密切关系,并且其已报道的配体二甲基色胺与蟾酥中吲哚类生物碱成分的化学结构具有高度相似性。因此,该部分采用分子对接技术预测6种蟾酥中吲哚类生物碱成分与该受体蛋白的结合能力。结果表明,N-甲基五羟色胺、蟾毒色胺、蟾蜍特尼定、蟾蜍噻咛与Sigma-1受体表现出良好的结合能力。进一步从化学结构上分析,发现N-甲基五羟色胺、蟾毒色胺、蟾蜍特尼定这一类吲哚烷胺类生物碱与Sigma-1受体的结合能力可能与侧链氨基的甲基化修饰数目有关,而蟾蜍噻咛、去氢蟾毒色胺与Sigma-1受体的结合能力不同可能是由C5上所连基团差异所导致。综上所述,本文对蟾酥中吲哚类生物碱成分进行了鉴定并对其质谱裂解规律进行了总结,为这类成分结构的快速鉴定和开发新的质谱定量分析方法提供了科学依据。此外,本文研究发现蟾酥吲哚类生物碱成分在急性疼痛及慢性疼痛中均表现出良好的镇痛抗炎效果,对多种通路中的炎性疼痛脂质介质均具有显着抑制作用,其作用机制可能涉及五羟色胺受体、Sigma-1受体等膜蛋白的调控作用。蟾酥中吲哚类生物碱成分是其镇痛抗炎取效的关键组分。
袁顺,王宁,孟丹丹,马婷[5]（2020）在《系统生物学在中医证候模型评价方法中的应用与研究进展》文中指出模型评价是动物模型发展的基础,是体现中医证候动物模型的重复性、客观性、公认性的首要环节。系统生物学是以系统论和实验、计算方法整合不同级别的生物信息研究生命系统内各组成成分的构成,以及特定条件下各组分的相互关系与相互作用的研究。作为中西医结合发展的桥梁,系统生物学在中医证候本质、中药复方疗效物质基础、针灸效应物质基础等中医药领域获得广泛应用。在秉承中医传统医疗特色的前提下,通过探寻疾病特点与证候表征的客观内涵,综合更多的生物学信息与模型动物的生理、病理特点,系统生物学改进了模型评价标准中原有的缺陷,进一步规范了中医证候动物模型评价体系。本文梳理了中医证候模型评价研究现状以及系统生物学的核心特点,借鉴系统生物学运用于中医药研究的核心优势,总结了系统生物学方法在中医证候动物模型评价中的应用,扩展其应用的特色内涵,探讨系统生物学促进中医证候模型评价体系规范性发展的可行性,为推进中医药标准化的进程及中医基础理论的临床应用与发展提供科学依据。
卞庆来[6]（2020）在《抑郁症调控网络及逍遥散抗抑郁模块的生物信息学分析与实验研究》文中研究指明1研究背景生物信息学作为生命科学和计算机与信息科学相互结合而形成的一门学科,为储存、检索和分析人类基因组的生物学数据提供了新的思路与方法。在如今“大数据”时代的背景之下,其应用已不局限于人类基因组计划的研究,而是涉及基因组学、蛋白质组学、比较基因组学、宏基因组学、基因和蛋白质的表达与分析、生物芯片表达谱分析、蛋白质相互作用网络、生物系统模拟、系统生物学以及网络生物学研究等多个方面。生物信息学从分子生物学水平以系统观、信息化和复杂性的角度研究疾病与健康相关的前沿和热点问题,推动着生命科学乃至自然科学的发展。抑郁症是现代医学的疾病名称,中医学虽无“抑郁症”的病名,但考究其临床表现,可归属为“郁病”、“脏躁”以及“百合病”等范畴。目前抑郁症的发病机制尚缺乏完全的认识,亦缺乏相对客观检测指标。在治疗中也有接近一半的抑郁症患者无明显效果。因此,利用生物信息学技术开展与抑郁症的诊断和治疗密切相关的转录因子-miRNA-lncRNA调控网络等对抑郁症的机制研究、诊断和治疗等方面具有重要的意义。古方逍遥散共载药8味,具有疏肝解郁,养血健脾的功效。历代医家对逍遥散的应用已拓展至临床各科,涵盖包括抑郁症在内的多种身心疾病。课题组前期针对抑郁症的可能涉及的发病机制,重点从神经突触可塑性、HPA轴、神经营养因子、神经元微结构、脑肠肽、肠道菌群以及代谢组学等多方面展开研究,部分揭示了逍遥散抗抑郁作用的机制,并认为逍遥散具有“多成分、多靶点、多途径”的特点。然而,正是由于逍遥散“多成分、多靶点、多途径”的特点和复杂性,使得其抗抑郁作用机制的研究面临着困难和挑战。具体而言,逍遥散中的8味中药包含数百种以上化合物,这些化合物之间又可以相互影响、相互作用。那么,逍遥散中这些纷繁复杂的化合物中究竟何种成分作用于什么靶点,又影响到哪些具体的调控通路,涉及到哪些系统和途径呢?包括古方逍遥散在内的众多中药复方药效物质基础和作用机制能否用现代医学的语言进行阐释呢?这一系列的问题很难运用传统实验手段进行研究,也同时成为现代中药复方药效物质基础及作用机制研究中遇到的瓶颈。近几年来,英国药理学教授Hopkins提出“网络药理学”的概念,利用生物信息学技术分析药物与疾病和靶点之间“多成分、多靶点、多途径”的协同作用关系,这与中医学的“整体观念”和中药复方“多成分、多靶点、多途径”的作用特点相互契合,给中药复方的药效物质基础研究开辟了新的研究思路。因此,我们在前期工作的基础上借助生物信息学的分析技术,开展逍遥散相关的网络的构建和分析,分析中药活性成分、潜在作用靶点,预测可能涉及的生物学过程和信号通路,探讨潜在药理学机制,最后结合生物信息学的结果有针对性的进行动物实验探索,以期用较高的效率和更科学的策略揭示逍遥散的药效物质基础和作用机制。2研究方法本研究主要由生物信息学分析和实验研究两大部分组成。生物信息学分析:（1）在GEO数据库中检索抑郁症患者基因芯片表达数据集;数据预处理和差异表达分析;筛选抑郁症潜在相关基因;加权基因共表达网络构建及显着特征功能模块的识别;显着特征功能模块的功能富集分析及蛋白质相互作用网络构建;转录因子-miRNA-lncRNA调控网络构建;样本聚类与分子分型分析;（2）联合检索TCMID、ETCM、BATMAN-TCM和TCMSP数据库中逍遥散中药物信息;构建中药“成分-靶点-通路/疾病”网络;在CTD数据库中检索与抑郁症相关的靶点信息;构建逍遥散“成分-靶点”和“化合物靶点-抑郁症疾病靶点”网络;对“化合物靶点-抑郁症疾病靶点”进行聚类功能模块构建;聚类功能模块的生物信息学分析;基于ADME的活性成分筛选与虚拟分子对接。实验研究:（1）采用CUMS 6周法复制了抑郁模型大鼠,通过宏观表征、体重、旷场实验、糖水偏好实验以及强迫游泳实验对模型进行评价并观察逍遥散的干预作用;（2）结合生物信息学分析中的分析结果,应用免疫组化法检测各组大鼠前额叶皮质CNR1、CNR2和BDNF蛋白的表达;应用实时荧光定量PCR检测各组大鼠前额叶皮质Cnrl mRNA、Cnr2 mRNA和Bdnf mRNA的表达;应用Elisa检测各组大鼠前额叶皮质cAMP、PKA和P-CREB的含量。3研究结果生物信息学分析:（1）筛选出28个抑郁症相关基因,构建了抑郁症的加权基因共表达网络,并识别出1个与抑郁症呈负相关的显着特征功能模块;显着特征功能模块中的基因用于构建蛋白质相互作用网络,并发现在5条KEGG通路和11个基因本体生物过程中存在显着富集;蛋白质相互作用网络中筛选出5个关键基因（FOS、GMGT1、JUN、EGR1以及CCL4）;构建了抑郁症的转录因子-miRNA-lncRNA多因子调控网络,并根据多因子调控网络的“Degree”值对排行前10位基因进行了分析,其中包括3个核心基因、6个lncRNA和1个miRNA。根据5个基因（TCTEX1D4、AREG、C6orf222、PPP1R15A和TNFSF9）在抑郁症样本中的差异性表达,发现抑郁症还可再分为2大类型,这5个基因可能是区分抑郁症亚型的重要基因;（2）构建了逍遥散内中药的“成分-靶点-通路/疾病”网络和逍遥散全方的“成分-靶点”和“化合物靶点-抑郁症疾病靶点”网络并进行生物信息学分析;“化合物靶点-抑郁症疾病靶点”的网络模块聚类分析共获得23个模块,其中有8个模块含有逍遥散与抑郁症共同靶点;网络聚类分析共获得8个包含有逍遥散与抑郁症共同靶点的子网络功能模块,涉及到的具体靶点为 CNR2、HTR2A、HTR7、DRD5、SLC6A4、IL2、PTGS2、CAT、ADORA2A、MTHFR、XDH、NR3C1 以及 ACSL4,最显着富集的 KEGG 通路分别是cAMP信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、谷胱甘肽代谢通路、可卡因成瘾、非酒精性脂肪肝、嘌呤代谢、长寿调节、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路等;结合ADME模块筛选和虚拟分子对接实验结果,共鉴别出10个活性化合物与4个逍遥散与抑郁症共有靶点之间具有较高的亲和力。其中,与靶点CNR2有较高亲和力的化合物有菜豆异黄烷（Phaseollinisoflavan）、3-甲氧基光甘草定（3’-Methoxyglabridin）以及甘草素（Liquiritigenin）;与靶点NR3C1有较高亲和力的化合物有异热马酮（Isoramanone）、γ-谷甾醇（Gamma-Sitosterol）、β-谷甾醇（Beta-Sitosterol）以及除虫菊素2（Pyrethrin II）;与靶点SLC6A4有较高亲和力的化合物为延胡索乙素（Tetrahydropalmatine）;与靶点CAT有较高亲和力的化合物为齿孔醇（Eburicol）和豆甾醇（Stigmasterol）。实验研究:（1）采用CUMS 6周造模方法成功复制了抑郁模型大鼠。给予药物干预后,逍遥散组大鼠的抑郁样行为有所改善,与模型组相比一般状态较好,体重增长明显,糖水实验中糖水偏好率升高,旷场实验中运动总距离、中央区域停留时间和进入中央区域次数提高,强迫游泳实验中不动时间缩短;（2）模型组大鼠前额叶皮质Cnr1 mRNA、Cnr2 mRNA 以及Bdnf mRNA 的表达,CNR1、CNR2 以及 BDNF蛋白的表达,cAMP、PKA以及P-CREB的含量均明显低于正常组;与模型组比较,逍遥散组大鼠前额叶皮质Cnr1 mRNA、Cnr2 mRNA以及Bdnf mRNA的表达水平显着上调,CNR1、CNR2以及BDNF蛋白的表达水平有所增加;逍遥散组大鼠前额叶皮质cAMP、PKA以及P-CREB的含量明显增加。4研究结论生物信息学分析:（1）通过整合生物信息学分析结果,筛选出FOS、GNGT1、JUN、EGR1以及CCL4为与抑郁症相关的核心基因,FOS、PTGS2、JUN、XIST、NEAT1、SNHG16、NORAD、MALAT1、ARHGAP27P1-BPTFP1-KPNA2P3次及hsa-miR-106a-5p这10个基因为转录因子-miRNA-1ncRNA的多因子调控网络中的关键基因,TCTEX1D4、AREG、C6orf222、PPP1R15A和TNFSF9这5个基因是区分抑郁症分子分型的潜在基因;（2）逍遥散全方的“成分-靶点”和“化合物靶点-抑郁症疾病靶点”网络的生物信息学分析结果体现了中药复方逍遥散抗抑郁作用具有“多成分、多靶点、多途径”的特点;（3）通过ADME模块筛选和虚拟分子对接实验共发现逍遥散中药物所包含的10个活性化合物和4个逍遥散与抑郁症共同作用靶点之间具有较高的亲和性,是潜在的具有抗抑郁作用的活性化合物。实验研究:在生物信息学分析结果基础上,动物实验表明逍遥散可影响CUMS抑郁模型大鼠前额叶皮质Cnr1 mRNA和Cnr2 mRNA的表达,并可能通过cAMP-PKA-CREB通路提高BDNF的水平而发挥抗抑郁作用。
周鸿云[7]（2019）在《基于“五味合化”理论研究人参乌梅汤加味及其性味拆方对腹泻模型大鼠结肠差异基因表达的影响》文中提出目的:基于“五味合化”理论,采用全基因芯片技术探索人参乌梅汤加味（酸甘化阴法）对腹泻模型大鼠结肠差异基因的分子调控机制。方法:84只幼龄SD大鼠适应性喂养2d后,随机抽取12只为空白组（A组）,予以生理盐水灌胃（30ml/kg,1次/d）。剩余72只为造模组,参考文献方法,采用苦寒泻下、劳倦力竭复合方法制作腹泻模型。予以25%番泻叶灌胃（20ml/kg,1次/d）;灌胃30min后,大鼠入水游泳（水深40cm,水温30℃,尾部负重约其体重5%铅丝）,至力竭（大鼠鼻尖没水5s）后捞出烘干;连续造模21d。参考文献方法评定造模成功后,随机分为模型组（B组）、西药组（D组）、全方组（人参乌梅汤加味全方,E组）、去甘味药组（人参乌梅汤加味去甘味药,F组）、去酸味药组（人参乌梅汤加味去酸味药,G组）、去辛味药组（人参乌梅汤加味去辛味药,H组）,每组12只;分别予以生理盐水（30ml/kg,1次/d）、5%妈咪爱（0.7g/kg,1次/d）、人参乌梅汤加味全方、人参乌梅汤加味去甘味药、人参乌梅汤加味去酸味药、人参乌梅汤加味去辛味药（各中药组用法均为35g/kg,1次/d）灌胃,连续干预7d。观察造模及干预过程中大鼠一般情况。干预7d后处死大鼠,分别取材送检。（1）取结肠组织经10%甲醛固定液固定,常规HE染色,组织切片光镜下观察结肠病理形态。（2）取结肠组织经RNA保存液固定,进行RNA抽提、质检、纯化、放大标记后,采用Agilent大鼠全基因4*44K芯片进行杂交扫描,对芯片原始数据归一化处理后统计筛选各组间差异基因（FC≥2,p<0.05）;采用GO功能、KEGG pathway富集分析方法对差异基因进行生物信息学分析,初步阐释差异基因相关生物功能。（3）筛选组间重叠差异基因,采用实时荧光定量PCR技术验证芯片实验结果,并统计分析。结果:（1）结肠病理形态观察:西药组、全方组可有效缓解腹泻大鼠一般表现和腹泻情况,并能明显改善腹泻大鼠结肠粘膜溃疡、充血、水肿、炎性浸润等反应,对粘膜具有促损伤修复能力;去甘味药组、去酸味药组、去辛味药组肠粘膜损伤表现不同程度改善,损伤程度较模型组轻。（2）全基因芯片实验及生物信息学分析:（1）模型组与空白组相较,获得差异基因34个,其中上调基因10个,下调基因24个;GO富集获得123个条目,其中生物学过程92条（显着富集（p<0.05）44条）,主要涉及离子转运、离子稳态、发育调节、细胞分化、信号转导、细胞增殖等;pathway富集获取21条通路,主要涉及肥厚型心肌病（HCM）、心肌收缩、MAPK信号通路、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等。（2）西药组与模型组相较,获取差异基因16个,其中上调基因6个,下调基因10个;GO富集获得5个条目,其中生物过程2条（无显着富集）,涉及细胞过程调节;pathway富集获得2条通路,涉及嗅觉转导、RNA降解。（3）全方组与模型组相较,获得差异基因51个,其中上调基因17个,下调基因34个;GO富集获得125个条目,其中生物过程80条（显着富集12条）,主要涉及损伤反应、信号转导、转录调控等;pathway富集获得21条通路,主要涉及神经活性配体-受体相互作用、嗅觉转导、赖氨酸降解、蛋白质的消化和吸收、味觉转导、钙信号通路等。（4）去甘味药组与模型组相较,获得差异基因45个,其中上调基因19个,下调基因26个;GO富集获得72个条目,其中生物过程35条,主要涉及对其他有机体的反应、对外部生物刺激的反应等;pathway富集获得37条通路,主要涉及吞噬、嗅觉转导等。（5）去酸味药组与模型组相较,获得差异基因145个,其中上调基因71个,下调基因74个;GO富集获得411个条目,其中生物学过程306条,主要涉及脂质代谢过程的负调控、对干扰素-γ的反应等;pathway富集获得53条通路,主要涉及原发性免疫缺陷、胞质DNA传感通路等。（6）去辛味药组与模型组相较,获得差异基因126个,其中上调基因52个,下调基因74个;GO富集获得574个条目,其中生物学过程439条,主要涉及雄激素生物合成过程、C21类固醇激素生物合成过程等;pathway富集获得73条通路,主要涉及类固醇激素生物合成、色氨酸代谢等。与模型组相较,各拆方组获得差异基因参与的生物功能以去辛味药组最多,各拆方组获得的差异基因及参与的生物功能与全方组比较同时存在相似和不同;所有中药组差异基因及涉及的生物过程、通路均多于西药组。各拆方组与全方组相较,去辛味药组差异基因最少。（3）RT-PCR验证实验:筛选出Nlrp6、Tmem66、Gng10、Shc1、Ctnnb1、Trpm7、Vamp7、Gnas作为验证基因。验证基因经扩增后的整体表达趋势与基因芯片实验结果具有较好的一致性。验证基因经扩增后,与空白组相较,模型组中Gng10、Trpm7差异有统计学（p<0.05）,表达上调;与模型组相较,全方组中Nlrp6、Tmem66差异有统计学意义（p<0.05）,表达下调;且均与芯片实验结果一致。结论:（1）人参乌梅汤加味对腹泻模型大鼠结肠粘膜具有促损伤修复作用。（2）提示腹泻具有多基因、多途径的发病特点。CHRNA7下调影响钙离子调控,CACNA2D3下调、IL1R2上调影响MAPK信号通路,可能参与腹泻的发生发展。（3）初步证明人参乌梅汤加味（酸甘化阴法）可通过调控腹泻模型大鼠结肠差异基因的表达发挥益气生津止泻效应。人参乌梅汤加味复方可能通过下调F2RL3、GHR影响神经活性配体-受体相互作用途径,上调SUV39H2影响赖氨酸降解途径,下调XPNPEP2影响蛋白质的消化和吸收途径发挥治疗效应。（4）结合课题组前期人参乌梅汤加味复方指纹图谱研究基础,提示酸味药+甘味药的配伍合化作用是人参乌梅汤加味复方发挥止泻效应的主要物质基础,并体现了中药复方多成分、多基因、多途径的复杂作用特征。（5）RT-PCR验证实验证实基因芯片实验结果可靠,将Gng10、Trpm7、Nlrp6、Tmem66作为腹泻发病及治疗的分子靶点研究具有一定的潜在价值。
冉姗[8]（2019）在《基于GC-MS代谢组学的姜炮制—配伍机理研究》文中进行了进一步梳理中药炮制与复方配伍是中医临床用药的两大特色,中药材必需经过加工炮制成中药饮片后方可入药,而中药复方是在中医药理论指导下由中药饮片配伍组成,因此在中医复方中研究中药炮制更为符合临床实际[1-2]。姜是临床最常用的中药之一,其临床常见炮制品有生姜、干姜和炮姜等,虽同一来源,但用途各异。前人对姜炮制品药性药效有“生姜走而不守,干姜能走能守,炮姜守而不走”的精辟概述,可见姜的不同炮制品其功效亦不同。课题组前期研究表明姜的不同炮制品其姜酚类成分及药效作用差异明显,炮制引起的成分改变可能是造成临床功效差异的主要原因之一[3-4]。中医临床多以复方用药,单味药材炮制变化的研究结果只能部分反映实际情况,将炮制品纳入复方中研究,即在复方中对炮制机理进行进一步深入研究,更为符合中医临床用药特点。苓甘五味姜辛汤载于《金匮要略》,方中干姜为君药,取其温中回阳、温肺化饮之效[5]。从姜的炮制品功效来看,生姜擅长解表止呕、干姜擅长温中散寒,炮姜擅长温经止血,姜的不同炮制品对该方功效的影响及作用机制是值得探讨的问题。目的:本实验在课题组前期研究的基础上,采用“卵清白蛋白（ovalbumin,OVA）+冰水浴”建立寒饮伏肺型哮喘大鼠模型,分析比较苓甘五味（生/干/炮）姜辛汤对寒饮伏肺型哮喘大鼠的药效作用及对寒饮伏肺型哮喘大鼠血清、尿液差异性代谢物的调节作用;从药效学及代谢组学视角下探讨中药复方苓甘五味姜辛汤中姜炮制的科学性及合理性,为姜炮制机制研究提供理论基础,为临床上合理选用姜炮制品提供依据。方法:1.将雄性SD大鼠随机分为空白对照组、模型组、苓甘五味（生/干/炮）姜辛汤组、阳性药桂龙咳喘宁组,每组8只,共48只。除空白对照组外,其他各组均采用“OVA+冰水浴”法建立寒饮伏肺型哮喘大鼠模型,通过对大鼠一般形态学观察、体重、脏器指数变化、大鼠肺组织病理HE染色、肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid,BALF）嗜酸性粒细胞、单核巨噬细胞、中性粒细胞计数及血清中炎性因子IgE、IL-4、IFN-γ含量来评价寒饮伏肺型哮喘大鼠模型及苓甘五味（生/干/炮）姜辛汤对其药效作用差异。2.采用气相色谱-质谱联用（Gas chromatography-mass spectrometry,GC-MS）技术测定各组大鼠血清、尿液代谢物;建立主成分分析（PCA）、偏最小二乘判别分析（PLS-DA）、正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）等多元统计模型,通过变量重要性投影（VIP,VIP>1）和T检验（p<0.05）筛选空白对照组与寒饮伏肺型哮喘模型组血清、尿液差异性代谢物,与NIST库比对（Match>700）,查阅文献,最终确定差异性代谢物;应用Metaboanalysis数据库构建差异性代谢物的代谢通路;药效指标与差异性代谢物进行皮尔逊相关性分析,以热图呈现。3.GC-MS测定各组大鼠血清及尿液代谢物,通过正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）统计模型,获得变量重要性投影（VIP）,VIP>1及T检验（p<0.05）分别筛选寒饮伏肺型哮喘模型组与苓甘五味（生/干/炮）姜辛汤组血清、尿液差异性代谢物,与NIST库比对（Match>700）,最终确定苓甘五味（生/干/炮）姜辛汤对差异性代谢物的作用,探讨苓甘五味姜辛汤复方中姜的炮制对寒饮伏肺型哮喘的作用机制。结果:1.“OVA+冰水浴”方法造模后,大鼠出现饮水、摄食量减退,体重减轻,打喷嚏,爪肿胀,毛发晦暗,部分大鼠出现哮鸣音等一系列类似中医“寒饮伏肺哮喘”状态。与空白对照组相比,模型组大鼠肺组织HE染色发生显着改变:支气管壁增厚,支气管周围炎性细胞浸润,管腔狭窄且有粘液栓形成;BALF中嗜酸性粒细胞、单核巨噬细胞、中性粒细胞数量显着增加（P<0.01）;血清中IgE、IL-4水平显着增加（P<0.01）,IFN-γ水平显着下降（P<0.01）;模型组大鼠心脏、肝脏、脾脏、肺脏指数有显着差异（P<0.05或P<0.01）。苓甘五味（生/干/炮）姜辛汤及桂龙咳喘宁干预后,大鼠肺组织病理明显改善:各给药组未见明显粘液栓,支气管壁变薄,支气管周围炎性细胞浸润减少,管腔空隙狭窄改善;BALF炎性细胞计数、血清IgE,IL-4,IFN-γ水平、心脏,肝脏,脾脏,肺脏指数均出现向空白对照组回调趋势。2.最终筛选得到15种与寒饮伏肺型哮喘有关的血清差异性代谢物,与空白对照组相比,血清中乳酸、十七烷、D-（-）塔罗糖、软脂酸明显升高（P<0.05）;甘油、甘氨酸、磷酸（3:1）、D-松醇、D-甘露醇、D-半乳糖、D-葡萄糖、吡喃葡萄糖、肌醇、硬脂酸、乳糖显着下降（P<0.05）。筛选得到22种与寒饮伏肺型哮喘相关的尿液差异性代谢物,与空白对照组相比,尿液中苯甲酸、丁二酸、己二酸、β-d-吡喃葡萄糖、柠檬酸水平显着上调（P<0.05）;磷酸（3:1）,3,4-二羟基丁酸、L-苏糖酸、D-（+）阿拉伯醇、L-果糖、戊二酸、核糖酸、苯乙酸、D-葡萄糖、D-半乳糖、葡萄糖二酸、肌醇、L-抗坏血酸、葡糖苷酸、D-乳糖、麦芽糖、D-（+）纤维二糖水平下调（P<0.05）。主要涉及的代谢通路包括:淀粉和蔗糖代谢、半乳糖代谢、柠檬酸代谢、乙醛酸二羧酸代谢、甘油磷脂代谢、甘氨酸,丝氨酸,苏氨酸代谢、肌醇磷酸代谢。主要涉及与能量代谢、氧化应激相关的代谢物及代谢通路。3.苓甘五味（生/干/炮）姜辛汤干预后,与模型组相比,血清中乳酸、甘氨酸、磷酸、十七烷、d-半乳糖、d-葡萄糖、吡喃葡萄糖、肌醇、软脂酸、硬脂酸;尿液中苯甲酸、丁二酸、L（-）-果糖、戊二酸、核糖酸、苯乙酸、柠檬酸、L-抗坏血酸、d-乳糖、麦芽糖等均有不同程度的回调,尤以苓甘五味（干）姜辛汤调节效果最佳。说明苓甘五味姜辛汤中姜炮制成干姜后入药对寒饮伏肺型哮喘大鼠异常代谢状态的改善效果最好。结论:“OVA+冰水浴”可成功构建大鼠寒饮伏肺型哮喘模型,寒饮伏肺型哮喘大鼠出现基础代谢率降低及炎症反应。此外,寒饮伏肺型哮喘模型组大鼠血清及尿液中多种代谢物紊乱亦提示其体内代谢出现异常。给药苓甘五味（生/干/炮）姜辛汤可改善寒饮伏肺型哮喘大鼠的相关药效学指标及回调血清、尿液中的潜在生物标志物,表明苓甘五味（生/干/炮）姜辛汤具有调节寒饮伏肺型哮喘代谢异常的作用。其中苓甘五味（干）姜辛汤效果最优,这可能与姜炮制成干姜后其温热之性增强有关,说明苓甘五味姜辛汤方中姜炮制成干姜入药治疗寒饮伏肺型哮喘更为合理,与临床一致。推测其炮制机制可能通过影响淀粉和蔗糖代谢、半乳糖代谢、柠檬酸代谢、乙醛酸二羧酸代谢、甘油磷脂代谢、甘氨酸,丝氨酸,苏氨酸代谢、肌醇磷酸代谢等通路,从能量代谢及氧化应激等方面发挥作用。
罗国安,王义明,范雪梅,谢媛媛[9]（2018）在《从临床出发,以信号通路为靶标的复方新药研发策略、途径与实践——六论创建新医药学》文中进行了进一步梳理本文对中医药现代化之路朝向何方之问,提出了新药研发重点将从新化学实体（NCE）转向复方新药（innovative compound drug,ICD）的观点。在分析新化学实体研究开发模式的缺陷——从动物模型和从靶点出发的新药研究开发的局限性基础上,指出"病"（西医）和"证"（中医）具有统一的生物学意义和生物物质基础（基因、蛋白质、代谢物等）。本文提出了基于"系统-系统"（人体系统-药物系统）模式的复方药物的定义和特点,给出了从临床出发,以信号通路为靶标的复方新药（包括中药复方、西药复方和中西药复方）研发策略。以中药方剂糖肾方治疗糖尿病肾病（DN）的临床研究为例,阐述了研究途径和实例。最后,再次提出设立中国"新医药学发展计划"的倡议。
韦明婵,林江,莫明月,童远明,易劲苍[10]（2016）在《网络方剂学特征的研究进展》文中认为网络方剂学具有将网络科学与中医方剂学特点相结合,借助现代科技,整合中医整体思辨的宏观思维与现代医学生物细胞分子的微观视角,通过知识关联网络构建及分析法,建立一个系统方剂知识库及病症结合网络,重点研究方剂功效物质组整合调节机制、配伍规律的阐明、源自方剂的中药新药创制及类方网络方剂学构建等特征。物质基础研究能揭示方剂作用机制,是中药复方质量控制及安全性的保障;配伍规律是方剂的核心;方剂在治疗复杂疾病方面具备整合调节的优势,是研制多靶点新药的重要源泉;类方的研究有利于对方剂复杂体系的系统认知及对方剂配伍规律等核心问题的理解。以上4方面是方剂现代化研究的重点和难点,也是网络方剂学研究的重要内容及方向。网络方剂学的发展则有助于诠释中药复方的科学内涵,提高临床用药疗效,拓展新药的研发思路。该文对网络方剂学的特征进行总结,对基础研究、配伍理论、新药创制、类方研究4个方面的研究方法及进展进行概述,以期有助于阐明方剂的组方原理、配伍规律及其临床使用方式,促进方剂的现代化研究。
二、系统生物学及其研究思路与方法（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、系统生物学及其研究思路与方法（论文提纲范文）
（1）基于代谢组学探讨重证婴儿胆汁淤积性肝病生物标志物及利胆合剂相关研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 中英文缩略词表 |
| 前言 |
| 第一部分 理论研究 |
| 1 婴儿胆汁淤积性肝病中西医诊疗的理论研究 |
| 1.1 现代医学对婴儿胆汁淤积性肝病的认识 |
| 1.2 现代医学治疗婴儿胆汁淤积性肝病的研究进展 |
| 1.3 中医学对婴儿胆汁淤积性肝病的认识 |
| 1.4 中医药治疗婴儿胆汁淤积性肝病的研究进展 |
| 1.5 重证婴儿胆汁淤积性肝病的提出 |
| 2 代谢组学在疾病中病证客观化的理论研究 |
| 2.1 代谢组学的基本内涵 |
| 2.2 代谢组学与病证客观化之间联系 |
| 第二部分 临床实验研究 |
| 1 引言 |
| 2 资料与方法 |
| 2.1 病例来源及分组 |
| 2.2 诊断标准 |
| 2.3 纳入标准 |
| 2.4 排除标准 |
| 2.5 代谢组学检测方法 |
| 3 研究结果 |
| 3.1 基于血液代谢物结果的证候研究 |
| 3.2 基于尿液代谢物结果的证候研究 |
| 4 讨论 |
| 第三部分 动物实验研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 动物来源 |
| 2.2 实验器材 |
| 2.3 动物造模及分组 |
| 2.4 样本采集及处理 |
| 2.5 主要仪器参数设置 |
| 2.6 样本分析及质量控制 |
| 2.7 数据处理和统计分析 |
| 3 研究结果 |
| 3.1 利胆合剂改善胆汁淤积幼龄大鼠生活状态 |
| 3.2 利胆合剂降低胆汁淤积幼龄大鼠血清生化指标水平 |
| 3.3 利胆合剂减轻胆汁淤积幼龄大鼠肝脏病理程度 |
| 3.4 利胆合剂调节胆汁淤积幼龄大鼠血液代谢物水平 |
| 4 讨论 |
| 结语 |
| 1 结论 |
| 2 本研究创新之处 |
| 3 问题与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 1 研究病历卡 |
| 2 知情同意书样张 |
| 3 文献综述 基于代谢组学研究重证婴儿胆汁淤积性肝病病证客观化的思路 |
| 参考文献 |
| 4 博士期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（2）在中医肿瘤学基础研究中运用系统生物学方法的刍议（论文提纲范文）
| 1 中医肿瘤学概况 |
| 1.1 发展历史概述 |
| 1.2 优势、特色与局限 |
| 2 系统生物学可为中医肿瘤学发展的借鉴和补充 |
| 2.1 基因组学与中医肿瘤学 |
| 2.2 转录组学与中医肿瘤学 |
| 2.3 蛋白质组学与中医肿瘤学 |
| 2.4 代谢组学与中医肿瘤学 |
| 2.5 多组学策略与中医肿瘤学 |
| 3 结语 |
（3）基于网络药理学及代谢组学研究参附强心丸治疗心力衰竭的作用机制（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 文献综述 |
| 综述一 凋亡和自噬及其交互作用在心力衰竭发病机制中的研究进展 |
| 1 细胞凋亡 |
| 2 细胞自噬 |
| 3 自噬与凋亡的crosstalk |
| 4 目前存在的挑战与展望 |
| 参考文献 |
| 综述二 基于文献分析参附强心丸的研究进展 |
| 1 参附强心丸文献分析 |
| 2 参附强心丸的药物分析 |
| 3 参附强心丸的基础研究 |
| 4 参附强心丸的临床研究 |
| 5 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一章 参附强心丸对心肌梗死后心力衰竭大鼠的药效学研究 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二章 整合网络药理学及代谢组学预测参附强心丸治疗心力衰竭的作用机制 |
| 引言 |
| 第一节 基于网络药理学探讨参附强心丸治疗心力衰竭的机制 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二节 参附强心丸治疗心力衰竭大鼠的非靶向代谢组学研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第三节 参附强心丸治疗心力衰竭大鼠的氨基酸靶向代谢组学研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第三章 参附强心丸治疗心力衰竭的分子生物学研究 |
| 第一节 参附强心丸对心力衰竭大鼠心肌细胞自噬和凋亡的影响 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二节 参附强心丸对氧糖剥夺诱导的H9C2大鼠心肌细胞自噬和凋亡CROSSTALK的研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 结语 |
| 致谢 |
| 在学期间主要研究成果 |
| 个人简历 |
（4）基于质谱技术对蟾酥中吲哚类生物碱的鉴定及镇痛抗炎活性评价（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 绪论 |
| 第一章 文献综述 |
| 第一节 基于质谱的组学技术在中药分析研究中的应用 |
| 第二节 中药活性分子及其靶标筛选方法研究进展 |
| 参考文献 |
| 第二章 蟾酥中吲哚类生物碱成分的质谱鉴定研究 |
| 第一节 大孔吸附树脂色谱分离蟾酥水提物中吲哚类生物碱成分 |
| 第二节 基于HPLC-Triple-TOF鉴定蟾酥中吲哚类生物碱成分 |
| 参考文献 |
| 第三章 蟾酥中吲哚类生物碱成分的镇痛抗炎活性评价 |
| 第一节 蟾酥中吲哚类生物碱成分对小鼠疼痛炎症的影响 |
| 第二节 基于脂质组学评价蟾酥中吲哚类生物碱对小鼠足部炎性疼痛介质的影响 |
| 参考文献 |
| 第四章 蟾酥中吲哚类生物碱成分的镇痛抗炎潜在作用机制及作用靶点初步研究 |
| 第一节 蟾酥中吲哚类生物碱成分的网络药理学研究 |
| 第二节 蟾酥中吲哚类生物碱成分与Sigma-1受体的分子对接研究 |
| 参考文献 |
| 结语 |
| 附录 |
| 攻读硕士期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（5）系统生物学在中医证候模型评价方法中的应用与研究进展（论文提纲范文）
| 1 中医证候模型评价的研究现状 |
| 2 系统生物学在现代中医药研究中的应用 |
| 2.1 系统生物学的核心特点 |
| 2.2 系统生物学在中医证候本质研究中的应用 |
| 2.3 系统生物学应用于中药复方疗效物质基础的研究 |
| 2.4 系统生物学应用于针灸效应物质基础的研究 |
| 3. 系统生物学理论在中医证候模型评价中的应用及特色 |
| 3.1 系统生物学理论在中医证候模型评价中的应用 |
| 3.2 系统生物学理论在中医证候模型评价应用中的特色 |
| 4 结语 |
（6）抑郁症调控网络及逍遥散抗抑郁模块的生物信息学分析与实验研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 第一节 生物信息学的发展概况 |
| 1 生物信息学发展概况 |
| 2 生物信息学给中医药发展的启示 |
| 第二节 生物信息学在中医证候研究中的应用概况 |
| 1 生物信息学在中医证候相关生物网络的构建与分析中的应用 |
| 2 生物信息学在中医证候相关组学分析中的应用 |
| 第三节 生物信息学在中药及其复方研究中的应用概况 |
| 1 生物信息学在中药及其复方物质基础及作用机制中的应用 |
| 2 生物信息学在中药及其复方的炮制、功效、归经及配伍中的应用 |
| 3 生物信息学应用于中药及其复方研究中存在的问题 |
| 第四节 小结与展望 |
| 第二章 生物信息学分析 |
| 第一节 抑郁症多因子调控网络的构建与生物信息学分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论与分析 |
| 5 小结 |
| 第二节 逍遥散抗抑郁作用功能模块的生物信息学分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果与分析 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第三章 实验研究 |
| 第一节 逍遥散对CUMS抑郁模型大鼠行为学的影响 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论与分析 |
| 5 小结 |
| 第二节 抑郁模型大鼠前额叶皮质大麻素受体的表达及逍遥散的调节作用 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论与分析 |
| 5 小结 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 在学期间主要研究成果 |
| 致谢 |
（7）基于“五味合化”理论研究人参乌梅汤加味及其性味拆方对腹泻模型大鼠结肠差异基因表达的影响（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 中英文对照缩略词表 |
| 引言 |
| 第一部分 文献研究 |
| 1 中药药性理论的认识及研究进展 |
| 1.1 中药药性理论的内涵 |
| 1.2 “五味合化”的性味配伍理论 |
| 1.3 酸甘化阴法的研究价值 |
| 2 小儿腹泻病的中西医认识及研究进展 |
| 2.1 祖国医学对小儿腹泻病的认识及研究进展 |
| 2.2 西医对小儿腹泻病的认识及研究进展 |
| 3 人参乌梅汤的认识及研究进展 |
| 3.1 人参乌梅汤的历史渊源 |
| 3.2 人参乌梅汤的临床实践 |
| 3.3 人参乌梅汤的实验研究 |
| 4 现代生物分子技术在中药复方的研究应用 |
| 第二部分 实验研究 |
| 实验一 人参乌梅汤加味及其性味拆方作用腹泻模型大鼠结肠病理形态学观察实验 |
| 1 材料与仪器 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 实验用药 |
| 1.3 主要试剂与仪器 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 分组 |
| 2.2 药物制备 |
| 2.3 模型制备 |
| 3 结果 |
| 3.1 一般情况观察 |
| 3.2 结肠病理形态学观察 |
| 4 小结 |
| 实验二 人参乌梅汤加味及其性味拆方干预的腹泻模型大鼠结肠全基因芯片实验 |
| 1 材料与仪器 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 实验用药 |
| 1.3 主要仪器 |
| 1.4 主要试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 分组 |
| 2.2 药物及模型制备 |
| 2.3 实验取材 |
| 2.4差异基因筛选实验 |
| 2.5 统计分析 |
| 2.6 芯片质控 |
| 3 结果 |
| 3.1 总RNA质检结果 |
| 3.2 芯片实验结果质控 |
| 3.3 芯片荧光信号扫描图片结果 |
| 3.4 芯片数据结果质量评价 |
| 3.5 差异基因筛选结果 |
| 4 小结 |
| 实验三 人参乌梅汤加味及其拆方干预的腹泻大鼠结肠差异表达基因生物信息学分析 |
| 1 实验方法 |
| 2 实验步骤 |
| 3 结果 |
| 3.1 差异基因GO功能富集分析结果 |
| 3.2 差异基因KEGG pathway富集分析结果 |
| 4 小结 |
| 实验四 人参乌梅汤加味及其拆方干预的腹泻模型大鼠结肠基因芯片实验结果实时荧光PCR验证实验 |
| 1 实验用品 |
| 1.1 实验样品 |
| 1.2 Real-time PCR验证差异基因筛选 |
| 1.3 主要仪器 |
| 1.4 主要试剂 |
| 1.5 引物 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 RNA抽提 |
| 2.2 RNA质检 |
| 2.3 反转录 |
| 2.4 SYBR Green qPCR |
| 2.5 统计方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 RNA质检结果 |
| 3.2 RT-PCR验证结果 |
| 3.3 验证基因生物信息学分析结果 |
| 4 小结 |
| 第三部分 讨论 |
| 1 腹泻动物模型的制备 |
| 1.1 腹泻模型动物选择 |
| 1.2 腹泻疾病模型制备的常用药物及方法 |
| 1.3 腹泻病证结合动物模型制备方法 |
| 1.4 课题组前期动物腹泻模型研究 |
| 2 人参乌梅汤加味组方理论 |
| 2.1 人参乌梅汤加味立论及方解 |
| 2.2 人参乌梅汤加味的效应评价 |
| 2.3 人参乌梅汤加味的现代机制研究 |
| 3 人参乌梅汤加味对幼龄腹泻大鼠结肠差异基因表达的调控机制 |
| 3.1 基因芯片技术在腹泻病的应用 |
| 3.2 全基因芯片实验结果讨论 |
| 3.3 芯片实验RT-PCR验证结果讨论 |
| 第四部分 结论 |
| 创新性 |
| 问题与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附件 |
| 附件1:综述 |
| 参考文献 |
| 附件2:全基因实验荧光芯片扫描图 |
| 附件3:在读期间公开发表的学术论文、专着及科研成果 |
（8）基于GC-MS代谢组学的姜炮制—配伍机理研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 中英文缩略词(Abbreviation) |
| 前言 |
| 第一章 苓甘五味(生/干/炮)姜辛汤对寒饮伏肺型哮喘大鼠药效作用研究 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 实验动物、试剂、仪器 |
| 1.2.1 实验动物 |
| 1.2.2 实验仪器 |
| 1.2.3 实验试剂及药材 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 苓甘五味(生/干/炮)姜辛汤水煎液的制备 |
| 1.3.2 动物分组及寒饮伏肺型哮喘模型的建立 |
| 1.3.3 给药方案 |
| 1.3.4 大鼠样本收集与制备 |
| 1.3.5 苓甘五味(生/干/炮)姜辛汤对寒饮伏肺型哮喘大鼠药效作用 |
| 1.3.6 数据分析 |
| 1.4 结果 |
| 1.4.1 大鼠一般形态学观察 |
| 1.4.2 大鼠体重 |
| 1.4.3 大鼠肺组织HE染色 |
| 1.4.4 BALF炎性细胞计数 |
| 1.4.5 ELISA检测大鼠血清Ig E,IL-4,IFN-γ含量 |
| 1.4.6 脏器指数 |
| 1.5 讨论 |
| 1.5.1 寒饮伏肺型哮喘模型制备及评价指标的选择 |
| 1.5.2 寒饮伏肺型哮喘及治疗 |
| 1.5.3 姜炮制研究 |
| 1.6 小结 |
| 第二章 基于GC-MS代谢组学研究寒饮伏肺型哮喘机制 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验动物、试剂、仪器 |
| 2.2.1 实验动物 |
| 2.2.2 实验试剂 |
| 2.2.3 实验仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 分组与建模 |
| 2.3.2 血清样本采集与处理 |
| 2.3.3 尿液样本采集与处理 |
| 2.3.4 质控(QC)样本的采集与处理 |
| 2.3.5 GC-MS检测 |
| 2.3.6 代谢通路分析 |
| 2.4 结果 |
| 2.4.1 QC样本分析 |
| 2.4.2 大鼠血清、尿液代谢物GC-MS分析 |
| 2.4.3 空白对照组与寒饮伏肺型哮喘模型组大鼠PCA分析 |
| 2.4.4 空白对照组与寒饮伏肺型哮喘模型组大鼠PLS-DA分析 |
| 2.4.5 空白对照组与寒饮伏肺型哮喘模型组大鼠OPLS-DA分析 |
| 2.4.6 寒饮伏肺型哮喘大鼠差异代谢物鉴定 |
| 2.4.7 药效指标与代谢物相关性分析 |
| 2.4.8 代谢通路分析 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 小结 |
| 第三章 苓甘五味(生/干/炮)姜辛汤干预寒饮伏肺型哮喘大鼠血清、尿液代谢组学研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验动物、试剂与仪器 |
| 3.2.1 实验动物 |
| 3.2.2 实验试剂 |
| 3.2.3 实验仪器 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 分组与建模 |
| 3.3.2 血清样本采集 |
| 3.3.3 尿液样本采集 |
| 3.3.4 GC-MS检测 |
| 3.4 结果 |
| 3.4.1 血清代谢组学分析 |
| 3.4.2 尿液代谢组学分析 |
| 3.4.2.1 苓甘五味(生/干/炮)姜辛汤对寒饮伏肺型哮喘大鼠尿液代谢物的干预作用 |
| 3.4.2.2 苓甘五味（生/干/炮）姜辛汤对寒饮伏肺型哮喘大鼠尿液差异代谢物的调节作用 |
| 3.4.2.3 代谢通路 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 能量代谢 |
| 3.5.2 氧化应激 |
| 3.5.3 寒饮伏肺型哮喘 |
| 3.6 小结 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 致谢 |
（9）从临床出发,以信号通路为靶标的复方新药研发策略、途径与实践——六论创建新医药学（论文提纲范文）
| 1 前言 |
| 1.1 中医药现代化简要回顾 |
| 1.2 现代医学快速发展 |
| 1.3 二种倾向 |
| 1.4 应对措施 |
| 2 几点思考 |
| 2.1 新药研发重点将从新化学实体 (NCE) 转向复方新药 |
| 2.2 NCE新药研发模式的缺陷 |
| 2.3 从动物模型出发的新药研发的局限性 |
| 2.4 从靶点出发的新药研发的局限性 |
| 2.5 病 (西医) 和证 (中医) 都是有同一的生物学意义 |
| 2.6 网络药理学的优缺点 |
| 2.7 复方药物的定义和特点 |
| 2.8 从临床出发, 以信号通路为靶标的研发策略 |
| 3 糖肾方治疗DN研发候选复方新药的途径与实践 |
| 3.1 糖肾方治疗DN的随机双盲安慰剂对照临床研究 |
| 3.2 DN横断面的临床系统生物学研究 |
| 3.2.1 基于西医分期的DN横断面研究 |
| 3.2.2 基于中医分型的DN横断面研究 |
| 3.2.3 整合生物标志物体系的建立 |
| 3.3 糖肾方治疗DN的临床系统生物学研究 |
| 3.3.1 糖肾方临床系统生物学研究的多组学分析 |
| 3.3.2 PPAR通路是糖肾方治疗DN的关键 (君) 通路之一 |
| 3.4 糖肾方化学物质组学分层次整体研究 |
| 3.5 糖肾方干预动物模型的整体系统生物学研究 |
| 3.5.1 经典药理学评价 |
| 3.5.2 基因组学研究 |
| 3.5.3 蛋白质组学研究 |
| 3.5.4 代谢组学研究 |
| 3.6 基于网络药理学的TSF干预DN作用靶点和信号通路预测 |
| 3.6.1 潜在作用靶点和通路预测 |
| 3.6.2 关键通路 |
| 3.7 由关键作用的通路溯源“有效化学成分群” |
| 3.8 分子生物学验证 |
| 3.8.1 NF-κB信号通路和TGF-β/Smad3通路 |
| 3.8.2 TSF对2型糖尿病胰岛素抵抗的调节作用及机制研究 |
| 3.9 基于细胞模型的候选复方新药优化和验证 |
| 3.9.1 候选复方的处方优化 |
| 3.9.2 优化复方对细胞外基质TGF-β1、Col I和Col III分泌的影响 |
| 3.1 0 由临床系统生物学聚焦而得整合生物标志物体系和应用 |
| 3.1 0. 1 整合生物标志物体系的临床应用评价 |
| 3.1 0. 2 整合生物标志物体系聚焦分析及应用 |
| 3.1 0. 3 糖尿病肾病中医证候的可量化指标体系 |
| 3.1 1 传统新药研发过程 |
| 4 展望 |
（10）网络方剂学特征的研究进展（论文提纲范文）
| 1 中药物质基础 |
| 1.1 物质基础研究的策略 |
| 1.2 物质基础研究方法 |
| 2 方剂配伍规律 |
| 2.1 方剂配伍规律基础研究 |
| 2.2 基于药-方-证-病相关模式,研究方剂配伍规律 |
| 2.3 基于药性配伍的研究 |
| 3 新药创制 |
| 3.1 新药创制的策略和方法 |
| 3.2 基于复杂网络的新药创制 |
| 3.3基于网络生物学、网络药理学的新药创制 |
| 4 类方研究 |
| 5 结语 |
四、系统生物学及其研究思路与方法（论文参考文献）
- [1]基于代谢组学探讨重证婴儿胆汁淤积性肝病生物标志物及利胆合剂相关研究[D]. 丘燕燕. 湖北中医药大学, 2021(01)
- [2]在中医肿瘤学基础研究中运用系统生物学方法的刍议[J]. 王院春,吴勉华,惠建荣,王希胜,朱叶萍. 中医肿瘤学杂志, 2021(03)
- [3]基于网络药理学及代谢组学研究参附强心丸治疗心力衰竭的作用机制[D]. 郭丽君. 北京中医药大学, 2021(01)
- [4]基于质谱技术对蟾酥中吲哚类生物碱的鉴定及镇痛抗炎活性评价[D]. 徐迪辉. 南京中医药大学, 2021
- [5]系统生物学在中医证候模型评价方法中的应用与研究进展[J]. 袁顺,王宁,孟丹丹,马婷. 中国中西医结合杂志, 2020(10)
- [6]抑郁症调控网络及逍遥散抗抑郁模块的生物信息学分析与实验研究[D]. 卞庆来. 北京中医药大学, 2020(04)
- [7]基于“五味合化”理论研究人参乌梅汤加味及其性味拆方对腹泻模型大鼠结肠差异基因表达的影响[D]. 周鸿云. 成都中医药大学, 2019(04)
- [8]基于GC-MS代谢组学的姜炮制—配伍机理研究[D]. 冉姗. 安徽中医药大学, 2019(02)
- [9]从临床出发,以信号通路为靶标的复方新药研发策略、途径与实践——六论创建新医药学[J]. 罗国安,王义明,范雪梅,谢媛媛. 世界科学技术-中医药现代化, 2018(07)
- [10]网络方剂学特征的研究进展[J]. 韦明婵,林江,莫明月,童远明,易劲苍. 中国实验方剂学杂志, 2016(11)