一、OVA66抗原肽与HLA-A2分子结合性和结合稳定性的研究（论文文献综述）
胡晓,姜龙,王宝宝,王钦富,吴海歌,窦少华,唐乾,姜南,付常振,金行,高凤山[1]（2021）在《MHC分子与肿瘤免疫及治疗的研究进展》文中指出恶性肿瘤是危害人类生命健康的重大疾病,主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex, MHC） I类分子和II类分子与肿瘤的发生、发展关系密切,近年来越来越受到人们的关注。MHC I类分子和II类分子的表达和调控影响着肿瘤细胞的增殖,并能够诱导肿瘤免疫,从而在一定程度上可抑制肿瘤细胞的增殖。根据肿瘤免疫中涉及的MHC分子参与的抗原递呈及T细胞受体识别等机理,在临床上可以为肿瘤治疗提供新的手段。因此,了解MHC分子与肿瘤免疫及治疗的最新研究进展非常必要。现从MHC分子的结构和功能、在肿瘤细胞中的表达及调控、与肿瘤免疫的关系及其在肿瘤免疫及治疗领域的应用等4个方面进行介绍,以期为肿瘤的免疫治疗等相关研究提供有意义的参考。
叶春梅[2]（2021）在《改造型TP53共享新抗原诱导抗肝癌作用的研究》文中提出目的近年来肿瘤新抗原作为免疫治疗的靶点备受关注,成为个体化免疫治疗的主力军。而共享新抗原因其在不同患者间通用,比个体化新抗原具有更广的适用性。本研究对TP53基因突变产生的共享新抗原进行氨基酸的替换修饰,探究改造后的共享新抗原是否能增强其免疫原性,从而更好地刺激和活化T细胞,进一步增强TP53共享新抗原的抗肿瘤作用,为肝癌患者以及存在相同突变的其他肿瘤患者提供更好的新抗原疫苗奠定基础。方法1.通过文献找出肝癌TP53基因热点突变,经抗原多肽预测算法获得共享新抗原,生物信息学软件预测共享新抗原的亲和力。选择亲和力较低的TP53-Y220C共享新抗原进行氨基酸残基改造。合成改造前TP53-Y220C新抗原和改造后TP53-Y220C（L2）新抗原,用T2细胞检测改造前、改造后新抗原的亲和力和稳定性。2.将合成的新抗原肽负载于树突状细胞（Dendritic cell,DC）中,并诱导细胞毒性T淋巴细胞（Cytotoxic lymphocyte,CTL）。通过酶联免疫吸附测定法（Enzyme linked immunosorbent assay,ELISA）检测干扰素-γ（Interferon-γ,IFN-γ）的分泌,通过CFSE染色于流式细胞仪上检测CTL细胞的增殖,乳酸脱氢酶（Lactic dehydrogenase,LDH）释放法检测不同新抗原刺激的CTL对负载TP53-Y220C新抗原T2细胞的杀伤。3.将改造前、改造后TP53-Y220C新抗原刺激活化的CTL作为效应细胞,选取存在或不存在TP53-Y220C新抗原突变位点的肝癌细胞作为靶细胞。在体外,通过LDH释放试验检测不同新抗原刺激的CTL对肿瘤细胞的杀伤。在体内,将肝癌细胞接种至斑马鱼卵黄囊内,然后注射不同新抗原刺激活化的CTL,24h后观察CTL对肝癌细胞的生长抑制情况。4.LDH试验检测不同新抗原刺激的CTL对含有或未含有TP53-Y220C新抗原突变位点的胃癌细胞、胰腺癌细胞、食管癌细胞的杀伤。ELISA法、酶联免疫斑点实验（Enzyme-linked immunospot assay,ELISPOT）检测靶细胞和效应细胞共培养后IFN-γ、肿瘤坏死因子α（Tumor necrosis factor,TNF-α）的释放情况。结果1.生物信息学软件预测结果显示,改造后TP53-Y220C（L2）新抗原的亲和力有提升。体外亲和力检测结果显示,改造前TP53-Y220C新抗原的亲和力为3.10±0.35,改造后TP53-Y220C（L2）新抗原的亲和力为3.61±0.31。稳定性检测结果显示,改造前TP53-Y220C新抗原的稳定性<18h,改造后TP53-Y220C（L2）新抗原的稳定性>18h,两者在12h和18h的解离率有显着差异（P<0.01）。2.T细胞增殖试验和ELISA试验结果显示,与改造前TP53-Y220C新抗原相比,改造后TP53-Y220C（L2）新抗原能刺激更多的T细胞增殖,分泌更多的IFN-γ。3.从交叉实验结果可见,改造前TP53-Y220C新抗原和改造后TP53-Y220C（L2）新抗原刺激的CTL均能识别提呈有TP53-Y220C新抗原的T2细胞。且与改造前相比,改造后新抗原刺激的CTL与T2细胞共培养后分泌更多的IFN-γ和TNF-α。4.肝癌体外杀伤结果提示,与改造前相比,改造后TP53-Y220C（L2）新抗原刺激的CTL能杀伤更多的肝癌细胞Hu H7-HLA-A0201,且IFN-γ和TNF-α的分泌量更多。斑马鱼试验显示,与改造前相比,改造后TP53-Y220C（L2）新抗原刺激的CTL能在24h内使斑马鱼体内的肝癌细胞荧光面积减少更多（P<0.01）。5.LDH释放试验结果显示,TP53-Y220C新抗原和TP53-Y220C（L2）新抗原刺激的CTL均能识别和杀伤存在TP53-Y220C突变位点的胃癌细胞、胰腺癌细胞、食管癌细胞,且TP53-Y220C（L2）新抗原刺激的CTL组分泌更多的IFN-γ和TNF-α。结论1.改造的TP53-Y220C（L2）新抗原比未改造的TP53-Y220C新抗原的亲和力有所增加,稳定性显着增加,并且具有更强的免疫原性,可以更好地刺激T细胞增殖。2.肝癌细胞的体外杀伤试验和斑马鱼体内试验证明,TP53-Y220C（L2）新抗原活化的CTL比TP53-Y220C新抗原活化的CTL对肝癌细胞具有更好的细胞毒性。3.TP53-Y220C（L2）新抗原和TP53-Y220C新抗原活化的CTL对存在TP53-Y220C突变新抗原的胃癌细胞、胰腺癌细胞、食管癌细胞均有杀伤,且改造新抗原刺激的CTL可诱导更强的杀伤活性。说明TP53-Y220C新抗原符合共享新抗原特性,亲和力和稳定性增强的TP53-Y220C（L2）新抗原有望作为多种肿瘤的DC疫苗或者多肽疫苗用于抗肿瘤免疫治疗。
游紫聪[3]（2021）在《乳腺癌HLA-A2限制性新抗原表位的生物信息学分析》文中研究指明目的及意义乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤,目前临床上使用包括手术、化疗、放疗、内分泌治疗和靶向治疗在内的综合治疗手段,多数早期及少部分中期乳腺癌患者获得了较好的预后。但是,对于晚期和部分中期乳腺癌患者临床上仍缺乏非常有效的治疗手段,且目前使用的化疗等治疗手段毒性大、费用高,不仅降低乳腺癌患者的生活质量,而且加大了家庭和社会的负担,因此,乳腺癌是严重的公共卫生问题,有必要研究新的治疗手段以帮助这些患者改善预后。新抗原肽疫苗是一种以肿瘤突变形成的表位肽为抗原,能诱导机体形成特异性抗肿瘤T细胞的治疗性疫苗。其又分为个体化新抗原疫苗与“通用型”新抗原疫苗。“通用型”新抗原疫苗是指使用人群中共有突变位点作为靶点的疫苗,有别于个体化新抗原疫苗,其不需要手术获取组织标本进行高通量测序,既具有传统疫苗制作工艺简单、制作时长短的优势,同时也具有新抗原疫苗保护正常细胞,特异杀伤肿瘤细胞的特点。“通用型”新抗原疫苗具有重大潜力的发展方向。本研究通过生物信息学方法筛选乳腺癌HLA-A2限制性新抗原候选表位,为制备乳腺癌通用型新抗原疫苗提供重要基础。研究方法利用SNP、TCGA、SNP4disease等公共数据库,从已报道的文献与公布的测序数据中,寻找乳腺恶性肿瘤单核苷酸突变形成的错义突变位点,使用已被公认有效的HLA-A2抗原表位预测工具BIMAS、SYFPEITHI与基于人工神经网络的NetMHC4.0预测乳腺癌新抗原表位,NetMHC预测分数小于等于2的表位可成为候选表位,BIMAS、SYFPEITHI预测分数越高,表位与MHC分子结合力越强。利用TAP-PRE工具预测经过上述3个软件所筛选的新抗原肽TAP结合力,剔除结合力低于Intermediate的表位,将候选表位按突变频率与预测分数对进行优先级排序。结果使用上述方法共筛选出了 NBPF12、XPO1、CLEC18、ERBB2、CDC42BPA、PCDHGB4、PTPRZ1、GOLGA6L6、GSTP1、BRCA2、NCOA1、ATM、PALB2、BTLA、ATR、LHCGRSTON1-GTF2A1L、EGFR 等 17 个突变基因,共 26 个相对高频的新抗原表位,26个新抗原表位BIMAS、SYFPEITHI预测结合力分数有较大差异（P<0.05）,所纳入的新抗原NetMHC预测分数均小于等于2。其中,突变频率相对较高的表位有:GSTP1（A114V）（突变频率5.94%）、BRCA2（N991H）（突变频率 5.40%）NCOAl（P1272S）（突变频率 1.69%）、ATM（D126E）（突变频率 1.57%）、NBPF12（E125Q）（突变频率 1.48%）、ATM（L1420F）（突变频率1.12%）。结论通过对乳腺恶性肿瘤HLA-A2新抗原表位多肽的筛选发现,乳腺癌共有突变较少且突变频率较低。寻找“通用”乳腺癌新抗原表位较为困难;通用型新抗原疫苗可能不适应于乳腺恶性肿瘤,“个体化”新抗原疫苗也许更有前景,但仍需要进一步研究来证实。
王艳鹏[4]（2021）在《LMP，TAP和ERAP基因多态性与脊灰疫苗诱导脊灰抗体应答的相关性分析》文中进行了进一步梳理目的:宿主遗传因素对疫苗诱导的抗体应答的影响是新兴疫苗基因组学研究的重要方向。本研究拟通过对MHC I类抗原提呈通路基因:低分子质量蛋白酶体（Low molecular weight proteasome,LMP）、抗原加工相关转运体（Transporter associated with antigen processing,TAP）和内质网氨肽酶（Endoplasmic Reticulum Aminopeptidase,ERAP）3 个基因的单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphisms,SNPs）与脊髓灰质炎疫苗序贯免疫接种后诱导的脊灰抗体应答进行关联分析,初步探索MHC Ⅰ类抗原提呈通路基因对脊灰疫苗抗体应答的可能影响。方法:选取广西壮族自治区357名2-3月龄接种2剂灭活脊髓灰质炎疫苗（Inactivated polio vaccine,IPV）和 1 剂二价口 服脊髓灰质炎疫苗（Oral polio vaccine,bOPV）的受试者,检测免前和基础免疫后28天血清中三种型别的脊灰病毒中和抗体水平。采用 TaqMan 探针基因分型法对 LMP2 基因 rs17587（G>A）,LMP7 基因 rs2071543（G>T）、TAP1 基因 rs41549617（G>A）、rs1057141（C>T）、rs1135216（T>C）、rs1057149（C>T）,TAP2 基因 rs1042116（G>A）、s2228396（C>T）、rs4148876（G>A）,ERAP1 基因rs27037（G>T）、rs27044（C>G）、rs30187（C>T）、rs26618（T>C）、rs26653（C>G）、rs3734016（C>T）,ERAP2基因 rs2549782（T>G）、rs2548538（A>T）、rs2248374（G>A）、rs2287988（A>G）、rs1056893（T>C）位点进行基因分型,计算各SNPs位点的等位基因和基因型频率,分析SNPs与脊灰抗体应答的相关性。结果:（1）LMP2 基因 rs17587、LMP7 基因 rs2071543、TAP1 基因 4 个 SNPs、TAP2基因3个SNPs的各等位基因、基因型携带者,在脊灰疫苗诱导的3个型别的中和抗体GMT水平均未显示差异;不同TAP1和TAP2等位基因型携带者也未显示GMT水平差异。（2）携带ERAP1基因rs3734016-C等位基因个体的Ⅰ、Ⅱ型脊灰病毒中和抗体GMT低于携带T等位基因个体（11.914±0.074 vs 12.375±0.166,P=0.024;6.093±0.072 vs 6.548±0.188,P=0.025）。ERAP2基因 rs2549782、rs2548538、rs2248374、rs2287988、rs1056893各基因型携带者间Ⅰ型脊灰病毒中和抗体GMT水平存在差异（均为 11.925±0.223 vs 11.741±0.141 vs 12.378±0.157,P=0.016）。但以上结果经Bonferroni校正后均无统计学差异。（3）LMP、TAP、ERAP各SNPs未显示单独或协同作用与脊灰Ⅱ型抗体阳转的相关性（P>0.05）。结论:LMP、TAP、ERAP基因多态性与脊灰疫苗免疫后抗体应答未显示显着相关,可能不是影响脊灰疫苗诱导的抗体应答的主要遗传因素。
芮魏,刘光娜,童丹,吉亮亮,陈晓媛,赵学强,林欣[5]（2020）在《TCR-T细胞疗法的开发与产业化》文中认为近年来肿瘤免疫疗法在肿瘤治疗中获得重大突破,主要包括免疫检查点抑制剂、过继性细胞治疗以及肿瘤疫苗等。过继性细胞治疗中嵌合抗原受体（chimeric antigen receptor,CAR）-T、T细胞受体（T cell receptor,TCR）-T疗法均发展迅速,CAR-T在血液疾病中的疗效显着,但在实体瘤中治疗中疗效不甚理想。TCR-T疗法被普遍认为在实体瘤治疗中更具有潜力,且已在一些临床试验中获得令人鼓舞的临床效果。本文将从TCR-T简介、与CAR-T的差异、开发流程、临床进展、企业研发及存在的挑战等方面对TCR-T疗法进行综述。
海洋,谢建平[6]（2021）在《SARS-CoV-2 NSP7和NSP8的研究进展》文中研究说明冠状病毒进入细胞后以基因组RNA作为转录本,翻译产生多聚蛋白,多聚蛋白水解后产生16种功能各异的非结构蛋白（Nonstructural Protein, NSP）。其中,NSP7和NSP8对病毒的RNA复制过程和RNA聚合酶活性非常重要。对新型冠状病毒（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2,SARS-CoV-2）NSP7和NSP8的保守性分析有助于揭示其生物学特征。SARS-CoV-2的nsp7和nsp8序列在冠状病毒家族中高度保守。本文综述了NSP7和NSP8的基因功能和蛋白构象。根据相互作用蛋白筛选出氯喹、阿奇霉素等可能的治疗药物。这有助于新型冠状病毒的致病机理研究,相关治疗方法的开发。
林建铨[7]（2020）在《TCR-CD3复合物与MHC相互作用的机制研究》文中指出在人类的适应性免疫反应系统中,T细胞参与的免疫反应是至关重要的。在人体中,90%以上的T细胞表达的T细胞受体是αβTCR,其可以特异性识别抗原呈递细胞表面的主要组织相容性复合物及其呈递的抗原分子pMHC,并经由其共受体CD3进行下游的信号传递,从而开启T细胞介导的特异性免疫反应。TCR-CD3复合物特异性识别pMHC复合物是T细胞免疫反应的关键性环节,在近几十年来,许多科学家对TCR以及pMHC的胞外域之间的相互作用机制以及结构基础进行了大量的研究。然而,完整的TCR-CD3复合物是如何与pMHC复合物相互作用的,TCR是如何将识别pMHC的信号传递给CD3的,这些关键问题都仍未得到解答。本研究中使用哺乳动物表达体系表达纯化TCR-CD3复合物及其共受体CD4,使用大肠杆菌表达体系表达纯化pMHC复合物包涵体并经由稀释复性获得其活性蛋白。在获得相应蛋白的基础上,通过分子筛层析、Octec RED96e检测亲和力以及TEM观察,发现TCR-CD3复合物能与pMHC复合物直接结合,其亲和力为70.7nmol/L。通过加入共受体CD4分子、交联剂以及引入点突变的方法研究增加TCRCD3-pMHC复合物的稳定性及均一性的方法,结果显示加入共受体CD4分子以及引入点突变的方法对TCR-CD3复合物与pMHC复合物结合并没有显着的影响,加入交联剂能够使TCR-CD3复合物与pMHC复合物结合更加紧密,但是最终复合物的均一性仍然不高。综上所述,本文初步探究了TCR-CD3复合物与pMHC复合物直接进行相互作用的结果,并研究了加入CD4、交联剂以及引入点突变对二者相互作用的影响,为后续TCR-CD3复合物与pMHC复合物相互作用的结构生物学研究提供了相应的方向及基础。
程山山[8]（2020）在《特异性仿生肿瘤疫苗mini DC的研制及其在卵巢癌防治中的应用与机制研究》文中提出卵巢癌是最致命的妇科恶性肿瘤,传统的化疗对其疗效有限,绝大部分病人最终都会复发并出现化疗抵抗。近年来随着人们对免疫识别分子机制及肿瘤免疫调节的认识提高,免疫治疗有望成为有效的替代治疗手段,其中以树突状细胞为基础的肿瘤疫苗在卵巢癌中取得了一定的疗效,显示了良好的应用前景,但树突状细胞疫苗存在存储困难、淋巴结富集度低、易受肿瘤免疫抑制微环境的影响、抗原呈递效率低等问题,利用生物工程方法制备的人工仿生抗原呈递细胞疫苗可能解决上述问题,有望为卵巢癌的防治开辟新途径。研究目的:本课题旨在通过细胞膜包裹纳米颗粒的技术,制备卵巢癌特异性的仿生纳米肿瘤疫苗mini DC,探究其免疫激活的能力以及应用于卵巢癌防治中的可行性和相关机制。研究内容:1、制备卵巢癌特异性的仿生纳米肿瘤疫苗mini DC并对其进行优化和表征。2、探讨mini DC在体外和体内对T细胞的激活、增殖和细胞因子分泌的促进作用。3、在小鼠卵巢癌模型中探讨mini DC对卵巢癌的治疗和预防作用及其相关机制。4、评价mini DC在体外及体内的生物安全性。研究方法:1、采用复乳法制备负载有白介素2（IL-2）的聚乳酸羟基乙酸共聚物纳米颗粒（poly（lactic-co-glycolic acid）nanoparticle,PLGA-NP）,通过调水相和油相的体积比例来优化其制备条件;2、使用次氯酸溶液处理小鼠卵巢癌细胞ID8,并用Dounce匀浆器将死亡的肿瘤细胞研磨成细胞裂解物;3、提取小鼠的骨髓来源的树突状细胞,使用上述肿瘤细胞裂解物刺激树突状细胞,即为负载肿瘤特异性抗原的树突状细胞;4、超速离心法提取上述负载有肿瘤抗原的树突状细胞的细胞膜,与PLGA-NP一定比例混合后通过挤出仪制备mini DC;5、利用动态光散射粒度仪测定mini DC的粒径和表面电位,使用透射电镜观察其形态;6、Western Blot和BCA法检测mini DC表面的蛋白组成和含量,通过荧光定量检测mini DC表面的蛋白方向;7、ELISA法检测PLGA-NP中IL-2的负载量以及PLGA-NP和mini DC中IL-2的释放速率;8、CCK8法检测mini DC在体外对正常细胞的增殖的影响;9、激光共聚焦显微镜及流式细胞术检测mini DC对T细胞及NIH-3T3细胞的黏附情况;10、流式细胞术检测mini DC与小鼠原代T细胞体外共培养之后T细胞的激活及扩增情况;11、ELISA法检测mini DC在体外刺激T细胞产生IFN-γ及TNF-α的能力;12、使用mini DC免疫小鼠后,采用活体成像技术观察mini DC在小鼠体内的分布,采用流式细胞术检测引流淋巴结及脾脏中T细胞的比例,采用ELISA检测外周血中IFN-γ及TNF-α的水平;13、分离免疫后小鼠脾脏中的T细胞,钙黄绿素法检测其对卵巢癌细胞的特异杀伤能力;14、构建小鼠卵巢癌皮下瘤模型及卵巢癌腹腔转移瘤模型,探究mini DC对皮下瘤的治疗效果及对转移瘤的预防效果,检测肿瘤大小、小鼠体重及腹腔转移瘤数目,收集皮下荷瘤小鼠的外周血血清检测肝肾功能,收集肿瘤组织,免疫荧光染色法检测肿瘤组织中T细胞的浸润情况,通过TUNEL染色检测肿瘤内的细胞凋亡情况,通过对皮下荷瘤小鼠重要脏器切片的HE染色检测mini DC的生物安全性。研究结果:1、经优化实验条件后,粒度仪检测制备的PLGA-NP的粒径为184.3±0.82nm,表面电位为-14.4±0.57 m V,mini DC粒径为204.5±0.85 nm,表面电位为-22.7±0.66 m V,透射电镜下可见mini DC呈圆形,分散性好,具有明显的核壳结构;2、PLGA-NP的IL-2负载量约为1.66ng/mg,PLGA-NP和mini DC具有类似的IL-2释放行为,在5天内释放的IL-2总量无差别,但mini DC的释放相对更加缓慢;3、Western Blot结果显示mini DC表面含有树突状细胞的重要表面蛋白CD11c、CD86和CD40,根据蛋白条带的灰度值测定得约2×106个树突状细胞和含有25 ug蛋白的mini DC具有相同的膜蛋白含量,mini DC在-20℃条件下储存,4周内能保有>80%的蛋白含量,8周内能保有>65%的蛋白含量;4、相对于PLGA-NP,mini DC对原代T细胞具有更高的黏附性,而对于NIH-3T3细胞,二者具有相同的粘附性能;5、mini DC与293T细胞和NIH-3T3细胞体外共培养后,二者的增殖不受mini DC的影响;6、mini DC与T细胞体外共培养24小时后,激活的T细胞（CD8+CD69+）的比例高达16.2±0.87%,高于BMDC对T细胞的激活效率4.5±0.40%。体外共培养72小时后,mini DC相对于BMDC对T细胞的增殖具有更高的促进作用（49.55±0.87%VS 34.70±3.6%）,与mini DC共培养的T细胞能产生更多的IFN-γ和TNF-α;7、荧光标记的mini DC经尾根部皮下注射后3天,动物活体成像结果显示mini DC主要富集于引流淋巴结中,而心肝脾肺肾等脏器中无明显荧光信号,;8、经mini DC免疫的小鼠的脾脏中,效应T细胞（IFN-γ+CD8+）更高而调节性T细胞（Foxp3+CD25+CD4+）的比例更低,在引流淋巴结中,mini DC免疫组CD8+T细胞的比例更高;9、从mini DC免疫的小鼠的脾脏中提取的T细胞,对卵巢癌细胞具有更高的体外杀伤效力;10、mini DC可有效抑制小鼠皮下瘤的生长,实验结束时肿瘤面积为31.2±12.99 mm2,相对于其他各组疗效最好,且脾脏中效应T细胞比例最高而调节性T细胞比例最低,肿瘤切片免疫荧光染色显示mini DC组中的浸润的CD8+T细胞及凋亡的细胞最多;11、mini DC可有效预防小鼠腹腔内卵巢癌转移瘤的形成,mini DC免疫组腹壁上及胃肠道上的转移瘤数目分别为14.4±4.8个和2.6±1.1个,为各组中最少;12、mini DC治疗的荷瘤小鼠的肝肾功能与PBS注射组小鼠相比无明显差异,主要脏器切片HE染色显示未见明显脏器损伤。结论:成功制备卵巢癌特异性的仿生纳米疫苗mini DC,该纳米疫苗表面包裹有树突状细胞的膜蛋白,具有与树突状细胞相同的抗原呈递和T细胞激活功能,同时,mini DC还可以旁分泌的形式释放IL-2,因其纳米尺寸,在体内能快速富集于淋巴结,与T细胞具有更高的相互作用频率,因而,mini DC与DC相比,在体外和体内具有更高的T细胞激活效率,在小鼠卵巢癌皮下瘤模型及腹腔转移瘤模型展现出更好的防治效果,并且未见明显的毒副作用,具有潜在的应用价值,有望为卵巢癌的防治开辟新途径。
王晨[9]（2020）在《膀胱癌肿瘤新抗原的选择确认及其应用研究》文中研究指明研究目的:膀胱癌是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一。手术与化疗是膀胱癌最主要的治疗手段,免疫治疗因其特异性与有效性逐渐引起关注,基于肿瘤新抗原的免疫治疗是免疫治疗领域的一大热点。得益于癌症基因组大数据库的建立,关于肿瘤新抗原基因突变的信息可以通过生物信息学手段获得。我们的目的是从数据库中筛选确认膀胱癌肿瘤新抗原,并且将肿瘤新抗原在膀胱癌患者中的免疫反应与临床指标进行相关性分析。研究方法:基于癌症基因组大数据库中的全外显子测序数据,从该数据中主要根据预测亲和力和基因表达量,筛选出人类白细胞抗原-A2亚型限制的配对突变型肽段与野生型肽段。利用T2细胞实验检测筛选出来的配对肽段的结合力。在体外刺激中,通过酶联免疫斑点试验检测膀胱癌患者外周血单个核细胞对于配对肽段的免疫反应。用SPSS统计软件对免疫反应及临床指标进行相关性分析。研究结果:根据突变型肽段高亲和力而野生型肽段低亲和力的原则,筛选出了920对人类白细胞抗原-A2亚型限制性配对肽段。选取57对配对肽段合成后进行T2实验,结果显示来自12个基因分别编码的肽段中的突变型亲和力高于野生型。这12对肽段在40位人类白细胞抗原-A2亚型阳性膀胱癌患者中的免疫反应性表明,突变型肽段刺激产生的抗原肽特异性干扰素-γ平均点数明显高于野生型（P=0.006）。临床相关性分析显示突变型肽段引起的特异性T细胞反应与患者的C-反应蛋白（r=-0.425,P<0.01）、血小板压积（r=-0.384,P<0.05）及血小板计数（r=-0.403,P<0.05）呈负相关。研究结论:癌症基因组大数据库筛选出来的突变型肽段能够在膀胱癌患者中诱导高于野生型肽段的免疫反应性,为膀胱癌肿瘤新抗原将来应用于膀胱癌的免疫治疗提供了依据。这是首次在中国膀胱癌人群中基于肿瘤新抗原所进行的抗原特异性T细胞反应性检测。肿瘤新抗原的抗原特异性反应水平可能会受到炎症环境的影响,这也为提高肿瘤新抗原疫苗治疗膀胱癌的治疗效果提供了潜在的策略选择。
顾霜霖[10]（2020）在《使用结构生物信息学方法研究HBV突变在肝癌免疫逃逸中的作用》文中认为HBV（Hepatitis B virus）感染是威胁我国乃至全球人民健康的一个重要问题,长期处于宿主肝细胞和免疫细胞的选择压力下,HBV病毒可能发生自发突变,改变病毒产生的抗原肽与MHC I（major histocompatibility complex class I）类分子的结合力,降低MHC I类分子对抗原肽的递呈,从而导致免疫逃逸。不同种族人群可能易感不同基因型的HBV病毒株,故本课题在大数据的背景下,选择中国人群高频出现的HLA-A*11:01（human lymphocyte antigen）亚型和欧美人群中高频出现的HLA-A*02:01亚型,同时收集亚洲人群和欧美人群易感的HBV亚型及其编码主要抗原的C和S编码区序列。在欧美人群易感的A亚型中,在C编码区收集到1086条病毒序列,S编码区收集到1390条病毒序列,而亚洲人群易感的B、C亚型中在C编码区分别收集到1573和2115条序列,S编码区分别收集到2581和2639条病毒序列。再通过对HBV病毒序列进行对比,保守性,理化性质,预测抗原肽打分等生物信息学手段分析,筛选到21个候选关键突变。接着基于关键突变,通过分子对接构建其产生的预测抗原肽与MHC I类分子的复合体结构,再对肽-MHC复合体使用氨基酸扫描分析筛选出11个会对抗原肽与MHC分子之间亲和力造成影响的突变,分别为:I155V,V149A,L149V,I156L,L213F,I256M,V351A,V354A,M372V,M372I,L389V。并使用分子动力学方法计算并比较复合体突变前后整体结合自由能产生的变化,计算结果显示这11个突变都会导致结合自由能不同程度的下降,其中L149V的突变对结合自由能的影响最大,由原本的136.52kcal/mol将至68.10kcal/mol,下降幅度高达50%,表明该位点的突变使其相应的抗原肽和MHC之间的结合力减弱。本研究发现了在中国和欧美人群高频出现的HLA-A*11:01和HLA-A*02:01亚型中,HBV病毒在C和S编码区的关键突变将会影响对其产生的突变抗原肽与相应MHC之间的亲和力,故推测候选的关键突变基因将会导致机体的免疫逃逸,可能与HBV感染相关的肝癌发生有关。
二、OVA66抗原肽与HLA-A2分子结合性和结合稳定性的研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、OVA66抗原肽与HLA-A2分子结合性和结合稳定性的研究（论文提纲范文）
（1）MHC分子与肿瘤免疫及治疗的研究进展（论文提纲范文）
| 1 MHC分子的结构与功能 |
| 1.1 MHC分子的结构 |
| 1.2 MHC分子的功能 |
| 2 MHC分子在肿瘤细胞上的表达及调控 |
| 2.1 MHC I类分子在肿瘤细胞上的表达及调控 |
| 2.1.1 NLRC5对肿瘤细胞上MHC I类分子表达的调控 |
| 2.1.2 NF-κB和IFN对肿瘤细胞上MHC I类分子表达的调控 |
| 2.1.3 STAT3对肿瘤细胞上MHC I类分子表达的调控 |
| 2.1.4 其他因素对肿瘤细胞上MHC I类分子表达的调控 |
| 2.2 MHC II类分子在肿瘤细胞上的表达及调控 |
| 2.2.1 MHC II类分子在肿瘤细胞上的表达 |
| 2.2.2 ts MHC II对肿瘤细胞上MHC II类分子表达的调控 |
| 2.2.3 CIITA对肿瘤细胞上MHC II类分子表达的调控 |
| 2.2.4 其他细胞因子对肿瘤细胞上MHC II类分子表达的调控 |
| 2.2.5 信号通路及关键蛋白酶对肿瘤细胞上MHC II类分子表达的调控 |
| 2.2.6 其他因素对肿瘤细胞上MHC II类分子表达的调控 |
| 3 MHC分子与肿瘤免疫 |
| 3.1 MHC I类分子与肿瘤免疫 |
| 3.2 MHC II类分子与肿瘤免疫 |
| 4 MHC分子与肿瘤免疫疗法 |
| 4.1 TCR-T细胞疗法 |
| 4.2 细胞因子治疗 |
| 4.3 CD8+T细胞参与的肿瘤免疫治疗 |
| 4.4 CD4+T细胞参与的肿瘤免疫治疗 |
| 4.5 肿瘤抗原免疫筛查及治疗 |
| 4.6 MHC分子参与的免疫检查点抑制剂治疗法 |
| 4.7 MHC超级型与肿瘤免疫治疗 |
| 5 展望 |
（2）改造型TP53共享新抗原诱导抗肝癌作用的研究（论文提纲范文）
| 英文缩写词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 引言 |
| 第一部分 肝癌TP53 共享新抗原的改造及其对肝癌细胞的抑制 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 改造型TP53 共享新抗原诱导的T细胞对消化系统肿瘤细胞的抑制 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 新抗原在实体肿瘤中的应用进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间的学术成果 |
| 致谢 |
（3）乳腺癌HLA-A2限制性新抗原表位的生物信息学分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1.1 乳腺癌的发生发展 |
| 1.2 乳腺癌的免疫治疗 |
| 1.3 肿瘤疫苗在乳腺癌中的应用 |
| 1.4 新抗原疫苗在乳腺癌中的应用 |
| 1.5 研究的目的和内容 |
| 第二章 资料与方法 |
| 2.1 乳腺癌新抗原突变位点的获取 |
| 2.2 BIMAS预测乳腺癌的新抗原表位 |
| 2.3 SYFPEITHI预测乳腺癌的新抗原表位 |
| 2.4 NetMHC预测乳腺癌的新抗原表位 |
| 2.5 抗原处理复合体转运子(transporter associated withantigenprocessing,TAP)与新抗原表位结合力预测 |
| 2.6 数据管理及统计方法 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 NetMHC预测乳腺癌的新抗原表位结果 |
| 3.2 BIMAS预测乳腺癌的新抗原表位结果 |
| 3.3 SYFPEITHI预测乳腺癌的新抗原表位结果 |
| 3.4 抗原处理复合体转运子(transporter associated with antigenprocessing,TAP)与新抗原表位结合力预测结果 |
| 3.5 TCGA数据库数据入组情况 |
| 3.6 SNP数据库数据入组情况 |
| 第四章 分析与讨论 |
| 4.1 乳腺癌的病因及流行病学 |
| 4.2 乳腺癌“通用型”新抗原疫苗应用于临床的可能性 |
| 4.3 入组候选基因情况 |
| 4.4 预测结果以及新抗原表位肽突变频率分析 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间发表论文 |
| 致谢 |
（4）LMP，TAP和ERAP基因多态性与脊灰疫苗诱导脊灰抗体应答的相关性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 一、前言 |
| 1. 脊髓灰质炎疫苗概述 |
| 2. 免疫遗传因素与疫苗应答的关系 |
| 3. 抗原通路基因LMP、TAP、ERAP的相关研究 |
| 二、实验内容 |
| 1. 研究对象 |
| 2. 实验主要器材 |
| 2.1 实验疫苗 |
| 2.2 实验主要仪器 |
| 2.3 实验主要试剂 |
| 2.4 实验主要耗材 |
| 3. 实验方法 |
| 3.1 疫苗接种及血样采集 |
| 3.2 脊灰Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型中和抗体检测 |
| 3.3 DNA提取 |
| 3.4 DNA的纯度与浓度测定 |
| 3.5 SNPs研究位点的选取 |
| 3.6 TaqMan基因分型 |
| 3.7 对分型结果进行验证 |
| 3.8 统计学分析 |
| 4. 结果与分析 |
| 4.1 研究对象基本情况 |
| 4.2 基因分型结果 |
| 4.3 样本的代表性 |
| 4.4 SNPs与脊灰抗体水平的相关性 |
| 4.5 SNPs与脊灰Ⅱ型抗体阳转的相关性分析 |
| 三、讨论 |
| 四、总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 研究生简历 |
| 文章发表情况 |
（5）TCR-T细胞疗法的开发与产业化（论文提纲范文）
| 1 TCR-T细胞疗法简介 |
| 2 TCR-T疗法临床治疗靶点选择 |
| 3 TCR-T疗法开发过程 |
| 3.1 特异性TCR筛选 |
| 3.2 TCR结合抗原鉴定 |
| 4 TCR-T疗法研究现状 |
| 4.1 临床研究进展 |
| 4.2 企业研发进展 |
| 5 TCR-T疗法的挑战与展望 |
（6）SARS-CoV-2 NSP7和NSP8的研究进展（论文提纲范文）
| 1 SARS-CoV-2 NSP7和NSP8的结构特征 |
| 2 SARS-CoV-2 的NSP7和NSP8通过形成复合物进而调控病毒的复制 |
| 2.1 SARS-CoV-2的NSP7和NSP8协同激活NSP12的引物依赖性活性 |
| 2.2 SARS-CoV的多种非结构蛋白可作为辅助因子结合NSP7-8-12复合物 |
| 3 抗原表位与相关药物 |
| 3.1 SARS-CoV-2 NSP7和NSP8的抗原表位预测 |
| 3.2 囊泡运输 |
| 3.3 氯喹 |
| 3.4 阿奇霉素 |
| 3.5 小分子抑制剂 |
| 4 讨 论 |
（7）TCR-CD3复合物与MHC相互作用的机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 |
| 1.2 T细胞介导免疫系统概述 |
| 1.2.1 T淋巴细胞的发育 |
| 1.2.2 T淋巴细胞的活化 |
| 1.3 TCR-CD3复合物的结构和功能 |
| 1.3.1 TCR-CD3复合物的结构 |
| 1.3.2 TCR-CD3复合物的活化机制 |
| 1.4 MHC的结构与功能 |
| 1.4.1 抗原呈递分子概述 |
| 1.4.2 MHC的结构 |
| 1.4.3 MHC的功能 |
| 1.5 TCR识别PMHC的机制 |
| 1.5.1 TCR识别pMHC-I |
| 1.5.2 TCR识别pMHC-Ⅱ |
| 1.6 本文主要研究内容及技术路线 |
| 第2章 实验材料、仪器与方法 |
| 2.1 实验材料及仪器 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 基因表达载体的构建 |
| 2.2.2 蛋白的表达 |
| 2.2.3 蛋白的纯化 |
| 2.2.4 蛋白质的检测鉴定 |
| 2.2.5 蛋白质的相互作用分析 |
| 2.2.6 负染样品的制备与观察 |
| 第3章 蛋白的表达与纯化 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 基因表达载体的构建 |
| 3.3 TCR-CD3复合物的纯化 |
| 3.3.1 2IAN TCR-CD3复合物的表达纯化 |
| 3.3.2 6CQL TCR-CD3复合物的表达纯化 |
| 3.4 PMHC-Ⅱ复合物的纯化 |
| 3.4.1 pMHC-Ⅱ复合物的包涵体纯化 |
| 3.4.2 pMHC-Ⅱ复合物的复性纯化 |
| 3.5 CD4的纯化 |
| 3.5.1 CD4的阳离子交换层析纯化 |
| 3.5.2 CD4的凝胶过滤层析纯化 |
| 3.6 本章小结 |
| 第4章 TCR-CD3与PMHC-Ⅱ的相互作用 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 TCR-CD3与PMHC-Ⅱ的直接相互作用 |
| 4.2.1 凝胶过滤层析研究TCR-CD3与pMHC-Ⅱ的相互作用 |
| 4.2.2 生物膜干涉技术研究TCR-CD3与pMHC-Ⅱ的相互作用 |
| 4.3 TCR-CD3与PMHC-Ⅱ相互作用的影响因素 |
| 4.3.1 CD4对TCR-CD3与pMHC-Ⅱ相互作用的影响 |
| 4.3.2 交联剂对TCR-CD3与pMHC-Ⅱ相互作用的影响 |
| 4.3.3 点突变对TCR-CD3与pMHC-Ⅱ相互作用的影响 |
| 4.4 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文及其它成果 |
| 致谢 |
（8）特异性仿生肿瘤疫苗mini DC的研制及其在卵巢癌防治中的应用与机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 绪论 |
| 第一部分 卵巢癌特异性仿生纳米疫苗mini DC的构建及表征 |
| 引言 |
| 1.实验材料 |
| 2.实验方法 |
| 3.实验结果 |
| 4.讨论 |
| 5.结论 |
| 第二部分 探索探究mini DC对T细胞的激活作用 |
| 引言 |
| 1.实验材料 |
| 2.实验方法 |
| 3.实验结果 |
| 4.讨论 |
| 5.结论 |
| 第三部分 mini DC的体内抗肿瘤作用及生物安全性评估 |
| 引言 |
| 1.实验材料 |
| 2.实验方法 |
| 3.实验结果 |
| 4.讨论 |
| 5.结论 |
| 全文小结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
（9）膀胱癌肿瘤新抗原的选择确认及其应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词对照表 |
| 绪论 |
| 1.研究意义 |
| 2.研究现状 |
| 第一部分:膀胱癌肿瘤新抗原预测肽段的虚拟筛选 |
| 1.引言 |
| 2.数据来源 |
| 3.分析方法 |
| 4.分析结果 |
| 5.结果讨论 |
| 第二部分:膀胱癌肿瘤新抗原候选肽段的体外筛选 |
| 1.引言 |
| 2.实验方法 |
| 2.1 主要实验仪器 |
| 2.2 主要实验试剂和耗材 |
| 2.3 主要实验操作 |
| 3.实验结果 |
| 3.1 膀胱癌肿瘤新抗原候选肽段的结和力 |
| 3.2 膀胱癌肿瘤新抗原候选肽段的亲和力 |
| 4.结果讨论 |
| 第三部分:膀胱癌肿瘤新抗原的免疫反应性评价 |
| 1.引言 |
| 2.实验对象 |
| 3.实验方法 |
| 3.1 主要实验仪器 |
| 3.2 主要实验试剂和耗材 |
| 3.3 主要实验操作 |
| 3.3.1 外周血单个核细胞的分离 |
| 3.3.2 酶联免疫斑点实验 |
| 4.实验结果 |
| 4.1 膀胱癌肿瘤新抗原的免疫反应性 |
| 4.2 免疫反应性与临床指标的相关性 |
| 5.结果讨论 |
| 研究总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 学术论文和科研成果目录 |
（10）使用结构生物信息学方法研究HBV突变在肝癌免疫逃逸中的作用（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 主要缩略词表 |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 Hepatitis b virus病毒的特征 |
| 1.1.1 HBV病毒的基因结构 |
| 1.1.2 HBV病毒入侵机制 |
| 1.1.3 不同种族人群中HBV基因型的感染偏好 |
| 1.2 MHC分子的特征 |
| 1.2.1 MHC分子相关抗原肽的加工过程 |
| 1.2.2 经典的HLA复合体结构 |
| 1.2.3 MHC分子、抗原肽和TCR间的相互作用 |
| 1.2.4 HLA在临床医学应用及疾病中的研究进展 |
| 1.3 HBV病毒突变的研究进展 |
| 1.3.1 HBV病毒自发突变及HBV DNA插入宿主肝细胞基因组 |
| 1.3.2 HBV相关肝癌的用药及其耐药机制的相关研究 |
| 1.3.3 HBV的重激活 |
| 1.3.4 HBV相关的免疫逃逸 |
| 1.4 展望 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 数据收集 |
| 2.1.1 HBV病毒基因组序列收集 |
| 2.1.2 HLA亚型及其结构的收集 |
| 2.2 HBV突变抗原肽的预测 |
| 2.2.1 不同基因型HBV参考序列的确定,保守性及理化性质的分析 |
| 2.2.2 HBV突变位点的确定及抗原肽预测 |
| 2.3 模拟HBV抗原肽与MHC I类分子的对接 |
| 2.3.1 蛋白质准备 |
| 2.3.2 分子对接 |
| 2.4 扫描氨基酸突变计算 |
| 2.5 分子动力学模拟 |
| 2.5.1 分子动力学模拟参数设置 |
| 2.5.2 RMSD分析 |
| 2.6 结合自由能计算 |
| 第三章 结果与讨论 |
| 3.1 中国和欧美人群中HBV突变位点的特征 |
| 3.2 预测的21 个候选突变 |
| 3.3 HLA分子与抗原肽对接结构的特征 |
| 3.4 影响p-MHC复合体形成的13 个关键突变 |
| 3.5 讨论 |
| 第四章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 作者简介 |
| 主要科研成果 |
四、OVA66抗原肽与HLA-A2分子结合性和结合稳定性的研究（论文参考文献）
- [1]MHC分子与肿瘤免疫及治疗的研究进展[J]. 胡晓,姜龙,王宝宝,王钦富,吴海歌,窦少华,唐乾,姜南,付常振,金行,高凤山. 生命科学, 2021(07)
- [2]改造型TP53共享新抗原诱导抗肝癌作用的研究[D]. 叶春梅. 福建医科大学, 2021
- [3]乳腺癌HLA-A2限制性新抗原表位的生物信息学分析[D]. 游紫聪. 南方医科大学, 2021
- [4]LMP，TAP和ERAP基因多态性与脊灰疫苗诱导脊灰抗体应答的相关性分析[D]. 王艳鹏. 北京协和医学院, 2021
- [5]TCR-T细胞疗法的开发与产业化[J]. 芮魏,刘光娜,童丹,吉亮亮,陈晓媛,赵学强,林欣. 中国新药杂志, 2020(21)
- [6]SARS-CoV-2 NSP7和NSP8的研究进展[J]. 海洋,谢建平. 生物信息学, 2021(03)
- [7]TCR-CD3复合物与MHC相互作用的机制研究[D]. 林建铨. 哈尔滨工业大学, 2020
- [8]特异性仿生肿瘤疫苗mini DC的研制及其在卵巢癌防治中的应用与机制研究[D]. 程山山. 上海交通大学, 2020(01)
- [9]膀胱癌肿瘤新抗原的选择确认及其应用研究[D]. 王晨. 上海交通大学, 2020(01)
- [10]使用结构生物信息学方法研究HBV突变在肝癌免疫逃逸中的作用[D]. 顾霜霖. 东南大学, 2020(01)