一、中国人群的等位基因地理分布图（论文文献综述）
杨亚芳[1]（2021）在《色素特征推断体系在中国人群中的应用研究》文中研究指明目的:根据已知的HIris Plex-S色素推断复合SNP检测体系,在中国人群中进行色素表型推断及体系的适用性研究,对适用于中国人群的肤色分类标准和推断模型进行探索。对41-Plex SNP色素推断算法模型在中国人群中进行优化研究。基于中国人群肤色表型数据进行肤色表型关联性分析,筛选中国人群的色素关联性SNP位点及尝试建立更加适合中国人群的肤色推断模型。方法:根据已报道HIris Plex-S体系内41个色素相关SNP位点和体系构建方法,基于SNa Pshot平台,在实验室自主构建包含2个扩增检测体系的41重SNP色素特征推断体系41-Plex。提取9位实验室人员模拟检材样本的DNA,对体系的重复性、灵敏度等性能进行测试。使用来自中国7个不同地域人群的200个无关个体DNA样本进行体系的准确性测试。通过人工表型分类读取眼睛及头发颜色;通过色素测量仪检测皮肤颜色,并计算个体类型角（individual typology angle,ITA）的数值对肤色进行分类。随后,使用在线推断模型（https://HIris Plex.erasmusmc.nl/）进行每个样本的色素表型推断并计算准确率和受试者工作特征曲线下面积（the area under the receiver characteristic operating curve,AUC）,并根据实验室人员实际肤色表型的视觉认知,对手臂和脸颊ITA肤色分类标准进行了不同的调整并分别计算AUC值。之后采用HIris Plex-S体系内36个肤色相关SNP位点,基于中国人群样本肤色表型分别建立逻辑回归（Logistics Regression,LR）、神经网络（Neural Networks,NN）、随机森林（Random Forest,RF）预测模型,评估预测模型性能后增加人群样本量及表型数据对41-Plex进行算法模型优化。最后基于我国人群肤色表型数据采取不同的SNP-表型关联方案进行关联性分析,筛选中国人群的色素关联性SNP位点并尝试构建适合中国人群的色素表型推断模型。结果:41-Plex色素推断体系分型准确性、检材适应性、灵敏度均可达到案件样本检材要求,模型对棕色眼睛颜色推断准确率为97%,对黑色头发颜色推断准确率为100%。在尝试多种肤色分类方法后,得到相对较高的AUC值为:白肤色0.831,中间肤色0.661、深肤色0.641和较黑-黑肤色0.768。优化后的肤色表型推断模型性能上升,其中多元逻辑回归模型性能分别为:白色1、中间肤色（小麦色）0.86、偏深肤色（棕色）0.85、黑色1,优于原41-Plex预测模型（白色0.96、中间色0.721、深色0.765、黑色0.98）,样本推断准确率为80%,线性模型拟合优度为0.88。中国人群的色素SNP位点筛选及建模尝试部分结果没有达到理想水平,后期会进一步加大表型数据及基因组数据进行相关位点的筛选和模型构建。结论:41-Plex色素推断体系可初步应用于中国人群色素表型推断及疑难案件样本检验中,为案件提供侦查线索,并探索了适用于我国人群的肤色表型分类标准及推断模型。对41-Plex色素推断模型进行了优化研究,使得模型性能有所提升。对中国人群色素关联性SNP位点进行了筛选,为之后中国人群肤色表型相关SNP位点遗传学研究及构建更加适合中国人群的肤色预测模型奠定了基础。
罗丽[2]（2021）在《贵州苗族、仡佬族和布依族人群Y染色体遗传多态性及族源推断应用价值探讨》文中认为目的:（1）获得贵州苗族、仡佬族和布依族人群较为精细的父系群体遗传结构,丰富中国人群Y染色体遗传标记基础数据;（2）分析Y-STR单倍型和Y-SNP单倍群的关联性,探讨通过Y-STR单倍型推断所属Y-SNP单倍群的可行性;（3）通过与国内外群体进行遗传关系分析,探讨三个民族起源和演化历史过程;为Y染色体遗传标记在法医学精细化族源推断的研究和应用提供基础。方法:（1）采集贵州苗族、仡佬族和布依族健康无关男性样本各100例,采用QIAamp?DNA Blood Mini试剂盒提取基因组DNA;（2）采用本课题组前期设计的183个Y-SNPs检测体系,通过MALID-TOF-MS获得三个民族细致的Y-SNP单倍群分型数据;使用Goldeneye TMDNA身份鉴定系统Y Plus复合扩增体系,经毛细管电泳检测获得高分辨率的41个Y-STR单倍型分型数据;（3）统计三个民族人群Y-SNP单倍群的分布,以及Y-STR等位基因和单倍型的频率分布,计算法医学参数,揭示群体遗传结构特征;（4）通过直接计数法分析Y-SNP单倍群与Y-STR基因座等位基因变异的关联特征;（5）采用Network 10.1.0.0、YHRD在线“AMOVA&MDS”工具、Omicshare、Mega 7.0和SPSS 25.0获得群体潜在的祖先信息及可能的生物地理祖先起源和迁徙特征。结果:（1）183个Y-SNPs共检出50种不同的Y-SNP单倍群,其中检出5种不同的主干单倍群（CT、C、K2、O和Q）,O单倍群是贵州苗族、仡佬族和布依族人群主要的单倍群,C-M130和O1-M1354是三个民族共有的优势单倍群,CT单倍群在布依族群体中高频出现,余单倍群相差不大;三个民族群体中O2单倍群频率均高于O1单倍群,苗族和布依族以O2a2a单倍群为主,仡佬族以O2a1c和O2a2b单倍群为主,O2a2a1a2a1a2-N5和O2a2a1a2a1-CTS6489是苗族和布依族优势单倍群,O1a1a-M307.1是苗族和仡佬族优势单倍群,O2a1c1a1a1a1e1-Y15976只在仡佬族分布,O2a2b1a1a6b1-SK1730只在布依族分布;（2）41个Y-STRs在苗族、仡佬族和布依族分别检出100、98和92种单倍型,DYS449*33、DYS481*22、DYS570*20、DYS627*21、DYS635*23、DYS385a/b*（13,21;13,22）和DYS527a/b*（20,23）在苗族频率较高;DYS449*30、DYS481*24、DYS570*18、DYS627*22、DYS635*21、DYS385a/b*（12,17）和DYS527a/b*（21,22）在仡佬族频率较高;DYS449*26、DYS481*25、DYS570*17、DYS627*21、DYS635*23、DYS385a/b*（15,15）和DYS527a/b*（21,22）在布依族频率较高;（3）贵州苗族、仡佬族和布依族人群共有的两个优势单倍群中,DYS390、DYS448、DYS481、DYS593、DYS643、DYF387S1、DYS385a/b和DYS527a/b等位基因分布具有明显差异;三个民族人群共观察到25种不同的等位基因变异,DYS518基因座上的“.2”等位基因全部属于Q-M242单倍群,DYF387S1基因座上的拷贝数变异和微变异与多个单倍群有关;（4）国内外群体遗传关系分析显示贵州苗族、仡佬族和布依族人群与其他生活在贵州及周边地区群体的遗传关系较近,且同一语系群体之间遗传关系较近;除贵州群体外,贵州苗族与壮侗语族、山东汉族、宁夏回族和四川羌族的遗传关系也较近,贵州仡佬族与汉族群体和亚洲裔美国人的遗传关系较近,贵州布依族与壮侗语族群体的遗传关系较近。结论:本课题初步获得了贵州苗族、仡佬族和布依族人群较为精细的父系遗传特征及其遗传差异,苗族和布依族在父系起源和演化有明显的相关性,与仡佬族的父系遗传结构存在较大差异;高频分布的Y-SNP单倍群与特定的Y-STR等位基因相关联,有望通过Y-STR单倍型预测Y-SNP单倍群获得群体祖先信息;群体遗传关系分析表明国内外群体表现显着的地理（大洲）-语言聚类特征,贵州苗族极有可能从我国西北地区进入贵州省,贵州仡佬族与大部分汉族群体发生基因交流,贵州布依族起源于中国南方,与壮族群体基因交流频繁。
周春艳[3]（2021）在《新疆地区人群患乳糜泻的风险性》文中研究指明乳糜泻又称麸质敏感性肠病,是一种由携带了HLA-DQ2和HLA-DQ8基因的人群摄入含麸质蛋白的小麦、大麦和黑麦等谷物或其加工食品后引起的原发性小肠吸收不良综合征,同时是一种自身免疫性疾病。早期研究显示,新疆地区人群乳糜泻易感基因携带为我国各省市区最高,同时,该地区人群以面食为主粮,而且少数民族如维吾尔族、哈萨克族和回族与欧洲高加索人基因存在部分重叠。本研究工作开展之前,尚未有该地区的病例报道。由此可见,该地区人群患乳糜泻风险性值得高度关注。本研究工作首先招募新疆自治区人民医院消化科表现消化道临床症状患者,基于国际上已发表的乳糜泻诊断指南对符合纳入标准的2,277名患者进行乳糜泻筛查诊断;同时对乳糜泻特异性抗体anti-t TG Ig A阳性的37名患者行anti-EMA检测和HLA-DQA1和-DQB1位点基因分型以确诊乳糜泻自身免疫征患者;对乳糜泻自身免疫征发病关联因素进行探究,以及乳糜泻自身免疫征患者消化道症状和肠外症状进行描述和统计分析,初步获得新疆地区乳糜泻流行病学特征数据。其次,筛选符合人类学研究的汉族（n=70）、维吾尔族（n=71）、哈萨克族（n=52）和回族（n=40）受试者,对受试者的乳糜泻易感基因位点HLA-DRB1、-DQA1和-DQB1进行基因分型,同时纳入欧洲、中亚和其他亚洲人群的HLA-DRB1、-DQA1和-DQB1位点基因频率数据,并基于Nei氏遗传距离构建包括新疆四个主体民族在内的系统发育树,结合受试者乳糜泻易感基因频率数据,从遗传学角度研究新疆地区人群患乳糜泻的潜在风险性。最后,采用我国统计年鉴和各省市区统计年鉴中提供的小麦消费数据和我国高、中、弱筋小麦品种品质区划信息,对比分析新疆地区和我国其他地区麸质蛋白暴露水平;采用新疆统计年鉴提供的各地州市小麦消费数据（仅查到农村地区数据）并结合新疆高、中、弱筋小麦品质区划信息对新疆不同地州市麸质蛋白暴露水平进行评估;结合新疆不同地州市乳糜泻高发人群（少数民族和农村居民）人口数分布数据,探究不同麸质蛋白暴露水平下的各地州市人群患乳糜泻的风险性,实现从乳糜泻相关的主要环境诱因角度进一步评估新疆地区患乳糜泻的风险性。结果显示,新疆地区为乳糜泻高风险地区,乳糜泻患病率呈“冰山”现象。在较高的乳糜泻遗传风险和麸质蛋白暴露水平双重因素影响下,新疆人群患乳糜泻的风险可能高于我国其他省市区;新疆喀什地区乳糜泻高风险人群占比和麸质蛋白暴露水平最高,当地人群患乳糜泻的风险性为全疆最高。具体结果如下:1.对新疆地区表现消化道临床症状的人群进行筛查结果显示:经活检确诊的乳糜泻患病率为0.35%（95%CI:0.11%-0.59%）,乳糜泻自身免疫征患病率为1.27%（95%CI:0.81%-1.73%）,后者数据仅略低于美国表现临床症状人群中乳糜泻的患病率1.47%,表明新疆地区乳糜泻并非罕见疾病。2.经活检取证的8名乳糜泻患者均表达HLA-DQ2.5基因,表明该基因同样为新疆地区乳糜泻易感基因。3.新疆地区乳糜泻患病率受遗传因素（民族）和环境因素（居住地）影响。其中,汉族受试者的乳糜泻自身免疫征的患病率显着低于少数民族（0.79%vs.2.03%,p<0.05）;农村居民乳糜泻自身免疫征患病率显着高于城镇地区居民（3.16%vs.0.97%,p<0.01）。4.新疆地区乳糜泻自身免疫征患者消化道症状和肠外症状复杂多变,在表现腹泻、纳差和恶心和（或）呕吐的受试者中患病率高于2%;接近50%的乳糜泻自身免疫征患者具有肠外症状表现。5.新疆地区存在大量未诊断的乳糜泻患者,尤其在少数民族（主要是维吾尔族）、教育水平低和农村地区居住的人群中。6.新疆地区维吾尔族和哈萨克族与欧洲人和中亚人遗传关系更近,且两个民族不论遗传结构还是乳糜泻易感基因携带率（54.93%vs.53.85%）均十分相似或接近,两个民族的乳糜泻遗传风险性均较高。回族虽未发现与欧洲人或中亚人存在基因重叠现象,该民族的乳糜泻易感携带率（42.50%）仅次于维吾尔族和哈萨克族,患乳糜泻风险性次之。汉族与我国北方汉族聚于一类,乳糜泻易感基因携带率最低（35.71%）,患乳糜泻的遗传风险性最小。7.新疆地区小麦消费量为我国消费量之首,同时地处高筋、中筋小麦品质区,由此推测该地区潜在的乳糜泻风险性可能高于我国其他各省市区。8.新疆喀什地区麸质蛋白暴露水平（54.93 g/天）明显高于新疆其他各地州市,同时该地区乳糜泻高发人群人口占比（少数民族人口数93.1%;农村居民人口数65.44%）也明显高于其他地州市,该地区潜在乳糜泻发生风险性为全疆最高。
刘艳芳[4]（2021）在《基于MPS研发multi-allelic SNP体系、CE构建diallelic DIP和mini STR的六色荧光分型体系及DIP解晰藏族的群体遗传结构》文中进行了进一步梳理背景与目的:在法医学实践中,主要基于PCR产物大小或序列进行DNA分析,各类陈旧、降解等疑难生物检材的分析检测难度大,使用短串联重复序列（Short Tandem Repeat,STR）进行的常规法医分析通常会导致DNA分型失败,为案件侦破带来困难和挑战。Mini STR是降解检材检测的常用补充遗传标记,但同一反应体系中所能容纳mini STR基因座数量是有限的,导致体系所有基因座累积鉴别效能较低。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）和缺失或者插入多态性（DeletionorInsertion Polymorphism,DIP）突变率低、扩增片段短,是降解检材分型的理想补充分子遗传标记。多等位基因SNP（Multiple allelic SNP,multi-allelic SNP）具有三个或者三个以上的等位基因,纳入更少的multi-allelic SNP位点便可以获得比二等位基因SNP（diallelic SNP）更高效的鉴别效能;还可以通过检测第三或第四个等位基因的存在给出更清晰的信号来指示是否存在混合物。DIP和mini STR基因座属于长度多态性,可采用法医实验室常用的毛细管电泳平台进行分型,操作方法简单且分型成本低。为提高法医降解检材的分型检测成功率,增加其法医身份鉴识的累积鉴别效能,本研究旨在基于两个不同的平台构建两组复合扩增同步分型检测体系,为法医降解检材的分型检测提供有效的新工具。研究各民族的遗传结构有助于解析民族遗传背景,追溯民族起源。藏族人们世代生活在平均海拔4500米以上的青藏高原,对高原环境有很好的适应能力。由于相对封闭的地理环境,藏族人保存了具有代表性的生理特征和遗传信息,成为人类遗传学的重要研究群体。本研究旨在应用91个diallelic DIP位点解晰我国藏族的群体遗传背景和遗传结构,为法医人类学和群体遗传学研究提供有价值的见解。方法与内容:（1）基于公共SNP数据库和特定的甄选标准,选择了 27个multi-allelic SNP 位点,在大规模平行测序（Massively parallel sequencing,MPS）平台上进行测序分型,在中国的两个少数民族中:蒙古族（CMX:Chinese Mongolian in Xinjiang,China）和哈萨克族（CKX:Chinese Kazak in Xinjiang,China）中评估了该multi-allelic SNP检测体系的测序性能,同时调查这些multi-allelic SNP位点的遗传多态性和法医应用效能。（2）基于毛细管电泳平台,开发了一组包括常染色体上59个DIP位点、2个mini STR基因座,Y染色体上2个DIP位点,及1个性别鉴别基因（Amelogenin）的六色荧光标记复合扩增同步分型检测体系,随后,根据DNA分析方法科学工作小组制定的验证指南进行新体系的验证评估,并在中国湖南汉族（CHH:Han Chinese in Hunan,China）、青海藏族（CTQ:Tibetan in Qinghai,China）及西藏藏族（CTT:Tibetan in Tibet,China）中进行遗传多态性及法医学应用效能调查。（3）基于91个diallelic DIP位点数据,应用STRAF v1.0.5、Arlequin v3.5、DISPAN 程序、Genepop v4.7、TBtools、Phylip v3.695、MEGA v7.0、Origin 2021、STRUCTURE v 2.3.4、Rv3.5.3、CLUMPP v1.1.2、Distruct v1.1、Infocalc v1.1、Snipper v2.5等生物信息学分析软件研究了我国两个藏族的群体遗传结构并分析了其与另外26个参考群体的遗传关系。结果与结论:（1）基于MPS平台构建的multi-allelic SNP检测体系测序性能好,所包含位点在CMX和CKX民族中均表现为三个或者四个等位基因变异,遗传多态性高,个体识别力强,可以很好地应用于法医学个人识别和亲缘关系鉴定。（2）基于毛细管电泳平台构建的包含61个DIP位点、2个mini STR基因座及1个性别鉴定基因的六色荧光分型体系,体系稳定性好、灵敏度高、特异强,能对法医降解等疑难检材进行高效的复合扩增分析;体系中纳入mini STR基因座,能更容易提示混合样本的存在;体系中纳入Y-DIP位点,能够对性别进行更准确的鉴定;体系中包括的59个常染色体DIP位点在CHH、CTQ及CTT群体中遗传多态性高、个体识别力强;该体系将是东亚人群法医学个人识别和亲缘关系鉴定应用中的有效新工具,且容易在基层法医DNA实验室推广应用。（3）基于91个DIP位点进行的群体遗传学研究表明,CTQ和CTT群体与东亚地区群体之间的遗传结构最相似,在STRUCTURE结构分析的最佳K值等于3时,CTQ和CTT群体中的东亚祖先信息成分比例分别是0.8932和0.9107。（4）法医祖先信息含量评估表明,本研究中涉及的一些种群特异性强的multi-allelic SNP和DIP位点,可考虑作为推测个体生物地理起源的祖先信息标记,用于之后的法医人类学特征和法医族源推断体系研究。
陈肯[5]（2021）在《靶向测序数据的微单倍型重构与分析流程开发》文中提出短串联重复序列（Short tandem repeat,STR）由于其高度的多态性,被广泛应用于个体识别、亲权鉴定和混合样本分析等法医实践中。但是,STR技术在应用于混合物分析,尤其是不平衡的混合样本时具有明显的局限性:相对较高的突变率、PCR扩增过程中的滑移效应等多种问题。与STR相比,单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）的优点为分布更广泛、突变率更低、扩增片段更短,且扩增过程不易滑移,适合二代测序（Next generation sequencing,NGS）,因而具有较好的法医学应用前景。但是,SNP具有二态性,这使得在法医学实践中往往需要多达上千个SNP才能有较好的个体识别和混合样本分析效果。所以,一种既能使用NGS检测,又具有高度的多态性的遗传标记,是法医学上亟待开发的工具。微单倍型（Microhaplotype,MH）的概念,是指基因组内小于300碱基（base pair,bp）并具两个含以上SNP的连锁不平衡区域。微单倍型作为一种新型的遗传标记,它兼具STR的高多态性和SNP的突变率低、扩增片段短、高通量测序易于实现的优点,在法医学鉴定和生态学的物种亲缘鉴定方面有着广阔的应用前景。然而,对于针对中国国内人群具有特异性的高多态微单倍型位点的筛选工作鲜有报道。此外,对于这类大样本、少量靶点的检测需求,全基因组测序和外显子组测序就显得成本相对高昂,而基于多重PCR的靶向建库策略就显得更加经济、高效,在微单倍型的检测中有着极大潜力。本实验室在2017年基于前期研究的基础上提出了使用钝发夹引物可以提高多重PCR靶向建库的效率,该方法可以有效降低PCR过程中的引物二聚体的发生,使得靶向测序深度更加均一。然而,在数据分析方面,目前仍未出现针对多重PCR靶向测序数据开发的微单倍型分析流程。因此,搭建自动化微单倍型位点识别流程和筛选在中国国内人群中具有高多态性的微单倍型位点的研究工作就显得至关重要。对于微单倍型靶向测序流程的搭建和评估,本文通过对目前常用的5款配对双端测序reads拼接软件的运行时间、拼接成功率、准确性等性能进行评估,选择PANDAseq作为靶向测序双端reads拼接的最优软件,并通过编写Snake Make的脚本将完整的生信分析流程自动化,同时我们还提供了不需要进行双端reads拼接步骤的分析流程供用户选择,方便用户根据数据的实际情况选择合适的流程进行分析。最后,我们还通过对3个中国南方汉族样本的测序数据的分析结果以IGV结果进行人工审查,结果表明本文搭建的微单倍型靶向测序分析流程的分析结果与IGV中显示的结果一致。在搭建完成的测序流程的基础上,我们对20个微单倍型在中国南方汉族人群中的多态性和法医学性能进行了验证。首先,从ALFRED数据库中挑选了20个在中国北京汉族人群和中国南方汉族人群中具有高多态性的微单倍型位点。然后,利用搭建完成的分析流程对96个无关中国南方汉族样本的多重PCR靶向测序数据进行微单倍型位点的基因分型,并计算了这些微单倍型位点在人群中的杂合度、最小等位基因频率、有效等位基因数、个体识别率、累积个体识别率等相关参数,结果显示20个微单倍型位点在中国南方汉族中均具有高多态性和高多态性信息含量,其中19个位点组成的检测体系的混合物检测能力与15个STR的能力相当。最后,我们利用千人基因组计划（1000 Genomes Project,1KGP）中提供的数据集作为参考数据集,按照设定的标准筛选出符合靶向测序要求且在中国国内人群中具有高多态性的微单倍型位点。首先,我们基于千人基因组计划数据库中提供中国北京汉族人群和中国南方汉族人群的SNP位点的基因型数据,并利用PHASE软件对微单倍型位点在人群中的等位基因型进行预测,最终筛选出位点长度小于160 bp、位于人类基因组重组热点区域外、平均有效等位基因数大于3.0的微单倍型位点15485个。随后,我们从初次筛选出的位点中挑选了44个微单倍型位点并利用西蒙斯基因组多样性计划数据库（Simons Genome Diversity Project,SGDP）数据库中的数据集作为验证数据集对44个位点在人群中的多态性和法医学性能进行了初步的验证,结果显示这些位点在东亚人群中的人群中的有效等位基因数均大于3.0、以44个位点为检测体系的个体识别能力和混合物检测能力理论值明显高于常用的19个STR位点组成的检测体系,且具有良好的族源推断能力。综上所述,本文通过对靶向测序相关生物信息学软件的筛选,搭建了使用简便的自动化微单倍型靶向测序分析流程,同时利用中国南方汉族人群多重PCR靶向测序数据对流程的准确性进行了验证。此外,本文还筛选出了在中国国内人群中具有高多态性的微单倍型位点,并初步证明筛选出的位点在东亚人群中具有高多态性和可应用于法医学实践中的潜力。本研究结果将为中国法医遗传学等解决多重PCR靶向测序微单倍型位点识别分析流程和针对中国国内人群高多态性微单倍型位点的筛选提供更多的选择与方案。
刘杨[6]（2020）在《东亚人群SNP族群推断体系研究》文中研究说明目的:构建适合法医学应用的74-plex SNPs复合检测体系,实现全球十个地理区域人群（撒哈拉以南的非洲,北非,欧洲,美洲,大洋洲,西南亚,南亚,北亚,东亚,东南亚）的区分。利用该体系对31个中国人群3077份样本进行基因分型,验证评估该体系在中国人群中的区分能力和法医学应用效能。进一步筛选中国北方汉族与日本人群之间的差异SNP位点,为构建更加精细的针对东亚人群的区分体系奠定基础。方法:首先,基于前期筛选的全球十个区域人群（包括东亚南北方）区分的74 SNPs,通过MassARRAY质谱检测技术构建复合检测体系,利用该体系对31个中国人群3077份样本进行基因分型,通过似然比和族群成分等统计分析,评估该体系对实际样本的族群来源推断能力。然后,对74-plex SNPs复合检测体系进行准确性、灵敏度和法医检材适应性的验证。最后,以2个东亚人群207份样本的85个SNP位点的分型数据为基础,根据FST值和δ值等筛选出北方汉族与日本人群之间的差异SNP位点,通过Structure聚类分析和等位基因频率热图分析对筛选的位点进行评估,使用MassARRAY质谱检测技术对3个汉族人群281份样本进行分型检测,通过似然比和族群成分等统计分析,评估筛选的位点组合对实际样本的族群来源推断能力。结果:DNA模板量最低为1.5 ng时,74个SNP均可正确判型,适用于微量检材的检测;该体系对测试人群中东亚个体推断的准确率为90.96%,不排除率为18.66%;东南亚个体推断的准确率98.94%,不排除率为36.51%。Structure聚类分析表明筛选出53个SNP位点组合(FST≥0.05且δ≥0.16)可以对中国北方汉族和日本人群进行初步区分;该位点组合的族群推断结果中3个测试人群样本最大似然比排在第一位的人群是中国北方汉族的概率均大于66%。结论:74-plex SNPs复合检测体系可以用于法医生物检材的检测,区分全球十个地理区域和东亚南北方的人群,结果可为实际案件侦察提供线索;53个SNP位点组合可以初步实现中国北方汉族和日本人群的区分,为构建更加精细的针对东亚人群的区分体系奠定基础。
段富交[7]（2020）在《胃癌危险因素的定量评估及发病风险预测模型构建》文中指出胃癌（Gastric Cancer,GC）是消化系统最常见的恶性肿瘤,死亡率位居中国恶性肿瘤第二位。研究表明早期胃癌可获得根治性切除,预后较好,五年生存率可达90%,但胃癌的早期检出率不足10%,处于胃癌进展期患者,其五年生存率不足30%,目前仍缺乏有效的非侵入性的早期胃癌筛查的诊断方法。胃癌的发生发展是幽门螺杆菌（Helicobacterpylori,Hpylori）感染、环境和遗传等多因素参与的过程,除Hpylori感染、吸烟、饮酒及高盐饮食等目前已确认的危险因素外,单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）和长链非编码RNAs（Long non-coding RNA,lncRNAs）在胃癌中的广泛作用正逐步被披露。由于胃癌的复杂性与异质性,确定其潜在危险因素并通过模型进行风险预测已在高危人群的早期识别、精准预防以及个体化干预中广泛应用。然而,目前现有的风险预测模型中,未见将lncRNAs作为风险因子纳入评估,且在胃癌领域未见基于多基因风险评分（Polygenic risk scores,PRS）构建的风险预测模型。目的通过定量系统评价和Meta分析明确Hpylori感染、环境等非遗传因素和遗传因素对中国人群胃癌发生的影响及其流行病学意义:基于人群验证关联结果,构建胃癌风险预测模型,通过评价各模型间的预测能力,筛选出最优模型,为中国人群胃癌的早期诊断和精准预防提供可能的依据。方法1.遗传和非遗传因素与胃癌发病风险的流行病学评价（1）利用 PubMed、EMBASE、Cochrane Library、Web of Science、CNKI、Wanfang、VIP和CBM数据库进行系统文献检索,对在中国人群中实施并探讨生物、行为、环境和遗传因素与胃癌发病相关的研究进行定量合并分析,并采用Venice标准对积累证据进行质量评价。（2）利用比值比（Odds ratio,OR）及 95%置信区间（95%Confidence Interval,95%CI）分析非遗传和遗传因素与胃癌发病关联强度,假阳性报告概率（False positive reporting probability,FPRP）评估显着性关联结果,并对关联显着的非遗传和遗传因素组合对胃癌发病风险贡献分别进行评价。（3）采用遗传分数（Genetic score）、归因危险度（Attributable risk percentage,ARP）、人群归因危险度（Population attributable risk percentage,PARP）进行流行病学效应评价。2.基于多基因风险评分的胃癌风险预测模型构建（1）利用生物信息学方法筛选出胃癌中存在差异表达并与microRNAs（miRNAs）具有潜在结合位点的lncRNAs及其对应功能性SNPs;根据循证医学（Evidence based medicine,EBM）策略筛选出具有遗传关联的SNPs,并结合已发表的相关领域性系统综述中中国人群相关联位点,对数据进行质控后纳入人群验证。（2）采用1:1频数匹配的病例-对照研究设计,按性别和年龄（±2岁）进行个体匹配,收集660例经病理学确诊的胃癌患者和660例社区正常对照人群血液样本。分别采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP）、创造性酶切位点原理结合 PCR-RFLP 方法（Created restriction site-PCR-RFLP,CRS-PCR-RFLP）和荧光多重酶连接反应（Improved multiplex ligation detection reaction,iMLDRTM）对lncRNA SNPs和EBM筛选SNPs进行基因分型。（3）采用拟合优度卡方检验（Chi square test of goodness of fit）评估对照人群的基因型分布是否符合哈迪-温伯格平衡（Hardy-Weinberg equilibrium,HWE）,使用非条件Logistic回归完成两部分SNPs与胃癌发病风险的关联性分析。（4）利用Plink进行关联性SNPs的数据质控、等位基因的关联分析及PRSice-2（Polygenic risk score software）基础数据集（Base dataset）和目标数据集（Target dataset）的生成;基于加权遗传风险评分（Weighted genetic risk scores,wGRS）和PRS,利用经EBM筛选关联验证后SNPs分别构建风险预测模型,将lncRNA SNPs作为危险因素的独立数据集纳入风险预测模型,并使用Empirical P-value进行模型内10,000次拟合以优化参数,构建最优模型。（5）利用受试者工作曲线（Receiver operating characteristic,ROC）及曲线下面积（Areaunder curve,AUC）评价不同模型对胃癌的识别度;采用净重新分类指数（Net reclassification improvament,NRI）和整体鉴别指数（Integrated discrimination improvement,IDI）评估wGRS和PRS模型的预测能力;利用赤池信息准则（Akaike information criterion,AIC）和贝叶斯信息准则（Bayesian information criterion,BIC）评价模型的拟合程度。结果1.H.pylori感染、吸烟、饮酒、家族史、胃部疾病、高盐饮食、腌制食品、快速进食、不规律饮食、食用烫食、烟熏煎炸、辛辣饮食、精神抑郁和糖尿病与胃癌发病相关性分析结果具有统计学意义（P<0.01）,Hpylori感染率与胃癌发病率趋势基本一致。2.PSCA rs2976392、rs2294008,MUC1 rs4072037,MTHFR rs1801133,COX-2 rs20417,XRCC1 rs 1799782,rs25487,XRCC3 rs861539,NAT2 rs1799930、rs1799929,NAT2 Phenotype（Slow/Fast）、PLCE1 rs2274223、rs3765524,GSTM1,GSTT1,IL-17A rs2275913、rs8193036,PRKAA1 rs13361707,ERCC5 rs751402,TGFBR rs3773651,IL-10rs1800896 和VDR rs731236 与胃癌发生相关性分析结果具有统计学意义（P<0.05）。3.胃癌非遗传因素与遗传因素组合分布风险的累积频率分别与合并OR值及遗传分数高度相关,经对数变换后,累积频率对应的OR值和遗传分数均符合正态分布;对于非遗传因素,ARP的前三位分别为胃部疾病（66.33%）、腌制食品（54.34%）和烟熏煎炸（49.75%）;PARP前三位分别为腌制食品（33.85%）、食用烫食（24.73%）和H.pylori感染（23.30%）。对于胃癌相关联的SNPs,ARP前三位的分别为NAT2,rs1799929（53.91%）、NAT2表型（53.05%）和1L-10 rs1800896（42.85%）;对于PARP前三位的分别为 VDR rs731236（36.96%）、TGFBR2 rs3773651（25.58%）和 MUC1 rs4072037（20.56%）。4.基于等位基因、突变杂合、突变纯合、显性和隐性五种遗传模型,根据性别、年龄、吸烟、饮酒和胃癌家族史调整进行多因素logistic回归分析,结果显示,在 21 个胃癌相关 lncRNA SNPs 中,14 个 SNPs（rs1859168、rs4784659、rs579501、rs77628730、rs7816475、rs6470502、rs1518338、rs2867837、rs12494960、rs7818137、rs3825071、rs7943779、rs911157 和 rs16981280）与胃癌发病风险关联具有统计学意义（P<0.05）;EBM筛选并验证后的20个SNPs与胃癌发病风险相关性分析表明,15 个 SNPs（rs2294008、rs25487、rs751402、rs1801133、rs1799782、rs763780、rs8193036、rs4072037、rs2274223、rs2275913、rs20417、rs13361707、rs3773651、rs1799930和GSTM1）与胃癌发病风险具有统计学关联（P<0.05）。5.对lncRNA SNPs和EBM筛选SNPs在病例组与对照组中的分布分别进行wGRS,其病例组的wGRS均值均高于对照组。对两种来源的SNPs,根据wGRS评分分布进行分组,以0-1分组人群为参照,随着分数组的增加,胃癌发病风险显着增加,PRS与wGRS分布及分组比较结果趋势一致。6.将EBM筛选并经关联验证SNPs的PRS分为十分位,以40-60%分位为参照,结果表明,随着分位的降低,个体发病风险总体呈下降趋势;随着分位增高,胃癌发病风险呈显着的增加趋势;其中,处于最低10%的十分位风险评分的个体发病风险比一般人群低47%（OR=0.53,95%CI:0.34,0.83）;PRS处于最高10%的十分位个体胃癌发生风险是一般人群的3.24倍（OR=3.24,95%CI:2.07,5.06）。7.利用NRI和IDI,对增加一种或多种新的危险因素后模型的预测效果改善情况进行评估,结果显示,在同种因素或条件下,PRS模型均优于wGRS模型且胃癌相关lncRNA SNPs作为独立数据集可有效提高模型的识别度。根据纳入不同危险因素构建模型的ROC曲线,结合不同因素对wGRS和PRS模型的AIC和BIC影响的比较,筛选出拟合优度最佳者。结果显示,在PRS基础上引入lncRNA SNPs、吸烟、饮酒及H.pylori感染具有最佳的拟合优度和预测能力（AUC:0.78（0.68,0.88）,AIC=117.23,BIC=122.31）。结论1.胃癌非遗传因素与遗传因素组合分布的累积频率和其发病风险均具有明显的线性关系,随人群累积频率的减小,胃癌发病风险显着增加。2.H.pylori感染、腌制食品和食用烫食,VDR rs731236、TGFBR2 rs3773651和MUC1 rs4072037在人群中的暴露对胃癌的发生贡献较大。3.胃癌关联性SNPs与其lncRNA SNPs存在显着的联合作用,在同种因素或条件下,PRS模型优于wGRS模型且引入胃癌相关lncRNA SNPs可显着提高模型的识别度。4.PRS联合lncRNA SNPs、吸烟、饮酒及H.pylori感染的模型对胃癌发病风险具有最优预测能力,有助于区分胃癌高风险和低风险人群。
张瑞仙[8]（2019）在《miR-5003调节ETS1-3’UTR促进SLE患者B细胞分化的机制研究》文中进行了进一步梳理[目的]筛选系统性红斑狼疮（SLE）患者外周静脉血单个核细胞（PBMC）中在转录水平与正常对照具有显着差异表达的基因;验证ETS1的表达水平,并分析该基因的表达与单核苷酸多态性（SNP）的相关性,探索SNP影响ETS1表达及其在B淋巴细胞中的机制及功能效应;根据SNP的基因位置,寻找影响ETS1变化的上游机制,并检测下游ETS1对B细胞功能的影响;同时,探索SNP对SLE患者不同临床表现的影响。本研究将为临床早期诊断和疾病预后提供潜在标记物。[方法]收集3例SLE患者和3例健康对照的外周静脉血,用二代测序技术筛查PBMC中具有显着差异性表达的基因,进而通过GO、KEGG和Cytoscape分析显着差异表达基因（DEGs）的富集情况。扩大样本量后,用定量聚合酶链反应（qPCR）检测ETS1在两组样本PBMC、B和Th淋巴细胞中的相对表达水平,SNaPshot技术进行基因分型;构建rs4937333位点为野生型C或突变型T的ETS1质粒并包装慢病毒,感染SLE患者外周静脉血B淋巴细胞,用qPCR和蛋白免疫印迹法（Western Blot,WB）检测并比较ETS1的表达。进而将不同等位基因质粒转染昆明小鼠脾脏B淋巴细胞,分别或联合使用anti-IgM、anti-CD40L、LPS、IL4进行体外刺激,采用流式细胞术（FCM）、酶联免疫吸附试验（ELISA）检测并比较两组间B细胞的激活、分泌、分化及浆细胞的分泌水平。最后,利用3个专业网站在线预测可能与rs4937333结合的miRNA,荧光素酶报告基因实验验证两者的体外结合情况,qPCR和WB检测miR-5003转染的细胞中ETS1的表达水平;并检测样本Th和B细胞中miR-5003的表达水平。[结果]PBMC转录组测序后,共发现117个显着上调和35个显着下调的功能基因,ETS1是显着下调基因之一;DEGs主要富集在与炎症和固有免疫相关的条目、SLE和固有免疫通路。扩大的样本量包括66名SLE患者和42名健康对照者,病例组的PBMC和B淋巴细胞中ETS1转录水平显着降低,而Th细胞中未发现显着差异;对ETS1 3’UTR的8个SNPs进行测序,发现rs4937333（C→T）的突变型在SLE患者组显着高于对照组（OR=1.800,95%CI（1.026-3.157）,p=0.040）。而且,SLE 患者 B 细胞中 ETS1 mRNA的表达水平与5种临床表型（蝶形红斑、光敏感、关节炎、血液病变及ANA阳性）相关。野生型和突变型ETS1病毒感染SLE患者B淋巴细胞后,发现突变型ETS1的转录和翻译水平均明显降低。野生型和突变型质粒转染小鼠脾脏B淋巴细胞后,经4种刺激物作用,激活标记物CD23、CD69、CD86的表达均未发现差异,上清中所分泌的IL-6、IL10、TNFα的表达也均未发现差异（p值均>0.05）;然而,经anti-IgM+IL4共同刺激后,突变型B细胞分化为浆细胞的能力显着增强,同时,突变型B细胞所分化的浆细胞培养上清中IgM、IgG、IgA和IgE的分泌也显着高于野生型组。荧光素酶报告基因实验结果表明,miR-5003通过与突变型ETS1 3’UTR结合活性增强,导致ETS1表达水平低于野生型;临床样本检测发现,SLE患者外周静脉血B细胞中miR-5003的表达显着高于健康对照及Th细胞。[结论]SLE患者外周静脉血B淋巴细胞中,miR-5003通过与ETS1-3’UTR的突变型rs4937333结合增强,促进了 ETS1 mRNA的降解,使其转录和翻译水平均降低,进而促进了 B细胞分化为浆细胞,并使免疫球蛋白分泌增多,与临床表现中的蝶形红斑、光敏感、关节炎、血液病变及ANA阳性相关。从临床意义来讲,rs4937333多态性可影响SLE活动度,可能有助于判断疾病预后,而且,B细胞中的miR-5003表达水平有望成为SLE早期诊断和评价疾病活动度的生物标志物。
张春红[9]（2019）在《人体微量营养素缺乏风险关联SNP高通量微流体芯片方法研究与初步应用》文中研究表明背景:继限制性酶切片断长度多态性和短串联重复序列之后,单核苷酸多态性位点（single-nucleotide polymorphism,SNP）以遗传标记密度高、稳定性高、分型检测易于实现自动化的特点成为第3代多态性标记,在遗传诊断,遗传风险评估、连锁不平衡图谱和遗传关联分析等人类基因组学研究领域显示了强大的应用前景。人体存在营养素需要量个体化遗传特征,通过研究导致功能和表型改变的编码区和调控区的个体化SNP信息,可以基于SNP分析对个体化营养素缺乏风险进行评估和干预,通过基于正常人群和缺乏人群的流行病学观察及人群SNP基因分型检测,可以建立人群SNP基因型频率分布特征,获得与营养素缺乏风险高度关联的SNP位点公共数据库,从而实现基于个体差异或人群差异特征的精准营养干预。为此,探索快速、准确、高通量的SNP基因分型技术以及基于SNP检测对人体营养缺乏风险进行评估的研究必要而迫切。目的:一、研究建立人体微量营养素缺乏风险关联SNP高通量微流体芯片方法通过文献荟萃分析筛选提取营养相关联的SNPs,优化血液和唾液样本DNA自动化提取程序,建立适宜的引物设计方法,采用微流体芯片技术,建立微流体芯片营养SNP的检验方法,实现对营养不良风险的评估。二、微流体芯片方法的初步应用采用人群对微流体芯片方法进行测试,初步分析基因型数据的地域分布特征,并与生化数据进行关联分析,研究营养SNPs的检验方法在微量营养素缺乏风险评估中应用的可行性。方法:采用自动化提取工作站建立血液和唾液样本的DNA提取流程,采用竞争性等位基因PCR原理设计引物,纳入了 52个与维生素A,D,E,B6,B2,叶酸,钙,铁,锌和硒微量营养素缺乏易感性关联较大的SNP位点,SNP检索和纳入原则是在中国生物医学文献数据库、中国期刊全文数据库、万方数据库、重庆维普中文科技期刊全文数据库,PubMed数据库和Web of Science中检索从建库至2017年6月25日发表的相关文献,检索主题词分别为“single nucleotide polymorphism or SNP”and“vitamin A,D,E,B6,B12,FA,Ca,Iron,Zn,Se”和“单核苷酸多态性”和“维生素A,D,E,B6,B12,叶酸,钙,铁,锌和硒”。同时手工检索文献,并辅以文献追踪法收集更多相关文献。建立创新性SNP微流体芯片检测方法,并对如下指标进行评估:（1）防交叉污染能力的测试:奇数反应孔中预点引物混合液,偶数反应孔中不点制无引物混合液。另外,采用凝胶电泳试验对芯片对应反应孔中的溶液进行检测。试验重复操作六次。（2）引物特异性分型能力和准确性评估:先将52个SNP位点对应的引物混合液分别预点于不同的反应孔中,待引物混合液干燥后再将156个不同的DNA样本预点于不同的反应孔中,室温静止30 min使得芯片干燥,DNA样本的浓度为10 ng/μl,随后将PCR预混液注入到进样通道中。所有的芯片分型检测结果均与对应的二代测序（NGS）分型结果进行比较。试验重复操作六次。（3）适宜DNA反应浓度检测:先将52个SNP位点对应的引物混合液分别预点于不同的反应孔中,再将52个不同的DNA样本中每个样本都按照1 ng/pl,5ng/μl,10ng/μl和15ng/μl进行四个浓度梯度稀释。试验重复操作六次。（4）重现性检测:先将52个SNP位点对应的引物混合液分别预点于不同的反应孔中,重现性试验采用一个DNA样本进行检测。试验重复操作六次。（5）临床血液样本多种营养素缺乏风险筛查评估应用:采用所建立的成熟的芯片分型检测方法,随机选取六个临床样本进行评估应用。先将52个SNP位点对应的引物混合液分别预点于不同的反应孔中,随后按照芯片检测流程进行检测,并对检测结果进行分析。（6）血液中提取的DNA与唾液中提取的DNA在芯片上分型结果的比较:分别获得三个人的血液DNA样本,来自于同样的三个人的唾液DNA样本。先将52个SNP位点对应的引物混合液分别预点于不同的反应孔中,随后按照芯片检测流程进行检测,并对检测结果进行分析。（7）运用二代测序方法对芯片分型结果进行验证,设计二代测序所需引物序列,目的扩增片段长度约300～450 bp,包含该SNP位点。目的片段的扩增,序列测定工作均由生工生物工程（上海）股份有限公司完成。运用建立的高通量微流体芯片基因分型检测方法,对1130份血细胞样本进行了基因分型检测,对每份样本检测与人体微量营养素维生素A,D,E,B6,B12,叶酸,钙,铁,锌和硒等微量营养素缺乏风险高度关联的143个SNP遗传标记物。该143个SNP位点的纳入原则同上所述。铁营养素相关生化指标与SNP位点易感性分析中,CRP>10 mg/l的人被排除在这项研究之外。体内铁储量采用如下公式进行计算:体内铁储量（Body iron,BI,mg/kg）=-[log（sTfR*1000/SF）-2.8229]/0.1207。由于数据缺失量小于5%,对连续变量中的缺失数据采用现有数据把原始数据中的缺失数值模拟出来。采用Q-Q图和Shapiro检验数据是否符合正态分布,若不符合正态分布,则采用扭曲线性混合模型（Warped linear mixed model,Warped-LMM）对生化指标数据进行变换。扭曲线性混合模型是在标准混合线性模型的基础上建立起来的一种分析方法,允许在进行遗传分析的同时适应表型变换,应用在生化指标变量中,以改善其与正态分布的配合度,因为SF和sTfR浓度呈正偏态分布。采用R软件包进行PCA、Kinship和SNP位点之间连锁不平衡分析,分析候选SNP位点的特征。如有种群结构的存在,采用FaST-LMM模型（Factored spectrally transformed linear mixed models）进行关联分析,首先采用连续变量探索基因多态性位点与各种营养素之间的关联性,随后再采用分类变量对所有的表型数据和基因型数据进行关联分析。SF的分组标准:参照《WST 465-2015人群铁缺乏筛查办法》将铁缺乏的标准设定为SF<25 ng/ml,当CRP≤5 mg/1时,当SF<25 μg/1时判定为铁缺乏组,当SF≥25 μg/1时判定为正常人群;当CRP>5 mg/1时,当SF<32μg/1时判定为铁缺乏组;当SF≥25μg/1时判定为正常人群。sTfR的分组标准:sTfR<4.4 mg/1时为铁缺乏组,sTfR≥4.4mg/1时判定为正常人群。参照《WS/T600—2018人群叶酸缺乏筛查方法》将叶酸（FA）的缺乏标准设定为FA<4 ng/ml时为叶酸缺乏组,FA≥4 ng/ml时判定为正常人群。同型半胱氨酸（HCY）和维生素B12的缺乏标准参照检测试剂盒上提供的数据:HCY≥10μM时为病例组,HCY<10μM时判定为正常人群。B12的分组标准:B12<425 pg/ml时为B12缺乏组,B12>425 pg/ml时判定为正常人群。采用卡方检验分析不同基因型以及等位基因在民族之间的分布差异,采用方差分析分析不同基因以及等位基因携带人群的各种生化指标的分布情况。根据P值0.05的阈值确定是否有统计学意义。结果:一、建立了 SNP高通量微流体芯片方法和人体微量营养素缺乏风险检测方法,包括3个主要流程:建立了自动化DNA提取流程,通过对带有凝胶的血细胞、EDTA抗凝全血、离心去血清后的血细胞、新鲜唾液、唾液保存液保存的唾液样本和口腔拭子采集的口腔黏膜细胞等各种样本的提取效果比较,结果显示96份新鲜唾液获取的DNA浓度为150.02±50.97 ng/μl,OD260/280为1.80±0.15,OD260/280为1.50±0.21。从新鲜唾液中获取DNA含量理想,DNA降解程度低,提取方法简单,应作为唾液标本采集的首选,是开展营养基因组学人群研究的有效方法。分析并应用了竞争性等位基因特异PCR扩增设计方法。建立了人体微量营养素缺乏风险关联SNP微流体芯片检测标准化流程,对方法的评估结果显示应用物理性阻断技术实现了相邻反应孔间的零交叉污染。本研究将5 ng/μl和15 ng/μl分别作为血液和唾液来源的样本的适宜DNA反应浓度检测下限值。芯片平台上相同样本精密度为0.67%～26.06%,相同位点的重复结果上没有太大的差异。该研究在重现性方面显现出良好的实验结果,无论在芯片内还是在芯片间,重现性均良好。六个临床样本多种营养素缺乏风险筛查彩色图谱直观显示出多种营养素缺乏风险,以及单一营养素缺乏风险程度,同时也表明个体在营养素缺乏风险程度上各有其独特性。通过分析三个个体血液和唾液两种来源的DNA样本在微流体芯片上的52个SNP位点分型结果,并且与二代测序结果进行比较,结果显示三个个体血液和唾液两种来源的DNA样本在芯片上的52个位点分型结果完全一致,与二代测序的结果也完全一致。二、对143个MDR-SNPs位点地域分布特征及关联分析进行了初步探索主成分分析（PCA分析）结果显示了存在群体遗传结构。对主成分1和主成分2与种群间关系的方差分析结果为P<1.36e-14,表明143个SNP位点存在显着的民族差异。这与样本的最初个体信息吻合,也进一步印证了本研究中采用的基因分型技术的准确性良好。采用函数snpgdsPCACorr分析了主成分中前三个成分与SNP位点之间的关系,结果表明:3号染色体上的基因多态性位点与其他染色体上的多态性位点均呈现显着的差异,主成分分析PC1中显示位于RAB6B基因上的rs2280673解释效度在25%以下,位于TF基因上的rs1799852解释效度为25-500%,位于RBP2基因上的rs2118981位点和SRPRB基因上的rs1830084位点解释效度在50-75%之间,位于TF基因上的rs1358024,rs1525892,rs 1880669,rs381]647,rs3811658,rs6794945,rs7638018,rs8177248八个多态性位点的解释效度为75%以上。采用卡方检验分析不同基因型以及等位基因在民族之间的分布差异,采用方差分析分析不同基因以及等位基因携带人群的各种生化指标的分布情况,获得了大量具有统计学意义的位点。结论:本研究建立了人体微量营养素缺乏风险关联SNP微流体芯片检测方法,主要包括构建了适合于大规模流行病学研究的唾液基因组自动化DNA提取方法,建立了竞争性等位基因特异PCR扩增引物设计方法,建立了一种高通量微流体芯片基因分型检测方法,并采用1130人的小样本对方法进行了初步测试应用。
龚超[10]（2019）在《亚欧人群肤色相关表型的进化和多基因互作机制》文中进行了进一步梳理约5-10万年前,现代人走出非洲并迁徙至世界各地繁衍生息,为了应对各种新环境的生存挑战而产生的肤色表型的适应性进化特征形成了现代人群肤色的多样性。随着人类群体遗传学研究的不断深入,表型资料的大量积累和生物信息学的广泛应用,越来越多的研究发现色素相关基因的变异与不同人群的肤色适应性进化存在着紧密联系。其中包括在东亚人群和欧洲人群中发现的一系列与肤色变浅相关的色素相关基因,亚欧人群在肤色适应性进化上的相关基因变异存在极大的差异,这是各人群为应对环境压力而独立进化出来的遗传适应性特征。已发现的与肤色变浅的相关基因的遗传变异只能解释遗传力的很小一部分,基于肤色是一个复杂的性状,并不能仅仅只是用单个基因或是变体来解释。混合人群具有不同选择压力下适应性进化形成的差异化遗传组成本底的人群的基因混合,混合过程打乱原有的群体基因突变组成结构,从而表现出更多的表型多样性,对混合人群的系统研究可以更完整地揭示多基因互作机制对肤色的影响。哈萨克族人群是研究混合人群肤色进化的理想人群,哈萨克族是由肤色趋同进化变浅的欧洲人群和东亚人群混合而成。目前针对亚欧混合人群肤色的研究几乎没有报道,亚欧混合人群肤色表型变异的相关遗传机制尚不清楚。本研究采用全基因组关联分析的方法,系统的分析了色素相关基因与混合人群肤色表型之间的相关联系,并利用统计学原理将收集的新疆哈萨克族人群个体的表型肤色数据与基因芯片的数据建立起统计模型,运用生物信息学分析软件最终发现了来自于两个色素基因OCA2和SLC45A2的5个位点与哈萨克族人群的肤色变异显着相关。进一步的分子进化分析显示,OCA2基因上14号外显子的一个非常罕见氨基酸替代的错义突变rs74653330（Ala→Thr）,在哈萨克族人群中突变等位基因频率较其他人群更高,此外SLC45A2基因上游区域的四个位点rs28777,rs35407,exm2270197（rs35397）,rs250415在哈萨克族人群中受到了强烈的达尔文选择作用,这4个SNP处于完全连锁的状态。更进一步的遗传力分析发现所发现的几个变异位点组合成的单倍型对肤色变异的贡献度大于单个变异位点组成的基因型,此外两个基因变异组合的单倍型对肤色变异的贡献度大于单个基因变异。综合上面的结果,揭示哈萨克族人群的肤色变异是由于色素相关基因的一些变异位点受到了自然选择。肤色趋同进化变浅的欧洲人群和东亚人群混合而成的哈萨克族人群的肤色表型和基因型的关联分析结果将进一步阐释肤色是由多个基因及多个变异位点控制的复杂性状。
二、中国人群的等位基因地理分布图（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、中国人群的等位基因地理分布图（论文提纲范文）
（1）色素特征推断体系在中国人群中的应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 论文整体研究思路 |
| 前言 |
| 第一部分 41-SNP色素特征推断体系在中国人群中的应用研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本来源 |
| 1.2 DNA提取和定量 |
| 1.3 引物 |
| 1.4 SNP分型检测 |
| 1.5 性能指标验证 |
| 1.6 肤色表型分类方法 |
| 1.7 样本实际表型分类 |
| 1.8 色素表型在线推断 |
| 1.9 模型性能评估 |
| 2 结果 |
| 2.1 41-Plex体系性能测试 |
| 2.2 眼睛和头发颜色的推断效果 |
| 2.3 肤色推断的准确性评估 |
| 2.3.1 肤色的实际表型分布 |
| 2.3.2 肤色表型推断及推断准确性 |
| 2.3.3 调整后的ITA肤色分类及表型分布 |
| 3 讨论 |
| 3.1 体系性能验证 |
| 3.2 41-Plex色素表型推断模型的应用性 |
| 4 结论 |
| 第二部分 基于中国人群肤色推断模型的构建与效能评估 |
| 1 不同算法模型的构建评估 |
| 1.1 材料与方法 |
| 1.1.1 样本信息 |
| 1.1.2 SNP分型检测 |
| 1.1.3 样本肤色表型测量及分类 |
| 1.1.4 不同算法预测模型的构建评估 |
| 1.2 结果与分析 |
| 2 色素推断模型的优化评估 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 样本信息 |
| 2.1.2 SNP分型检测 |
| 2.1.3 样本肤色表型测量及分类 |
| 2.1.4 肤色推断模型的构建 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 多项式逻辑回归模型性能评估 |
| 2.2.2 多元线性回归模型性能评估 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 第三部分 中国人群肤色表型关联性SNP位点筛选与模型构建评估 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本信息 |
| 1.2 DNA提取、定量 |
| 1.3 样本肤色表型测量及分类 |
| 1.4 基因分型 |
| 1.5 统计学分析 |
| 1.5.1 肤色关联性分析 |
| 1.5.2 建立肤色推断模型 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 关联分析结果 |
| 2.2 多项逻辑回归模型评估 |
| 2.3 多元线性回归模型评估 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 色素特征法医学推断技术的发展与应用 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（2）贵州苗族、仡佬族和布依族人群Y染色体遗传多态性及族源推断应用价值探讨（论文提纲范文）
| 中英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 Y染色体遗传标记在生物地理祖先推断中的法医学应用 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（3）新疆地区人群患乳糜泻的风险性（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略词表 |
| 第1章 引言 |
| 1.1 食品安全危害识别概述 |
| 1.1.1 定义 |
| 1.1.2 食品安全危害识别研究方法 |
| 1.2 乳糜泻概述 |
| 1.2.1 定义 |
| 1.2.2 乳糜泻研究史 |
| 1.3 乳糜泻危害性 |
| 1.3.1 乳糜泻患病率 |
| 1.3.2 乳糜泻临床症状及并发症 |
| 1.4 乳糜泻发病机制 |
| 1.4.1 环境因素 |
| 1.4.2 遗传因素 |
| 1.4.3 免疫机制 |
| 1.5 乳糜泻的防治 |
| 1.5.1 乳糜泻的诊断 |
| 1.5.2 乳糜泻的筛查 |
| 1.5.3 乳糜泻的治疗 |
| 1.5.4 乳糜泻的营养管理 |
| 1.6 无麸质食品的加工与安全控制问题 |
| 1.6.1 麸质蛋白的危害评估 |
| 1.6.2 无麸质食品的生产 |
| 1.6.3 无麸质食品的检测与标识 |
| 1.7 立题背景和研究内容 |
| 1.7.1 课题来源 |
| 1.7.2 立题背景 |
| 1.7.3 研究内容 |
| 第2章 新疆地区主要民族人群的乳糜泻筛查 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料和仪器 |
| 2.2.1 研究人群 |
| 2.2.2 试剂与材料 |
| 2.2.3 仪器与设备 |
| 2.2.4 溶液的配制 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 筛查方案 |
| 2.3.2 总Ig A抗体的检测 |
| 2.3.3 血清anti-tTG-IgA抗体检测 |
| 2.3.4 血清anti-DGP-IgG抗体检测 |
| 2.3.5 EMA-IgA检测 |
| 2.3.6 PCR-SSP法分型HLA-DQA1和-DQB1基因 |
| 2.3.7 胃镜检查及小肠活检 |
| 2.3.8 十二指肠绒毛病理检测 |
| 2.3.9 乳糜泻的诊断 |
| 2.4 结果 |
| 2.4.1 纳入乳糜泻筛查的患者 |
| 2.4.2 纳入受试者总IgA水平 |
| 2.4.3 受试者血清中anti-tTG-IgA或 anti-DGP-IgG抗体水平 |
| 2.4.4 anti-tTG-IgA阳性患者的EMA-IgA抗体结果 |
| 2.4.5 Anti-tTG-IgA抗体阳性患者HLA-DQA1和-DQB1 基因型 |
| 2.4.6 乳糜泻抗体及易感基因双阳性患者的活检结果 |
| 2.4.7 乳糜泻自身免疫征和乳糜泻 |
| 2.5 讨论 |
| 2.5.1 乳糜泻的诊断 |
| 2.5.2 乳糜泻或乳糜泻自身免疫征患病率 |
| 2.5.3 乳糜泻易感基因 |
| 2.5.4 研究方案的不足 |
| 2.6 小结 |
| 第3章 新疆地区乳糜泻自身免疫征的流行病学初步特征 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 研究样本 |
| 3.2.2 统计分析 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 纳入受试者特征 |
| 3.3.2 人口学各因素与乳糜泻自身免疫征患病率的相关性 |
| 3.3.3 消化道临床症状及其与乳糜泻自身免疫征患病率的相关性 |
| 3.3.4 乳糜泻自身免疫征患者肠外症状 |
| 3.3.5 新疆地区未诊断乳糜泻患者 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 乳糜泻患病率及其潜在影响因素 |
| 3.4.2 乳糜泻自身免疫征患者消化道临床症状 |
| 3.4.3 乳糜泻自身免疫征患者肠外疾病或症状 |
| 3.4.4 未诊断的乳糜泻患者 |
| 3.5 小结 |
| 第4章 基于HLA-DRB1、-DQA1 和-DQB1 位点的新疆主要民族人群患乳糜泻的遗传风险性 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料和仪器 |
| 4.2.1 研究人群 |
| 4.2.2 试剂与材料 |
| 4.2.3 仪器与设备 |
| 4.2.4 溶液的配制 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 DNA提取 |
| 4.3.2 DNA浓度和纯度鉴定 |
| 4.3.3 HLA-DQA1、-DQB1 及-DRB1 位点基因扩增 |
| 4.3.4 遗传平衡检验及单倍型分析 |
| 4.3.5 系统发育树的构建 |
| 4.3.6 数据统计分析 |
| 4.4 结果 |
| 4.4.1 HLA-DQA1、-DQB1和-DRB1 基因电泳结果 |
| 4.4.2 HLA-DQA1、-DQB1 和-DRB1 位点等位基因测序峰图 |
| 4.4.3 Hardy-Weinberg equilibrium检测 |
| 4.4.4 HLA-DQA1、-DQB1 和-DRB1 等位基因在四个民族中的分布频率 |
| 4.4.5 HLA-DQA1-DQB1 单倍型在四个民族中的分布 |
| 4.4.6 四个民族与其他人群遗传关系分析 |
| 4.4.7 乳糜泻易感基因在四个民族中的分布 |
| 4.5 讨论 |
| 4.5.1 汉族HLA-DRB1、-DQA1 和-DQB1 基因及遗传结构 |
| 4.5.2 维吾尔族和哈萨克族HLA-DRB1、-DQA1 和-DQB1 基因及遗传结构 |
| 4.5.3 回族HLA-DRB1、-DQA1 和-DQB1 基因及遗传结构 |
| 4.5.4 四个民族患乳糜泻遗传风险性 |
| 4.6 小结 |
| 第5章 麸质蛋白暴露对新疆地区人群患乳糜泻的风险影响 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 方法和数据收集 |
| 5.2.2 数据的统计分析 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 我国小麦生产和居民消费量分析 |
| 5.3.2 麸质蛋白含量不同小麦品种在我国不同地区的分布 |
| 5.3.3 新疆地区民居小麦麸质蛋白暴露分析 |
| 5.3.4 农村和不同民族人口分布与乳糜泻风险性 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 小麦麸质蛋白暴露与乳糜泻风险性 |
| 5.4.2 新疆地区小麦麸质蛋白暴露与乳糜泻风险性 |
| 5.4.3 小麦麸质蛋白暴露、易感基因频率与乳糜泻风险性 |
| 5.5 小结 |
| 第6章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 本研究的创新点 |
| 6.3 进一步工作方向 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间研究成果 |
（4）基于MPS研发multi-allelic SNP体系、CE构建diallelic DIP和mini STR的六色荧光分型体系及DIP解晰藏族的群体遗传结构（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 基于MPS的multi-allelic SNPs的分型体系研发及其群体遗传学研究 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 材料与方法 |
| 1.2.1 仪器与试剂 |
| 1.2.2 位点挑选与评估 |
| 1.2.3 引物设计与评估 |
| 1.2.4 研究对象及参考群体 |
| 1.2.5 样本处理 |
| 1.2.6 文库构建 |
| 1.2.7 上机测序与数据分析 |
| 1.2.8 统计学分析 |
| 1.3 结果 |
| 1.3.1 位点的选择和初始性能评估 |
| 1.3.2 测序性能评估 |
| 1.3.3 等位基因频率及法医学参数 |
| 1.3.4 群体遗传关系分析 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 小结 |
| 1.6 参考文献 |
| 第2章 61个DIP和2个mini STR基因座的六色荧光标记检测体系的构建与验证研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 主要仪器与试剂 |
| 2.2.2 位点筛选与评估 |
| 2.2.3 引物设计与评估 |
| 2.2.4 体系构建与优化 |
| 2.2.5 体系验证实验 |
| 2.2.6 参考群体数据及统计学分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 位点筛选结果 |
| 2.3.2 位点的初始效能评估情况 |
| 2.3.3 复合扩增体系构建结果 |
| 2.3.4 体系验证结果 |
| 2.3.5 东亚群体间亲缘关系聚类分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 2.6 参考文献 |
| 第3章 基于diallelic DIP多态性数据探索我国两个藏族的群体遗传结构 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 主要仪器与试剂 |
| 3.2.2 研究群体及比对群体数据来源 |
| 3.2.3 PCR扩增和等位基因分型 |
| 3.2.4 统计分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 等位基因频率分布差异 |
| 3.3.2 群体间遗传差异分析 |
| 3.3.3 系统发育树重建 |
| 3.3.4 主成分分析 |
| 3.3.5 STRUCTURE遗传结构洞察 |
| 3.3.6 法医祖先信息评估 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 3.6 参考文献 |
| 第4章 全文总结与展望 |
| 攻读博士学位期间成果 |
| 致谢 |
（5）靶向测序数据的微单倍型重构与分析流程开发（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 DNA测序技术的发展 |
| 1.1.1 一代测序技术 |
| 1.1.2 二代测序技术 |
| 1.1.3 第三代测序技术 |
| 1.2 靶向测序技术 |
| 1.2.1 基于多重PCR扩增法建库的测序技术 |
| 1.3 微单倍型发展概述 |
| 1.3.1 连锁信息SNPs |
| 1.3.2 单倍型域 |
| 1.3.3 迷你单倍型 |
| 1.3.4 微单倍型 |
| 1.3.4.1 微单倍型的应用 |
| 1.3.4.2 微单倍型的命名 |
| 1.4 二代测序数据拼接软件研究进展 |
| 1.4.1 SHERA |
| 1.4.2 FLASH |
| 1.4.3 PANDAseq |
| 1.4.4 PEAR |
| 1.4.5 COPE |
| 1.4.6 USEARCH |
| 1.4.7 VSEARCH |
| 1.5 研究介绍及技术路线 |
| 第二章 微单倍型位点分析流程搭建 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料与仪器 |
| 2.2.1 材料 |
| 2.2.2 药品和试剂 |
| 2.2.3 实验仪器 |
| 2.2.4 计算机硬件 |
| 2.2.5 软件与网络资源 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 双端测序reads拼接软件筛选 |
| 2.3.2 分析流程的搭建 |
| 2.3.3 微单倍型位点的选择 |
| 2.3.4 微单倍型位点的引物设计 |
| 2.3.5 样本DNA的抽提 |
| 2.3.6 二代测序文库的制备和上机测序 |
| 2.3.7 人工检查 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 双端测序reads拼接软件的性能评估 |
| 2.4.2 搭建完成的靶向扩增子测序数据分析流程 |
| 2.4.3 测序结果和微单倍型分型结果 |
| 2.4.4 IGV人工检查结果 |
| 2.5 讨论 |
| 第三章 基于二代测序平台的20 个微单倍型位点的分型研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料与仪器 |
| 3.2.1 材料 |
| 3.2.2 药品和试剂 |
| 3.2.3 实验仪器 |
| 3.2.4 计算机硬件 |
| 3.2.5 软件与网络资源 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 20 个微单倍型位点的选择 |
| 3.3.2 20 个微单倍型位点的引物设计 |
| 3.3.3 96 个样本DNA的抽提 |
| 3.3.4 96 个样本二代测序文库的制备和上机测序 |
| 3.3.5 96 个样本的二代测序数据分析 |
| 3.3.6 统计学分析 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.4.1 测序结果和覆盖度分析 |
| 3.4.2 微单倍型位点的等位基因频率和基因型频率 |
| 3.4.3 微单倍型位点在中国南方汉族人群中的多态性 |
| 3.5 讨论 |
| 第四章 法医学微单倍型遗传标记的筛选 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验材料与仪器 |
| 4.2.1 软件与网络资源 |
| 4.2.2 计算机硬件 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 参考与验证数据的选择 |
| 4.3.2 微单倍型位点的筛选 |
| 4.3.3 微单倍型位点在SGDP数据库人群数据中的验证 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.4.1 微单倍型位点筛选结果 |
| 4.4.2 部分位点在SGDP数据库中的法医学性能 |
| 4.4.3 SGDP数据库群体分化研究 |
| 4.5 讨论 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（6）东亚人群SNP族群推断体系研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 前言 |
| 第一部分 74-plex SNPs复合检测体系在中国人群中的族群推断研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本信息 |
| 1.2 DNA的提取和定量 |
| 1.3 SNP位点来源 |
| 1.4 复合检测体系构建及SNP分型检测 |
| 1.5 性能指标验证 |
| 1.6 31 个人群3077 份测试个体的族群来源推断 |
| 1.6.1 Tableau地图分析 |
| 1.6.2 群体匹配概率和似然比 |
| 1.6.3 箱线图分析 |
| 1.6.4 Admixture分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 74 -plex SNPs复合检测体系构建结果 |
| 2.2 74 -plex SNPs复合检测体系性能指标验证结果 |
| 2.3 31 个人群3077 份测试个体的族群来源推断 |
| 2.3.1 地理位置结果 |
| 2.3.2 似然比 |
| 2.3.3 族群成分 |
| 2.3.4 Admixture分析结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 体系性能验证 |
| 3.2 未知个体族群来源推断 |
| 4 结论 |
| 第二部分 中国北方汉族与日本人群差异SNP筛选与推断研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 SNP信息 |
| 1.2 DNA样本信息 |
| 1.3 SNP分型检测 |
| 1.4 位点筛选及评估 |
| 2 结果 |
| 2.1 位点筛选结果 |
| 2.2 位点评估结果 |
| 2.3 未知个体来源推断 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（7）胃癌危险因素的定量评估及发病风险预测模型构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词表 |
| 引言 |
| 第一部分 遗传和非遗传因素与胃癌的发病风险及流行病学评价 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 胃癌危险因素的检索 |
| 2.2 数据提取 |
| 2.3 积累证据的质量评估 |
| 2.4 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 定量系统评估文献识别 |
| 3.2 纳入研究基线特征 |
| 3.3 定量合并结果 |
| 3.4 危险因素的流行病学评价 |
| 4 讨论 |
| 4.1 非遗传因素 |
| 4.2 遗传因素 |
| 4.3 流行病学评价 |
| 4.4 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分 基于多基因风险评分的胃癌风险预测模型构建 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 生物信息学筛选胃癌相关lncRNAs |
| 2.2 风险预测模型相关SNPs的选取 |
| 2.3 生物学实验 |
| 2.4 研究方法 |
| 2.5 胃癌风险预测模型的构建与评价 |
| 2.6 质量控制 |
| 2.7 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 研究对象的基线特征 |
| 3.2 基因分型结果 |
| 3.3 Hardy-Weinberg equilibrium检验 |
| 3.4 胃癌与遗传易感性关联 |
| 3.5 风险预测模型构建 |
| 3.6 风险模型的构建及评价 |
| 4 讨论 |
| 4.1 风险预测模型与肿瘤 |
| 4.2 遗传关联与胃癌 |
| 4.3 胃癌风险模型的构建 |
| 4.4 模型参数优化与拟合 |
| 4.5 拟合优度与模型评价 |
| 4.6 小结 |
| 创新性和局限性 |
| 创新性 |
| 局限性 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 1.1 13维危险因素组合程序 |
| 1.2 22维风险基因组合程序 |
| 1.3 PRS主程序 |
| 1.4 NRI和IDI程序 |
| 1.5 遗传和非遗传因素与胃癌的发病风险及流行病学评价纳入参考文献列表 |
| 参考文献 |
| 综述 多基因风险评分在肿瘤研究中的应用及进展 |
| 参考文献 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（8）miR-5003调节ETS1-3’UTR促进SLE患者B细胞分化的机制研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 高通量测序分析 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论及小结 |
| 第二部分 SLE患者淋巴细胞ETS1及其SNP检测 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论及小结 |
| 第三部分 SNP通过ETS1影响B细胞的分化 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论及小结 |
| 第四部分 miR-5003影响ETS1突变位点的功能 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论及小结 |
| 全文总结 |
| 局限性 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 ETS1在狼疮B细胞和Th细胞中作用机制的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（9）人体微量营养素缺乏风险关联SNP高通量微流体芯片方法研究与初步应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 第一章 从血液和唾液中自动化提取DNA方法的优化 |
| 1 材料与方法 |
| 2 各种样本DNA提取方法的评估 |
| 3 统计方法 |
| 4 结果 |
| 5 讨论 |
| 第二章 竞争性等位基因特异性PCR引物设计方法 |
| 1 引物设计原理 |
| 2 设计方法 |
| 3 SNP纳入原则 |
| 4 引物设计结果 |
| 5 讨论 |
| 6 结论 |
| 第三章 人体微量营养素缺乏风险关联SNP高通量微流体芯片方法的建立 |
| 1 材料和方法 |
| 2 微流体芯片检测方法的评估 |
| 3 统计方法 |
| 4 血液中提取的DNA在芯片上的评估结果 |
| 5 唾液中提取的DNA在芯片上的评估结果 |
| 6 讨论 |
| 7 结论 |
| 第四章 MDR-SNPs位点地域分布特征及关联分析初探 |
| 1 材料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 全文讨论 |
| 创新点 |
| 结论 |
| 未来工作计划 |
| 参考文献 |
| 综述 单核苷酸多态性基因分型技术与人类营养风险评估 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
| 发表文章 |
（10）亚欧人群肤色相关表型的进化和多基因互作机制（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 人类肤色的产生 |
| 1.2 人类肤色多样性的选择假说 |
| 1.2.1 紫外线选择假说 |
| 1.2.2 性选择假说 |
| 1.2.3 其他因素选择假说 |
| 1.3 人类肤色多样性的遗传学基础 |
| 1.4 全基因组关联分析(Genome-wide association study) |
| 1.4.1 全基因组关联分析的原理和优势 |
| 1.4.2 连锁不平衡 |
| 1.4.3 群体结构(population structure) |
| 1.4.4 表型和关联模型的选择 |
| 1.4.5 关联分析的展望 |
| 第二章 亚欧人群肤色进化的多基因互作机制研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验试剂与设备 |
| 2.2.1 实验仪器 |
| 2.2.2 实验试剂 |
| 2.2.3 溶液配制 |
| 2.3 实验与分析方法 |
| 2.3.1 样本采集 |
| 2.3.2 人群肤色的测量 |
| 2.3.3 表型数据的处理 |
| 2.3.3.1 表型数据的录入 |
| 2.3.3.2 表型数据的分组处理 |
| 2.3.3.3 SPSS数据处理 |
| 2.3.3.4 GraphPad Primer7.0作图 |
| 2.3.4 主成分分析 |
| 2.3.5 基因组DNA的获取 |
| 2.3.6 全基因组核苷酸多态性分析 |
| 2.3.6.1 基因分型 |
| 2.3.6.2 原始芯片数据的质控和遗传变异的获取 |
| 2.3.7 候选位点的关联分析 |
| 2.3.8 分子进化分析 |
| 2.3.8.1 群体分化指数Fst分析 |
| 2.3.8.2 LD连锁不平衡分析 |
| 2.3.9 估计候选位点对表型变异的贡献 |
| 第三章 分析结果 |
| 3.1 哈萨克族人群(Kazak)的基本特征分析 |
| 3.2 哈萨克族人群(Kazak)与北方汉族人群(CHN)之间的L*,a*,b*对比 |
| 3.3 哈萨克族人群(Kazak)与不同人群的肤色比较 |
| 3.4 哈萨克族人群(Kazak)肤色表型数据的年龄和性别分层 |
| 3.5 PCA分析 |
| 3.6 全基因组关联分析 |
| 3.7 分子进化分析结果 |
| 3.7.1 群体分化指数Fst分析 |
| 3.7.2 LD连锁不平衡分析 |
| 3.8 遗传相关性分析 |
| 第四章 讨论与展望 |
| 4.1 讨论 |
| 4.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 A 攻读硕士学位期间发表论文 |
四、中国人群的等位基因地理分布图（论文参考文献）
- [1]色素特征推断体系在中国人群中的应用研究[D]. 杨亚芳. 山西医科大学, 2021
- [2]贵州苗族、仡佬族和布依族人群Y染色体遗传多态性及族源推断应用价值探讨[D]. 罗丽. 遵义医科大学, 2021
- [3]新疆地区人群患乳糜泻的风险性[D]. 周春艳. 南昌大学, 2021
- [4]基于MPS研发multi-allelic SNP体系、CE构建diallelic DIP和mini STR的六色荧光分型体系及DIP解晰藏族的群体遗传结构[D]. 刘艳芳. 南方医科大学, 2021
- [5]靶向测序数据的微单倍型重构与分析流程开发[D]. 陈肯. 东华大学, 2021(01)
- [6]东亚人群SNP族群推断体系研究[D]. 刘杨. 山西医科大学, 2020(09)
- [7]胃癌危险因素的定量评估及发病风险预测模型构建[D]. 段富交. 郑州大学, 2020(02)
- [8]miR-5003调节ETS1-3’UTR促进SLE患者B细胞分化的机制研究[D]. 张瑞仙. 昆明医科大学, 2019
- [9]人体微量营养素缺乏风险关联SNP高通量微流体芯片方法研究与初步应用[D]. 张春红. 中国疾病预防控制中心, 2019(10)
- [10]亚欧人群肤色相关表型的进化和多基因互作机制[D]. 龚超. 昆明理工大学, 2019(04)