一、微卫星DNA技术及其应用的探讨（论文文献综述）
赵雨[1]（2021）在《基于微卫星标记的日本对虾增殖放流效果评价及群体遗传学研究》文中研究表明日本对虾（Penaeus japonicus）是我国重要的经济种类,也是养殖和放流的重要品种。近年来,由于环境变化、栖息地衰退和过度捕捞的影响,日本对虾资源量急剧减少。增殖放流作为修复渔业资源的有效办法,已被广泛应用于水产行业。本研究基于微卫星分子标记评估了在北部湾海域进行的日本对虾增殖放流效果,同时探究了此次增殖放流是否对北部湾海域的野生日本对虾造成遗传学影响;利用微卫星分子标记对南海区日本对虾自然种群的群体遗传结构和遗传多样性进行了研究。旨在评估和分析北部湾日本对虾增殖放流的结果和成效,探明南海区日本对虾群体的遗传特征现状,为今后的日本对虾资源养护与合理利用提供科学的理论和数据支持。主要研究结果如下:利用6对微卫星引物分析了2019年增殖放流结果。对143尾亲体日本对虾和663尾回捕日本对虾进行分析,研究得出,在663尾日本对虾回捕样本中,有101尾个体在6个微卫星位点上可找到与其对应的母本,为本次放流的日本对虾苗种,占回捕日本对虾总数的15.23%。基于5对微卫星引物研究了在北部湾海域进行的日本对虾增殖放流是否对该海域自然种群产生了遗传学影响,分析得出,日本对虾亲本群体、放流群体和回捕群体间遗传差异微弱,并未使该海域日本对虾遗传组成出现明显改变。为探究中国近海日本对虾群体的遗传结构和遗传多样性现状,对5个日本对虾群体（湛江、汕头、陵水、汕尾、北海）共143尾个体的10对微卫星标记进行分析。研究表明日本对虾各地理群体均处于较高的遗传多样性水平;除汕尾与汕头两个地理群体之间存在中等程度的遗传分化外,剩余各日本对虾地理群体之间表现为较低程度的遗传分化。根据Nei遗传距离构建UPGMA树的结果显示,湛江、陵水,北海三个群体聚为一支,汕头与汕尾群体聚为另一支,聚类结果与形态变异类型一致。
周泽霖[2]（2021）在《长颚斗蟋翅二型雄虫精子竞争能力的研究》文中研究指明翅多型现象广泛存在于各类昆虫中,一般认为翅多型昆虫存在飞行与繁殖的生理权衡,对雌虫的研究结果均支持上述观点,但雄虫的研究报道较少。本研究以翅二型长颚斗蟋Velarifictorus aspersus为材料,通过转录组技术获取微卫星位点序列,并对微卫星位点进行多态性筛选和遗传分析。通过匹配不同翅型雄虫与长翅型或短翅型雌虫交配,记录精包附着时间、产卵量和孵化率。待若虫孵化后,提取亲本子代DNA作为模板,从23个长颚斗蟋多态性微卫星引物中选出扩增效果最好且多态性较高的10个位点进行亲子鉴定,同时检测不同翅型雄虫的精子数量和存活率。主要研究结果如下:（1）4个长颚斗蟋转录组样本共获得30.79Gb,从中搜索到7878个微卫星位点。随机挑选以三到六碱基为重复单元的64个微卫星位点序列进行引物设计,通过PCR扩增和毛细管电泳检测初步筛选23个多态性位点。（2）选择24个成虫对23个多态性位点进行遗传学分析,共得到78个等位基因,有效等位基因数Ne为1.1350～3.1531,观测杂合度Ho为0.0455～0.8262,期望杂合度He为0.1189～0.8090,各个位点多信息含量PIC在0.1151～0.7808之间,有8个位点极显着的偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.01）,2个位点显着偏离（P<0.05）,13个位点均符合Hardy-Weinberg平衡。同时利用6种其他蟋蟀验证39对长颚斗蟋微卫星引物的通用性结果显示这些引物在斗蟋属中适用性高于非斗蟋属,其中Vasp-05、Vasp-24、Vasp-60引物在所测试的蟋蟀中都能有效扩增,为长颚斗蟋微卫星跨物种应用提供参考价值。（3）用于长颚斗蟋亲子鉴定的10个多态性位点的多态信息含量PIC在0.232～0.704之间,平均多态信息含量PIC为0.4122;非亲权排除率会随着微卫星位点数量的增加而增大,其中当利用这10个位点且双亲皆为未知时,父母本组合累计非亲权排除率最高（CPE-PP=0.9876）;短翅型雌虫与长翅型雌虫在产卵量（t测验:t=1.655,p=0.1121）和孵化率（t测验:t=0.7338,p=0.4708）无明显差异;与短翅型雌虫交配时,第一交配顺序的长翅型雄虫与第二交配顺序的短翅型雄虫或者第一交配顺序的短翅型雄虫与第二交配顺序的长翅型雄虫在子代比例上无显着性差异;与长翅型雌虫交配时,第一交配顺序的长翅型雄虫与第二交配顺序的短翅型雄虫或者第一交配顺序的短翅型雄虫与第二交配顺序的长翅型雄虫在子代比例上也无显着性差异;在短翅型或长翅型雌虫交配时,短翅翅雄虫和长翅型雄虫的精包在附着时间上没有显着性差异;长颚斗蟋的短翅型雄虫与长翅型雄虫精包内的精子数量与存活率没有显着性差异。上述结果证明了通过转录组技术确实能高效地开发大量长颚斗蟋微卫星位点且筛选出的10个多态性微卫星位点可以用于长颚斗蟋的亲子鉴定。同时也表明了短翅型雄虫与长翅型雄虫在精子竞争能力这一方面是无明显差异,且它们的精子竞争模式也呈现出最后雄性精子优先。
杨雪[3]（2021）在《重庆5个本地鸡群体遗传多样性评估及系统发育关系研究》文中认为相对家鸡的商业品种而言,本地鸡群体具有更高的遗传多样性水平,意味着能更好的适应栖息地环境改变及具有更高的疾病抵抗力。自20世纪以来,由于商业鸡群体生长速度快、蛋肉产量高等生产优势的凸显,导致本地鸡群体的养殖规模下降,甚至部分品种濒临绝迹。本地鸡群体中携带有丰富和珍贵的遗传信息,是后续畜禽育种工作的素材库,研究畜禽品种的遗传多样性及系统发育,对于地方畜禽品种遗传资源的保护和利用具有重要意义。因此,本研究利用24个常染色体微卫星标记及线粒体DNA（mt DNA）高变区（D＿Loop）序列对重庆5个本地鸡群体（城口山地鸡[CK]、增福土鸡[ZF]、南川土鸡[NC]、大宁河鸡[DN]和秀山土鸡[XS]）进行遗传多样性水平评估及群体遗传结构鉴定,以期全面了解我国重庆本地鸡群体当下的保种现状,为今后种群的保护和资源开发利用提供理论依据。本研究主要结果如下:1.利用mt DNA D＿Loop序列对重庆地区5个本地鸡进行遗传多样性研究。结果显示,在506 bp的D＿Loop序列范围内共鉴定到41个多态位点,占总序列的8.1%。5个鸡群体mt DNA D＿Loop总的单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.91646和0.01273,其中CK群体的Hd与Pi都较高,而DN群体的Hd与Pi均为最低。暗示5个重庆本地鸡群体的母系遗传多样性丰富,尤其是CK群体的遗传多样性最为丰富。在5个重庆本地鸡群体中共计鉴定到35个D＿Loop单倍型,通过极大似然法构建系统发育进化树,结果显示这35个单倍型来自于已知的六个线粒体母系分支（A、B、C、E、G、Y）,其中A支分布的单倍型种类最多（19个）,而G和Y支分布的单倍型种类最少（1个）。同时,各个群体都存在私有单倍型,暗示了各种群遗传背景相对独立。NETWORK网络关系图显示5个重庆本地鸡群体主要分布在A支、B支、C支和E支中,这与中国地方鸡群体的普遍特征相符。同时,每个群体都存在特有单倍型,说明重庆本地鸡群体有较好的保种价值。群体间分歧(FST)为0.00167（ZF vs CK）至0.29117（XS vs DN）,其中DN与其他4个群体的FST值较大,表明该群体与其它群体遗传分歧显着。错配分布分析显示各群体均为多峰分布,暗示五个群体历史上均未发生群体扩张事件。这一结果通过Tajama’D中性检验进一步得以印证。2.利用24个微卫星遗传标记对重庆5个本地鸡的遗传多样性进行研究。结果显示在所有个体内的24个位点中共鉴定了296个等位基因,各位点的等位基因数分布范围为4（MCWO22）至37（LEI0234）;多态信息含量（PIC）分布为0.4936（MCW0216）至0.9092（LEI0234）;各位点平均期望杂合度（HE）和观测杂合度（HO）为0.7390和0.6441。这表明24个微卫星标记在5个重庆本地鸡内遗传多样性丰富,能够在一定程度上代表群体遗传多样性真实水平。从群体水平上来看,各群体的平均等位基因数（NA）为7.08±3.23（DN）至8.46±4.38（NC）;各群体HE为0.67±0.03（XS）至0.74±0.02（DN,ZF）;HO为0.59±0.02（XS）至0.73±0.02（DN）。各群体均显示出丰富的遗传多样性。且5个群体的HE均高于HO,暗示5个群体都存在不同程度的杂合度下降。哈代温伯格平衡检验（HWD）显示,CK群体偏离HWD的位点数最多（16）,其次是XS群体（13）,NC和ZF群体偏离HWD的位点数相同（11）,DN群体偏离的位点数最少（10）。群体近交系数(FIS)为0.022（DN）至0.123（NC）,其中CK、NC、XS和ZF四个群体呈现显着近交水平（P<0.005）。以上结果暗示该5个群体遗传多样性虽较丰富,但保种状态仍存在风险。群体遗传分化分析结果显示,XS与其余四个群体的FST值最大,说明XS与其他4个群体之间差异显着（P<0.05）。根据FST计算的基因流（Nm）发现各群体间Nm值均小于1,说明重庆5个本地鸡群体间基因流低。另外,根据系统发育树和STRUCTURE分析结果来看,5个重庆地方鸡群体的遗传背景既有独立性,同时也存在相互渗透的可能性。尤其是主坐标分析（PCo A）结果,进一步暗示了这5个群体可能存在由于人类活动而导致了种群间存在遗传物质交换。这也表现在他们的群体遗传结果不完全遵循栖息地分布特征。综上所述,本研究利用线粒体DNA与微卫星标记对重庆5个本地鸡的遗传多样性和群体遗传结构进行分析,总体结果显示5个本地鸡群遗传多样性丰富但其状态仍存在风险,急需改变或调整现有保种策略。各群体间遗传分化明显,说明各鸡种间虽存在一定遗传物质交流,但总体而言遗传背景较为独立。
赵志达[4]（2020）在《湖羊养殖技术优化与应用》文中研究指明湖羊是我国特有的绵羊品种,具有早熟、常年发情、产多羔、泌乳性能好、生长发育快、适应性强等优良性状,收录于《国家级畜禽遗传资源保护目录》中,是我国一级保护地方畜禽品种。目前,我国湖羊育种、营养、管理等方面与羊业发达国家存在一定差距。因此,如何开展湖羊育种工作、优化湖羊养殖技术以及提高湖羊生产水平是该产业发展中亟需解决的问题。本研究通过设计湖羊基因组选择育种方案,同时开展湖羊家系鉴定试验,湖羊35日龄早期断奶试验及反刍专用甜菜碱对寒旱地区湖羊生长发育的影响试验,旨在利用协同育种技术,通过育种、管理、营养等手段,发掘湖羊生长潜力,为湖羊产业发展提供一定的参考与借鉴。具体如下:（1）设计了试验场湖羊基因组选择的育种方案,包括制定育种目标、规范生产性能测定、组建用于基因组选择的参考群与候选群、制定样品采集方案和技术规范、选择合适的算法与验证方法等,为试验场下一步开展基因组选择育种工作提供了一定的基础。（2）使用9个微卫星标记,利用Nei氏遗传距离对30只湖羊种公羊进行家系鉴定。结果表明,当双亲基因型未知时9个微卫星的单亲累积排除概率为99.6072%,当单亲基因型已知时9个微卫星位点的单亲累积排除概率为99.8808%,当双亲基因型未知时9个微卫星位点的双亲累积排除概率为99.9999%,排除概率能够满足遗传育种中亲子鉴定和系谱分析的要求,根据Nei氏遗传距离构建UPGMA聚类图,将30只种公羊划分为6个家系,提供了一种湖羊家系鉴定的方法,对湖羊保种与育种工作具有一定的应用价值。（3）湖羊35日龄早期断奶试验选用相同日龄、体重接近的7日龄湖羊羔羊104只,以不同的饲养方式分为对照组与试验组。对照组将羔羊与母羊饲养在同一圈舍中,另设0.5个圈舍作为羔羊采食圈,该圈舍仅羔羊可以通过特殊通道进入采食,羔羊在40日龄断奶;试验组将羔羊与母羊饲养在同一圈中,不再另设羔羊圈舍,但安装一个仅羔羊可以采食的饲喂槽,羔羊在35日龄断奶。结果表明两组羔羊的体重在7日龄、35日龄、40日龄和60日龄时差异不显着（P>0.05）,在14日龄、21日龄和28日龄时试验组体重显着高于对照组体重（P<0.05）。7日龄14日龄试验组羔羊增重高于对照组,35日龄40日龄对照组羔羊增重高于试验组,均达到极显着水平（P<0.01）,21日龄28日龄试验组羔羊增重高于对照组,达到显着水平（P<0.05）,但在14日龄21日龄、28日龄35日龄、40日龄60日龄和7日龄60日龄差异不显着（P>0.05）。试验组羔羊断奶时成活率为92.31%,对照组为88.89%。试验组饲养模式可实现湖羊羔羊35日龄断奶,对促进羔羊早期生长和提高断奶成活率具有积极的意义。（4）反刍专用甜菜碱对寒旱地区湖羊生长性能的影响试验以252只湖羊育肥公羊为研究对象,分成对照组和试验组,对照组饲喂基础饲草料,试验组精饲料中按2.5 kg/t比例添加反刍专用甜菜碱,记录初始和终末体重,共90天。此外,从对照组和试验组中各选取3个体重水平的重复（低L、中M、高H）,每30天称重一次。结果表明试验组终末体重高于对照组,但无显着性差异（P>0.05）。试验组平均日增重极显着高于对照组（P<0.01）。试验组料肉比显着低于对照组（P<0.05）。低、中、高三个体重水平试验组终末体重均高于对照组,但差异不显着（P>0.05）。试验组L在0天30天和30天60天的平均日增重均高于对照组L,但差异不显着（P>0.05）,在60天90天的平均日增重低于对照组L,差异不显着（P>0.05）。试验组M在0天30天的平均日增重显着高于对照组M（P<0.01）,30天60天的平均日增重高于对照组M,差异不显着（P>0.05）,60天90天的平均日增重略低于对照组M,差异不显着（P>0.05）。试验组H 0天30天和30天60天的平均日增重高于对照组H,但差异不显着（P>0.05）,60天90天的平均日增重略低于对照组H,差异不显着（P>0.05）。湖羊育肥期生长速度呈先快后慢的趋势,反刍专用甜菜碱对湖羊生长发育具有促进作用,能够极显着提高平均日增重,同时显着降低料肉比,但对中、低体重水平和0天60天育肥阶段湖羊生长性能的促进效果更佳。综上所述,本研究完成了对试验场基因组选择育种方案的设计,并通过Nei氏遗传距离将种公羊划分为6个家系,为开展基因组选择育种工作提供必要的基础条件。湖羊羔羊在新的哺乳期饲养模式可以实现35日龄早期断奶。反刍专用甜菜碱对湖羊生长发育具有促进作用,且在不同体重水平和育肥阶段中效果不同。
王耀嵘[5]（2020）在《金钱鱼（Scatophagus argus）微卫星标记的开发及群体遗传学研究》文中研究指明金钱鱼（Scatophagus argus）食性广、抗逆性强,是我国东南沿海的名优养殖物种,也是大面积推广养殖的候选物种,经济潜力巨大。开展遗传多样性研究是种质资源保存利用的必要前提及改良物种遗传性状的关键手段。本文利用金钱鱼基因组survey文库分析金钱鱼基因组中微卫星分布特征并开发多态性微卫星标记。使用微卫星、线粒体DNA两种分子标记获取三亚（SY）、海口（HK）、北海（BH）、湛江（ZJ）、珠海（ZH）、高雄（TW）、漳浦（ZP）、罗源（LR）以及乐清（YQ）9个金钱鱼群体的遗传多样性与遗传结构参数,并利用这些参数作为指标对金钱鱼群体遗传多样性与种群历史动态等进行分析。主要结果如下:（1）利用MISA软件对金钱鱼基因组中微卫星进行挖掘并分析其分布特征。金钱鱼基因组总共挖掘390967个SSR位点,相对丰度为653个/Mb。二至六碱基重复的SSR位点249902个,其中二碱基重复类型的SSR最多（52.64%）。随机选择50个SSR位点并成功开发出23个具有多态性的标记,选择其中的7个标记进行毛细管电泳并检测来自湛江的30尾野生金钱鱼遗传多样性。7个SSR标记位点共检测到58个等位基因,平均等位基因数为8.28,期望杂合度为0.431-0.859,观测杂合度0.417-0.861,多态性含量为0.389-0.830。包含六个高多态性标记和一个中度多态性标记。7个标记中有5个符合哈温平衡且遗传信息含量高;1个标记属于中频无效等位基因的位点,在后续研究中应谨慎使用;1个标记属于高频无效等位基因的位点,不适用于后续研究。对12个来自文献的标记进行筛选,其中有5对多态性良好,可用于后续群体遗传研究。本章获取的11个SSR标记可作为金钱鱼群体遗传学研究可靠的分子标记及优先选用标记。（2）利用11个微卫星标记在9个金钱鱼群体中共计检测到149个等位基因,观测杂合度（HO）范围在0.355（LR）-0.971（TW）,平均范围在0.713（SY）-0769（LR）。期望杂合度（HE）范围在0.431（ZJ）-0.899（TW）,平均范围在0.753（ZJ）-0.781（TW）。平均等位基因丰度（AR）范围在7.387（BH）-8.705（TW）,私有等位基因丰度（PAR）的平均范围在0.128（BH）-0.609（TW）。说明金钱鱼群体整体遗传多样性较高。AMOVA分析显示87.65%的变异来自个体间,只有3.29%来自群体间。金钱鱼群体遗传分化的水平较低,群体间遗传相似度较高,群体间遗传分化与地理距离之间并无显着性关联。UPGMA聚类与Structure结果显示,ZJ、ZH和YQ三个群体为一个遗传簇,其余六个群体形成另外一个遗传簇。群体历史动态分析表明,所有群体均未经历遗传瓶颈。（3）两个线粒体基因及二者的联合序列在9个群体中分别鉴定到34（Cyt b）,162（D-Loop）和174（Cyt b+D-Loop）个单倍型,。单倍型多样性范围在0.963（TW）-0.998（HK）之间;核苷酸多态性范围在0.00856（SY）-0.03808（TW）之间。TW群体同时拥有最多的变异位点（182）、简约信息位点（155）及平均核苷酸差异数（58.7933）,遗传多样性最高。FST结果表明TW群体与其他群体间存在显着的遗传分化。根据两个基因划分的单倍型构建的系统发生树及单倍型网络图均显示9个群体被分为3个谱系,但谱系间不存在地理相关性。两个标记的AMOVA结果都表明来自群体内的遗传变异大于群体间。中性检验及错配分布表明部分金钱鱼群体大约在更新世晚期发生了种群扩张。
翟云[6]（2020）在《南海北部蓝圆鲹群体遗传学研究》文中进行了进一步梳理蓝圆鲹（Decapterus maruadsi）是我国重要的海洋经济鱼类之一,在我国近海均有分布,以南海北部的资源量最高。近年来,由于南海北部渔业捕捞压力不断增大,海洋生态破坏和环境污染日趋严重,蓝圆鲹的种群生物学特征发生显着变化,其资源衰退明显。因此,迫切需要对南海北部的蓝圆鲹群体遗传特性和种质资源状况进行研究。本研究首次采用SLAF-seq技术开发蓝圆鲹微卫星DNA（SSR）标记,并对南海北部8个蓝圆鲹群体进行遗传学分析,系统评估南海北部蓝圆鲹种群的遗传资源状况和全面解析其遗传结构,为蓝圆鲹种群资源的科学保护与合理开发提供指导和理论依据。研究主要结果如下:（1）基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,在蓝圆鲹基因组DNA中共获得了28905个一至六碱基重复微卫星位点。其中单碱基重复微卫星位点8138个（28.15%）,二至三碱基重复微卫星位点分别为13590个（47.02%）和5727个（19.81%）;四至六碱基重复微卫星位点数量相对较少,分别为1104个（3.82%）、234个（0.81%）和112个（0.39%）。从这些位点中随机挑选225个二至六碱基重复微卫星位点,最终成功筛选出80个多态性SSR位点。（2）80个SSR位点在广东汕头近岸32个蓝圆鲹个体中共扩增出1086个等位基因。各位点的等位基因数（Na）为4～19（均值为14）,表观杂合度（Ho）为0.2333～1.0000（均值为0.7038）,期望杂合度（He）为0.3735～0.9588（均值为0.8370）。80个位点中有78个位点属于高度多态（PIC≥0.5）,2个位点为中度多态（0.25<PIC<0.5）。有24个位点显着偏离Hardy-Weinberg平衡（HWE）,均显示出较高的近交系数（Fis=-0.5789～0.6823）和无效等位基因频率（Fua=0.2087～0.2982）。（3）跨物种扩增表明,分别有70（87.50%）、63（78.75%）、58（72.50%）、47（58.75%）和36（45.00%）个蓝圆鲹SSR标记可在颌圆鲹（Decapterus macarellus）、长体圆鲹（Decapterus macrosoma）、无斑圆鲹（Decapterus kurroides）、竹荚鱼（Trachurus japonicus）以及金带细鲹（Selaroides leptolepis）中成功扩增,可见蓝圆鲹SSR标记在圆鲹属中的通用性较好;在竹荚鱼中的通用性次之;在金带细鲹中的通用性相对较差。（4）挑选出26个多态性较好的SSR位点用于南海北部8个蓝圆鲹群体244个个体的遗传多样性和遗传结构分析。各位点的平均等位基因数（Na）和平均有效等位基因数（Ne）分别为22.1923和8.2077,平均表观杂合度（Ho）和平均期望杂合度（He）分别为0.7062和0.8427,平均多态信息含量（PIC）为0.8233,说明这些位点具有高多态性和中高等分辨能力。各群体的平均等位基因数（Na）和平均有效等位基因数（Ne）分别为8.6538（BS）～16.4231（BH）和5.8543（BS）～7.5991（ST）,平均表观杂合度（Ho）和平均期望杂合度（He）分别为0.6858（ST）～0.7205（YJ）和0.8085（SY）～0.8372（ST）,平均多态信息含量（PIC）为0.7585（BS）～0.8098（ST）,表明南海北部8个蓝圆鲹群体具有较高的遗传多态性,种质资源状况较好。（5）群体间的Fst分析显示,粤东群体（ST）、粤西群体（YJ）和三亚外海群体（SY）间以及它们与其它5个群体（BH、FCG、BS、BMJ、WC）间均有显着的低水平遗传分化（Fst=0.00844～0.04542,P值为0.00000～0.04505）,而北部湾4个群体（BH、FCG、BS和BMJ）和文昌群体（WC）间的遗传分化较小,并不显着（Fst=0.00048～0.00848,P=0.09009～0.79279）,表明粤东、粤西、三亚外海群体和北部湾-文昌的蓝圆鲹群体间存在明显的遗传分化。Nei’s遗传距离、UPGMA聚类分析、AMOVA和Structure分析也显示,北部湾内4个群体和文昌群体间具有较高相似的遗传组分,可归为一个群系（即北部湾-文昌群系）;而粤东群体、粤西群体、三亚外海群体等3个群体与北部湾-文昌群系间的遗传分化相对较大,可认为是另外3个独立的群系。上述分析结果表明,本研究的南海北部8个蓝圆鲹群体可划分为粤东、粤西、北部湾-文昌和三亚外海等4个种群,可视为4个渔业资源管理单位,研究结果可为渔业资源评估和管理提供理论依据和基础数据。
张秀惠[7]（2020）在《基于简化基因组测序辽宁爪鲵（Onychodactylus zhaoermii）群体遗传学研究》文中研究说明辽宁爪鲵（O.zhaoermii）隶属于两栖纲（Amphibia）,有尾目（Caudata）,小鲵科（Hynobiidae）,爪鲵属（Onychodactylus）。辽宁爪鲵是中国的特有种,只分布于辽宁省鞍山岫岩和辽阳市大黑山地区。本次研究采用简化基因组测序技术对采自4个采样地点（分别是辽宁岫岩左沟、辽宁岫岩中沟、辽宁大黑山水沟和辽宁大黑山长岭子）的16个辽宁爪鲵进行SNP分子标记的发掘,并进行群体内部遗传结构和遗传多样性分析,为辽宁爪鲵的保护提供理论依据。实验结果测序共获得高质量序列数据量为22.3Gb,平均每个样本为1.3Gb,经过条件为测序深度2×、Miss0.5、次要等位基因频率（MAF）>0.05的过滤最后获得的高质量SNP位点总数为18338。对高质量SNP位点进行遗传多样性研究显示:辽宁爪鲵的杂合度和核苷酸多样性平均值Pi分析结果显示,辽阳大黑山地区的遗传多样性大于辽宁岫岩地区。并且通过分子方差计算可以得到4个地理单元的群体多态性均匀,没有群体差异,只有个体间的变异。群体遗传结构研究显示:主成分分析PCA结果显示四个地理种群个体之间没有明显的聚合现象,呈散乱分布;并且STRUCTURE分析结果也显示了4个地理单元之间没有形成明显的种群结构;系统发育树上得到的结果与PCA和STRUCTURE分析所得到的结果一致。出现这种情况,可能与爪鲵生活环境有关,爪鲵基本都生活在山溪的源头,这些源头都来自地下暗河,因此地下暗河的走向或者两地间地下暗河是否相通都会决定彼此之间是否有基因交流,但是目前尚未有关于此方面的报道,还需要进行进一步研究。通过本研究可以得到如下的结论:（1）本次实验的成功为辽宁爪鲵甚至爪鲵属获取高通量SNPs遗传标记提供新的方法和手段,具有极高的应用价值与应用前景;（2）SNP标记分析的遗传多样性分析结果表明,辽宁爪鲵整体遗传多样性较低,辽阳大黑山地区的遗传多样性高于辽宁岫岩地区;（3）群体遗传结构分析表明辽宁爪鲵分布的四个地理单元间没有形成明显的种群结构;（4）建议对辽宁爪鲵加强保护,基于群体遗传学研究结果,建议辽宁岫岩与大黑山共同建立一个爪鲵保护小区。
王雪妹[8]（2020）在《大型海藻与几种重要核素的相互作用及其应用研究》文中研究说明近年来,世界范围内沿海核电站的数量大幅增加,尤其是日本福岛核事故发生后,海洋放射性核素污染问题引起了广泛关注。放射性核素污染会对沿海生态环境甚至人体健康产生严重的影响,主要修复方式有物理修复、化学修复及生物修复。生物修复具有效率高、成本低、易操作及环境友好的优点。本研究针对海洋核素污染的问题,从几种重要核素对海藻生长的胁迫、海藻对核素的吸附及海藻在海水核素污染修复中的应用这三个方面进行了探究。本文系统研究了核素钴对海带和裙带菜不同生长阶段的影响。结果表明,高浓度的钴会抑制海带和裙带菜孢子萌发、配子体营养生长、配子发生、幼孢子体形成、孢子体营养生长及叶绿素荧光效率。不同生长发育阶段对核素钴的敏感性排序为:配子发生>配子体营养生长（孢子体营养生长）>孢子萌发。配子发生是海藻由微观配子体世代到大型孢子体世代的过渡阶段,该阶段受到抑制会严重影响海藻孢子体群体的形成,从而影响到沿海生态环境。海藻对核素吸附的研究表明,不同的海藻对核素的吸附能力有很大的差别,因此对海藻种类的筛选至关重要。铜藻和海带具有较强的吸附锶的能力,吸附平衡状态符合Langmiur方程和Freundlich方程,吸附动力学符合拟二级动力学方程。裙带菜和海带具有较强的吸附铯的能力,随着外界铯浓度的升高,藻体中铯的含量显着增加。海带同样具有较强的去除海水中核素碘的能力。大型水箱模拟实验的结果表明,成体海带对核素锶、铯和碘的吸附速率在前24 h内较高,之后可考虑对藻体进行回收,并再次投放新鲜海带,直到对应核素减少到要求的浓度范围。短时间内获得巨大的生物量是将大型活体海藻应用于海洋核素污染修复实践中主要的技术瓶颈之一。漂浮铜藻和绿潮浒苔是近年来频发的海洋生态灾害“金潮”和“绿潮”爆发时的灾害藻类,其打捞生物量的后续处理一直是个难题。从“变废为宝”的角度出发,本论文详细探究了漂浮铜藻和绿潮浒苔对人工模拟核素污染海水的修复能力及动力学。结果表明,铜藻对多核素（锶、钴和锰）污染海水中各个核素均具有较好的去除效果,不同核素之间存在一定程度的相互影响。绿潮浒苔对核素铯和钴污染海水具有较好的修复效果。此外,通过遗传结构分析发现,定生铜藻群体与之后漂浮到附近的铜藻群体无明显的遗传关联性,漂浮铜藻生物量形成的繁殖方式主要是无性繁殖。综上所述,本研究从生物学的角度,较为系统地探究了几种重要核素对我国常见大型海藻生长的影响及这些大型海藻对核素污染的修复潜力及应用前景。可为核电站核泄漏事故发生时,海洋放射性核素污染的修复预案提供一定的理论基础和技术储备。
毛庄文[9]（2020）在《改良雌核发育草鱼群体的建立及其遗传特性研究》文中进行了进一步梳理草鱼（Ctenopharyngodon idellus）是我国产量最高的重要养殖经济鱼类,2018年其年产量达550万吨（2019年中国渔业统计年鉴）。然而,连续人工自交容易导致草鱼种质资源退化,造成其染病及死亡。为了获得遗传改良草鱼,本研究通过雌核发育技术,首次使用灭活的锦鲤精子作为刺激源激活草鱼成熟卵子,经过染色体加倍处理后获得改良雌核发育草鱼,建立了改良雌核发育草鱼群体,并对其遗传等生物学特性进行了系统研究。1.首次采用紫外辐射灭活的锦鲤精子激活草鱼成熟卵细胞,通过冷休克处理抑制第二极体排出使其染色体加倍获得改良雌核发育草鱼,建立了改良雌核发育草鱼群体（1310尾）,为其遗传等生物学特性的研究提供了宝贵的实验材料;也为其在生产上的应用奠定了重要种质资源。2.对改良雌核发育草鱼的外形、红细胞、染色体数目等特性进行了系统研究。在外形方面,改良雌核发育草鱼身体呈淡青绿色或淡茶黄色,头部稍扁平,口端位,吻部稍钝,无口须,与普通草鱼具有一致性;在红细胞方面,改良雌核发育草鱼与普通草鱼的红细胞形态、DNA含量等特征无显着差异（P>0.05）;在染色体数目方面,改良雌核发育草鱼具有48条染色体,核型为18m+24sm+6st,与普通草鱼一致,确定其为二倍体草鱼。综上所述,改良雌核发育草鱼与普通草鱼在多种生物学特征上具有一致性。3.对改良雌核发育草鱼的分子遗传特性进行了系统研究。1)利用微卫星DNA分子标记,在改良雌核发育草鱼中找到了灭活的锦鲤精子残留的特异性微卫星DNA片段（MFW1-G）,该片段仅存在于改良雌核发育草鱼与锦鲤中,而普通草鱼中没有。这是首次在分子生物学的水平提供了改良雌核发育草鱼中存在父本遗传物质的重要证据,为雌核发育后代中的“杂交效应”提供了依据,也为区分改良雌核发育草鱼与其它草鱼品种提供了分子标记。2)利用9对引物（HoxA4a,HoxA9a,HoxA11b,HoxB1b,HoxC4a,HoxD10a,HoxC6b,HoxC6b-G和HoxC6b-K）在锦鲤、改良雌核发育草鱼以及普通草鱼Hox基因簇中共扩增出32个Hox基因以及2个不属于Hox基因簇的DNA片段（K522）。对扩增出的32个Hox基因以及K522进行测序分析发现,改良雌核发育草鱼具有一个兼有双亲遗传结构且偏向于锦鲤的HoxC6b-GGC-2重组基因,同时它还具有与草鱼相同的HoxC6b-GGC基因以及与锦鲤相同的HoxC6b-GGC-1基因。此外,引物HoxC6b扩增结果中,还在改良雌核发育草鱼和锦鲤扩增出一条不属于Hox基因簇的K522,在普通草鱼中没有扩增出该DNA片段。测序结果显示,在改良雌核发育草鱼与锦鲤中扩增出的K522具有完全相同的序列。HoxC6b-GGC-2是首次在改良雌核发育草鱼中发现的重组基因,该基因的发现进一步提供了改良雌核发育草鱼中存在父本遗传物质的重要证据,进一步证明了雌核发育鱼的“杂交效应”。3)对锦鲤、改良雌核发育草鱼和普通草鱼的线粒体DNA和5S rDNA序列结构进行了比较分析,研究结果显示改良雌核发育草鱼具有与普通草鱼相同的线粒体DNA以及5S rDNA序列结构,在这些遗传结构方面,两者之间具有相似性。4)基于转录组测序技术及生物信息学分析,对改良雌核发育草鱼和普通草鱼的肝脏和脾脏转录组进行了测序及比较分析,共筛选出改良雌核发育草鱼与普通草鱼之间的3145个差异表达基因,包括1666个表达上调基因以及1479个表达下调基因。对这些差异表达基因进行了GO富集以及KEGG信号通路富集分析,根据富集到的功能基因以及信号通路,推测了改良雌核发育草鱼不易染病可能的原因。5)为了探究改良雌核发育草鱼的生物膜屏障功能,选取紧密连接信号通路对转录组测序结果进行验证分析,其中比较分析了改良雌核发育草鱼和普通草鱼肝脏、脾脏以及肠道组织中9个紧密连接蛋白相关基因（occludin、claudin15a、JAM、claudin2、claudin7a、claudin4、ZO-1、cingulin、sympk）的表达量。实时荧光定量核酸扩增分析结果与转录组分析结果一致:改良雌核发育草鱼紧密连接蛋白相关基因表达量高于普通草鱼;说明改良雌核发育草鱼紧密连接蛋白发挥了更强的生物学功能,具有更强的生物膜屏障功能,进而推测出改良雌核发育草鱼通过增强生物膜屏障功能降低其染病的风险。
田锐铮[10]（2020）在《昆虫多态性微卫星位点挖掘新方法及基因组微卫星特征研究》文中指出基因测序技术的发展为分子标记研究提供了海量数据支撑,依托于组学分析的研究方法已成为一项重要途径。微卫星（Microsatellite）又称简单重复序列（Simple sequence repeats,SSRs）,是由核心序列（Core sequences）与高度保守的两端侧翼序列（Flanking sequences）构成。微卫星标记由于其分布广泛、稳定性强、共显性遗传和可重复性等优点,一直以来广泛应用于昆虫种群遗传学和微进化等众多领域研究中。多态性微卫星的挖掘与筛选在微卫星相关研究中十分重要,目前缺乏基于基因组数据和转录组数据直接获取多态性微卫星的方法,鲜有专门分析基因组多态性微卫星位点特征、规律及功能的报道,亟待开发从基因组、转录组数据中直接挖掘多态性微卫星的工具,为了解决这些问题,本研究分别基于昆虫基因组和转录组数据,开发了两种新的多态性微卫星位点挖掘方法,并通过引物设计、DNA提取和微卫星分型（Microsatellite genotyping）等实验,验证了新方法的有效性;以昆虫基因组重测序数据为依托,对基因组中各区域微卫星的特征及功能进行了分析;发现编码区微卫星突变造成的移码突变或非移码突变对氨基酸序列产生重要的影响,可能导致氨基酸序列结构和功能发生变化;部分基因的5’侧翼区微卫星能够通过长度改变影响基因的表达水平;本研究还基于基因表达谱筛选出在豌豆蚜蚜型分化及蚜虫表型可塑性中可能发挥重要作用的核心基因。主要工作如下:1.开发并验证了一种基于基因组及重测序数据的多态性微卫星位点挖掘新软件本研究开发了一种挖掘基因组多态性微卫星的软件GSSRt（Genomic SSR Mining Tool）,该软件主要由5个子程序构成,以Samtools mpileup+Bcftools流程获取indel calling结果和研究对象的参考基因组作为输入文件,软件操作简单,且运行速度较快。为了验证该软件的实用性和准确性,对本研究组参与完成测序与分析的苹果蠹蛾Cydia pomonella基因组及重测序数据中的微卫星进行了分析,挖掘得到了125219个多态性微卫星位点,其中32408为高度多态性位点;从这些高度多态性位点中挑选出77个位点,提取苹果蠹蛾试虫基因组DNA,设计微卫星引物,对挑选出的77个微卫星位点的多态性进行了实验验证。研究结果显示,在验证的77个位点中,共有73个位点在供试样本中展现出多态性,占全部位点的94.81%;PIC均值为0.5610,PIC>0.5（即高度多态性）的位点为58个,占比为75.32%。研究结果表明该方法能够在基因组水平上高效、准确的挖掘微卫星位点的多态性信息,这对基因组中多态性微卫星位点的挖掘及应用研究具有重要意义。2.昆虫基因组微卫星位点的特征分析本研究利用新开发的GSSRt软件,对6种昆虫基因组及重测序数据进行分析。结果显示,6种昆虫中,二核苷酸微卫星中的多态性微卫星所占的比率高于其它重复类型,之后依次为单核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸微卫星;除二核苷酸重复外,其它类型微卫星中多态性位点所占的比率随微卫星基序长度的增加逐渐降低;对6种昆虫基因组多态性微卫星位点进行定位,发现大部分微卫星位点分布在基因间区;基因内的微卫星主要分布在内含子区,该区中的微卫星占各物种中微卫星总数的比值在3.51%～22.12%之间;外显子区的微卫星数量最少（0.45%～7.05%）,此外,外显子区多态性位点所占比率也远低于基因间区和内含子区。对本研究组参与完成的苹果蠹蛾甲基谷硫磷和溴氰菊酯抗药性品系与敏感品系重测序数据中的微卫星位点的多态性信息进行比较分析发现,与敏感品系相比,两种抗性品系中检测出的微卫星位点数存在显着差异,说明微卫星的变化和苹果蠹蛾抗药性水平的变化相关;对苹果蠹蛾基因组编码区微卫星位点进行分析,得到59个编码区多态性微卫星位点,这些位点分布在24条苹果蠹蛾染色体,其中染色体13上的编码区多态性微卫星位点数量最多;在59个位点中,8个多态性微卫星在两种抗性品系与敏感品系中的基因型存在显着差异,部分微卫星所在的基因编码的蛋白参与重要的外源和内源物质代谢,说明微卫星编码区重复序列长度的改变可能对相关蛋白的结构和功能产生影响,微卫星位点的变化影响蛋白质功能。3.昆虫CYP基因家族5’侧翼区微卫星位点的研究以往研究发现,昆虫一些特定基因的5’侧翼区的微卫星能够通过长度的变化影响基因的表达,但目前缺乏对具体基因家族5’侧翼区微卫星的系统深入的研究。细胞色素P450（Cytochrome P450 Protein,CYP）基因在多种内源性和外源性底物的代谢中发挥关键作用。本研究以昆虫CYP基因为例,分析基因家族5’侧翼区微卫星位点的特征。首先对27种昆虫基因组CYP基因家族进行重新注释分析,根据获取的CYP基因在基因组中的位点信息提取其5’侧翼区序列,共检测到1216个微卫星,这些微卫星分布在643条5’侧翼区序列上,发生频率为27.19%。其中,单核苷酸重复微卫星数量最多,其余依次为二核苷酸、三核苷酸,四核苷酸、六核苷酸和五核苷酸重复。在近缘物种基因5’侧翼区中跨物种共有微卫星,可能是调控基因表达的“调节钮”。为了对这类跨物种共有微卫星进行系统分析,本研究对27种昆虫中4种蚜虫的CYP基因家族进一步展开分析,通过已构建的系统发育树和多重序列比对结果,鉴定出16组豌豆蚜Acyrthosiphon pisum、桃蚜Myzus persicae、樱桃蚜Myzus cerasi和麦双尾蚜Diuraphis noxia中的CYP基因家族的直系同源组,在其中3组中筛选出蚜虫中跨物种共有微卫星位点,其中两组中微卫星位点的特征与传统的近缘物种共有微卫星位点的特征一致,即微卫星基序类型相同且微卫星两端侧翼序列高度相似;而另一组虽然在5’侧翼区的相对位置高度一致且微卫星基序类型相同,但两端侧翼序列在物种间差异较大,这类特殊的跨物种共有微卫星的特征与已有跨物种共有微卫星序列特征不同。为了研究这一类特殊的跨物种共有微卫星,进一步挖掘获得了4种蚜虫的直系同源基因组,并从中筛选出了58个4种蚜虫中共有的微卫星位点,其中55个微卫星的双端侧翼序列在物种间高度相似,这些位点的特征与传统的跨物种共有微卫星相似;而另外3个位点,与新发现的特殊的跨物种共有微卫星特征一致,表明这一类近缘物种间位置相似且侧翼序列差异显着的共有微卫星并非个例。4.基于基因组Survey数据的微卫星开发效率的评估本研究提取禾谷缢管蚜Rhopalosiphum padi基因组DNA,利用Illumina测序技术,获得了禾谷缢管蚜基因组Survey序列集,通过该序列集及随后公布的禾谷缢管蚜全基因组数据,对挖掘自Survey数据与全基因组数据的微卫星位点进行了比较,结果显示,在缺乏全基因组序列和足够的转录组数据的情况下,通过基因组Survey数据也能进行微卫星位点的开发。5.基于转录组数据的微卫星多态性信息分析新方法的开发及验证本研究首先开发了一种挖掘转录组微卫星的新软件PSSRdt（Polymorphic SSR digging tool,PSSRdt,已公布于https://github.com/PSSRdt/program）,然后建立了一套完整的基于多转录组数据挖掘多态性微卫星位点的新方法,应用于微卫星鉴定与多态性信息获取的新软件PSSRdt是该方法中的核心。为了验证开发的新软件和分析方法,本研究对44个豌豆蚜转录组进行分析,筛选出1940个未经验证的多态性微卫星位点。为了验证这些微卫星位点的多态性,本研究设计微卫星引物,提取豌豆蚜样本DNA,分析其中52个微卫星分别在DNA样本中的多态性。结果显示,证明该方法能够高效准确的完成多态性微卫星位点的筛选。本研究为基于转录组数据开发多态性微卫星位点提供了新的方法,这为微卫星标记的相关研究奠定了良好的基础。6.基于基因表达谱分析豌豆蚜核心基因的特征、功能及核心基因的微卫星本研究对3种基因型的各5种蚜型的转录组进行分析,构建了基因表达谱,并对挖掘出的418个特异性表达基因进行了注释;提取豌豆蚜五种蚜型样本的RNA,通过q PCR对11个特异性表达基因进行验证,这些基因的相对表达水平与基因表达谱的表达水平趋势一致,证实了基因表达谱数据的准确性;构建了6种豌豆蚜基因表达的动态调控网络;鉴定得到263个核心基因和8个转录因子;从这些核心基因5’侧翼区中提取并鉴定得到223个微卫星位点并进行了分析,进一步筛选出能够用于豌豆蚜蚜型分析和鉴定的分子标记,这些由多种方法共同筛选出的分子标记,可能参与多种重要的信号通路（Pathway）。本研究对于利用分子标记深入分析蚜虫的非遗传多型性（Polyphenisms）具有重要的意义。
二、微卫星DNA技术及其应用的探讨（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、微卫星DNA技术及其应用的探讨（论文提纲范文）
（1）基于微卫星标记的日本对虾增殖放流效果评价及群体遗传学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 渔业资源的增殖放流 |
| 1.1.1 增殖放流的定义 |
| 1.1.2 国内外增殖放流的历史和现状 |
| 1.1.3 渔业资源增殖放流的遗传学影响 |
| 1.2 分子标记及其应用 |
| 1.2.1 分子标记的种类及其应用 |
| 1.2.2 微卫星分子标记及其在增殖放流中的应用 |
| 1.3 日本对虾的增殖放流 |
| 1.3.1 日本对虾研究进展 |
| 1.3.2 日本对虾增殖放流历史和现状 |
| 1.4 本研究的目的及意义 |
| 第二章 基于微卫星标记的日本对虾增殖放流研究 |
| 2.1 基于微卫星标记的日本对虾增殖放流效果评估 |
| 2.1.1 前言 |
| 2.1.2 材料与方法 |
| 2.1.3 结果 |
| 2.1.4 讨论 |
| 2.2 日本对虾增殖放流对自然群体的遗传学影响 |
| 2.2.1 前言 |
| 2.2.2 材料与方法 |
| 2.2.3 结果 |
| 2.2.4 讨论 |
| 第三章 基于微卫星标记的日本对虾群体遗传学研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 样品采集 |
| 3.2.2 DNA的提取 |
| 3.2.3 PCR扩增 |
| 3.2.4 数据分析 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 荧光标记基因分型结果 |
| 3.3.2 群体遗传多样性 |
| 3.3.3 群体遗传结构 |
| 3.3.4 自由交配估计 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 群体遗传多样性分析 |
| 3.4.2 群体遗传结构分析 |
| 第四章 总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表论文 |
（2）长颚斗蟋翅二型雄虫精子竞争能力的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 引言 |
| 1.1 精子竞争的研究进展 |
| 1.1.1 衡量精子竞争的参数及精子竞争的模式 |
| 1.1.2 精子竞争的影响因素 |
| 1.1.3 精子竞争的机制 |
| 1.2 亲子鉴定技术简介 |
| 1.2.1 亲子鉴定的定义 |
| 1.2.2 亲子鉴定的理论依据 |
| 1.2.3 亲子鉴定的方法 |
| 1.3 微卫星标记及其在亲子鉴定领域的研究 |
| 1.3.1 微卫星标记的概述及特性 |
| 1.3.2 微卫星的变异机理及类型 |
| 1.3.3 微卫星引物的开发 |
| 1.3.4 微卫星标记鉴定亲缘关系的原理 |
| 1.3.5 微卫星标记在亲子鉴定领域的应用 |
| 1.4 昆虫翅型分化及长颚斗蟋简介 |
| 1.5 长颚斗蟋简介 |
| 1.6 本研究的目的意义及技术路线 |
| 2 长颚斗蟋微卫星标记的研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 供试虫源及饲养方法 |
| 2.1.2 药品试剂 |
| 2.1.3 实验工具及仪器 |
| 2.1.4 长鄂斗蟋总RNA的提取及检测 |
| 2.1.5 文库构建 |
| 2.1.6 上机测序 |
| 2.1.7 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 RNA质量检测结果 |
| 2.2.2 测序数据质量评估 |
| 2.2.3 拼接转录组长度分布 |
| 2.2.4 测序数据与组装结果比对 |
| 2.2.5 长颚斗蟋微卫星分布特征 |
| 2.3 小结 |
| 3 长颚斗蟋微卫星引物的筛选与跨物种检测 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试虫源与饲养方法 |
| 3.1.2 药品试剂 |
| 3.1.3 实验工具及仪器 |
| 3.1.4 长颚斗蟋微卫星引物的设计 |
| 3.1.5 长颚斗蟋微卫星引物的初步筛选 |
| 3.1.6 长颚斗蟋多态性微卫星引物的二次筛选与位点数据分析 |
| 3.1.7 长颚斗蟋微卫星引物的跨物种检测 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 长颚斗蟋微卫星引物的初步筛选结果 |
| 3.2.2 长颚斗蟋微卫星引物的二次筛选结果及位点分析 |
| 3.2.3 长颚斗蟋微卫星引物适跨物种检测结果 |
| 3.4 小结 |
| 4 长颚斗蟋的翅二型雄虫的精子竞争能力 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 供试虫源与饲养方法 |
| 4.1.2 药品试剂 |
| 4.1.3 实验工具及仪器 |
| 4.1.4 精子竞争试验 |
| 4.1.5 DNA的提取与父权鉴定 |
| 4.1.6 长翅型与短翅型雄虫精子活性检测 |
| 4.1.7 数据分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 10个位点在所测的长颚斗蟋亲本子代中的遗传学结果 |
| 4.2.2 不同翅型长颚斗蟋在精子竞争过程的产卵量和孵化率 |
| 4.2.3 不同翅型长颚斗蟋的精子竞争结果 |
| 4.2.4 不同翅型长颚斗蟋在精子竞争过程中的精包附着时间 |
| 4.2.5 不同翅型的长颚斗蟋雄虫的精子数量与存活率 |
| 4.3 小结 |
| 5 结论与展望 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 后续的研究建议 |
| 参考文献 |
| 附录A 攻读学位期间的主要学术成果 |
| 致谢 |
（3）重庆5个本地鸡群体遗传多样性评估及系统发育关系研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 中英文缩略词表 |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 家鸡遗传资源情况 |
| 1.1.1 国内家鸡资源 |
| 1.1.2 重庆家鸡资源 |
| 1.2 家鸡的起源及驯化 |
| 1.3 地方鸡种保护与利用现状 |
| 1.3.1 家鸡的价值 |
| 1.3.2 本地鸡与商业鸡种的差别 |
| 1.3.3 本地鸡所面临的困境 |
| 1.3.4 保护本地鸡种资源的重要性 |
| 1.4 动物遗传多样性相关技术及应用 |
| 1.4.1 线粒体DNA及其应用 |
| 1.4.2 微卫星标记及其应用 |
| 1.4.3 SNP标记及其应用 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究目的和意义 |
| 2.2 技术路线 |
| 第3章 实验材料与方法 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 样品采集 |
| 3.1.2 主要实验耗材 |
| 3.1.3 主要药品和试剂 |
| 3.1.4 主要仪器设备 |
| 3.1.5 主要试剂配制 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 总DNA提取 |
| 3.2.2 基因组DNA质量检测 |
| 3.2.3 线粒体DNA D_Loop区序列扩增与纯化 |
| 3.2.4 微卫星标记PCR扩增与分型 |
| 3.2.5 数据分析 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 线粒体DNA D_Loop区序列研究 |
| 4.1.1 基因组DNA和 PCR产物的检测 |
| 4.1.2 序列分析 |
| 4.1.3 线粒体D_Loop区遗传多样性分析 |
| 4.1.4 群体间差异分析 |
| 4.1.5 系统发育树分析 |
| 4.1.6 中国西南地方鸡群体系统发育树分析 |
| 4.1.7 基于线粒体DNA D_Loop区序列进行群体扩张分析 |
| 4.2 微卫星标记研究 |
| 4.2.1 微卫星位点的遗传多样性分析 |
| 4.2.2 微卫星位点的群体差异分析 |
| 4.2.3 群体遗传多样性分析 |
| 4.2.4 群体间差异分析 |
| 4.2.5 群体聚类分析 |
| 4.2.6 群体遗传结构分析 |
| 第5章 讨论 |
| 第6章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的文章 |
（4）湖羊养殖技术优化与应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 湖羊生产及育种现状 |
| 1.2 肉羊育种主要技术介绍 |
| 1.2.1 最佳线性无偏估计 |
| 1.2.2 标记辅助选择 |
| 1.2.3 基因组选择 |
| 1.3 肉羊基因组选择育种进展 |
| 1.3.1 GS在羊育种中的应用 |
| 1.3.2 GS育种的优势与缺陷 |
| 1.3.3 GS在我国肉羊育种中的展望 |
| 1.4 协同育种技术 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 湖羊基因组选择育种设计 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验场育种现状 |
| 2.2.2 育种目标 |
| 2.2.3 GS常见算法 |
| 2.2.4 GEBV准确性 |
| 2.2.5 表型测定 |
| 2.2.6 血样样品采集 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 参考群的构建与更新方案 |
| 2.3.2 候选群的测定与选留方案 |
| 2.3.3 样品采集与基因分型方案 |
| 2.3.4 GEBV的计算与验证方案 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 试验场湖羊GS策略探讨 |
| 2.4.2 低成本基因组选择策略探讨 |
| 第三章 微卫星鉴定湖羊家系 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料 |
| 3.2.2 试验方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 DNA质检结果 |
| 3.3.2 荧光PCR结果 |
| 3.3.3 微卫星等位基因统计分析及排除概率 |
| 3.3.4 家系划分鉴定结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 微卫星在亲缘关系鉴定中的应用 |
| 3.4.2 基于微卫星鉴定湖羊家系 |
| 第四章 寒旱地区湖羊35日龄早期断奶研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 试验动物与分组 |
| 4.2.2 统计分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 数据质控 |
| 4.3.2 各阶段羔羊体重对比 |
| 4.3.3 各阶段羔羊增重对比 |
| 4.3.4 羔羊断奶时成活率对比 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 常见羔羊早期断奶方法 |
| 4.4.2 饲养密度对畜禽成长发育的影响 |
| 4.4.3 哺乳期羔羊行为学分析 |
| 第五章 反刍专用甜菜碱对湖羊生长性能的影响 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 试验时间与地点 |
| 5.2.2 试验材料 |
| 5.2.3 试验设计 |
| 5.2.4 统计分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 甜菜碱对育肥羊全群生长性能的影响 |
| 5.3.2 不同育肥阶段和体重等级下甜菜碱对湖羊生长性能的影响 |
| 5.4 讨论 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（5）金钱鱼（Scatophagus argus）微卫星标记的开发及群体遗传学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 文献综述 |
| 1.1 种群遗传学概述 |
| 1.1.1 种群遗传多样性 |
| 1.1.2 种群遗传结构 |
| 1.2 分子标记技术及其应用 |
| 1.2.1 线粒体标记在鱼类群体遗传学研究中的应用 |
| 1.2.2 微卫星标记在鱼类群体遗传学研究中的应用 |
| 1.3 .金钱鱼研究现状 |
| 1.3.1 繁殖生物学与养殖生物学研究相继开展 |
| 1.3.2 经济价值高市场潜力大但缺乏良种 |
| 1.3.3 遗传学研究进展相对缓慢标记资源稀少 |
| 1.4 本研究目的和意义 |
| 1.4.1 立题依据与研究意义 |
| 1.4.2 研究内容及目标 |
| 1.4.3 技术路线 |
| 2 金钱鱼基因组微卫星分布特征分析及SSR标记开发 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 金钱鱼基因组来源 |
| 2.2.2 样本采集 |
| 2.2.3 基因组DNA的提取 |
| 2.2.4 金钱鱼基因组微卫星标记挖掘 |
| 2.2.5 微卫星标记引物筛选 |
| 2.2.6 多态性标记筛选 |
| 2.2.7 数据分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 金钱鱼基因组微卫星各重复类型总体分布特征 |
| 2.3.2 不同重复类型微卫星核心区序列拷贝数分布 |
| 2.3.3 金钱鱼微卫星核心区重复碱基类型特征 |
| 2.3.4 金钱鱼微卫星标记多态性检验 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 金钱鱼基因组微卫星分布特征规律 |
| 2.4.2 金钱鱼基因组微卫星标记的开发 |
| 2.4.3 微卫星标记的多态性及其遗传学特征 |
| 2.5 小结 |
| 3 基于微卫星标记的金钱鱼遗传多样性研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 样本采集 |
| 3.2.2 微卫星标记分型 |
| 3.2.3 遗传多样性分析 |
| 3.2.4 遗传结构分析 |
| 3.2.5 种群历史动态分析 |
| 3.2.6 IBD分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 遗传多样性分析 |
| 3.3.2 遗传结构与遗传距离分析 |
| 3.3.3 IBD分析 |
| 3.3.4 金钱鱼种群历史动态分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 遗传多样性分析 |
| 3.4.2 遗传结构分析 |
| 3.4.3 金钱鱼种质资源 |
| 3.5 小结 |
| 4 基于线粒体标记的金钱鱼遗传多样性分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料及方法 |
| 4.2.1 线粒体标记基因的扩增及碱基序列测定 |
| 4.2.2 基于线粒体标记的遗传多样性分析 |
| 4.2.3 基于线粒体标记的系统发育及单倍型网络分析 |
| 4.2.4 基于线粒体标记的群体遗传分化研究 |
| 4.2.5 基于线粒体标记的种群历史动态分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 基于D-loop和 Cyt b标记的种群遗传多样性 |
| 4.3.2 单倍型分布及遗传发育关系 |
| 4.3.3 基于线粒体标记金钱鱼群体遗传结构分析 |
| 4.3.4 基于线粒体标记金钱鱼群体历史动态分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 基于线粒体标记的遗传多样性研究 |
| 4.4.2 基于线粒体标记的遗传结构研究 |
| 4.4.3 基于线粒体标记的种群历史动态分析 |
| 4.5 小结 |
| 5 总结与展望 |
| 5.1 总结 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（6）南海北部蓝圆鲹群体遗传学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 海洋鱼类群体遗传学研究概况 |
| 1.1.1 群体遗传学概念 |
| 1.1.2 群体遗传学的研究方法 |
| 1.1.3 分子标记在海洋鱼类群体遗传研究中的应用 |
| 1.2 蓝圆鲹研究概述 |
| 1.2.1 蓝圆鲹的形态特征和地理分布 |
| 1.2.2 生活习性及食性 |
| 1.2.3 洄游分布和群系划分 |
| 1.2.4 蓝圆鲹研究概况 |
| 1.3 本研究的目的和意义 |
| 2 蓝圆鲹微卫星DNA标记开发及跨物种扩增 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 SLAF-seq测序 |
| 2.2.2 多态性SSR标记筛选 |
| 2.2.3 遗传多样性分析 |
| 2.2.4 跨物种扩增 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 SLAF-seq技术 |
| 2.3.2 微卫星位点多态性和遗传多样性特征 |
| 2.3.3 跨物种通用性检测 |
| 3 南海北部蓝圆鲹8个群体的遗传多样性和遗传结构 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验样品 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 SSR多态性及群体遗传多样性 |
| 3.2.2 群体间的遗传分化 |
| 3.2.3 Nei's遗传距离、遗传相似系数和UPGMA聚类分析 |
| 3.2.4 分子方差分析 |
| 3.2.5 个体分配检验 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 微卫星DNA标记多态性 |
| 3.3.2 南海北部蓝圆鲹群体遗传多样性水平 |
| 3.3.3 南海北部蓝圆鲹群体的遗传分化和遗传结构 |
| 3.3.4 南海北部蓝圆鲹资源的保护 |
| 4 结论与展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（7）基于简化基因组测序辽宁爪鲵（Onychodactylus zhaoermii）群体遗传学研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 辽宁爪鲵在爪鲵属中的分类地位 |
| 1.1.2 辽宁爪鲵的研究现状 |
| 1.1.2.1 生理生物学研究现状 |
| 1.1.2.2 保护生物学研究现状 |
| 1.1.2.3 分子生物学研究现状 |
| 1.1.3 辽宁爪鲵的群体遗传学研究 |
| 1.2 群体遗传学研究中应用的遗传标记 |
| 1.2.1 等位酶蛋白质标记 |
| 1.2.2 几种常见分子标记技术 |
| 1.2.2.1 RFLP标记技术 |
| 1.2.2.2 RAPD标记技术 |
| 1.2.2.3 AFLP标记技术 |
| 1.2.2.4 SSR分子标记 |
| 1.2.2.5 SNP分子标记 |
| 1.3 简化基因组技术 |
| 1.4 研究的目的和意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 样本信息 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.1.2.1 试剂盒 |
| 2.1.2.2 电泳试剂 |
| 2.1.2.3 建库试剂 |
| 2.1.3 实验器材 |
| 2.2 实验步骤 |
| 2.2.1 基因组DNA的提取 |
| 2.2.2 文库构建 |
| 2.2.3 上机测序 |
| 2.3 统计分析 |
| 2.3.1 数据处理 |
| 2.3.1.1 原始序列数据处理 |
| 2.3.1.2 测序数据统计及质量评估 |
| 2.3.1.3 酶切概况 |
| 2.3.1.4 捕获的酶切位点的片段数(Tags)统计 |
| 2.3.2 构建SNP位点 |
| 2.3.3 群体遗传多样性分析 |
| 2.3.3.1 群体杂合度分析 |
| 2.3.3.2 核苷酸多态性(π)分析 |
| 2.3.3.3 分子方差分析(AMOVA) |
| 2.3.4 群体遗传结构分析 |
| 2.3.4.1 系统进化树分析 |
| 2.3.4.2 主成分分析 |
| 2.3.4.3 群体遗传结构分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 GBS数据分析 |
| 3.1.1 比对参考基因组 |
| 3.1.2 SNP检测 |
| 3.1.2.1 SNP检测质量分布 |
| 3.1.2.2 SNP突变频谱 |
| 3.2 群体遗传多样性分析 |
| 3.2.1 群体杂合度分析 |
| 3.2.2 核苷酸多样性(π)分析 |
| 3.2.3 分子方差分析(AMOVA) |
| 3.3 群体遗传结构分析 |
| 3.3.1 群体主成分分析 |
| 3.3.2 群体结构STRUCTURE分析 |
| 3.3.3 群体进化树分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 简化基因组测序法获取SNPs可行性分析 |
| 4.2 群体的遗传多样性分析 |
| 4.3 群体遗传结构分析 |
| 4.4 关于辽宁爪鲵的保护 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（8）大型海藻与几种重要核素的相互作用及其应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 我国核电站的发展历史及现状 |
| 1.2 核泄漏事故及其对生态环境的影响 |
| 1.3 放射性核素污染修复的国内外研究进展 |
| 1.4 我国沿海海域常见大型海藻概况 |
| 1.5 大连红沿河核电站附近海域生态调查 |
| 1.6 研究方案及技术路线 |
| 第二章 核素对不同种类大型海藻生长胁迫作用的研究 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验海藻 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.1.3 实验器材 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 核素钴对裙带菜配子体胁迫作用的研究 |
| 2.2.2 核素钴对海带配子体胁迫作用的研究 |
| 2.2.3 核素钴对海带孢子体胁迫作用研究 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 核素钴对裙带菜配子体胁迫作用的研究 |
| 2.3.2 核素钴对海带配子体胁迫作用的研究 |
| 2.3.3 核素钴对海带孢子体胁迫作用的研究 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 不同大型海藻对核素吸附能力的比较及其吸附动力学研究 |
| 3.1 海带和铜藻对核素锶的吸附作用研究 |
| 3.1.1 实验海藻 |
| 3.1.2 实验试剂 |
| 3.1.3 实验仪器 |
| 3.1.4 实验方法 |
| 3.1.5 结果与讨论 |
| 3.2 海带及裙带菜对核素铯的吸附作用研究 |
| 3.2.1 实验海藻 |
| 3.2.2 实验试剂 |
| 3.2.3 实验仪器 |
| 3.2.4 实验方法 |
| 3.2.5 结果与讨论 |
| 3.3 海带对核素碘的吸附过程研究 |
| 3.3.1 实验海藻 |
| 3.3.2 实验试剂 |
| 3.3.3 实验仪器 |
| 3.3.4 实验方法 |
| 3.3.5 结果与讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 大型海藻在海水核素污染修复中的应用研究 |
| 4.1 铜藻对三种不同核素的吸附过程及动力学研究 |
| 4.1.1 实验海藻 |
| 4.1.2 实验试剂 |
| 4.1.3 实验器材 |
| 4.1.4 实验方法 |
| 4.1.5 结果与讨论 |
| 4.1.6 结论 |
| 4.2 用于核素吸附的铜藻群体的溯源和遗传关联性分析 |
| 4.2.1 实验试剂 |
| 4.2.2 实验器材 |
| 4.2.3 实验方法 |
| 4.2.4 结果与讨论 |
| 4.2.5 结论 |
| 4.3 绿潮浒苔对核素铯和钴的吸附能力及吸附动力学研究 |
| 4.3.1 实验海藻 |
| 4.3.2 实验试剂 |
| 4.3.3 实验器材 |
| 4.3.4 实验方法 |
| 4.3.5 结果与讨论 |
| 4.3.6 结论 |
| 4.4 本章总结 |
| 第五章 结论与创新点 |
| 参考文献 |
| 附录1 中英文名词对照表 |
| 附录2 拉丁名对照表 |
| 附录3 插图清单 |
| 附录4 附表清单 |
| 附录5 作者简介及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
| 致谢 |
（9）改良雌核发育草鱼群体的建立及其遗传特性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 草鱼 |
| 1.2 雌核发育草鱼 |
| 1.3 “异精雌核发育”研究进展 |
| 1.4 分子遗传特性研究方法 |
| 1.4.1 微卫星DNA |
| 1.4.2 同源异型基因 |
| 1.4.3 线粒体DNA |
| 1.4.4 5S核糖体DNA |
| 1.5 转录组测序的发展 |
| 1.6 紧密连接信号通路概述 |
| 1.7 本研究的目的与意义 |
| 第二章 改良雌核发育草鱼的形成及相关生物学特性研究 |
| 2.1 实验材料及方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 种鱼的选择与人工催产 |
| 2.1.3 锦鲤精子灭活处理 |
| 2.1.4 卵细胞的激活与二倍化 |
| 2.1.5 形态学测定 |
| 2.1.6 DNA含量检测 |
| 2.1.7 肾细胞有丝分裂中期染色体制备 |
| 2.1.8 红细胞观察以及细胞核体积测定 |
| 2.1.9 受精卵和孵化率统计 |
| 2.1.10 天然雌核发育锦鲤的形成 |
| 2.1.11 尾鳍原代细胞有丝分裂中期染色体的制备 |
| 2.2 实验结果与分析 |
| 2.2.1 改良雌核发育草鱼的形成 |
| 2.2.2 形态学特征比较 |
| 2.2.3 改良雌核发育草鱼染色体倍性分析 |
| 2.2.4 天然雌核发育锦鲤中的微小染色体 |
| 2.2.5 血细胞特征比较 |
| 2.2.6 改良雌核发育草鱼中的乱鳞现象 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 改良雌核发育草鱼的形成 |
| 2.3.2 改良雌核发育草鱼遗传分析 |
| 2.3.3 锦鲤、改良雌核发育草鱼、普通草鱼外形特征比较 |
| 2.3.4 锦鲤、改良雌核发育草鱼、普通草鱼血细胞特征比较 |
| 2.4 总结 |
| 第三章 改良雌核发育草鱼中锦鲤微卫星DNA片段的发现 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 基因组DNA提取,PCR扩增,克隆和测序 |
| 3.1.3 目的基因的回收纯化 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 改良雌核发育草鱼中父本微卫星DNA片段的发现 |
| 3.2.2 MFW1-G可作为为改良雌核发育草鱼的分子标记 |
| 3.3 讨论与总结 |
| 第四章 Hox重组基因在改良雌核发育草鱼中的首次发现 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 血液DNA的提取、PCR扩增、分子克隆和测序 |
| 4.1.3 序列比较分析 |
| 4.1.4 构建进化树 |
| 4.1.5 二级结构预测比较 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 Hox基因簇序列信息 |
| 4.2.2 父本特殊DNA片段 |
| 4.2.3 改良雌核发育草鱼中三种HoxC6b基因结构的发现 |
| 4.2.4 三种HoxC6b基因的二级结构预测分析 |
| 4.2.5 HoxC6b基因系统发育分析 |
| 4.2.6 不同品种雌核发育草鱼之间HoxC6b基因同源性分析 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 线粒体DNA和5S r DNA遗传结构分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 基因组DNA的提取 |
| 5.1.3 引物设计 |
| 5.1.4 目的基因聚合酶链反应(PCR)扩增,克隆和测序 |
| 5.1.5 序列的拼接与分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 线粒体DNA测序结果分析 |
| 5.2.2 5SrDNA测序结果分析 |
| 5.3 讨论与总结 |
| 第六章 基于RNA-seq探究雌核发育对改良雌核发育草鱼的分子调控机制 |
| 6.1 实验材料与方法 |
| 6.1.1 实验材料 |
| 6.1.2 RNA的提取 |
| 6.1.3 RNA样品检测 |
| 6.1.4 文库构建和测序 |
| 6.1.5 差异表达基因筛选 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 测序数据质控分析 |
| 6.2.2 差异表达基因分析 |
| 6.2.3 差异表达基因GO和 KEGG富集分析 |
| 6.3 讨论与总结 |
| 第七章 改良雌核发育草鱼中紧密连接信号通路(tight junction)初探 |
| 7.1 实验材料与方法 |
| 7.1.1 实验材料 |
| 7.1.2 不同品种草鱼存活率统计 |
| 7.1.3 不同组织总RNA的提取 |
| 7.1.4 实时荧光定量核酸扩增(qPCR)检测分析 |
| 7.2 结果与分析 |
| 7.2.1 改良雌核发育草鱼和普通草鱼存活率统计 |
| 7.2.2 改良雌核发育草鱼紧密连接相关基因表达量的变化 |
| 7.2.3 紧密连接差异表达基因qPCR验证分析 |
| 7.3 讨论与总结 |
| 第八章 总结 |
| 8.1 改良雌核发育草鱼群体的建立以及其相关的生物学特性研究 |
| 8.2 改良雌核发育草鱼中独特的分子标记 |
| 8.3 改良雌核发育草鱼中的HoxC6b重组基因的发现 |
| 8.4 线粒体DNA和5S r DNA |
| 8.5 改良雌核发育草鱼的生物膜屏障功能 |
| 8.6 本论文有待进一步研究的问题 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
（10）昆虫多态性微卫星位点挖掘新方法及基因组微卫星特征研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 昆虫基因组、转录组大数据 |
| 1.2 微卫星标记及其应用 |
| 1.2.1 基本概述 |
| 1.2.2 微卫星在基因组中的分布 |
| 1.2.3 微卫星形成机制 |
| 1.2.4 微卫星标记的应用 |
| 1.2.5 微卫星研究工具 |
| 1.3 微卫星位点的开发方法 |
| 1.3.1 经典方法 |
| 1.3.2 微卫星富集法 |
| 1.3.3 FIASCO法 |
| 1.3.4 基于转录组数据的微卫星挖掘 |
| 1.3.5 基于基因组数据的微卫星挖掘 |
| 1.3.6 近缘物种交叉扩增 |
| 1.4 微卫星的功能研究 |
| 1.5 本研究的目的及意义 |
| 第二章 基于基因组重测序数据的多态性微卫星挖掘软件的开发与验证 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 GSSRt(Genomic SSR Mining Tool)软件的开发 |
| 2.1.2 GSSRt软件的验证 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 GSSRt的应用 |
| 2.2.2 微卫星数据统计 |
| 2.2.3 微卫星引物及多态性验证 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 几种昆虫基因组多态性微卫星的分布及特征 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 数据收集 |
| 3.1.2 重测序数据预处理 |
| 3.1.3 GSSRt软件应用 |
| 3.1.4 昆虫微卫星鉴定 |
| 3.1.5 多态性微卫星位点在昆虫基因组中的分布 |
| 3.1.6 苹果蠹蛾抗药性品系与敏感品系微卫星差异 |
| 3.1.7 苹果蠹蛾编码区微卫星的分析 |
| 3.1.8 编码区多态性微卫星位点的染色体定位 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 基因组微卫星统计 |
| 3.2.2 基因组多态性微卫星位点的统计与分析 |
| 3.2.3 微卫星在基因组中的分布 |
| 3.2.4 苹果蠹蛾抗性与敏感品系中杂合子的差异 |
| 3.2.5 编码区微卫星多态性 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 昆虫CYP基因家族5’侧翼区微卫星的特征研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 数据下载与微卫星识别 |
| 4.1.2 CYP基因家族注释 |
| 4.1.3 CYP基因家族的系统发育分析 |
| 4.1.4 CYP基因家族5’侧翼区的挖掘 |
| 4.1.5 昆虫CYP基因5’侧翼区微卫星分析 |
| 4.1.6 蚜虫CYP基因5’侧翼区共有微卫星的挖掘 |
| 4.1.7 CYP同源基因侧翼序列分析 |
| 4.1.8 蚜虫直系同源组鉴定 |
| 4.1.9 共有微卫星的挖掘 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 基因组微卫星统计与CYP基因家族注释 |
| 4.2.2 CYP基因5’侧翼区微卫星 |
| 4.2.3 蚜虫CYP基因家族共有微卫星 |
| 4.2.4 蚜虫直系同源基因组筛选及质量评估 |
| 4.2.5 四种蚜虫中共有微卫星挖掘与分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 基于基因组Survey测序的微卫星分析及评估 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 供试蚜虫 |
| 5.1.2 禾谷缢管蚜DNA提取及质量检测 |
| 5.1.3 基因组Survey测序及数据过滤 |
| 5.1.4 K-mer分析 |
| 5.1.5 基因组大小和杂合度估计与比较 |
| 5.1.6 基因组组装及微卫星挖掘 |
| 5.1.7 Survey数据的微卫星挖掘评估 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 基因组Survey测序 |
| 5.2.2 Survey数据的微卫星挖掘及与基因组微卫星的比较 |
| 5.2.3 Survey数据g SSR侧翼序列完整性评估 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 基于转录组数据的多态性微卫星位点挖掘新方法的开发及验证 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 新软件PSSRdt的开发及应用 |
| 6.1.2 新方法的全流程 |
| 6.1.3 实验验证 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 转录组拼接及微卫星挖掘 |
| 6.2.2 PSSRdt应用 |
| 6.2.3 引物设计及微卫星位点的验证 |
| 6.3 讨论 |
| 6.4 小结 |
| 第七章 基于基因表达谱分析豌豆蚜核心基因的特征、功能及核心基因的微卫星 |
| 7.1 材料与方法 |
| 7.1.1 数据收集及预处理 |
| 7.1.2 特异性表达基因的鉴定 |
| 7.1.3 数据分析及基因功能注释 |
| 7.1.4 供试蚜虫 |
| 7.1.5 豌豆蚜RNA提取 |
| 7.1.6 cDNA合成 |
| 7.1.7 实时定量PCR(q RT-PCR) |
| 7.1.8 基因表达模式及转录因子 |
| 7.1.9 核心基因启动子区微卫星 |
| 7.1.10 随机森林算法鉴定蚜型偏好标记 |
| 7.2 结果与分析 |
| 7.2.1 转录组数据下载及组装 |
| 7.2.2 基因表达水平验证 |
| 7.2.3 基因表达模式和转录因子预测 |
| 7.2.4 启动子区微卫星分析 |
| 7.2.5 基因共表达网络和基于形态的标记 |
| 7.3 讨论 |
| 7.4 小结 |
| 第八章 全文总结与研究展望 |
| 8.1 全文主要结论 |
| 8.2 本论文的创新点 |
| 8.3 下一步工作展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
四、微卫星DNA技术及其应用的探讨（论文参考文献）
- [1]基于微卫星标记的日本对虾增殖放流效果评价及群体遗传学研究[D]. 赵雨. 天津农学院, 2021(08)
- [2]长颚斗蟋翅二型雄虫精子竞争能力的研究[D]. 周泽霖. 中南林业科技大学, 2021(01)
- [3]重庆5个本地鸡群体遗传多样性评估及系统发育关系研究[D]. 杨雪. 西南大学, 2021(01)
- [4]湖羊养殖技术优化与应用[D]. 赵志达. 中国农业科学院, 2020(01)
- [5]金钱鱼（Scatophagus argus）微卫星标记的开发及群体遗传学研究[D]. 王耀嵘. 广东海洋大学, 2020(02)
- [6]南海北部蓝圆鲹群体遗传学研究[D]. 翟云. 广东海洋大学, 2020(02)
- [7]基于简化基因组测序辽宁爪鲵（Onychodactylus zhaoermii）群体遗传学研究[D]. 张秀惠. 沈阳师范大学, 2020(12)
- [8]大型海藻与几种重要核素的相互作用及其应用研究[D]. 王雪妹. 中国科学院大学(中国科学院海洋研究所), 2020(01)
- [9]改良雌核发育草鱼群体的建立及其遗传特性研究[D]. 毛庄文. 湖南师范大学, 2020(01)
- [10]昆虫多态性微卫星位点挖掘新方法及基因组微卫星特征研究[D]. 田锐铮. 西北农林科技大学, 2020(02)